microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2018-4-81-88microbe-1097Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESГенетическое профилирование возбудителей природно-очаговых инфекций, циркулирующих на территории Ставропольского краяGenetic Profiling of the Causative Agents of Natural-Focal infections, Circulating in the Stavropol TerritoryЧекрыгинаЕ. В.ChekryginaE. V.

355017, Ставрополь, ул. Мира, 310.

Chekrygina-e@mail.ruВолынкинаА. С.VolynkinaA. S.

Волынкина Анна Сергеевна.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13-15. 

Anna S. Volynkina.

13-15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035.

 

volyn444@mail.ruКотеневЕ. С.KotenevE. S.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13-15. 

13-15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035.

stavnipchi@mail.ruЛисицкаяЯ. В.LisitskayaYa. V.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13-15. 

13-15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035.

stavnipchi@mail.ruГнусареваО. А.GnusarevaO. A.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13-15. 

13-15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035.

stavnipchi@mail.ruКуличенкоА. Н.KulichenkoA. N.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13-15. 

13-15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035.

stavnipchi@mail.ruСтавропольский государственный медицинский университетРоссияStavropol State Medical University of the Ministry of Health of RFRussian FederationСтавропольский научно-исследовательский противочумный институтРоссияStavropol Research Anti-Plague InstituteRussian Federation201830122018048188Copyright © Чекрыгина Е.В., Волынкина А.С., Котенев Е.С., Лисицкая Я.В., Гнусарева О.А., Куличенко А.Н., 20182018Чекрыгина Е.В., Волынкина А.С., Котенев Е.С., Лисицкая Я.В., Гнусарева О.А., Куличенко А.Н.Chekrygina E.V., Volynkina A.S., Kotenev E.S., Lisitskaya Y.V., Gnusareva O.A., Kulichenko A.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1097

Цель работы - проведение молекулярно-генетического типирования штаммов и изолятов нуклеиновых кислот возбудителей природно-очаговых инфекций бактериальной и вирусной этиологии, накопление данных о генетических особенностях региональных штаммов, циркулирующих на территории ставропольского края. Материалы и методы. для изучения генетического спектра возбудителей природно-очаговых инфекций проводили анализ штаммов и изолятов нуклеиновых кислот возбудителей, выявленных в образцах полевого и клинического материала. индикацию возбудителей природно-очаговых инфекций в образцах осуществляли методом ПЦР. Для генетического типирования штаммов и изолятов ДНК/РНК возбудителей природно-очаговых инфекций использовали методы MLVA-типирования и секвенирования участков генома с последующим филогенетическим анализом. Анализ территориального распространения генетических вариантов возбудителей природно-очаговых инфекций и построение карт выполняли в программном обеспечении ArcGIS 10.1. Результаты и выводы. Выполнены: MLVA-25 типирование 20 штаммов Francisella tularensis; MLVA-10 типирование 4 изолятов Coxiella burnetii; видовая идентификация 20 изолятов ДНК Rickettsia sp.; субвидовое типирование 40 РНК-изолятов вируса ККГЛ и 8 РНК-изолятов хантавирусов, циркулировавших на территории Ставропольского края в 2016-2017 гг. Изученные штаммы F. tularensis принадлежат к восьми MLVA генотипам, в основном приуроченным к определенным тер­риториям. Изоляты C. burnetii обладают идентичным MLVA-типом. Выявлены риккетсии, относящиеся к 5 ви­дам: R. massiliae R. raoultii, R. sibirica, R. aeschlimannii, R. slovaca, РНК-изоляты хантавируса генотипа «Тула», варианты вируса ККГЛ генотипов «Европа-1» и «Европа-3». Полученные данные могут быть использованы при эпидемиологическом анализе возможных случаев инфекционных болезней для определения источника и путей распространения инфекции.

Objective of the study was genetic typing of the strains and nucleic acid isolates of causative agents of natural focal infections, both bacterial and viral etiology, accumulation of data on genetic features of regional strains cir­culating in the Stavropol Territory. Material and methods. To study the genetic spectrum of causative agents of natural- focal infections, analysis of the strains and nucleic acids isolates detected in the samples of field and clinical material was carried out. Indication of causative agents of natural focal infections in the samples was carried out by PCR. For genetic typing of the strains and DNA/RNA isolates of natural focal infections agents, MLVA and sequencing of genome regions with subsequent phylogenetic analysis were used. The analysis of territorial distribution of the causative agent genetic variants and mapping was performed in ArcGIS 10.1. Results and conclusions. MLVA-25 typing of 20 strains of Francisella. tularensis, MLVA-10 typing of 4 Coxiella burnetii isolates, species identification of 20 isolates of Rickettsia sp., sub-species genetic typing of 40 RNA isolates of CCHF virus and 8 RNA isolates of hantaviruses circulating in the Stavropol Territory in 2016-2017 were performed. The studied strains of F. tularensis belong to eight MLVA genotypes. They are mainly confined to specific areas. The isolates of C. burnetii have the same MLVA type. Rickettsia, belonging to 5 species: R. massiliae R. raoultii, R. sibirica, R. aeschlimannii, R. slovaca, RNA-isolates of hantavirus of the «Tula» genotype and variants of the CCHF virus of the Europe-1 and Europe-3 genotypes were identified. The obtained data can be used in the epidemiological investigation of possible cases of infectious diseases to determine the source and pathways of infection.

природно-очаговые инфекцииСтавропольский крайгенетическое типированиеgenetic typingnatural-focal infectionsStavropol TerritoryReferencesКуличенко А.Н., Малецкая О.В., Василенко Н.Ф., Манин Е.А., Прислегина Д.А., Дубянский В.М., Григорьев М.П. Эпидемиологическая обстановка по природно-очаговым инфекционным болезням в Южном, Северо-Кавказском и Крымском федеральных округах в 2015 г: аналитический обзор. Ставрополь: Дитера; 2016. 95 с.Kulichenko A.N., Maletskaya O.V., Vasilenko N.F., Manin E.A., Prislegina D.A., Dubyansky V.M., Grigor’ev M.P. [Epidemiological situation on natural-focal infectious diseases in Southern, North-Caucasian and Crimean Federal Districts in 2015: analytical review]. Stavropol: “Litera”; 2016. 95 p.Куличенко А.Н., Малецкая О.В., Василенко Н.Ф., Манин Е.А., Прислегина Д.А., Дубянский В.М., Григорьев М.П., составители. Эпидемиологическая обстановка по природно-очаговым инфекционным болезням в Южном и Северо-Кавказском федеральном округах в 2016 г. Аналитический обзор. Ставрополь: Дитера; 2017. 164 с.Kulichenko A.N., Maletskaya O.V, Vasilenko N.F., Manin E.A., Prislegina D.A., Dubyansky V.M., Grigor’ev M.P., contributors. [Epidemiological situation on natural-focal infectious diseases in Southern, North-Caucasian and Crimean Federal Districts in 2016: analytical review]. Stavropol: “Litera”; 2017. 164 p.Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V., Meisel H., Denys C., Koivogui L., ter Meulen J., Kruger D.H. Hantavirus in African Wood Mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(5):838-40. DOI:10.3201/eid1205.051487.Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V, Meisel H., Denys C., Koivogui L., ter Meulen J., Kruger D.H. Hantavirus in African Wood Mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(51:838-40. DOI:10.3201/eid1205.051487.Johansson A., Farlow J., Larsson P., Dukerich M., Chambers E., Bystrom M., Fox J., Chu M., Forsman M., Sjostedt A., Keim P. Worldwide Genetic Relationships among Francisella tularensis Isolates Determined by Multiple-Locus Variable-Number Tandem RepeatAnalysis. J. Bacteriol. 2004; 186(17):5808—18. DOI: 10.1128/JB.186.17.5808-5818.2004.Johansson A., Farlow J., Larsson P., Dukerich M., Chambers E., Bystrom M., Fox J., Chu M., Forsman M., Sjostedt A., Keim P. Worldwide Genetic Relationships among Francisella tularensis Isolates Determined by Multiple-Locus Variable-Number Tandem RepeatAnalysis. J. Bacteriol. 2004; 186(17):5808-18. DOI: 10.1128/JB.186.17.5808-5818.2004.Arricau-Bouvery N., Hauck Y, Bejaoui A., Frangoulidis D., Bodier C.C., Souriau A., Meyer H., Neubauer H., Rodolakis A., Vergnaud G. Molecular characterization of Coxiella burnetii isolates by infrequent restriction site-PCR and MLVA typing. BMC Microbiology. 2006; 6:38. DOI: 10.1186/1471-2180-6-38.Arricau-Bouvery N., Hauck Y, Bejaoui A., Frangoulidis D., Bodier C.C., Souriau A., Meyer H., Neubauer H., Rodolakis A., Vergnaud G. Molecular characterization of Coxiella burnetii isolates by infrequent restriction site-PCR and MLVA typing. BMC Microbiology. 2006; 6:38. DOI: 10.1186/1471-2180-6-38.Куличенко А.Н., Волынкина А.С., Котенев Е.С., Писаренко С.В., Шапошникова Д.И., Лисицкая Я.В., Василенко Н.Ф., Цыганкова О.И., Евченко Ю.м., Тохов Ю.м., Савельев B.Н., Тихонов С.Н., Пеньковская Н.А. Новый генетический вариант вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки, вы-явленный в Крыму. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016; 34(2):76-80. DOI: 10.18821/0208-0613-2016-34-2-76-80.Kulichenko A.N., Volynkina A.S., Kotenev E.S., Pisarenko S.V., Shaposhnikova L.I., Lisitskaya Ya.V, Vasilenko N.F., Tsygankova O.I., Evchenko Yu.M., Tokhov Yu.M., Savel’ev V.N., Tikhonov S.N. Pen’kovskaya N.A. [New genetic variant of Crimean- Congo hemorrhagic fever virus detected in Crimea]. Molekulyarnaya Genetika, Mikrobiologiya, i Virusologiya. 2016; 34(2):76-80. DOI: 10.18821/0208-0613-2016-34-2-76-80.MLVAbank for Microbes Genotyping [Электронный ресурс]. URL: http://microbesgenotyping.i2bc.paris-saclay.fr/databas-es/view/524/2?panel=911 (дата обращения 15.06.2018 г.).MLVAbank for Microbes Genotyping [Internet] (cited 15 Jun 2018). Available from: http://microbesgenotyping.i2bc.paris-saclay.fr/databases/view/524/2?panel=911.Тимофеев В.С., Кудрявцева Т.Ю., Мокриевич А.Н., Павлов В.М., Дятлов И.А. молекулярное типирование штаммов Francisella tularensis методом мультилокусного анализа вариабельности числа тандемных повторов. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014; 1:8-15.Timofeev V.S., Kudryavtseva T.Yu., Mokrievich A.N., Pavlov V.N., Dyatlov I.A. [Molecular typing of Francisella tularensis strains using multi-locus VNTR analysis]. Molekulyarnaya Genetika, Mikrobiologiya, i Virusologiya. 2014; 1: 8-15.Torina A., Fernandez de Mera I.G., Alongi A., Mangold A.J., Blanda V, Scarlata F., Di Marco V, de la Fuente J. Rickettsia conorii Indian Tick Typhus Strain and R. slovaca in Humans, Sicily. Emerg. Infect. Dis. 2012; 18(6):1008-10. DOI:10.3201/eid1806.110966.Torina A., Fernandez de Mera I.G., Alongi A., Mangold A.J., Blanda V, Scarlata F., Di Marco V, de la Fuente J. Rickettsia conorii Indian Tick Typhus Strain and R. slovaca in Humans, Sicily. Emerg. Infect. Dis. 2012; 18(6):1008-10. DOI:10.3201/eid1806.110966.Яшина Д.Н., Зайковская А.В., Протопопова Е.В., Бабкин И.В., Малышев Б.С., Товпинец Н.Н., Евстафьев И.Д. Хантавирус Тула на территории Крыма. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015; 33(4):38-40.Yashina L.N., Zaikovskaya A.V., Protopopova E.V., Babkin I.V., Malyshev B.S., Tovpinets N.N., Evstaf’ev I.L. [Hantavirus of the «Tula» genotype in the territory of Crimea]. Molekulyarnaya Genetika, Mikrobiologiya, i Virusologiya. 2015; 33 (4): 38-40.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.