microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2021-1-122-127microbe-1447Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESМолекулярно-генетический мониторинг геновариантов SARS-CoV-2 на территории Приволжского федерального округа Российской Федерации. Сообщение 1Molecular-Genetic Monitoring of SARS-CoV-2 Genovariants in the Territory of the Volga Federal District of the Russian Federation. Communication 1https://orcid.org/0000-0003-0954-5683ОсинаН. А.OsinaN. A.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0002-4909-2394КрасновЯ. М.KrasnovYa. M.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0003-3763-9708ГусеваН. П.GusevaN. P.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0003-2405-2684БулгаковаЕ. Г.BoolgakovaE. G.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0002-4731-8089ДоманинаИ. В.DomaninaI. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0002-8260-4670КатышевА. Д.KatyshevA. D.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0002-5903-7700УткинД. В.UtkinD. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0003-1923-6016ВиноградоваО. В.VinogradovaO. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0002-1717-8804КудряшовН. В.KudryashovN. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0002-2234-2760ПолунинаТ. А.PoluninaT. A.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0001-7663-5502КрасовскаяТ. Ю.KrasovskayaT. Yu.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0002-8334-9173ПортенкоС. А.PortenkoS. A.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0003-1143-4069ЩербаковаС. А.ShcherbakovaS. A.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0003-3788-3452КутыревВ. В.KutyrevV. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute“Microbe”Russian Federation20211604202101122127Copyright © Осина Н.А., Краснов Я.М., Гусева Н.П., Булгакова Е.Г., Доманина И.В., Катышев А.Д., Уткин Д.В., Виноградова О.В., Кудряшов Н.В., Полунина Т.А., Красовская Т.Ю., Портенко С.А., Щербакова С.А., Кутырев В.В., 20212021Осина Н.А., Краснов Я.М., Гусева Н.П., Булгакова Е.Г., Доманина И.В., Катышев А.Д., Уткин Д.В., Виноградова О.В., Кудряшов Н.В., Полунина Т.А., Красовская Т.Ю., Портенко С.А., Щербакова С.А., Кутырев В.В.Osina N.A., Krasnov Y.M., Guseva N.P., Boolgakova E.G., Domanina I.V., Katyshev A.D., Utkin D.V., Vinogradova O.V., Kudryashov N.V., Polunina T.A., Krasovskaya T.Y., Portenko S.A., Shcherbakova S.A., Kutyrev V.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1447

Появление различных геновариантов вируса SARS-CoV-2, характеризующихся более высокой, по сравнению с исходными вариантами, способностью к распространению и более тяжелыми клиническими проявлениями, требует проведения молекулярно-генетического мониторинга штаммов, циркулирующих на территории Российской Федерации.

Цель исследования – выявление геновариантов VOC SARS-CoV-2 на территории республик Башкортостан, Татарстан, Удмуртия и Самарской, Пензенской, Саратовской, Ульяновской, Оренбургской областей.

Материалы и методы

Материалы и методы. Выявление геновариантов и определение типа мутаций осуществляли методом секвенирования фрагментов по Сэнгеру.

Результаты и обсуждение

Результаты и обсуждение. В работе исследовали 298 проб клинического материала, полученных из центров гигиены и эпидемиологии в республиках Башкортостан, Татарстан, Удмуртия, Самарской, Пензенской, Саратовской, Ульяновской, Оренбургской областях. В 17 % случаев наблюдали вариабельность вируса SARS-CoV-2 по одному или нескольким маркерам: в трех пробах выявлен новый коронавирус линии В.1.1.7 «Британский»; в ряде случаев у обнаруженного в пробах вируса детектировали наличие только одной мутации – делеции Y144 или замены D138Y, E484K, N501Y, крайне редко двух мутаций – делеции Y144 и замены E484K. Показано наличие в 10 % случаев у детектированных SARS-CoV-2 делеции L141-G142-V143, локализованной в рецидивирующем делеционном регионе S-гена RDR2. Получены данные, указывающие на гетерогенность в макроорганизме популяции нового коронавируса с делецией L141-G142-V143, которая приводит к изменению антигенной структуры вируса, что, вероятно, позволяет ему уклоняться от иммунного ответа.

Emergence of various genovariants of the SARS-CoV-2 virus, which are characterized by a higher ability to spread and a more severe clinical manifestations compared to the initial variants, require molecular-genetic monitoring of strains circulating in the Russian Federation.

The aim of the work was to identify the VOC SARS-CoV-2 genovariants in the territory of the Republics of Bashkortostan, Tatarstan, Udmurtia, and Samara, Penza, Saratov, Ulyanovsk, and Orenburg Regions.

Materials and methods

Materials and methods. The identification of genovariants and the determination of the type of mutations was carried out by the Sanger fragment sequencing method.

Results and discussion

Results and discussion. The study examined 298 samples of clinical material obtained from the Centers for Hygiene and Epidemiology in the Republics of Bashkortostan, Tatarstan, Udmurtia, Samara, Penza, Saratov, Ulyanovsk, and Orenburg Regions. In 17 % of cases, the variability of the SARS-CoV-2 virus was observed for one or more markers: in three samples, a new coronavirus of the B. 1.1.7 line (“British”) was detected; in a number of cases, only one mutation was detected in the virus found in samples – deletion Y144 or substitution D138Y, E484K, N501Y, and very rarely two mutations – deletion Y144 and substitution E484K. The presence of the L141-G142-V143 deletion localized in the recurrent deletion region RDR2 of the S-gene was shown in 10 % of the cases. The data obtained indicate the heterogeneity in macroorganism of the population of the new coronavirus with the deletion L141-G142-V143, which leads to a change in the antigenic structure of the virus, which probably allows the virus to evade the immune response.

геновариантыSARS-CoV-2фрагментное секвенирование по Сэнгеругенетический полиморфизмgenovariantsSARS-CoV-2Sanger fragment sequencinggenetic polymorphismАвторский коллектив выражает глубокую признательность сотрудникам ФБУЗ ЦГиЭ Роспотребнадзора в Саратовской, Самарской, Пензенской, Оренбургской, Ульяновской областях, в республиках Башкортостан, Татарстан и Удмуртия за отбор и доставку клинического материала на исследование.ReferencesBhattacharyya Ch., Das Ch., Ghosh A., Singh A.K., Mukherjee S., Majumder P.P., Basu A., Biswas N.K. Global spread of SARS-CoV-2 subtype with spike protein mutation D614G is shaped by human genomic variations that regulate expression of TMPRSS2 and MX1 genes. bioRxiv. 2020. 05.04.075911. DOI: 10.1101/2020.05.04.075911.Bhattacharyya Ch., Das Ch., Ghosh A., Singh A.K., Mukherjee S., Majumder P.P., Basu A., Biswas N.K. Global spread of SARS-CoV-2 subtype with spike protein mutation D614G is shaped by human genomic variations that regulate expression of TMPRSS2 and MX1 genes. bioRxiv. 2020. 05.04.075911. DOI: 10.1101/2020.05.04.075911.Pachetti M., Marini B., Benedetti F., Giudici F., Mauro E., Storici P., Masciovecchio C., Angeletti S., Ciccozzi M., Gallo R.C., Zella D., Ippodrino R. Emerging SARS-CoV-2 mutation hot spots include a novel RNA-dependent-RNA polymerase variant. J. Transl. Med. 2020; 18(1):179. DOI: 10.1186/s12967-020-02344-6.Pachetti M., Marini B., Benedetti F., Giudici F., Mauro E., Storici P., Masciovecchio C., Angeletti S., Ciccozzi M., Gallo R.C., Zella D., Ippodrino R. Emerging SARS-CoV-2 mutation hot spots include a novel RNA-dependent-RNA polymerase variant. J. Transl. Med. 2020; 18(1):179. DOI: 10.1186/s12967-020-02344-6.Краснов Я.М., Попова А.Ю., Сафронов В.А., Федоров А.В., Баданин Д.В., Щербакова С.А., Кутырев В.В. Анализ геномного разнообразия SARS-CoV-2 и эпидемиологических признаков адаптации возбудителя COVID-19 к человеческой популяции (Сообщение 1). Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 3:70–82. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-70-82.Krasnov Ya.M., Popova A.Yu., Safronov V.A., Fedorov A.V., Badanin D.V., Shcherbakova S.A., Kutyrev V.V. [Genomic diversity analysis of SARS-CoV-2 and epidemiological features of adaptation of COVID-19 agent to human population (Communication 1)]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; (3):70–82. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-70-82.Public Health England. Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (2020). [Электронный ресурс]. URL: http://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-of-concern-20201201 (дата обращения 29.03.2021).Public Health England. Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (2020). (Cited: March 29, 2021). [Internet]. Available from: http://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-ofconcern-20201201.McCarthy K.R., Rennick L.J., Nambulli S., Robinson-McCarthy L.R., Bain W.G., Haidar G., Paul Duprex W. Recurrent deletions in the SARS-CoV-2 spike glycoprotein drive antibody escape. Science. 2021; 371(6534):1139–42. DOI: 10.1126/science.abf6950.McCarthy K.R., Rennick L.J., Nambulli S., Robinson-McCarthy L.R., Bain W.G., Haidar G., Paul Duprex W. Recurrent deletions in the SARS-CoV-2 spike glycoprotein drive antibody escape. Science. 2021; 371(6534):1139–42. DOI: 10.1126/science.abf6950.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.