<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">microbe</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Проблемы особо опасных инфекций</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Problems of Particularly Dangerous Infections</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">0370-1069</issn><issn pub-type="epub">2658-719X</issn><publisher><publisher-name>Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe”</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.21055/0370-1069-2021-3-98-105</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">microbe-1553</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>ORIGINAL ARTICLES</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Алгоритм и результаты краткосрочного прогноза изменения коэффициента распространения COVID-19 в субъектах Российской Федерации</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Algorithm and Results of Short-Term Forecast of Changes in the COVID-19 Spread Coefcient in the Constituent Entities of the Russian Federation</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-3918-7832</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Никитин</surname><given-names>А. Я.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Nikitin</surname><given-names>A. Ya.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Российская Федерация, 664047, Иркутск, ул. Трилиссера, 78</p></bio><bio xml:lang="en"><p>78, Trilissera St., Irkutsk, 664047, Russian Federation</p></bio><email xlink:type="simple">adm@chumin.irkutsk.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-5489-9363</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Чеснокова</surname><given-names>М. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Chesnokova</surname><given-names>M. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Российская Федерация, 664047, Иркутск, ул. Трилиссера, 78</p></bio><bio xml:lang="en"><p>78, Trilissera St., Irkutsk, 664047, Russian Federation</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-4201-5828</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Балахонов</surname><given-names>С. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Balakhonov</surname><given-names>S. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Российская Федерация, 664047, Иркутск, ул. Трилиссера, 78</p></bio><bio xml:lang="en"><p>78, Trilissera St., Irkutsk, 664047, Russian Federation</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока»</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Irkutsk Research Anti-Plague Institute of Siberia and Far East</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2021</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>23</day><month>10</month><year>2021</year></pub-date><volume>0</volume><issue>3</issue><fpage>98</fpage><lpage>105</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Никитин А.Я., Чеснокова М.В., Балахонов С.В., 2021</copyright-statement><copyright-year>2021</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Никитин А.Я., Чеснокова М.В., Балахонов С.В.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Nikitin A.Y., Chesnokova M.V., Balakhonov S.V.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1553">https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1553</self-uri><abstract><p>Во многих субъектах Российской Федерации к концу лета 2020 г. произошло снижение числа случаев проявления коронавирусной инфекции. Тем не менее эта болезнь остается актуальной проблемой для здравоохранения и экономики страны, не исключена возможность возникновения второй волны заболеваемости. Одним из наиболее важных показателей, используемых при обосновании перехода к очередному этапу снятия/введения ограничительных мероприятий по COVID-19, является коэффициент распространения инфекции (Rt). Цель исследования – описать алгоритм анализа и краткосрочного прогноза коэффициента распространения коронавирусной инфекции, оценить соответствие теоретически ожидаемых и фактических значений этого показателя. Материалы и методы. Описана процедура проведения краткосрочного экстраполяционного прогноза Rt в десяти субъектах РФ в зависимости от наличия или отсутствия трендов изменения показателя с расчетом 95 % доверительного интервала возможных изменений его значения. Результаты и обсуждение. Предлагается проводить прогноз Rt на основе усреднения материалов за неделю, сочетая регрессионный анализ и экспертную оценку характера динамики временных рядов для своевременного перехода от прогноза по тренду к экстраполяции стационарных последовательностей наблюдений, и наоборот. Показано, что прогнозируемые значения Rt статистически достоверно не отличаются от фактических. При принятии управленческих решений по профилактике COVID-19 особо следует обращать внимание на случаи, когда фактическое значение Rt превышает верхнюю границу доверительного интервала. В исследуемых субъектах при прогнозировании значения Rt на 33–35-ю календарные недели выявлено шесть (20,0 %) таких случаев. Три из них зарегистрировано в Забайкальском крае, где наблюдался тренд на рост Rt, что требует анализа причин этого явления. Предлагаемый алгоритм анализа и прогноза величины Rt, апробированный на данных по десяти субъектам России, дает корректную информацию для решений по снятию/ введению ограничительных мер для профилактики COVID-19</p></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>There was a decrease in the number of COVID-19 cases across many entities of the Russian Federation towards the end of summer season-2020. However, the disease remains a relevant threat to the public health and economy and the possibility of a second epidemic wave is not excluded. Rate of infection transmission (Rt) is one of the most important indicators to justify the transition to next stage of removing/introducing restrictive measures on COVID-19.</p><p>Objective of the work was to describe the algorithm of analysis and short-term forecast of coronavirus spread rate, to assess correspondence between theoretically expected and actual values of this indicator.</p><sec><title>Materials and methods</title><p>Materials and methods. Procedure for making a short-term extrapolation forecast of Rt in 10 RF constituent entities, depending on the presence or absence of indicator trends with calculation of a 95 % confdence interval of possible changes in its value is provided.</p></sec><sec><title>Results and discussion</title><p>Results and discussion. It is proposed to carry out Rt forecast based on averaged values over a week, combining regression analysis and expert assessment of time series dynamics nature for prompt transition from trend forecasting to extrapolation of stationary observation sequences and vice versa. It has been demonstrated that predicted Rt values are not statistically diﬀerent from actual values. When making managerial decisions on COVID-19 prevention, special attention should be paid to cases when actual value of Rt exceeds the upper limit of confdence interval. Six (20.0 %) such cases were detected in surveyed entities on calendar weeks 33–35. Three of them were registered in Trans-Baikal Territory, where upward trend was reported during that period of time. The cause of this phenomenon should be analyzed. The put forward algorithm of analysis and forecasting of the Rt value changes, which was tested in 10 entities of Russia, provides a reliable basis for making management decisions on removing/introducing restrictive measures for COVID-19 prevention.</p></sec></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>коронавирусная инфекция</kwd><kwd>коэффициент распространения инфекции</kwd><kwd>временные ряды</kwd><kwd>прогноз</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>coronavirus infection</kwd><kwd>rate of infection spread</kwd><kwd>time series</kwd><kwd>forecast</kwd></kwd-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">WHO Director-General’s opening remarks at the media briefng on COVID19, 11 March 2020. [Электронный ресурс]. URL: https://www.who.int/director-general/speeches/detail/who-director-general-s-opening-remarks-at-the-media-briefng-on-covid-19---11-march-2020 (дата обращения 18.11.2020).</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">WHO. WHO Director-General’s opening remarks at the media briefng on COVID19, 11 March 2020. (Cited 18 Nov 2020). [Internet]. Available from: https://www.who.int/director-general/speeches/detail/who-director-general-s-opening-remarks-at-the-media-briefng-on-covid-19---11-march-2020.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Кутырев В.В., Попова А.Ю., Смоленский В.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Сафронов В.А., Карнаухов И.Г., Иванова А.В., Щербакова С.А. Эпидемиологические особенности новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Сообщение 1: Модели реализации профилактических и противоэпидемических мероприятий. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 1:6–13. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-1-6-13.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kutyrev V.V., Popova A.Yu., Smolensky V.Yu., Ezhlova E.B., Demina Y.V., Safronov V.A., Karnaukhov I.G., Ivanova A.V., Shcherbakova S.A. [Epidemiological features of new coronavirus infection (COVID-19). Communication 1: Modes of implementation of preventive and anti-epidemic measures]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; (1):6–13. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-1-6-13.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Adhikari S., Meng S., Wu Y., Mao Y., Ye R., Wang Q., Sun C., Sylvia S., Rozelle S., Raat H., Zhou H. Epidemiology, causes, clinical manifestation and diagnosis, prevention and control of coronavirus disease (COVID-19) during the early outbreak period: a scoping review. Infect. Dis. Poverty. 2020; 9(1):29. DOI: 10.1186/s40249-020-00646-x.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Adhikari S., Meng S., Wu Y., Mao Y., Ye R., Wang Q., Sun C., Sylvia S., Rozelle S., Raat H., Zhou H. Epidemiology, causes, clinical manifestation and diagnosis, prevention and control of coronavirus disease (COVID-19) during the early outbreak period: a scoping review. Infect. Dis. Poverty. 2020; 9(1):29. DOI: 10.1186/s40249-020-00646-x.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Updated information. [Электронный ресурс]. URL: https://xn--80aesfpebagmfblc0a.xn--p1ai/ (дата обращения 16.08.2020).</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Updated information. (Cited 16 Aug 2020). [Internet]. Available from: https://xn--80aesfpebagmfblc0a.xn-p1ai/</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Букин Ю.С., Джиоев Ю.П., Бондарюк А.Н., Ткачев С.Е., Злобин В.И. Применение универсальной математической модели эпидемического процесса «SRID» для прогноза развития эпидемии COVID-19 в городе Москва. PREPRINTS.RU. 2020. [Электронный ресурс]. DOI: 10.24108/preprints-3112045 (дата обращения 16.08.2020).</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Bukin Yu.S., Dzhioev Yu.P., Bondaryuk A.N., Tkachev S.E., Zlobin V.I. [Application of the universal mathematical model of the epidemic process "SRID" for forecasting the development of the COVID-19 epidemic in Moscow]. PREPRINTS.RU. 2020. (Cited 16 Aug 2020). [Internet]. Available from: https://doi.org/10.24108/preprints-3112045.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Zhao S., Chen H. Modeling the epidemic dynamics and control of COVID-19 outbreak in China. Quant. Biol. 2020; 1–9. DOI: 10.1007/s40484-020-0199-0.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Zhao S., Chen H. Modeling the epidemic dynamics and control of COVID-19 outbreak in China. Quant. Biol. 2020; 1–9. DOI: 10.1007/s40484-020-0199-0.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Rong X., Yang L., Chu H., Fan M. Eﬀect of delay in diagnosis on transmission of COVID-19. Math. Biosci. Eng. 2020; 17(3): 2725–40. DOI: 10.3934/mbe.2020149.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Rong X., Yang L., Chu H., Fan M. Eﬀect of delay in diagnosis on transmission of COVID-19. Math. Biosci. Eng. 2020; 17(3): 2725–40. DOI: 10.3934/mbe.2020149.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Wallinga J., Lipsitch M. How generation intervals shape the relationship between growth rates and reproductive numbers. Proc. Biol. Sci. 2007; 274(1609):599–604. DOI: 10.1098/rspb.2006.3754.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Wallinga J., Lipsitch M. How generation intervals shape the relationship between growth rates and reproductive numbers. Proc. Biol. Sci. 2007; 274(1609):599–604. DOI: 10.1098/rspb.2006.3754.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Блох А.И., Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В., Лазарев И.И., Михайлова О.А., Федоров А.С., Пневский Ю.А. Эпидемический потенциал COVID-19 в Омской области на фоне противоэпидемических мероприятий. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 3:36–42. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-36-42.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Blokh A.I., Pen’evskaya N.A., Rudakov N.V., Lazarev I.I., Mikhailova O.A., Fedorov A.S., Pnevsky Y.A. [Epidemic potential of COVID-19 in Omsk Region during anti-epidemic measures]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; (3):36–42. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-36-42.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., Плоскирева А.А., Дубоделов Д.В., Тиванова Е.В., Пшеничная Н.Ю., Каленская А.В., Яцышина С.Б., Шипулина О.Ю., Родионова Е.Н., Петрова Н.С., Соловьева И.В., Квасова О.А., Вершинина М.А., Мамошина М.В., Клушкина В.В., Чурилова Н.С., Панасюк Я.В., Власенко Н.В., Остроушко А.А., Балмасов Е.С., Мосунов А.В. Гендерно-возрастная характеристика пациентов с COVID–19 на разных этапах эпидемии в Москве. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 3:27–35. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-27-35.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Akimkin V.G., Kuzin S.N., Semenenko T.A., Ploskireva A.A., Dubodelov D.V., Tivanova E.V., Pshenichnaya N.Yu., Kalenskaya A.V., Yatsyshina S.B., Shipulina O.Yu., Rodionova E.N., Petrova N.S., Solov’eva I.V., Kvasova O.A., Vershinina M.A., Mamoshina M.V., Klushkina V.V., Churilova N.S., Panasyuk Ya.V., Vlasenko N.V., Ostroushko A.A., Balmasov E.S., Mosunov A.V. [Gender-age distribution of patients with COVID-19 at diﬀerent stages of epidemic in Moscow]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; (3):27–35. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-27-35.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Кутырев В.В., Попова А.Ю., Смоленский В.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Сафронов В.А., Карнаухов И.Г., Иванова А.В., Щербакова С.А. Эпидемиологические особенности новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Сообщение 2: особенности течения эпидемического процесса COVID-19 во взаимосвязи с проводимыми противоэпидемическими мероприятиями в мире и Российской Федерации. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2:6–12. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-6-12.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kutyrev V.V., Popova A.Yu., Smolensky V.Yu., Ezhlova E.B., Demina Yu.V., Safronov V.A., Karnaukhov I.G., Ivanova A.V., Shcherbakova S.A. [Epidemiological peculiarities of new coronavirus infection (COVID-2019). Communication 2: Peculiarities of epidemic process development in conjunction with performed anti-epidemic measures around the world and in the Russian Federation]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; (2):6–12. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-6-12.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Мельникова А.А., Балахонов С.В., Чеснокова М.В., Дубровина В.И., Лялина Л.В., Смирнов В.С., Трухина А.Г., Пережогин А.Н., Пятидесятникова А.Б., Брюхова Д.Д., Киселева Н.О., Гефан Н.Г., Гаврилова О.В., Гаврилова Т.А., Ломоносова В.И., Тотолян А.А. Опыт исследования серопревалентности к вирусу SARS-CoV-2 населения Иркутской области в период вспышки COVID-19. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 3:106–13. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-106-113.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Popova A.Yu., Ezhlova E.B., Mel’nikova A.A., Balakhonov S.V., Chesnokova M.V., Dubrovina V.I., Lyalina L.V., Smirnov V.S., Trukhina A.G., Perezhogin A.N., Pyatidesyatnikova A.B., Bryukhova D.D., Kiseleva N.O., Gefan N.G., Gavrilova O.V., Gavrilova T.A., Lomonosova V.I., Totolyan A.A. [Experience in studying seroprevalence to SARS-CoV-2 virus in the population of the Irkutsk Region during COVID-19 outbreak]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; (3):106–13. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-106-113.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit13"><label>13</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Елисеева И.И., Юзбашев М.М. Общая теория статистики: учебник. М.: Финансы и статистика; 2000. 480 с.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Eliseeva I.I., Yuzbashev M.M. [General Theory of Statistics: Textbook]. Moscow: Finance and Statistics; 2000. 480 p.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit14"><label>14</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Ивантер Э.В., Коросов А.В. Элементарная биометрия. Петрозаводск: ПетрГУ; 2013. 110 с.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Ivanter E.V., Korosov A.V. [Elementary Biometry]. Petrozavodsk: Petrozavodsk State University, 2013. 110 p</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
