microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2018-4-89-93microbe-1098Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESХантавирусы в популяциях насекомоядных на территории СибириHantaviruses in Insectivore Populations in SiberiaЯшинаЛ. Н.YashinaL. N.

Яшина Людмила Николаевна.

630559, Новосибирская обл., п. Кольцово.

Liudmila N. Yashina.

Kol’tsovo, Novosibirsk Region, 630559.

yashina@vector.nsc.ruАбрамовC. А.AbramovS. A.ДупалТ. А.DupalT. A.ЯкименкоВ. В.YakimenkoV. V.

Omsk.

ТанцевА. К.TantsevA. K.

Omsk.

МалышевБ. С.MalyshevB. S.

630559, Новосибирская обл., п. Кольцово.

Kol’tsovo, Novosibirsk Region, 630559.

vector@vector.nsc.ruКарташовМ. Ю.KartashovM. Yu.

630559, Новосибирская обл., п. Кольцово.

Kol’tsovo, Novosibirsk Region, 630559.

vector@vector.nsc.ruГосударственный Научный Центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»РоссияState Research Center of Virology and Biotechnology " Vector ”Russian FederationИнститут систематики и экологии животных СО РАНРоссияInstitute of Systematics and Ecology of Animals, RAS Siberian BranchRussian FederationОмский научно-исследовательский институт природно-очаговых инфекцийРоссияOmsk Research Institute of Natural-Foci InfectionsRussian Federation201830122018048993Copyright © Яшина Л.Н., Абрамов C.А., Дупал Т.А., Якименко В.В., Танцев А.К., Малышев Б.С., Карташов М.Ю., 20182018Яшина Л.Н., Абрамов C.А., Дупал Т.А., Якименко В.В., Танцев А.К., Малышев Б.С., Карташов М.Ю.Yashina L.N., Abramov S.A., Dupal T.A., Yakimenko V.V., Tantsev A.K., Malyshev B.S., Kartashov M.Y.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1098

Цель работы: исследование хантавирусов в новом природном резервуаре - насекомоядных, их многообразия и распространения на территории Западной и Восточной Сибири. Материалы и методы. Бурозубки рода Sorex (71 особь) отловлены на территории республики Алтай, Алтайского, Красноярского краев и Омской области. Все образцы выделенных РНК проанализированы методом обратной транскрипции - полимеразной цепной реакции с последующим секвенированием. результаты и выводы. Генотипированы 12 РНК изолятов вируса, выделенных от двух видов бурозубок - обыкновенной (S. araneus)и бурой (S. roboratus).Анализ последовательностей L- и S-сегментов вирусного генома выявил циркуляцию двух видов хантавирусов. В Алтайском крае у бурой бурозубки (S. roboratus)обнаружен вирус Кенкеме (KKMV), ранее найденный в географически удаленных точках Республики Саха и Китая. Новые очаги циркуляции вируса Сивис (SWSV) среди обыкновенных бурозубок (S. araneus) установлены на территории омской области, Алтайского и Красноярского краев. суммируя новые и ранее полученные данные, можно заключить, что хантавирусы в популяциях насекомоядных широко распростра­нены на территории Российской Федерации. Установленная на территории Сибири широкая циркуляция вирусов SWSV и KKMV дает веские основания для исследования роли выявленных вирусов в патологии человека.

Objective of the study was investigation of hantaviruses in a new natural reservoir - insectivores, their diversity and geographic distribution in the Western and Eastern Siberia. Materials and methods. Sorex shrews (71 specimens) were captured in Altai Republic, Altai, and Krasnoyarsk Territories, and Omsk Region. All samples were analyzed for hantavirus RNA using reverse transcription polymerase chain reaction with subsequent sequencing. Results and conclusions. A total of 12 viral RNA isolates from two Sorex species (S. araneus and S. roboratus) were genetically typed. Sequence analysis of the partial L and S segments identified two distinct hantaviruses. Kenkeme (KKMV) virus was detected in a flat-skulled shrew (S. roboratus) in Altai Territory. This virus was previously found in geographically remote sites in the Sakha Republic and China. New foci of Seewis virus circulation among common shrews (S. araneus), were found in the Omsk Region, Altai and Krasnoyarsk Territories. Previously published and new findings suggest that hantaviruses among shrews are widely distributed over the Russian Federation territory. The widespread circulation of SWSV and KKMV throughout Siberia is an important argument for investigation of their role in human infections.

хантавируснасекомоядныеСибирьhantavirusinsectivoresSiberiaReferencesJonsson C.B., Figueiredo L.T., Vapalahti O. A global perspective on hantavirus ecology, epidemiology, and disease. Clin. Microbiol. Rev. 2010; 23(2):412-41. DOI: 10.1128/CMR.00062-09.Jonsson C.B., Figueiredo L.T., Vapalahti O. A global perspective on hantavirus ecology, epidemiology, and disease. Clin. Microbiol. Rev. 2010; 23(2):412-41. DOI: 10.1128/CMR.00062-09.Guo W.P., Lin X.D., Wang W., Tian J.H., Cong M.L., Zhang H.L., Wang M.R., Zhou R.H., Wang J.B., Li M.H., Xu J., Holmes E.C., Zhang Y.Z. Phylogeny and origins of hantaviruses harbored by bats, insectivores, and rodents. PLOS Pathog. 2013; 9(2):e1003159. DOI: 10.1371/journal.ppat.1003159.Guo W.P., Lin X.D., Wang W., Tian J.H., Cong M.L., Zhang H.L., Wang M.R., Zhou R.H., Wang J.B., Li M.H., Xu J., Holmes E.C., Zhang Y.Z. Phylogeny and origins of hantaviruses harbored by bats, insectivores, and rodents. PLOS Pathog. 2013; 9(2):e1003159. DOI: 10.1371/journal.ppat.1003159.Holmes E.C., Zhang Y.Z. The evolution and emergence of hantaviruses. Curr. Opin. Virol. 2015; 10:27-33. DOI: 10.1016/j.coviro.2014.12.007.Holmes E.C., Zhang Y.Z. The evolution and emergence of hantaviruses. Curr. Opin. Virol. 2015; 10:27-33. DOI: 10.1016/j.coviro.2014.12.007.Heinemann P., Tia M., Alabi A., Anon J.C., Auste B., Essbauer S., Gnionsahe A., Kigninlman H., Klempa B., Kraef C., Kruger N., Leendertz F.H., Ndhatz-Sanogo M., Schaumburg F., Witkowski P.T., Akoua-Koffi C.G., Kruger D.H. Human Infections by Non-Rodent-Associated Hantaviruses in Africa. J. Infect. Dis. 2016; 214(10):1507-11. DOI:10.1093./infdis/jiw401.Heinemann P., Tia M., Alabi A., Anon J.C., Auste B., Essbauer S., Gnionsahe A., Kigninlman H., Klempa B., Kraef C., Kruger N., Leendertz F.H., Ndhatz-Sanogo M., Schaumburg F., Witkowski P.T., Akoua-Koffi C.G., Kruger D.H. Human Infections by Non-Rodent-Associated Hantaviruses in Africa. J. Infect. Dis. 2016; 214(10):1507-11. DOI:10.1093./infdis/jiw401.Okumura M., Yoshimatsu K., Kumperasart S., Nakamura I., Ogino M., Taruishi M., Sugdee A., Pattamadilok S., Ibrahim I., Erlina S., Agui T., Yanagihara R., Arikawa J. Development of sero-logical assays for Thottapalayam virus, an insectivore-born hantavirus. Clin. Vaccine Immunol. 2007; 14(2):173-81. DOI: 10.1128/CVI.00347-06.Okumura M., Yoshimatsu K., Kumperasart S., Nakamura I., Ogino M., Taruishi M., Sugdee A., Pattamadilok S., Ibrahim I., Erlina S., Agui T., Yanagihara R., Arikawa J. Development of sero-logical assays for Thottapalayam virus, an insectivore-born hantavirus. Clin. Vaccine Immunol. 2007; 14(2):173-81. DOI: 10.1128/CVI.00347-06.Соколов И.И., редактор. Млекопитающие фауны СССР. Л.: Наука; 1963. Т 1. 638 с.Соколов И.И., редактор. Млекопитающие фауны СССР. Л.: Наука; 1963. Т 1. 638 с.Arai S., Kang H.J., Gu S.H., Ohdachi S.D., Cook J.A., Yashina L.N., Tanaka-Taya K., Abramov S.A., Morikawa S., Okabe N., Oishi K., Yanagihara R. Genetic Diversity of Artybash Virus in the Laxmann's Shrew (Sorex caecutiens). Vector Borne Zoonotic Dis. 2016; 16(7):468-75. DOI: 10.1089/vbz.2015.1903.Arai S., Kang H.J., Gu S.H., Ohdachi S.D., Cook J.A., Yashina L.N., Tanaka-Taya K., Abramov S.A., Morikawa S., Okabe N., Oishi K., Yanagihara R. Genetic Diversity of Artybash Virus in the Laxmann's Shrew (Sorex caecutiens). Vector Borne Zoonotic Dis. 2016; 16(7):468-75. DOI: 10.1089/vbz.2015.1903.Kang H.J., Arai S., Hope A.G., Cook J.A., Yanagihara R. Novel hantavirus in flat-skulled shrew (Sorex roboratus). Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(6):593-7. DOI: 10.1089/vbz.2009.0159.Kang H.J., Arai S., Hope A.G., Cook J.A., Yanagihara R. Novel hantavirus in flat-skulled shrew (Sorex roboratus). Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(6):593-7. DOI: 10.1089/vbz.2009.0159.Papa A., Vaheri A., LeDuc J.W., Kruger D.H., Avsic- ZupancT., Arikawa J., Song J.W., Markotic A., Clement J., Liang M., Li D., Yashina L.N., Jonsson C.B., Schmaljohn C.S. Meeting report: Tenth International Conference on Hantaviruses. Antiviral Res. 2016; 133:234-41. DOI: 10.1016/j.antiviral.2016.08.015.Papa A., Vaheri A., LeDuc J.W., Kruger D.H., Avsic- ZupancT., Arikawa J., Song J.W., Markotic A., Clement J., Liang M., Li D., Yashina L.N., Jonsson C.B., Schmaljohn C.S. Meeting report: Tenth International Conference on Hantaviruses. Antiviral Res. 2016; 133:234-41. DOI: 10.1016/j.antiviral.2016.08.015.Yashina L.N., Abramov S.A., Gutorov V.V., Dupal T.A., Krivopalov A.V, Panov V.V., Danchinova G.A., Vinogradov V.V., Luchnikova E.M., Hay J., Kang H.J., Yanagihara R. Seewis virus: phylogeography of a shrew-borne hantavirus in Siberia, Russia. Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(6):585-91. DOI: 10.1089/vbz.2009.0154.Yashina L.N., Abramov S.A., Gutorov V.V., Dupal T.A., Krivopalov A.V, Panov V.V., Danchinova G.A., Vinogradov V.V., Luchnikova E.M., Hay J., Kang H.J., Yanagihara R. Seewis virus: phylogeography of a shrew-borne hantavirus in Siberia, Russia. Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(6):585-91. DOI: 10.1089/vbz.2009.0154.Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V, Meisel H. Hantavirus in African wood mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12:838-40. DOI: 10.3201/eid1205.051487.Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V, Meisel H. Hantavirus in African wood mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12:838-40. DOI: 10.3201/eid1205.051487.Kang H.J., Arai S., Hope A.G., Song J.W., Cook J.A., Yanagihara R. Genetic diversity and phylogeography of Seewis virus in the Eurasian common shrew in Finland and Hungary. Virol. J. 2009; 6:208. DOI: 10.1186/1743-422X-6-208.Kang H.J., Arai S., Hope A.G., Song J.W., Cook J.A., Yanagihara R. Genetic diversity and phylogeography of Seewis virus in the Eurasian common shrew in Finland and Hungary. Virol. J. 2009; 6:208. DOI: 10.1186/1743-422X-6-208.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.