microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2020-3-43-49microbe-1362Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESХарактеристика бактериальной микрофлоры, выделенной из проб мокроты больных пневмонией в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии COVID-19 (май–июнь 2020 г.)Characteristics of Bacterial Microflora Isolated from Sputum of Patients with Pneumonia Registered in Khabarovsk City and Khabarovsk Territory in the Initial Period of COVID-19 Pandemic in May–June, 2020https://orcid.org/0000-0002-9197-8519БондаренкоА. П.BondarenkoA. P.

Российская Федерация, 680610, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

2, Shevchenko St., Khabarovsk, 680610, Russian Federation

baklabhniiem@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-7170-3032ШмыленкоВ. А.ShmylenkoV. A.

Российская Федерация, 680610, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

2, Shevchenko St., Khabarovsk, 680610, Russian Federation

adm@hniiem.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3050-4472ТроценкоО. Е.TrotsenkoO. E.

Российская Федерация, 680610, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

2, Shevchenko St., Khabarovsk, 680610, Russian Federation

adm@hniiem.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9824-7025КотоваВ. О.KotovaV. O.

Российская Федерация, 680610, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

2, Shevchenko St., Khabarovsk, 680610, Russian Federation

adm@hniiem.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7238-3691БутаковаЛ. В.ButakovaL. V.

Российская Федерация, 680610, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

2, Shevchenko St., Khabarovsk, 680610, Russian Federation

adm@hniiem.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5695-6752БазыкинаЕ. А.BazykinaE. A.

Российская Федерация, 680610, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

2, Shevchenko St., Khabarovsk, 680610, Russian Federation

adm@hniiem.ruФБУН «Хабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии»РоссияKhabarovsk Research Institute of Microbiology and EpidemiologyRussian Federation202018102020034349Copyright © Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Котова В.О., Бутакова Л.В., Базыкина Е.А., 20202020Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Котова В.О., Бутакова Л.В., Базыкина Е.А.Bondarenko A.P., Shmylenko V.A., Trotsenko O.E., Kotova V.O., Butakova L.V., Bazykina E.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1362Цель исследования

Цель исследования: изучить бактериальную микрофлору в мокроте больных пневмонией, вызванной SARS-CoV-2 или другими возбудителями.

Материалы и методы

Материалы и методы. Исследовали бактериальную микрофлору мокроты 173 больных пневмонией, госпитализированных в лечебные учреждения г. Хабаровска и   Хабаровского края в мае–июне 2020 г. Бактериологический анализ мокроты проводили с использованием дифференциально-диагностических сред, идентификацию выделенных патогенов – с помощью микробиологического анализатора Vitec 2 Compact. Выявление РНК вируса SARS-CoV-2 проводили методом ПЦР с тест-системой «Вектор-ПЦР РВ - 2019-nCoV-RG» (производство ФБУН «ГНЦ ВБ «Вектор», р.п. К ольцово). Определение ДНК  возбудителей микоплазмоза и хламидиоза проводили с тест-системой «АмплиСенс® Mycoplasma pneumoniae/Chlamydophila pneumonia» (производство ФБУН ЦНИИЭ ). Статистическую обработку данных выполняли с использованием программы Exсel.

Результаты и обсуждение

Результаты и обсуждение. Обе группы больных (Covid-19+ и Covid-19–) характеризуются высоким уровнем выделения бактериальной флоры (81,4 и 74,7 %), в том числе обычных возбудителей внебольничных пневмоний, существенной частотой выделения грибов рода Candida и микробных ассоциаций. Группа больных Covid-19+ характеризуется более широким спектром возбудителей, выявлением полирезистентных грамотрицательных энтеробактерий, грамотрицательных неферментирующих полирезистентных бактерий, более выраженным проявлением микробных ассоциаций. В группе наблюдения Covid-19– лекарственно устойчивая флора представлена в основном стафилококками групп MRSA, MRSE. 

Objective

Objective: to study the bacterial microflora in the sputum of patients with pneumonia caused by SARSCoV-2 or other pathogens.

Materials and methods

Materials and methods. The bacterial microflora of sputum of 173 patients with pneumonia admitted to hospitals in Khabarovsk and the Khabarovsk Territory in May – June 2020 was examined. Detection of RNA of the SARS-CoV-2 virus was carried out by PCR with the Vector-PCRRV-2019-nCoV-RG test system (manufactured by the State Scientific Center of VB “Vector”, Koltsovo). Determination of the DNA of mycoplasmosis agents and chlamydia was carried out with the test system “AmpliSens® Mycoplasma pneumoniae/Chlamydophila pneumonia” (manufactured by CRIE). Statistical data processing was performed using the Excel program. 

Results and discussion

Results and discussion. Both groups of patients (Covid-19+ and Covid-19–) had high levels of bacterial flora isolation (81.4 and 74.7 %) including common pathogens for community-acquired pneumonia as well as notable detection frequency of Candida spp. and microbial associations. The group of Covid-19+ patients demonstrated a wider range of detected pathogens, was positive for poly-resistant gram-negative Enterobacteriaceae, non-fermenting gram-negative poly-resistant bacteria, with more expressed manifestation of microbial associations. In the group of Covid-19– participants drug-resistant microflora was presented only by MRSA and MRSE  staphylococci.

внебольничная пневмониявозбудителигруппы наблюдения Covid-19+ и Covid-19–мокротабактериальная микрофлораcommunity-acquired pneumoniaetiological agentsgroups under observation Covid-19+ and Covid‑19–sputumbacterial microfloraReferencesЧучалин А.Г., Синопальников А.И., Козлов Р.С., Тюрин И.Е., Рачина С.А. Внебольничная пневмония у взрослых: практические рекомендации по диагностике, лечению и профилактике: пособие для врачей. М.; 2010. 106 с.Chuchalin A.G., Sinopal’nikov A.I., Kozlov R.S., Tyurin I.E., Rachina S.A. [Community-acquired pneumonia in adults: practical recommendations on diagnostics, treatment and prevention (a manual for doctors)]. M.; 2010. 106 p.Баязитова Л.Т., Тюпкина О.Ф., Чазова Т.А., Тюрин Ю.А., Исаева Г.Ш., Зарипова А.З., Патяшина М.А., Авдонина Л.Г., Юзлибаева Л.Р. Внебольничные пневмонии пневмококковой этиологии и микробиологические аспекты назофарингеального носительства Streptococcus pneumoniae в Республике Татарстан. Инфекция и иммунитет. 2017; 7(3):271–8.Bayazitova L.T., Tyupkina O.F., Chazova T.A., Tyurin Yu.A., Isaeva G.S., Zaripova A.Z., Patyashina M.A., Avdonina L.G., Yuzlibaeva L.R. [Community-acquired pneumonia of pneumococcal etiology and microbiological aspects of nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae in children in the Republic of Tatarstan]. Infektsiya i Immunitet [Russian Journal of Infection and Immunity]. 2017; 7(3):271–8. DOI: 10.15789/2220-7619-2017-3-271-278.Brun-Busson Ch. Des germes si ordinaires. Le recherché. 1994; 25:706–9.Brun-Busson Ch. Des germes si ordinaires. Le recherché. 1994; 25:706–9.Головерова Ю.А., Марьин Г.Г., Шабалина С.В., Тутельян А.В., Орлова О.А., Акимкин В.Г. Уровень заболеваемости инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи, в отделениях высокого эпидемиологического риска инфицирования. Инфекционные болезни. 2019; 17(3):69–73.Goloverova Yu. A., Mar’in G.G., Shabalina S.V., Tutelyan A.V., Orlova O.A., Akimkin V.G. [Incidence of health care-associated infections in high-risk hospital units]. Infektsionnye Bolezni [Infectious Diseases]. 2019; 17(3):69–73. DOI: 10.20953/1729-9225-2019-3-69-73.Орлова О.А., Акимкин В.Г. Организация эпидемиологической диагностики вентилятор-ассоциированных инфекций дыхательных путей. Медицинский алфавит. 2017; 3(30):15–9.Orlova O.A., Akimkin V.G. [Organization of epidemiological diagnosis of ventilator-associated respiratory infections]. Meditsinskiy alfavit. Medical Alphabet 2017; 3(30): 15-19. (in Russian)Брико Н.И., Брусина Е.Б., Зуева Л.П., Ковалишена О.В., Ряпис Л.А., Стасенко В.Л., Фельдблюм И.В., Шкарин В.В. Госпитальный штамм – непознанная реальность. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2013; 1(68):30–5.Briko N.I., Brusina E.B., Zueva L.P., Kovalishena O.V., Ryapis L.A., Stasenko V.L., Kovalishena O.V., Ryapis L.A., Stasenko V.L., Fel’dblum I.V., Shkarin V.V. [Hospital strain – mysterious reality]. Epidemiologiya i Vaktsinoprofilaktika [Epidemiology and Vaccinal Prevention]. 2013; 1(68):30–5.Брусина Е.Б. Эпидемиология инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, вызванных возбудителями группы сапронозов. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2015; 14(2):50–6.Brusina E.B. [Epidemiology of healthcare-associated infections caused by sapronoses group pathogens]. Epidemiologiya i Vaktsinoprofilaktika [Epidemiology and Vaccinal Prevention]. 2015; 14(2):50–6.Kreitmann L., Monard C., Dauwalder O., Simon M., Argaud L. Early bacterial co-infection in ARDS related to COVID-19. Intensive Care Med. 2020; 46(9):1787-9. DOI: 10.1007/s00134-020-06165-5.Kreitmann L., Monard C., Dauwalder O., Simon M., Argaud L. Early bacterial co-infection in ARDS related to COVID-19. Intensive Care Med. 2020; 46(9):1787-9. DOI: 10.1007/s00134-020-06165-5.Cucchiari D., Pericàs J.M., Riera J., Gumucio R., Coloma E., Nicolás D. Pneumococcal superinfection in COVID-19 patients: A series of 5 cases. Med. Clin. (Barc). 2020 Jun 5; S0025-7753(20)30349-3. DOI: 10.1016/j.medcli.2020.05.022.Cucchiari D., Pericàs J.M., Riera J., Gumucio R., Coloma E., Nicolás D. Pneumococcal superinfection in COVID-19 patients: A series of 5 cases. Med. Clin. (Barc). 2020 Jun 5; S0025-7753(20)30349-3. DOI: 10.1016/j.medcli.2020.05.022.Chaudhary W.A., Chong P.L., Mani B.I., Asli R., Momin R.N., Abdullah M.S., Chong V.H. Primary respiratory bacterial coinfections in patients with COVID-19. Am. J. Trop. Med. Hyg. 2020; 103(2):917–9. DOI: 10.4269/ajtmh.20-0498.Chaudhary W.A., Chong P.L., Mani B.I., Asli R., Momin R.N., Abdullah M.S., Chong V.H. Primary respiratory bacterial coinfections in patients with COVID-19. Am. J. Trop. Med. Hyg. 2020; 103(2):917–9. DOI: 10.4269/ajtmh.20-0498.Hughes S., Troise O., Donaldson H., Mughal N., Moore L.S. Bacterial and fungal coinfection among hospitalised patients with COVID-19: a retrospective cohort study in a UK secondary care setting. Clin. Microbiol. Infect. 2020; 26(10):1395–9. DOI: 10.1016/j.cmi.2020.06.025.Hughes S., Troise O., Donaldson H., Mughal N., Moore L.S. Bacterial and fungal coinfection among hospitalised patients with COVID-19: a retrospective cohort study in a UK secondary care setting. Clin. Microbiol. Infect. 2020; 26(10):1395–9. DOI: 10.1016/j.cmi.2020.06.025.Слепакова С.А. Возбудители кандида-инфекций в отделениях реанимации и интенсивной терапии. Инфекция и иммунитет. 2012; 2(1–2):495.Slepakova S.A. [The causative agents of candida infections in the intensive care units]. Infektsiya i Immunitet [Russian Journal of Infection and Immunity]. 2012; 2 (1-2): 495. (in Russian)Петрухина М.И., Мартынова А.М., Политова Н.Г., Старостина Н.В., Каира А.Н. Результаты микробиологического мониторинга циркуляции грибов рода Candida в детском и взрослом многопрофильных стационарах. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2018; 1(98):33–9.Petrukhina M.I., Martynova A.M., Politova N.G., Starostina N.V., Kaira A.N. [Circulation of fungi of the genus candida in children’s and adult multipurpose hospitals]. Epidemiologiya i Vaktsinoprofilaktika [Epidemiology and Vaccinal Prevention]. 2018; 1(98):33–9.Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. 2020; 81(2):266–75. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.05.Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. 2020; 81(2):266–75. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.05.Teng F., Liu X., Guo S.-b., Li Z., Ji W.-Q., Zhang F., Zhu X. Community-acquired bacterial co-infection predicts severity and mortality in influenza-associated pneumonia admitted patients. J. Infect. Chemother. 2019; 25(2):129–36. DOI: 10.1016/j.jiac.2018.10.014.Teng F., Liu X., Guo S.-b., Li Z., Ji W.-Q., Zhang F., Zhu X. Community-acquired bacterial co-infection predicts severity and mortality in influenza-associated pneumonia admitted patients. J. Infect. Chemother. 2019; 25(2):129–36. DOI: 10.1016/j.jiac.2018.10.014.Борисова О.Ю., Алешкин В.А., Пименова А.С., Крюков А.И., Кунельская Н.Л., Гуров А.В., Шадрин Г.Б., Товмасян А.С., Ефимов Б.А., Кафарская Л.И. Микробный состав микрофлоры ротоглотки у больных с тонзиллярной патологией. Инфекция и иммунитет. 2015; 5(3):225–32.Borisova O. Yu., Aleshkin V.A., Pimenova A.S., Kryukov A.I., Kunel’skaya N.L., Gurov A.V., Shadrin G.B., Tovmasyan A.S., Efimov B.A., Kafarskaya L.I. [Microbial landscape of microflora of a pharynx in patients with tonsillitic pathology]. Infektsiya i Immunitet [Russian Journal of Infection and Immunity]. 2015; 5(3):225–32.Демиховская Е.В. Беседы с микробиологом. Болезни и антибиотики. 2011; 2(05):13–9.Demikhovskaya E.V. [Conversations with a microbiologist]. Bolezni i Antibiotiki [Diseases and Antibiotics]. 2011; 2(05):13–9.Демиховская Е.В. Ванкомицин-резистентные энтерококки как возбудители внутрибольничных инфекций. Болезни и антибиотики. 2013; 1(8):68–71.Demikhovskaya E.V. [Vancomycin-resistant enterococci as causative agents of nosocomial infections]. Bolezni i Antibiotiki [Diseases and Antibiotics]. 2013; 1(8):68–71.Симонова Е.В. Значение микробных ассоциантов в развитии госпитальных инфекций. Инфекция и иммунитет. 2012; 2(1–2):495.Simonova E.V. [The importance of microbial associates in the development of nosocomial infections]. Infektsiya i Immunitet [Russian Journal of Infection and Immunity]. 2012; 2(1–2):495.Чезганова Е.А., Ефимова О.С., Созинов С.А., Ефимова А.Р., Сахарова В.М., Кутихин А.Г., Основа М.В., Исмагилов З.Р., Брусина Е.Б. Больничная пыль как потенциальный резервуар госпитальных штаммов. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2019; 19(4):82–92.Chezganova E.A., Efimova O.S., Sozinov S.A., Efimova A.R., Sakharova V.M., Kutikhin A.G., Osnova M.V., Ismagilov Z.R., Brusina E.B. [Particulate matter in a hospital environment: as potential reservoir for hospital strains]. Epidemiologiya i Vaktsinoprofilaktika [Epidemiology and Vaccinal Prevention]. 2019; 18(4):82–92. DOI: 10.31631/2073-3046-2019-18-4-82-92.Sêkowska A., Bogiel T., Woźniak M., Gospodarek-Komkowska E. Raoultella spp. – reliable identification, susceptibility to antimicrobials and antibiotic resistance mechanisms. J. Med. Microbiol. 2020; 69(2):233–8. DOI: 10.1099/jmm.0.001150.Sêkowska A., Bogiel T., Woźniak M., Gospodarek-Komkowska E. Raoultella spp. – reliable identification, susceptibility to antimicrobials and antibiotic resistance mechanisms. J. Med. Microbiol. 2020; 69(2):233–8. DOI: 10.1099/jmm.0.001150.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.