В работе представлен анализ заболеваемости лихорадкой Западного Нила в Российской Федерации в 2020 г., обобщены результаты и обозначены проблемные вопросы мониторинга за возбудителем. Проявления лихорадки Западного Нила в 2020 г. характеризовались низким уровнем заболеваемости (в 10 раз ниже среднемноголетнего значения) с регистрацией спорадических случаев на эндемичных территориях Южного (9 случаев) и Центрального (1 случай) федеральных округов. Показано несоответствие структуры заболеваемости (распределение по возрасту, полу, социальному статусу) тенденциям, сложившимся в России в последние годы. В целом анализ официально зарегистрированных случаев заболевания не характеризует эпидемический процесс по лихорадке Западного Нила в России в сезон 2020 г. Обобщенные результаты мониторинга циркуляции вируса Западного Нила в объектах внешней среды в 2020 г. свидетельствуют о снижении эффективности его проведения и низкой выявляемости маркеров возбудителя. Установлено сокращение объемов диагностических исследований по активному выявлению больных лихорадкой Западного Нила в эпидемический сезон (в 5,7 раза по сравнению с 2019 г.), а также серологического обследования выборочных групп здорового населения (в 1,6 раза). Результаты молекулярно-генетического исследования возбудителя показали, что на территории европейской части России циркулировал второй генотип возбудителя. Установлена циркуляция четвертого генотипа вируса в энзоотическом цикле в Республике Калмыкия. Получены последовательности геномов 11 изолятов вируса Западного Нила, выделенных в 2019 и 2020 гг. В результате филогенетического анализа показано, что все изоляты, выделенные в Волгоградской области, и изоляты из Ростовской и Астраханской областей принадлежат к волгоградской кладе второго генотипа вируса Западного Нила. На основании оценки абиотических и биотических факторов обоснованы возможные локальные подъемы заболеваемости лихорадкой Западного Нила в 2021 г. в субъектах Южного и Северо-Кавказского федеральных округов и на юге Западной Сибири.