microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2020-3-146-149microbe-1375Research ArticleКРАТКИЕ СООБЩЕНИЯBRIEF COMMUNICATIONSРезультаты выявления SARS-CoV-2 и других возбудителей внебольничных пневмоний методом ПЦР в Тюменской областиResults of Detecting SARS-CoV-2 and Other Pathogens of Community-Acquired Pneumonia by PCR in the Tyumen Regionhttps://orcid.org/0000-0003-1365-7741БакштановскаяИ. В.BakshtanovskayaI. V.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Республики, 147

147, Resbubliki St., Tyumen, 625026, Russian Federation

BakshtanovskayaIV@tniikip.rospotrebnadzor.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6289-6274СтепановаТ. Ф.StepanovaT. F.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Республики, 147

147, Resbubliki St., Tyumen, 625026, Russian Federation

info@tniikip.rospotrebnadzor.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0772-8224ШарухоГ. В.SharukhoG. V.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Рижская, 45-А

nadzor72@tyumen-service.ruhttps://orcid.org/0000-0002-4185-9829ЛетюшевА. Н.LetyushevA. N.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Республики, 147

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Р ижская, 45-А

 

147, Resbubliki St., Tyumen, 625026, Russian Federation

45-A, Rizhskaya St., Tyumen, 625026, Russian Federation

info@tniikip.rospotrebnadzor.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5420-0919СтепановаК. Б.StepanovaK. B.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Республики, 147

147, Resbubliki St., Tyumen, 625026, Russian Federation

info@tniikip.rospotrebnadzor.ruЛогиноваН. В.LoginovaN. V.

Тюмень

Tyumen

https://orcid.org/0000-0003-2490-4592ПанинаЦ. А.PaninaTs. A.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Республики, 147

147, Resbubliki St., Tyumen, 625026, Russian Federation

info@tniikip.rospotrebnadzor.ruhttps://orcid.org/0000-0002-8917-1900ЗматраковаЕ. А.ZmatrakovaE. A.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Республики, 147

147, Resbubliki St., Tyumen, 625026, Russian Federation

info@tniikip.rospotrebnadzor.ruhttps://orcid.org/0000-0002-9332-5829КосыреваА. Н.KosyrevaA. N.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Республики, 147

147, Resbubliki St., Tyumen, 625026, Russian Federation

info@tniikip.rospotrebnadzor.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5728-2382БартусевичА. З.BartusevichA. Z.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Республики, 147

147, Resbubliki St., Tyumen, 625026, Russian Federation

info@tniikip.rospotrebnadzor.ruhttps://orcid.org/0000-0002-9426-5135ЛеонтьеваС. А.Leont’evaS. A.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Республики, 147

147, Resbubliki St., Tyumen, 625026, Russian Federation

info@tniikip.rospotrebnadzor.ruhttps://orcid.org/0000-0002-0008-3788ВишняковаА. О.VishnyakovaA. O.

Российская Федерация, 625026, Тюмень, ул. Республики, 147

147, Resbubliki St., Tyumen, 625026, Russian Federation

info@tniikip.rospotrebnadzor.ruФБУН «Тюменский научно-исследовательский институт краевой инфекционной патологии»РоссияTyumen Research Institute of the Regional Infection PathologyRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Тюменской областиРоссияRospotrebnadzor Administration in the Tyumen RegionRussian FederationФБУН «Тюменский научно-исследовательский институт краевой инфекционной патологии»; Управление Роспотребнадзора по Тюменской областиРоссияTyumen Research Institute of the Regional Infection Pathology; Rospotrebnadzor Administration in the Tyumen RegionRussian FederationДепартамент здравоохранения Тюменской областиРоссияDepartment of Health of the Tyumen RegionRussian Federation20202110202003146149Copyright © Бакштановская И.В., Степанова Т.Ф., Шарухо Г.В., Летюшев А.Н., Степанова К.Б., Логинова Н.В., Панина Ц.А., Зматракова Е.А., Косырева А.Н., Бартусевич А.З., Леонтьева С.А., Вишнякова А.О., 20202020Бакштановская И.В., Степанова Т.Ф., Шарухо Г.В., Летюшев А.Н., Степанова К.Б., Логинова Н.В., Панина Ц.А., Зматракова Е.А., Косырева А.Н., Бартусевич А.З., Леонтьева С.А., Вишнякова А.О.Bakshtanovskaya I.V., Stepanova T.F., Sharukho G.V., Letyushev A.N., Stepanova K.B., Loginova N.V., Panina T.A., Zmatrakova E.A., Kosyreva A.N., Bartusevich A.Z., Leont’eva S.A., Vishnyakova A.O.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1375

Целью настоящей работы являлось выявление возбудителей внебольничных пневмоний и ко-инфицирования с помощью исследования биоматериала от пациентов методом ПЦР .

Материалы и методы

Материалы и методы. Проведено исследование 268 проб от 258 пациентов методом ПЦР для выявления РНК /ДНК возбудителей респираторных инфекций вирусной и бактериальной природы.

Результаты и обсуждение

Результаты и обсуждение. В 43,3 % проб выявлена РНК SARS-CoV-2, в 4,5 % – РНК /ДНК возбудителей ОРВИ , в одной пробе – ДНК Mycoplasma pneumoniae. Ко-инфекция  обнаружена только у пациентов противотуберкулезного диспансера (SARS-CoV-2 с микобактериями туберкулеза). У обследованных больных пневмонией РНК SARS-CoV-2 существенно чаще выявлялась в биоматериале из нижних дыхательных путей (52 %), чем в респираторных мазках (8,5 %). В первую неделю от начала заболевания обнаружено 19,2 % положительных проб, во вторую – 56,5 %. 

The aim of this work was to identify the causative agent of community-acquired pneumonia and coinfection using PCR study of biomaterial from patients.

Materials and methods

Materials and methods. PCR testing of 268 samples from 258 patients was carried out to identify RNA/DNA of viral and bacterial pathogens of respiratory infections.

Results and discussion

Results and discussion. In 43.3 % of samples SARS-CoV-2 RNA was detected, in 4.5 % – RNA/DNA of acute respiratory viral infections pathogens, in one sample – DNA of Mycoplasma pneumoniae. Co-infection was detected only in patients of the anti-tuberculosis dispensary (SARS-CoV-2 and Mycobacterium tuberculosis). In the examined patients with pneumonia, SARS-CoV-2 RNA was significantly more often detected in biomaterial from the lower respiratory tract (52 %) than in respiratory smears (8.5 %). In the first week from the onset of the disease, 19.2 % of positive samples were found, in the second – 56.5 %. 

пневмонияПЦРSARS-CoV-2ко-инфекцииpneumoniaPCRSARS-CoV-2co-infectionsReferencesБазыкина Е.А., Троценко О.Е., Корита Т.В., Балахонцева Л.А., Котова В.О. 2020. Особенности пневмоний, вызванных новым коронавирусом SARS-CoV-2 (Обзор литературы). COVID19- PREPRINTS.MICROBE.RU. 23.07.2020. [Электронный ресурс]. DOI: 10.21055/preprints-3111730.Bazykina E.A., Trotsenko O.E., Korita T.V., Balakhontseva L.A., Kotova V.O. 2020. [Features of pneumonia caused by the new coronavirus SARS-CoV-2 (Literature review)]. COVID19-PREPRINTS.MICROBE.RU. 27 Jul 2020. [Internet]. DOI: 10.21055/preprints-3111730.Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. 2020; 81(2):266–75. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.05.046.Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. 2020; 81(2):266–75. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.05.046.Kim D., Quinn J., Pinsky B., Shah N.H., Brown I. Rates of co-infection between SARS-CoV-2 and other respiratory pathogens. JAMA. 2020; 323(20):2085–86. DOI: 10.1001/jama.2020.6266.Kim D., Quinn J., Pinsky B., Shah N.H., Brown I. Rates of co-infection between SARS-CoV-2 and other respiratory pathogens. JAMA. 2020; 323(20):2085–86. DOI: 10.1001/jama.2020.6266.Хафизов К.Ф., Сперанская А.С., Мацвай А.Д., Шипулин Г.А., Дедков В.Г. Передовые технологии в диагностике вирусных заболеваний неясной этиологии. Инфекция и иммунитет. 2020; 10(1):9–25.Khafizov K.F., Speranskaya A.S., Matsvai A.D., Shipulin G.A., Dedkov V.G. [Advanced technologies in the diagnosis of viral diseases of unknown etiology]. Infektsiya i Immunitet [Russian Journal of Infection and Immunity]. 2020; 10(1):9–25.Александрович Ю.С., Байбарина Е.Н., Баранов А.А., Вишнева Е.А., Зверева Н.Н., Иванов Д.О., Крючко Д.С., Коновалов И.В., Куличенко Т.В., Лобзин Ю.В., Мазанкова Л.Н., Намазова-Баранова Л.С., Петренко Ю.В., Прометной Д.В., Пшениснов К.В., Ртищев А.Ю., Сайфуллин М.А., Селимзянова Л.Р., Усков А.Н., Федосеенко М.В., Харькин А.В., Чумакова О.В., Эфендиева К.Е., Яковлев А.В. Ведение детей с заболеванием, вызванным новой коронавирусной инфекцией (SARSCoV-2). Педиатрическая фармакология. 2020; 17(2):103–18. DOI: 10.15690/pf.v17i2.2096.Aleksandrovich Yu.S., Baibarina E.N., Baranov A.A., Vishneva E.A., Zvereva N.N., Ivanov D.O., Kryuchko D.S., Konovalov I.V., Kulichenko T.V., Lobzin Yu.V., Mazankova L.N., Namazova-Baranova L.S., Petrenko Yu.V., Prometnoy D.V., Pshenisnov K.V., Rtischev A.Yu., Sayfullin M.A., Selimzyanova L.R., Uskov A.N., Fedoseenko M.V., Khar`kin A.V., Chumakova O.V., Efendieva K.E., Yakovlev A.V. [Management of children with illness caused by a new coronavirus infection (SARS-CoV-2)]. Pediatricheskaya Farmokologiya [Pediatric Pharmacology]. 2020; 17(2):103–18. DOI: 10.15690/pf.v17i2.2096.Катаева Л.В., Степанова Т.Ф., Степанова К.Б., Бакштановская И.В., Посоюзных О.В., Ташланова В.В., Карпухина Н.Ф., Колотова О.Н., Калашникова Ю.Н., Вакарина А.А. Микробиоценоз нижних дыхательных путей при пневмонии, ассоциированной с SARS-CoV-2. COVID19-PREPRINTS.MICROBE.RU. 29.07.2020. [Электронный ресурс]. DOI: 10.21055/preprints-3111755.Kataeva L.V., Stepanova T.F., Stepanova K.B., Bakshtanovskaya I.V., Posoyuznykh O.V., Tashlanova V.V., Karpukhina N.F., Kolotova O.N., Kalashnikova Yu.N., Vakarina A.A. [Microbiocenosis of the lower respiratory tract in pneumonia associated with SARS-CoV-2]. COVID19-PREPRINTS.MICROBE.RU. 29 Jul 2020. [Internet]. DOI: 10.21055/preprints-3111755.Lu X., Wang L., Sakthivel S.K., Whitaker B., Murray J., Kamili S., Lynch B., Malapati L., Burke S.A., Harcourt J., Tamin A., Thornburg N.J., Villanueva J.M., Lindstrom S. US CDC Real-Time Reverse Transcription PCR Panel for Detection of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. Emerg. Infect. Dis. 2020; 26(8):1654–65. DOI: 10.3201/eid2608.201246.Lu X., Wang L., Sakthivel S.K., Whitaker B., Murray J., Kamili S., Lynch B., Malapati L., Burke S.A., Harcourt J., Tamin A., Thornburg N.J., Villanueva J.M., Lindstrom S. US CDC Real-Time Reverse Transcription PCR Panel for Detection of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. Emerg. Infect. Dis. 2020; 26(8):1654–65. DOI: 10.3201/eid2608.201246.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.