microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2020-4-99-105microbe-1412Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESОсобенности этиологии внебольничных пневмоний, ассоциированных с COVID-19Features of Etiology of Community-Acquired Pneumonia Associated with COVID-19https://orcid.org/0000-0002-4315-5307ПоповаА. Ю.PopovaA. Yu.

127994, Москва, Вадковский переулок, дом 18, строение 5 и 7;

125993, Москва, ул. Баррикадная, 2/1

18, Bld. 5 and 7, Vadkovsky Pereulok, Moscow, 127994;

2/1, Barrikadnaya St., Moscow, 125993

ЕжловаЕ. Б.EzhlovaE. B.

127994, Москва, Вадковский переулок, дом 18, строение 5 и 7

18, Bld. 5 and 7, Vadkovsky Pereulok, Moscow, 127994

ДеминаЮ. В.DeminaYu. V.

127994, Москва, Вадковский переулок, дом 18, строение 5 и 7;

125993, Москва, ул. Баррикадная, 2/1

18, Bld. 5 and 7, Vadkovsky Pereulok, Moscow, 127994;

2/1, Barrikadnaya St., Moscow, 125993e

https://orcid.org/0000-0003-0550-2221НосковА. К.NoskovA. K.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor`kogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruhttps://orcid.org/0000-0002-0840-4638КовалевЕ. В.KovalevE. V.

Ростов-на-Дону, 344109, ул. 18-я линия, 17

17, 18th Line, Rostov-on-Don, 344109

https://orcid.org/0000-0002-4059-2878ЧемисоваО. С.ChemisovaO. S.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor`kogo St., Rostov-on-Don, 344002

https://orcid.org/0000-0002-3912-0291ТвердохлебоваТ. И.TverdokhlebovaT. I.

Ростов-на-Дону

17, 18th Line, Rostov-on-Don, 344109

https://orcid.org/0000-0001-8287-4294ПавловичН. В.PavlovichN. V.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor`kogo St., Rostov-on-Don, 344002

https://orcid.org/0000-0003-4336-0439ВодопьяновС. О.Vodop’yanovS. O.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor`kogo St., Rostov-on-Don, 344002

https://orcid.org/0000-0002-4091-649XЦимбалистоваМ. В.TsimbalistovaM. V.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor`kogo St., Rostov-on-Don, 344002

https://orcid.org/0000-0002-0762-3628ГаевскаяН. Е.GaevskayaN. E.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor`kogo St., Rostov-on-Don, 344002

https://orcid.org/0000-0003-3064-8177ВоловиковаС. Ф.VolovikovaS. V.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor`kogo St., Rostov-on-Don, 344002

https://orcid.org/0000-0003-4879-6717СтенинаС. И.SteninaS. I.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor`kogo St., Rostov-on-Don, 344002

https://orcid.org/0000-0002-6114-9891ГудуеваЕ. Н.GuduevaE. N.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor`kogo St., Rostov-on-Don, 344002

https://orcid.org/0000-0001-8235-3288СагакянцМ. М.SagakyantsM. M.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor`kogo St., Rostov-on-Don, 344002

https://orcid.org/0000-0002-9797-2441АлешукинаА. В.AleshukinaA. V.

17, 18th Line, Rostov-on-Don, 344109

https://orcid.org/0000-0002-2649-8949СлисьС. С.Slis’S. S.

Ростов-на-Дону, 344109, ул. 18-я линия, 17

17, 18th Line, Rostov-on-Don, 344109

Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия; Российская медицинская академия непрерывного профессионального образованияРоссияFederal Service for Surveillance on Consumer’ Rights Protection and Human Welfare; Russian Medical Academy of Continuing Professional EducationRussian FederationФедеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаРоссияFederal Service for Surveillance on Consumer’ Rights Protection and Human WelfareRussian FederationФедеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека; Российская медицинская академия непрерывного профессионального образованияРоссияFederal Service for Surveillance on Consumer’ Rights Protection and Human Welfare; Russian Medical Academy of Continuing Professional EducationRussian FederationФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт»РоссияRostov-on-Don Anti-Plague Research InstituteRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Ростовской областиРоссияRospoptrebnadzor Administration in the Rostov RegionRussian FederationФБУН «Ростовский научноисследовательский институт микробиологии и паразитологии»РоссияRostov Research Institute of Microbiology and ParasitologyRussian Federation2020070220210499105Copyright © Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Носков А.К., Ковалев Е.В., Чемисова О.С., Твердохлебова Т.И., Павлович Н.В., Водопьянов С.О., Цимбалистова М.В., Гаевская Н.Е., Воловикова С.Ф., Стенина С.И., Гудуева Е.Н., Сагакянц М.М., Алешукина А.В., Слись С.С., 20212021Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Носков А.К., Ковалев Е.В., Чемисова О.С., Твердохлебова Т.И., Павлович Н.В., Водопьянов С.О., Цимбалистова М.В., Гаевская Н.Е., Воловикова С.Ф., Стенина С.И., Гудуева Е.Н., Сагакянц М.М., Алешукина А.В., Слись С.С.Popova A.Y., Ezhlova E.B., Demina Y.V., Noskov A.K., Kovalev E.V., Chemisova O.S., Tverdokhlebova T.I., Pavlovich N.V., Vodop’yanov S.O., Tsimbalistova M.V., Gaevskaya N.E., Volovikova S.V., Stenina S.I., Gudueva E.N., Sagakyants M.M., Aleshukina A.V., Slis’ S.S.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1412

Цель исследования – сравнительное изучение этиологической структуры внебольничных пневмоний у SARSCoV-2 «+» и SARS-CoV-2 «-» больных, обратившихся за помощью в медицинские организации Ростовской области.

Материалы и методы

Материалы и методы. Исследовали биологический материал (мазки из носоглотки и мокроту) от 508 пациентов с диагнозом «внебольничная пневмония», находившихся на амбулаторном лечении или в стационарах г. Ростова-на-Дону. Верификация респираторных вирусов, включая РНК SARS-CoV-2, а также M. pneumoniae, C. pneumoniae, L. pneumophila выполнена методом полимеразной цепной реакции в мазках носоглотки (n=508). Бактериологический анализ мокроты проводили с использованием дифференциально-диагностических сред, идентификацию выделенных патогенов осуществляли с помощью времяпролетной масс-спектрометрии на приборе Autoflex (Bruker Daltonics, Германия) c программным обеспечением BioTyper 3,0.

Результаты и обсуждение

Результаты и обсуждение. В период распространения новой коронавирусной инфекции в Ростовской области основным этиологическим агентом внебольничных пневмоний является новый коронавирус SARS-CoV-2. Особенностью внебольничных пневмоний (ВП) у пациентов с лабораторно подтвержденным COVID-19 является более высокая частота микстинфекций как вирусной, так и бактериальной этиологии. На фоне выявления у пациентов с ВП РНК SARS-CoV-2 зарегистрированы случаи обнаружения коронавирусов других типов (HKU-1, OC43, HL-63 или 229Е). Наиболее часто этиологическим агентом ВП бактериальной природы являлись бактерии рода Streptococcus как у пациентов с ВП, ассоциированной с COVID-19, так и у пациентов с отрицательным результатом на SARS-CoV-2. Коронавирусные больные представляют группу высокого риска по развитию микотических поражений легких. 

Objective

Objective: comparative study of the etiological structure of community-acquired pneumonia in SARSCoV-2 “+”and SARS-CoV-2 “-“ patients who sought help from medical organizations in the Rostov Region.

Materials and methods

Materials and methods. Biological material from 508 patients diagnosed with community-acquired pneumonia who were on outpatient treatment or in hospitals in Rostov-on-Don was studied. Verification of respiratory viruses, including SARS-CoV-2 RNA, as well as M. pneumoniae, C. pneumoniae, and L. pneumophila was performed by polymerase chain reaction in nasopharyngeal smears. Bacteriological analysis of sputum was carried out using differential diagnostic media, identification of isolated pathogens was carried out using time-of-flight mass spectrometry on Autoflex (Bruker Daltonics) with BioTyper 3.0 software.

Results and discussion

Results and discussion. During the spread of a new coronavirus infection in the Rostov Region, the main etiological agent of community-acquired pneumonia is the new SARS-CoV-2 coronavirus. Specific character of pneumonia in patients with laboratory-confirmed COVID-19 is a higher incidence of mixed infection of both viral and bacterial etiology. Against the background of detection of a new coronavirus infection in patients with pneumonia, cases of detection of other types of coronaviruses have been registered (HKU-1,OC43, HL-63 and 229Е). The most common etiological agent of bacterial pneumonia in patients was Streptococcus spp., both in patients with COVID-19-associated pneumonia and in patients who tested negative for SARS-CoV-2. Coronavirus patients represent a high risk group for the development of mycotic lung lesions. 

COVID-19внебольничная пневмониявиды бактерийреспираторные вирусыРостовская областьCOVID-19community-acquired pneumoniatypes of bacteriarespiratory virusesRostov RegionReferencesЧучалин А.Г., Синопальников А.И., Козлов Р.С., Авдеев С.Н., Тюрин И.Е., Руднов В.А., Рачина С.А., Фесенко О.В. Клинические рекомендации по диагностике, лечению и профилактике тяжелой внебольничной пневмонии у взрослых. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2015; 17(2):84–126.Chuchalin A.G., Sinopalnikov A.I., Kozlov R.S., Avdeev S.N., Tyurin I.E., Rudnov V.A., Rachina S.A., Fesenko O.V. [Community-acquired pneumonia in adults: practical recommendations for diagnosis, treatment and prevention. Manual for doctors]. Klinicheskaya Mikrobiologia i Antimikrobnaya Khemoterapia [Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy]. 2010; 12(3):186–225.Рачина С.А., Бобылев А.А. Атипичные возбудители внебольничной пневмонии: от эпидемиологии к особенностям диагностики и лечения. Практическая пульмонология. 2016; 2:20–7.Rachina S.A., Bobylev A.A. [Atypical pathogens of community-acquired pneumonia: from epidemiology to features of diagnosis and treatment]. Prakticheskaya Pulmonologia [Practical Pulmonology]. 2016; 2:20–7.Рачина С.А., Иванчик Н.В., Козлов Р.С. Особенности микробиологической диагностики при внебольничной пневмонии у взрослых. Практическая пульмонология. 2016; 4:40–7.Rachina S.A., Ivanchik N.V., Kozlov R.S. [Features of microbiological diagnostics in community-acquired pneumonia in adults]. Prakticheskaya Pulmonologia [Practical Pulmonology]. 2016; 4:40–7.Du Toit A. Measles increases the risk of other infections. Nat. Rev. Microbiol. 2019; 18(1):2. DOI: 10.1038/s41579-019-0301-7.Du Toit A. Measles increases the risk of other infections. Nat. Rev. Microbiol. 2019; 18(1):2. DOI: 10.1038/s41579-019-0301-7.Zahariadis G., Gooley T.A., Ryall P., Hutchinson C., Latchford M.I., Fearon M.A., Jamieson F.B., Richardson S., Kuschak T., Mederski B. Risk of ruling out severe acute respiratory syndrome by ruling in another diagnosis: variable incidence of atypical bacteria coinfection based on diagnostic assays. Can. Respir. J. 2006; 13(1):17–22. DOI: 10.1155/2006/862797.Zahariadis G., Gooley T.A., Ryall P., Hutchinson C., Latchford M.I., Fearon M.A., Jamieson F.B., Richardson S., Kuschak T., Mederski B. Risk of ruling out severe acute respiratory syndrome by ruling in another diagnosis: variable incidence of atypical bacteria coinfection based on diagnostic assays. Can. Respir. J. 2006; 13(1):17–22. DOI: 10.1155/2006/862797.Arabi Y.M., Al-Omari A., Mandourah Y., Al-Hameed F., Sindi A.A., Alraddadi B., Shalhoub S., Almotairi A., Al Khatib K., Abdulmomen A., Qushmaq I., Mady A., Solaiman O., Al-Aithan A.M., Al-Raddadi R., Ragab A., Al Mekhlafi G.A., Al Harthy A., Kharaba A., Ahmadi M.A., Sadat M., Mutairi H.A., Qasim E.A., Jose J., Nasim M., Al-Dawood A., Merson L., Fowler R., Hayden F.G., Balkhy H.H. Critically ill patients with the Middle East respiratory syndrome: a multicenter retrospective cohort study. Crit. Care Med. 2017; 45:1683–95. DOI: 10.1097/CCM.0000000000002621.Arabi Y.M., Al-Omari A., Mandourah Y., Al-Hameed F., Sindi A.A., Alraddadi B., Shalhoub S., Almotairi A., Al Khatib K., Abdulmomen A., Qushmaq I., Mady A., Solaiman O., Al-Aithan A.M., Al-Raddadi R., Ragab A., Al Mekhlafi G.A., Al Harthy A., Kharaba A., Ahmadi M.A., Sadat M., Mutairi H.A., Qasim E.A., Jose J., Nasim M., Al-Dawood A., Merson L., Fowler R., Hayden F.G., Balkhy H.H. Critically ill patients with the Middle East respiratory syndrome: a multicenter retrospective cohort study. Crit. Care Med. 2017; 45:1683–95. DOI: 10.1097/CCM.0000000000002621.Zhou Y., Guo S., He Y., Zuo Q., Liu D., Xiao M., Fan J., Li X. COVID-19 is distinct from SARS-CoV-2-negative community-acquired pneumonia. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2020; 10:322. DOI: 10.3389/fcimb.2020.00322.Zhou Y., Guo S., He Y., Zuo Q., Liu D., Xiao M., Fan J., Li X. COVID-19 is distinct from SARS-CoV-2-negative community-acquired pneumonia. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2020; 10:322. DOI: 10.3389/fcimb.2020.00322.Lai C.-C., Wang C.-Y., Hsueh P.-R. Co-infections among patients with COVID-19: The need for combination therapy with non-anti-SARS-CoV-2 agents? J. Microbiol. Immunol. Infect. 2020; 53(4):505–12. DOI: 10.1016/j.jmii.2020.05.013.Lai C.-C., Wang C.-Y., Hsueh P.-R. Co-infections among patients with COVID-19: The need for combination therapy with non-anti-SARS-CoV-2 agents? J. Microbiol. Immunol. Infect. 2020; 53(4):505–12. DOI: 10.1016/j.jmii.2020.05.013.Chen N., Zhou M., Dong X., Qu J., Gong F., Han Y., Qiu Y., Wang J., Liu Y., Wei Y., Xia J., Yu T., Zhang X., Zhang L. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020; 395(10223):507–13. DOI: 10.1016/S0140-6736(20)30211-7.Chen N., Zhou M., Dong X., Qu J., Gong F., Han Y., Qiu Y., Wang J., Liu Y., Wei Y., Xia J., Yu T., Zhang X., Zhang L. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020; 395(10223):507–13. DOI: 10.1016/S0140-6736(20)30211-7.Стулова М.В., Кудряшева И.А., Полунина О.С., Черенова Л.П., Аршба Т.Е., Лисина О.А., Казакова Е.А. Сравнительный клинико-лабораторный анализ COVID-19 ассоциированной пневмонии с внебольничной пневмонией бактериальной этиологии. Современные проблемы науки и образования. 2020; 3. DOI: 10.17513/spno.29905.Stulova M.V., Kudryasheva I.A., Polunina O.S., Cherenova L.P., Arshba T.E., Lisina O.A., Kazakova E.A. [Comparative clinical and laboratory analysis of COVID-19 associated pneumonia with community-acquired pneumonia of bacterial etiology]. Sovremennyye Problemy Nauki i Obrazovaniya [Modern Problems of Science and Education]. 2020; 3. DOI: 10.17513/spno.29905.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.