microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2014-2-97-100microbe-148Research ArticleДИАГНОСТИКАDIAGNOSTICSИспользование chi-последовательности для дифференциации штаммов возбудителя сибирской язвы от близкородственных бациллUsage of chi-Sequence for Differentiation between the Strains of Anthrax Etiological Agent and Closely Related BacilliШишковаН. А.ShishkovaN. A.info@obolensk.orgМокриевичА. Н.MokrievichA. N.info@obolensk.orgПавловВ. М.PavlovV. M.info@obolensk.orgМарининЛ. И.MarininL. I.info@obolensk.orgВахрамееваГ. М.VakhrameevaG. M.info@obolensk.orgКудрявцеваТ. Ю.KudryavtsevaT. Yu.info@obolensk.orgДятловИ. А.DyatlovI. A.info@obolensk.orgГосударственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологииРоссияState Research Center for Applied Microbiology and BiotechnologyRussian Federation2014200620140297100Copyright © Шишкова Н.А., Мокриевич А.Н., Павлов В.М., Маринин Л.И., Вахрамеева Г.М., Кудрявцева Т.Ю., Дятлов И.А., 20142014Шишкова Н.А., Мокриевич А.Н., Павлов В.М., Маринин Л.И., Вахрамеева Г.М., Кудрявцева Т.Ю., Дятлов И.А.Shishkova N.A., Mokrievich A.N., Pavlov V.M., Marinin L.I., Vakhrameeva G.M., Kudryavtseva T.Y., Dyatlov I.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/148

Целью работы было сравнение микроорганизмов, принадлежащих к шести различным видам рода Bacillus , по распределению подвижности ампликонов, полученных с использованием праймера, содержащего chi-последовательность Bacillus subtilis . В работе были проанализированы 30 штаммов Bacillus anthracis и близкородственных бацилл. Культуры выращивали на L-агаре и в L-бульоне при температуре 37 °С. ДНК выделяли из вегетативных культур B. anthracis и Bacillus spp. с использованием лизоцима и фенольной депротеинизации. Для однопраймерной ПЦР был сконструирован праймер ChiBs - 5`-CTAGGAGCGGG-3`. Однопраймерную амплификацию (30 циклов) проводили при температуре отжига 47 °С. Сравнительный анализ индивидуальных электрофоретических профилей ампликонов, полученных в реакции ПЦР с помощью праймера, содержащего chi-последовательность B. subtilis, позволяет выявлять генетическую внутривидовую вариабельность и проводить дифференциацию штаммов B. anthracis от атипичных штаммов и близкородственных видов бацилл.

Objective of the study was to carry out comparison between the microorganisms appurtenant to six different species of Bacilli genus as regards mobility of the amplicons obtained using the primer that contained chi-sequence of Bacillus subtilis . Therewith, analyzed were 30 Bacillus anthracis strains and closely related bacilli. Cultures grew on L-agar and L-broth at 37 °C. DNA was isolated from vegetative B. anthracis and Bacillus spp . cultures introducing lysozyme and phenol de-proteinizing. In order to perform single-primer PCR constructed was ChiBs primer - 5’-CTAGGAGCGGG-3’. Single-primer amplification (30 cycles) was carried out at annealing temperature of 47 °C. Comparative analysis of individual electrophoretic amplicon profiles, obtained by means of ChiBs-primer PCR, allows for identification of genetic intraspecific variability and differentiation of B. anthracis strains from the atypical ones and closely related species of bacilli.

Bacillus anthracisдифференциацияПЦРchi-последовательностьBacillus anthracisdifferentiationPCRchi-sequenceReferencesМаниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. М.: Мир; 1984. 479 с.Maniatis T., Frich E., Sambruk G. [Molecular Cloning]. M.: Mir; 1984. 479 p.Маринин Л.И., Дятлов И.А., Мокриевич А.Н., Бахтеева И.В., Белова Е.В., Борзилов А.И., Комбарова Т.И., Кравченко Т.Б., Миронова Р.И., Попова В.М., Сомов А.Н., Титарева Г.М., Тюрин Е.А., Чекан Л.В., Шишкина О.Б., Шишкова Н.А. Методы изучения биологических свойств возбудителя сибирской язвы. Оболенск; 2009. 304 с.Marinin L.I., Dyatlov I.A., Mokrievich A.N., Bakhteeva I.V., Belova E.V., Borzilov A.I., Kombarova T.I., Kravchenko T.B., Mironova R.I., Popova V.M., Somov A.N., Titareva G.M., Tyurin E.A., Chekan L.V., Shishkina O.B., Shishkova N.A. [Methods of Studies of Anthrax Agent Biological Properties]. Obolensk; 2009. 304 p.Обеззараживание исследуемого материала, инфицированного бактериями I-IV групп при работе методом ПЦР. МУ 3.5.5.1034.01. М.: МЗ РФ; 2001. 8 с.[Decontamination of the test material infected with microorganisms of I-IV groups of pathogenicity when performing PCR. Methodological recommendations]. MR 3.5.5.1034.01. M.: RF Ministry of Health; 2001. 8 p.Рязанова А.Г., Еременко Е.И., Цыганкова О.И., Цыганкова Е.А., Куличенко А.Н. Использование методов молекулярного типирования Bacillus anthracis в референс-центре по мониторингу за возбудителем сибирской язвы. Пробл. особо опасных инф. 2011; 110(4):68-70.Ryazanova A.G., Eremenko E.I., Tsygankova O.I., Tsygankova E.A., Kulichenko A.N. [Application of Bacillus anthracis molecular typing methods by the reference center for the anthrax agent monitoring]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2011; 110(4):68–70.Andersen G.L., Simchock J.M., Wilson K.H. Identification of a region of genetic variability among Bacillus anthracis strains and related species. J. Bacteriol. 1996; 178(1):377-84.Andersen G.L., Simchock J.M., Wilson K.H. Identification of a region of genetic variability among Bacillus anthracis strains and related species. J. Bacteriol. 1996; 178(1):377–84.Biswas I., Maguin E., Ehrlich S.D., Gruss A.A. 7-base-pair sequence protects DNA from exonucleolytic degradation in Lactococcus lactis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995; 92:2244-8.Biswas I., Maguin E., Ehrlich S.D., Gruss A.A. 7-base-pair sequence protects DNA from exonucleolytic degradation in Lactococcus lactis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995; 92:2244–8.Chédin F., Kowalczykowski S.C. A novel family of regulated helicases/nucleases from Gram-positive bacteria: insights into the initiation of DNA recombination. Mol. Microbiol. 2002; 43:823-34.Chédin F., Kowalczykowski S.C. A novel family of regulated helicases/nucleases from Gram-positive bacteria: insights into the initiation of DNA recombination. Mol. Microbiol. 2002; 43:823–34.Chédin F., Noirot P., Biaudet V., Ehrlich S.D. A five-nucleotide sequence protects DNA from exonucleolytic degradation by AddAB, the RecBCD analogue of Bacillus subtilis. Mol. Microbiol. 1998; 29:1369-77.Chédin F., Noirot P., Biaudet V., Ehrlich S.D. A five-nucleotide sequence protects DNA from exonucleolytic degradation by AddAB, the RecBCD analogue of Bacillus subtilis. Mol. Microbiol. 1998; 29:1369–77.Helgason E., Okstad O.A., Caugant D.A., Johansen H.A., Fouet A., Mock M., Hegna I., Kolsto A.B. Bacillus anthracis, Bacillus cereus and Bacillus thuringiensis - one species on the basis of genetic evidence. Appl. Environ. Microbiol. 2000; 66:2627-30.Helgason E., Okstad O.A., Caugant D.A., Johansen H.A., Fouet A., Mock M., Hegna I., Kolsto A.B. Bacillus anthracis, Bacillus cereus and Bacillus thuringiensis – one species on the basis of genetic evidence. Appl. Environ. Microbiol. 2000; 66:2627–30.Keim P., Price L.B., Klevytska A.M., Smith K.L., Schupp J.M., Okinaka R., Jackson P.J., Hugh-Jones M.E. Multiple-locus variable-number tandem repeat analysis reveals genetic relationships within Bacillus anthracis. J. Bacteriol. 2000; 182:2928-36.Keim P., Price L.B., Klevytska A.M., Smith K.L., Schupp J.M., Okinaka R., Jackson P.J., Hugh-Jones M.E. Multiple-locus variable-number tandem repeat analysis reveals genetic relationships within Bacillus anthracis. J. Bacteriol. 2000; 182:2928–36.Le Flèche P., Hauck Y., Onteniente L., Prieur A., Denoeud F., Ramisse V., Sylvestre P., Benson G., Ramisse F., Vergnaud G. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of Yersinia pestis and Bacillus anthracis. BMC Microbiol. 2001; 1(2):2180-93.Le Flèche P., Hauck Y., Onteniente L., Prieur A., Denoeud F., Ramisse V., Sylvestre P., Benson G., Ramisse F., Vergnaud G. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of Yersinia pestis and Bacillus anthracis. BMC Microbiol. 2001; 1(2):2180–93.Patra G., Vaissaire J., Weber-Levy M., Le Doujet C., Mock M. Molecular characterization of Bacillus strains involved in outbreaks of anthrax in France in 1997. J. Clin. Microbiol. 1998; 36:3412-14.Patra G., Vaissaire J., Weber-Levy M., Le Doujet C., Mock M. Molecular characterization of Bacillus strains involved in outbreaks of anthrax in France in 1997. J. Clin. Microbiol. 1998; 36:3412–14.Ramisse V., Patra G., Garringue H., Guesdon J-L., Mock M. Identification and characterization of Bacillus anthracis by multiplex PCR analysis of sequences on plasmids pXO1 and pXO2 and chromosomal DNA. FEMS Microbiol. Lett. 1996; 145:9-16.Ramisse V., Patra G., Garringue H., Guesdon J-L., Mock M. Identification and characterization of Bacillus anthracis by multiplex PCR analysis of sequences on plasmids pXO1 and pXO2 and chromosomal DNA. FEMS Microbiol. Lett. 1996; 145:9–16.Roloff H., Glockner P., Mistele K., Bohm R. The taxonomic relationship between B. anthracis and B. cereus group, investigated by DNA-DNA hybridization and DNA amplification fingerprinting (DAF). Proceedings of the International Workshop on Anthrax. Ed. P. C. B. Turnbull. Salisbury Medical Bulletin. 1996; 87, Special Supplement:38-9.Roloff H., Glockner P., Mistele K., Bohm R. The taxonomic relationship between B. anthracis and B. cereus group, investigated by DNADNA hybridization and DNA amplification fingerprinting (DAF). Proceedings of the International Workshop on Anthrax. Ed. P. C. B. Turnbull. Salisbury Medical Bulletin. 1996; 87, Special Supplement:38–9.Shangkuan Y.H., Chang Y.H., Yang J.F., Lin H.C., Shaio M.F. Molecular characterization of Bacillus anthracis using multiplex PCR, ERIC-PCR and RAPD. Lett. Appl. Microbiol. 2001; 65(3):139-45.Shangkuan Y.H., Chang Y.H., Yang J.F., Lin H.C., Shaio M.F. Molecular characterization of Bacillus anthracis using multiplex PCR, ERICPCR and RAPD. Lett. Appl. Microbiol. 2001; 65(3):139–45.Smith G.R., Roberts C.M., Schultz D.W. Activity of Chi recombinational hot spots in Salmonella typhimurium. Genetics. 1986; 112:429-39.Smith G.R., Roberts C.M., Schultz D.W. Activity of Chi recombinational hot spots in Salmonella typhimurium. Genetics. 1986; 112:429–39.Sourice S., Biaudet V., El. Karoui M., Ehrlich S.D., Gruss A. Identification of the Chi site of Haemophilus influenzae as several sequences related to the Escherichia coli Chi site. Mol. Microbiol. 1998; 27(5):1021-9.Sourice S., Biaudet V., El. Karoui M., Ehrlich S.D., Gruss A. Identification of the Chi site of Haemophilus influenzae as several sequences related to the Escherichia coli Chi site. Mol. Microbiol. 1998; 27(5):1021–9.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.