microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2013-1-70-73microbe-14Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯMICROBIOLOGYСоздание базы данных по характеристикам нуклеотидных последовательностей геномов штаммов возбудителей бактериальных и вирусных инфекций I–II групп патогенностиSetting-up of the Database on the Nucleotide Sequences of the Genomes of the Strains of Bacterial and Viral Infections Agents of the I–II Pathogenicity GroupsЯшечкинЮ. И.YashechkinYu. I.rusrapi@microbe.ruНайденоваЕ. В.NaydenovaE. V.rusrapi@microbe.ruБугорковаТ. В.BugorkovaT. V.rusrapi@microbe.ruЩербаковаС. А.ShcherbakovaS. A.rusrapi@microbe.ruРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian Federation201320032013017073Copyright © Яшечкин Ю.И., Найденова Е.В., Бугоркова Т.В., Щербакова С.А., 20132013Яшечкин Ю.И., Найденова Е.В., Бугоркова Т.В., Щербакова С.А.Yashechkin Y.I., Naydenova E.V., Bugorkova T.V., Shcherbakova S.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/14

Разработана база данных (БД), содержащая характеристики вариабельных тандемных повторов, олигонуклеотидных праймеров и зондов геномов штаммов возбудителей бактериальных и вирусных инфекций I–II групп патогенности. БД позволяет накапливать информацию об участках геномов, а с использованием встроенных VB-приложений быстро проводить анализ данных и осуществлять информативно обоснованный расчет генодиагностических препаратов, основанных на различных форматах полимеразной цепной реакции.

Set-up is database containing characteristics of variable tandem repeats, oligo-nucleotide primers and probes of the genomes of the strains bacterial and viral infections agents of the I-II pathogenicity groups. It allows for accumulation of information on genome regions. Using the incorporated VBA one can rapidly analyze the data and carry out substantiated calculation of gene-diagnostic preparations based on various PCR frameworks.

база данныхПЦРVNTRгенодиагностические препаратыdatabasePCRgene-diagnostic preparationsReferencesКрасовская Т.Ю., Шарова И.Н., Щербакова С.А., Яшечкин Ю.И., Хуторецкая Н.В., Ларичев В.Ф., Бутенко А.М., Куличенко А.Н. Разработка и внедрение тест-системы для лабораторной диагностики лихорадки Западного Нила методом ПЦР. ЗНиСО. 2007; 6(171):42–6.Krasovskaya T.Yu., Sharova I.N., Shcherbakova S.A., Yashechkin Yu.I., Khutoretskaya N.V., Larichev V.F., Butenko A.M., Kulichenko A.N. [Development and implementation of the test-system for laboratory diagnostics of West-Nile fever using PCR]. Zdor. Nasel. Sreda Obit. 2007; 6(171): 42–6.Найденова Е.В., Шарова И.Н., Щербакова С.А., Яшечкин Ю.И., Хуторецкая Н.В., Ларичев В.Ф., Саркисян К.А., Воробьева М.С., Бутенко А.М., Куличенко А.Н., Львов Д.К., Кутырев В.В. Тест-система для выявления РНК вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки методом ОТ-ПЦР. Пробл. особо опасных инф. 2006; 2(92):54–6.Naidenova E.V., Sharova I.N., Scherbakova S.A., Yashechkin Yu.I., Khutoretskaya N.V., Larichev V.F., Sarkisyan K.A., Vorobyova M.S., Butenko A.M., Kulichenko A.N., L’vov D.K., Kutyrev V.V. [A test system to reveal RNA of the Congo-Crimean hemorrhagic fever virus using RT-PCR procedure]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2006; (92):54–6.Найденова Е.В., Яшечкин Ю.И., Щербакова С.А. Набор реагентов для выявления РНК вирусов Денге (I–IV типов) методом обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции. Национальные приоритеты России. 2011; 2(5):53.Naidenova E.V., Yashechkin Yu.I., Scherbakova S.A. [A panel for I-IV type Dengue virus RNA detection using reverse transcription and PCR]. Natsional. Prior. Rossii. 2011; 2(5):53.Нортон П., Андерсен В. Разработка приложений в Access 97 в подлиннике. Пер. с англ. СПб: BHV-Санкт-Петербург; 2000. 656 с.Norton Yu.A., Andersen V. [Design of Applications on the base of Original Version of Access 97 Software]. Translated from the English. SPb.; 2000. 656 p.Попов Ю.А, Ерошенко Г.А., Булгакова Е.Г., Смирнова Н.И. Разработка комплексного алгоритма генотипирования и методов оценки генетического разнообразия природных штаммов возбудителей чумы и холеры. Пробл. особо опасных инф. 2009; 4(102):5–11.Popov Yu.A., Eroshenko G.A., Bulgakova E.G., Smirnova N.I. [Development of complex genotyping algorithm and methods of evaluation of the genetic diversity of plague and cholera agent natural strains]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2009; (102):5–11.Chang C.H., Chang Y.C., Underwood A., Chiou C.S., Kao C.Y. VNTRDB: a bacterial variable number tandem repeat locus database. Nucl. Acids Res. 2007; 35:416–21.Chang C.H., Chang Y.C., Underwood A., Chiou C.S., Kao C.Y. VNTRDB: a bacterial variable number tandem repeat locus database. Nucl. Acids Res. 2007; 35:416–21.Visual Basic 6.0. Пер. с англ. СПб: BHV-Санкт-Петербург; 1998. 992 с.Visual Basic 6.0. Translated from the English. SPb.; 1998. 992 p.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.