microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2020-2-141-143microbe-1342Research ArticleКРАТКИЕ СООБЩЕНИЯBRIEF COMMUNICATIONSМолекулярная диагностика коронавирусной инфекции в Кыргызской РеспубликеMolecular Diagnostics of Coronavirus Infection in the Kyrgyz RepublicХегайС. В.KhegayS. V.

Хегай Сергей Валерьевич

720071, Бишкек, проспект Чуй, 265; 

720040, Бишкек, ул. Логвиненко, 8.

265, Avenue Chuy, Bishkek, 720071; 

8, Logvinenko St., Bishkek, 720040

hegay@inbox.ruДжапароваА. К.DzhaparovaA. K.ДуйшеналиеваЭ. М.DushenalievaE. M.КалмырзаевБ.KalmyrzaevB.КасымбековаК. Т.KasymbekovaK. T.КучукТ. Э.KuchukT. E.УсенбаевН. Т.UsenbaevN. T.ЖунушовА. Д.ZhunushovA. T.Институт биотехнологии Национальной академии наук Кыргызской Республики; Научно-производственное объединение «Профилактическая медицина» МЗ Кыргызской РеспубликиКыргызстанInstitute of Biotechnology, National Academy of Sciences of the Kyrgyz Republic; Scientific and Production Association «Preventive Medicine» of the Ministry of HealthKyrgyzstanРеспубликанский центр карантинных и особо опасных инфекций МЗ Кыргызской РеспубликиКыргызстанRepublican Center for Quarantine and Particularly Dangerous Infections of the Ministry of Health of the Kyrgyz RepublicKyrgyzstanМинистерство здравоохранения Кыргызской РеспубликиКыргызстанMinistry of Health of the Kyrgyz RepublicKyrgyzstanНаучно-производственное объединение «Профилактическая медицина» МЗ Кыргызской РеспубликиКыргызстанScientific and Production Association «Preventive Medicine» of the Ministry of HealthKyrgyzstanИнститут биотехнологии Национальной академии наук Кыргызской РеспубликиКыргызстанInstitute of Biotechnology, National Academy of Sciences of the Kyrgyz RepublicKyrgyzstan20201207202002141143Copyright © Хегай С.В., Джапарова А.К., Дуйшеналиева Э.М., Калмырзаев Б., Касымбекова К.Т., Кучук Т.Э., Усенбаев Н.Т., Жунушов А.Д., 20202020Хегай С.В., Джапарова А.К., Дуйшеналиева Э.М., Калмырзаев Б., Касымбекова К.Т., Кучук Т.Э., Усенбаев Н.Т., Жунушов А.Д.Khegay S.V., Dzhaparova A.K., Dushenalieva E.M., Kalmyrzaev B., Kasymbekova K.T., Kuchuk T.E., Usenbaev N.T., Zhunushov A.T.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1342

Цель исследования – разработка эффективного метода пулирования проб для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 с помощью ПЦР, а также оценка данного подхода с различными тест-системами.

Материалы и методы

Материалы и методы. Выявление РНК коронавируса SARS-CoV-2 проводилось в пробах, содержащих образцы мазков из носа людей, помещенных в транспортную среду. Пять образцов объединяли в один пул для выполнения анализа. Оценку эффективности метода пулирования «в одной пробирке» для выполнения массовых исследований на COVID-19 проводили с помощью тест-систем «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG-19» (Россия), «АртТест COVID- 19» (Республика Беларусь) и «BioSpeedy» (Турция).

Результаты и обсуждение

Результаты и обсуждение. Всего исследовано 587 пулов образцов, составленных из 2935 исследуемых проб, в которых обнаружено и подтверждено методом ПЦР 56 образцов, содержащих РНК SARS-CoV-2. Результаты применения метода пулирования коррелировали с данными, полученными без пулирования образцов. Среднее значение отклонения цикла составляло в среднем 2 Ct, кривая флуоресценции положительных образцов соответствовала «S» форме.

Abstract

Abstract. Objective of the study was to develop an effective method of sample pooling for the detection of SARSCoV-2 coronavirus RNA using PCR and evaluate that approach with various test systems.

Materials and methods

Materials and methods. SARS-CoV-2 coronavirus RNA was detected in samples containing nasal swabs placed in a transport medium. 5 samples were combined into one pool to perform the analysis. The effectiveness of the “in single test tube” pooling method for performing mass studies for COVID-19 was evaluated using the Vector-PCRrv-2019-nCoV-RG-19 test systems,Russia; “ArtTest COVID-19”,Belarus; “BioSpeedy”,Turkey.

Results and discussion

Results and discussion. A total of 587 pools were studied, consisting of 2935 test samples, in which 56 samples containing SARS-CoV-2 RNA were detected and confirmed by PCR. When studying the method of pooling samples, its specificity and optimal sensitivity for detecting SARS-CoV-2 RNA using the Vector-PCRrv-2019-nCoV-RG, ArtTest COVID-19, and BioSpeedy test systems were shown. The results of applying the pooling method correlated with the data obtained without pooling samples. The average deviation of the cycle amounted to 2 Ct; the fluorescence curve of positive samples corresponded to the «S» form.

COVID-19рнк SARS-CoV-2пцр-диагностикапулированиеCOVID-19SARS-CoV-2 RNAPCR diagnosticspoolingReferencesNovel Coronavirus – China. Disease outbreak news. (Cited 01 Apr 2020). [Internet]. Available from: https://www.who.int/csr/don/12-january-2020-novel-coronavirus-china/en/.Novel Coronavirus – China. Disease outbreak news. (Cited 01 Apr 2020). [Internet]. Available from: https://www.who.int/csr/don/12-january-2020-novel-coronavirus-china/en/.World Health Organization. Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). (Cited 01 Apr 2020). [Internet]. Available from: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/who-china-joint-mission-on-covid-19-finalreport.pdf.World Health Organization. Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). (Cited 01 Apr 2020). [Internet]. Available from: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/who-china-joint-mission-on-covid-19-finalreport.pdf.World Health Organization. Critical preparedness, readiness and response actions for COVID-19: interim guidance. (Cited 27 Mar 2020). [Internet]. Available from: https://www.who.int/publications-detail/critical-preparedness-readiness-and-response-actionsfor-covid-19.World Health Organization. Critical preparedness, readiness and response actions for COVID-19: interim guidance. (Cited 27 Mar 2020). [Internet]. Available from: https://www.who.int/publications-detail/critical-preparedness-readiness-and-response-actionsfor-covid-19.World Health Organization. Laboratory testing strategy recommendations for COVID-19: interim guidance. (Cited 10 Apr 2020). [Internet]. Available from: https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-strategy-recommendations-for-covid-19interim-guidance.World Health Organization. Laboratory testing strategy recommendations for COVID-19: interim guidance. (Cited 10 Apr 2020). [Internet]. Available from: https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-strategy-recommendations-for-covid-19interim-guidance.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.