microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2014-2-113-114microbe-153Research ArticleКРАТКИЕ СООБЩЕНИЯBRIEF COMMUNICATIONSОпыт использования геномного анализа в условиях мобильного комплекса СПЭБExperience in Genome Analysis Use in SAET Mobile Complex FacilitiesНайденоваЕ. В.NaidenovaE. V.rusrapi@microbe.ruПортенкоС. А.PortenkoS. A.rusrapi@microbe.ruКазаковаЕ. С.KazakovaE. S.rusrapi@microbe.ruКарнауховИ. Г.KarnaukhovI. G.rusrapi@microbe.ruЧеркасовА. В.CherkasovA. V.rusrapi@microbe.ruЩербаковаС. А.ShcherbakovaS. A.rusrapi@microbe.ruКутыревВ. В.KutyrevV. V.rusrapi@microbe.ruРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian Federation20142006201402113114Copyright © Найденова Е.В., Портенко С.А., Казакова Е.С., Карнаухов И.Г., Черкасов А.В., Щербакова С.А., Кутырев В.В., 20142014Найденова Е.В., Портенко С.А., Казакова Е.С., Карнаухов И.Г., Черкасов А.В., Щербакова С.А., Кутырев В.В.Naidenova E.V., Portenko S.A., Kazakova E.S., Karnaukhov I.G., Cherkasov A.V., Shcherbakova S.A., Kutyrev V.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/153

В работе описан первый опыт использования геномного анализа в условиях мобильного комплекса СПЭБ во время проведения XXVII Всемирной летней Универсиады-2013 в Казани. В результате было проведено 16S рРНК секвенирование штамма Salmonella enterica , выделенного от больного. Для этого использовали набор «MicroSEQ 500 16S rDNA Bacterial Identification Kits» (Applied Biosystems, США), позволяющий секвенировать фрагменты ДНК (500 пар нуклеотидов) гена 16S рРНК исследуемых бактерий.

Described is the first-ever experience in genome analysis use in SAET mobile complex facilities, obtained during the XXVII World-wide Summer Universiade in Kazan, 2013. Carried out was 16S rRNA sequencing of Salmonella enteric strain isolated from an infected. For that matter, employed was “MicroSEQ 500 16S rDNA Bacterial Identification Kits” (Applied Biosystems, USA), which allows for sequencing of DNA fragments (500 bp) of 16S rRNA gene in the bacteria under investigation.

мобильный комплекс СПЭБгеномный анализсальмонеллыSAET mobile complexgenome analysisSalmonellaReferencesBaddam R., Thong K.L., Avasthi T.S., Shaik S., Yap K.P., Teh C.S., Chai L.C., Kumar N., Ahmed N. Whole-genome sequences and comparative genomics of Salmonella enterica serovar Typhi isolates from patients with fatal and nonfatal typhoid fever in Papua New Guinea. J. Bacteriol. 2012; 194:5122-3.Baddam R., Thong K.L., Avasthi T.S., Shaik S., Yap K.P., Teh C.S., Chai L.C., Kumar N., Ahmed N. Whole-genome sequences and comparative genomics of Salmonella enterica serovar Typhi isolates from patients with fatal and nonfatal typhoid fever in Papua New Guinea. J. Bacteriol. 2012; 194:5122–3.Guibourdenche M., Roggentin P., Mikoleit M., Fields P.I., Bockemühl J., Grimont P.A.D., Weill F.-X. Supplement 2003-2007 (No. 47) to the White-Kauffmann-Le Minor scheme. Res. Microbiol. 2010; 161:26-9.Guibourdenche M., Roggentin P., Mikoleit M., Fields P.I., Bockemühl J., Grimont P.A.D., Weill F.-X. Supplement 2003–2007 (No. 47) to the White-Kauffmann-Le Minor scheme. Res. Microbiol. 2010; 161:26–9.Hellberg R.S., Haney C.J., Shen Y., Cheng C.M., Williams-Hill D.M., Martin W.B. Development of a custom 16S rRNA gene library for the identification and molecular subtyping of Salmonella enterica. J. Microbiol. Methods. 2012; 91(3):448-58.Hellberg R.S., Haney C.J., Shen Y., Cheng C.M., Williams-Hill D.M., Martin W.B. Development of a custom 16S rRNA gene library for the identification and molecular subtyping of Salmonella enterica. J. Microbiol. Methods. 2012; 91(3):448–58.Hendriksen R.S. A global Salmonella surveillance and laboratory support project of the World Health Organization. 4th Ed. April 2003.Hendriksen R.S. A global Salmonella surveillance and laboratory support project of the World Health Organization. 4th Ed. April 2003.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.