microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2021-2-16-23microbe-1468Research ArticleОБЗОРЫREVIEWSПринципы формирования коллекционных фондов штаммов микроорганизмовPrinciples of Formation of Collection Funds of Microorganism Strainshttps://orcid.org/0000-0001-6757-6977ГрачеваИ. В.GrachevaI. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0001-5308-0022ОсинА. В.OsinA. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0003-3788-3452КутыревВ. В.KutyrevV. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian Federation202119072021021623Copyright © Грачева И.В., Осин А.В., Кутырев В.В., 20212021Грачева И.В., Осин А.В., Кутырев В.В.Gracheva I.V., Osin A.V., Kutyrev V.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1468

Целью работы является рассмотрение принципов и критериев формирования фондов сервисных микробиологических коллекций и специализированной Государственной коллекции патогенных бактерий (ГКПБ) ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб». Быстрые темпы описания, изучения, использования микробного разнообразия делают актуальной задачу разработки критериев отбора микроорганизмов для постоянного хранения в коллекциях. Количество и форма этих критериев определяются задачами, стоящими перед коллекционными центрами разного уровня и специализации. Сервисные коллекции формируют свои фонды посредством депонирования или приобретения типовых, референтных, учебных штаммов. В последние годы признана целесообразность расширения спектра штаммов, депонирование которых желательно в сервисных коллекциях. Это штаммы, характеризующиеся филогенетической, геномной, метаболической, экологической уникальностью; с полностью секвенированным геномом; известные и новые патогены растений, животных и человека, вызвавшие вспышки заболеваний; использованные в международных исследовательских проектах; имеющие биотехнологическое и экономическое значение. Главная задача ГКПБ как специализированной государственной коллекции патогенных бактерий I–II групп состоит в сохранении штаммов, характеризующих внутривидовое разнообразие и популяции патогенов, циркулирующих в природных очагах или на определенных территориях Российской Федерации, выделенные в период эпизоотий, локальных или эпидемических вспышек. Критериями отбора штаммов для постоянного хранения являются их экологические, фенотипические, генетические особенности. Сохранение такой коллекции важно для будущих исследований с использованием новых технологий и прослеживания эволюции патогенных бактерий – возбудителей особо опасных инфекционных заболеваний. 

The aim of the review was to consider the principles and criteria for the formation of funds of service microbiological collections and the specialized State collection of pathogenic bacteria (SCPB) at the RusRAPI “Microbe”. The rapid pace of characterization, study, and use of microbial diversity makes the development of criteria for the selection of microorganisms for permanent storage in collections particularly relevant. The number and format of these criteria are determined by the tasks the collection centers of different levels and specialization are facing. Service collections form their funds by depositing or acquiring type, reference, educational strains. In recent years, the practicability of expanding the range of strains, the deposition of which is desirable in service collections, has been recognized. These are strains characterized by phylogenetic, genomic, metabolic, ecological uniqueness; with a fully sequenced genome; known and emerging plant, animal and human pathogens that caused disease outbreaks; used in international research projects; having biotechnological and economic significance. The main task of the SCPB as a specialized state collection of pathogenic bacteria of groups I–II is to preserve strains characterizing the intraspecific diversity and populations of pathogens circulating in natural foci or in certain territories of the Russian Federation, isolated during epizootics, local or epidemic outbreaks. The selection criteria for strains for permanent storage are their ecological, phenotypic, and genetic peculiarities. The preservation of such a collection is important for future research using new technologies and tracking the evolution of pathogenic bacteria – causative agents of particularly dangerous infectious diseases. 

коллекционные фондыкритерии депонированиясервисные коллекцииспециализированные коллекциипатогенные бактериитиповой штаммреферентный штаммcollection fundsdeposit criteriaservice collectionsspecialized collectionspathogenic bacteriatype strainreference strainReferencesCulture Collections Information Worldwide. [Электронный ресурс]. URL: http://www.wfcc.info/ccinfo (дата обращения 02.12.2020).Culture Collections Information Worldwide. (Cited 02 Dec 2020). [Internet]. Available from: http://www.wfcc.info/ccinfo.Overmann J. Significance and future role of microbial resource centers. Syst. Appl. Microbiol. 2015; 38(4):258–65. DOI: 10.1016/j.syapm.2015.02.008.Overmann J. Significance and future role of microbial resource centers. Syst. Appl. Microbiol. 2015; 38(4):258–65. DOI: 10.1016/j.syapm.2015.02.008.Microbiology Collections – ATCC. [Электронный ресурс]. URL: http://www.atcc.org/en/Products/Cells_and_Microorganisms.aspx (дата обращения 02.12.2020).Microbiology Collections ATCC. (Cited 02 Dec 2020). [Internet]. Available from: http://www.atcc.org/en/Products/Cells_ and_Microorganisms.aspx.Сайт Всероссийской коллекции микроорганизмов – ВКМ. [Электронный ресурс]. URL: http://www.vkm.ru/rus/ (дата обращения 02.12.2020).[WebSite of the All-Russian collection of microorganisms ARCM]. (Cited 02 Dec 2020). [Internet]. Available from: http://www.vkm.ru/rus/.Dijkshoorn L., Ursing B.M., Ursing J.B. Strain, clone and species: comments on three basic concepts of bacteriology. J. Med. Microbiol. 2000; 49(5):397–401. DOI: 10.1099/0022-1317-49-5397.Dijkshoorn L., Ursing B.M., Ursing J.B. Strain, clone and species: comments on three basic concepts of bacteriology. J. Med. Microbiol. 2000; 49(5):397–401. DOI: 10.1099/0022-1317-49-5397.Lapage S.P., Sneath P.H.A., Lessel E.F., Skerman V.B.D., Seeliger H.P.R., Clark W.A., editors. International code of nomenclature of bacteria: bacteriological code, 1990 Revision. Washington (DC): ASM Press; 1992.Lapage S.P., Sneath P.H.A., Lessel E.F., Skerman V.B.D., Seeliger H.P.R., Clark W.A., editors. International code of nomenclature of bacteria: bacteriological code, 1990 Revision. Washington (DC): ASM Press; 1992.Lippi D., Gotuzzo E. The greatest steps towards the discovery of Vibrio cholerae. Clin. Microbiol. Infect. 2014; 20(3):191–5. DOI:10.1111/1469-0691.12390.Lippi D., Gotuzzo E. The greatest steps towards the discovery of Vibrio cholerae. Clin. Microbiol. Infect. 2014; 20(3):191–5. DOI:10.1111/1469-0691.12390.Judicial Commission of the International Committee on Bacteriological Nomenclature. Opinion 31. Conservation of Vibrio Pacini 1854 as a bacterial generic name, conservation of Vibrio cholerae Pacini 1854 as the nomenclatural type species of the bacterial genus Vibrio, and designation of neo-type strain of Vibrio cholerae Pacini. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 1965; 15(3):185–6. DOI: 10.1099/00207713-15-3-185.Judicial Commission of the International Committee on Bacteriological Nomenclature. Opinion 31. Conservation of Vibrio Pacini 1854 as a bacterial generic name, conservation of Vibrio cholerae Pacini 1854 as the nomenclatural type species of the bacterial genus Vibrio, and designation of neo-type strain of Vibrio cholerae Pacini. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 1965; 15(3):185–6. DOI: 10.1099/00207713-15-3-185.Reference strains: How many passages are too many? Tech. Bulletin № 6. [Электронный ресурс]. URL: https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Technical%20Bulletins/tb06.ashx (дата обращения 02.12.2020).Reference strains: How many passages are too many? Tech. Bulletin No. 6. (Cited 02 Dec 2020). [Internet]. Available from: https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Technical%20Bulletins/tb06.ashx.Dedeurwaerdere T. Global microbial commons: institutional challenges for the global exchange and distribution of microorganisms in the life sciences. Res. Microbiol. 2010; 161(6):414–21. DOI:10.1016/j.resmic.2010.04.012.Dedeurwaerdere T. Global microbial commons: institutional challenges for the global exchange and distribution of microorganisms in the life sciences. Res. Microbiol. 2010; 161(6):414–21. DOI:10.1016/j.resmic.2010.04.012.Catalogue of microorganisms. German Collection of Microorganism (GCM). [Электронный ресурс]. URL: https://www.dsmz.de/catalogues/catalogue-microorganisms.html (дата обращения 02.12.2020).Catalog of microorganisms. German Collection of Microorganism (GCM). (Cited 02 Dec 2020). [Internet]. Available from: https://www.dsmz.de/catalogues/catalogue-microorganisms. html.Reference strain catalogue pertaining to organisms for performance testing culture media. 29th version. [Электронный ресурс]. URL: http://refs.wdcm.org/pdf/WDCM%20Catalogue%20 Version_V29.pdf (дата обращения 02.12.2020).Reference strain catalog pertaining to organisms for performance testing culture media. 29th version. (Cited 02 Dec 2020). [Internet]. Available from: http://refs.wdcm.org/pdf/WDCM%20Catalogue%20Version_V29.ppf.Tindall B.J., Garrity G.M. Proposals to clarify how type strains are deposited and made available to the scientific community for the purpose of systematic research. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2008; 58:1987–90. DOI: 10.1099/ijs.0.2008/006155-0.Tindall B.J., Garrity G.M. Proposals to clarify how type strains are deposited and made available to the scientific community for the purpose of systematic research. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2008; 58:1987–90. DOI: 10.1099/ijs.0.2008/006155-0.De Vos P., Truper H.G. Judicial Commission of the International Committee on Systematic Bacteriology. IXth International (IUMS) Congress of Bacteriology and Applied Microbiology. Minutes of the meetings, 14, 15 and 18 August 1999, Sydney, Australia. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000; 50(6):2239–44. DOI: 10.1099/00207713-50-6-2239.De Vos P., Truper H.G. Judicial Commission of the International Committee on Systematic Bacteriology. IXth International (IUMS) Congress of Bacteriology and Applied Microbiology. Minutes of the meetings, 14, 15 and 18 August 1999, Sydney, Australia. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000; 50(6):2239–44. DOI: 10.1099/00207713-50-6-2239.Tindall B.J., Kampfer P., Euzeby J.P., Oren A. Valid publication of names of prokaryotes according to the rules of nomenclature: past history and current practice. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006; 56(Pt 11):2715–20. DOI: 10.1099/ijs.0.64780-0.Tindall B.J., Kampfer P., Euzeby J.P., Oren A. Valid publication of names of prokaryotes according to the rules of nomenclature: past history and current practice. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006; 56(Pt 11):2715–20. DOI: 10.1099/ijs.0.64780-0.Будапештский договор: практический кодекс для международных органов по депонированию. Микробиология. 1999; 68(3):423–30.[The Budapest Treaty: Code of Practice for IDAs]. Mikro¬ biologiya [Microbiology]. 1999; 68(3):423–30.Ward N., Eisen, J., Fraser C., Stackebrandt E. Sequenced strains must be saved from extinction. Nature. 2001; 414(6860):148. DOI: 10.1038/35102737.Ward N., Eisen, J., Fraser C., Stackebrandt E. Sequenced strains must be saved from extinction. Nature. 2001; 414(6860):148. DOI: 10.1038/35102737.Stackebrandt E. Deposition of microbial strains in public resource centres: safeguarding valuable resources for academic and applied research. Res. Microbiol. 2012; 163(8):487–9. DOI: org/10.1016/j.resmic.2012.07.003.Stackebrandt E. Deposition of microbial strains in public resource centres: safeguarding valuable resources for academic and applied research. Res. Microbiol. 2012; 163(8):487–9. DOI: org/10.1016/j.resmic.2012.07.003.Stackebrandt E., Smith D., Casaregola S., Varese G.C., Verkleij G., Lima N., Bridge P. Deposit of microbial strains in public service collections as part of the publication process to underpin good practice in science. SpringerPlus. 2014; 3:208. DOI: 10.1186/21931801-3-208.Stackebrandt E., Smith D., Casaregola S., Varese G.C., Verkleij G., Lima N., Bridge P. Deposit of microbial strains in public service collections as part of the publication process to underpin good practice in science. SpringerPlus. 2014; 3:208. DOI: 10.1186/2193-1801-3-208.Coenye T., Vandamme P. Bacterial whole-genome sequences: minimal information and strain availability. Microbiology (Reading). 2004; 150(Pt 7):2017–8. DOI: 10.1099/mic.0.27307-0.Coenye T., Vandamme P. Bacterial whole-genome sequences: minimal information and strain availability. Microbiology (Reading). 2004; 150(Pt 7):2017–8. DOI: 10.1099/mic.0.27307-0.Accession criteria of the CBS for new deposits of microorganisms. [Электронный ресурс]. URL: http://www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/M200Ap22.html (дата обращения 02.12.2020).Accession criteria of the CBS for new deposits of microorganisms. (Cited 02 Dec 2020). [Internet]. Available from: http:// www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/M200Ap22.html.Accession criteria of the DSMZ for new deposits of microorganisms. [Электронный ресурс]. URL: http://www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/M200Ap23.html (дата обращения 02.12.2020).Accession criteria of the DSMZ for new deposits of microorganisms. (Cited 02 Dec 2020). [Internet]. Available from: http:// www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/M200Ap23.html.BCCM Accession criteria for new deposits of microorganisms. [Электронный ресурс]. URL: http://www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/M200Ap21.html (дата обращения 02.12.2020).BCCM Accession criteria for new deposits of microorganisms. (Cited 02 Dec 2020). [Internet]. Available from: http://www. cabri.org/guidelines/micro-organisms/M200Ap21.html.Уткина Е.А., Гаврилова Е.Б. Депонирование микроорганизмов для целей национальной патентной процедуры. Патенты и лицензии. 2011; 2:34–9.Utkina E.A., Gavrilova E.B. [Deposit of microorganisms for the purposes of national patent procedure]. Patenty i Litsenzii. [Patents and licenses]. 2011; 2:34–9.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.