Цель работы – изучение молекулярно-генетической структуры изолятов вируса гепатита D, циркулирующих в регионе с высокой распространенностью суперинфекции вирусного гепатита (ВГ) В+ВГD. Материалы и методы. Материалом исследования послужили 64 образца сыворотки крови, полученные от жителей Кыргызской Республики, больных хроническим вирусным гепатитом В+D. Проводили секвенирование полных геномов вируса гепатита D с последующим филогенетическим анализом. Результаты и обсуждение. На основании филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей 64 образцов ВГD показано, что в обследованной группе преобладает вирус генотипа 1 (96,9 %), по сравнению с генотипом 2 (3,1 %). Полученные нуклеотидные последовательности полных геномов изолятов вируса гепатита Дельта депонированы в международную базу данных GenBank под номерами MN984407–MN984470. При оценке дивергенции исследуемых образцов генотипа 1 максимальное генетическое расстояние составило 12,49 %, а минимальное – 7,41 %, при этом, в пределах отдельных кластеров генетическое расстояние составляло от 2,6 до 8,5 %. Среди последовательностей, представленных в базе данных GenBank, наибольшее сходство с обнаруженными нами образцами ВГD-2 Kyr41 и Kyr43 (нуклеотидная идентичность 92,31 и 89,57 % соответственно) показано для вируса, описанного ранее в Якутии (AJ309880). Для исследования генетических взаимоотношений между анализируемыми вирусными штаммами генотипа 1 изучили предсказанную аминокислотную последовательность (111–214). Хотя профилактические меры против гепатита B, включая вакцинацию, привели к снижению распространенности гепатита D, не существует эффективного способа предотвращения этой инфекции у носителей ВГВ в эндемичных районах. Молекулярно-генетическая характеристика и филогенетический анализ последовательностей ВГD, представленные в настоящем исследовании, будут способствовать идентификации путей передачи патогена для контроля и/или предотвращения распространения инфекции.