microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2021-4-150-156microbe-1605Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESВозбудитель вспышки ГЛПС в Саратовской области, 2019 г.Hantavirus Associated with Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome Outbreak in the Saratov Region in 2019https://orcid.org/0000-0003-2844-7835ЯшинаЛ. Н.YashinaL. N.

Российская Федерация, 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово

Kol’tsovo, Novosibirsk Region, 630559, Russian Federation

vector@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9608-2044ТрегубчакТ. В.TregubchakT. V.

Российская Федерация, 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово

Kol’tsovo, Novosibirsk Region, 630559, Russian Federation

https://orcid.org/0000-0003-3004-3020МалышевБ. С.MalyshevB. S.

Российская Федерация, 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово

Kol’tsovo, Novosibirsk Region, 630559, Russian Federation

https://orcid.org/0000-0002-5082-8071СметанниковаН. А.SmetannikovaN. A.

Российская Федерация, 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово

Kol’tsovo, Novosibirsk Region, 630559, Russian Federation

https://orcid.org/0000-0002-2227-8500ГрищенкоИ. В.GrishchenkoI. V.

Российская Федерация, 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово

Kol’tsovo, Novosibirsk Region, 630559, Russian Federation

https://orcid.org/0000-0001-9956-1163ДольскийА. А.Dol’skyA. A.

Российская Федерация, 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово

Kol’tsovo, Novosibirsk Region, 630559, Russian Federation

https://orcid.org/0000-0001-6890-1575ШваловА. Н.ShvalovA. N.

Российская Федерация, 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово

Kol’tsovo, Novosibirsk Region, 630559, Russian Federation

https://orcid.org/0000-0002-0450-5212ЗайковскаяА. В.ZaykovskayaA. V.

Российская Федерация, 410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005, Russian Federation

https://orcid.org/0000-0003-1790-0411КазанцевА. В.KazantsevA. V.

Российская Федерация, 410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005, Russian Federation

https://orcid.org/0000-0002-9593-4353ЧекашовВ. Н.ChekashovV. N.

Российская Федерация, 410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005, Russian Federation

https://orcid.org/0000-0001-7663-5502КрасовскаяТ. Ю.KrasovskayaT. Yu.

Российская Федерация, 410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005, Russian Federation

ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»РоссияState Research Center of Virology and Biotechnology “Vector”Russian FederationФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian Federation20212701202204150156Copyright © Яшина Л.Н., Трегубчак Т.В., Малышев Б.С., Сметанникова Н.А., Грищенко И.В., Дольский А.А., Швалов А.Н., Зайковская А.В., Казанцев А.В., Чекашов В.Н., Красовская Т.Ю., 20222022Яшина Л.Н., Трегубчак Т.В., Малышев Б.С., Сметанникова Н.А., Грищенко И.В., Дольский А.А., Швалов А.Н., Зайковская А.В., Казанцев А.В., Чекашов В.Н., Красовская Т.Ю.Yashina L.N., Tregubchak T.V., Malyshev B.S., Smetannikova N.A., Grishchenko I.V., Dol’sky A.A., Shvalov A.N., Zaykovskaya A.V., Kazantsev A.V., Chekashov V.N., Krasovskaya T.Y.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1605

Патогенные хантавирусы, принадлежащие к роду Orthohantavirus семейства Hantaviridae, широко распространены во многих регионах мира и являются возбудителями геморрагической лихорадки с почечным синдромом (ГЛПС ) в Европе и Азии. На территории европейской части России наиболее активные очаги ГЛПС располагаются на территории оптимума ареала обитания природного носителя вируса Пуумала (PUUV), рыжих полевок (Myodes glareolus), – в Среднем Поволжье и Предуралье. Наибольшее количество заболевших ГЛПС регистрируется в Приволжском федеральном округе. В 2019 г. на территории Саратовской области зарегистрирована вспышка ГЛПС , число заболевших составило 2702 человека, среди которых преобладали жители Саратова и Саратовского района. Цель работы – генетическое типирование возбудителей от больных ГЛПС и носителей во время вспышки 2019 г. в Саратове и филогенетический анализ полноразмерных геномов вируса от природных носителей. Материалы и методы. Для генетического исследования использовано восемь образцов от больных ГЛПС из Саратова (2019) и три образца тканей легких рыжих полевок, отловленных в окрестностях Саратова (2019). Все образцы проанализированы методом обратной транскрипции – полимеразной цепной реакции с последующим секвенированием и филогенетическим анализом. Результаты и обсуждение. Генотипированы шесть РНК -изолятов хантавирусов от больных ГЛПС , получены полноразмерные геномы трех РНК -изолятов от носителей вируса. Показано, что возбудителем вспышки ГЛПС в Саратове был вирус PUUV. Исследованный вариант вируса относится к генетической ветви RUS, наиболее близок к штаммам из Удмуртии и Татарстана и отличается от вариантов вируса, циркулирующих на территории Республики Башкортостан и Самарской области.

Pathogenic hantaviruses, belonging to the family Hantaviridae, genus Orthohantavirus, are widely spread in many regions of the world and cause hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) in Europe and Asia. In the European Russia, the most active HFRS foci are located in the optimum habitat area of natural reservoir of the Puumala virus (PUUV), bank voles (Myodes glareolus), – in the Middle Volga and Cis-Urals. The largest number of cases of HFRS was registered in the Volga Federal District. In 2019, an outbreak of HFRS was registered among the residents of Saratov and the Saratov Region, the number of cases was 2702. Objective of the study was genetic identification of hantaviruses from HFRS patients and rodent carriers and phylogenetic analysis of full-size genomes from natural hosts during HFRS outbreak in the Saratov Region, 2019. Materials and methods. Blood samples of 8 HFRS patients from Saratov and 3 lung samples of bank voles captured in the suburb of Saratov were analyzed using reverse transcription polymerase chain reaction, followed by sequencing and phylogenetic analysis. Results and discussion. A total of 6 viral RNA isolates from HFRS patients were genetically typed, full-length RNA-isolate genomes were obtained for 3 natural carriers. Our data indicate that PUUV virus was associated with HFRS outbreak in Saratov. Genetic analysis revealed that the virus belonged to RUS lineage of PUUV, related most closely to strains from Udmurtia and Tatarstan and differed from strains circulating in the territory of Bashkortostan and Samara Region.

хантавирусгеморрагическая лихорадка с почечным синдромомвспышка ГЛПСРоссияhantavirushemorrhagic fever with renal syndromeHFRS outbreakRussiaИсследование проводилось в рамках выполнения государственного задания ГЗ-7/16.ReferencesJonsson C.B., Figueiredo L.T., Vapalahti O. A global perspective on hantavirus ecology, epidemiology, and disease. Clin. Microbiol. Rev. 2010; 23(2):412–41. DOI: 10.1128/CMR.00062-09.Jonsson C.B., Figueiredo L.T., Vapalahti O. A global perspective on hantavirus ecology, epidemiology, and disease. Clin. Microbiol. Rev. 2010; 23(2):412–41. DOI: 10.1128/CMR.00062-09.Clement J., LeDuc J.W., Lloyd G., Reynes J.M., McElhinney L., Van Rans M., Lee H.W. Wild rats, laboratory rats, pet rats: global Seoul hantavirus disease revisited. Viruses. 2019; 11(7):652. DOI: 10.3390/v11070652.Clement J., LeDuc J.W., Lloyd G., Reynes J.M., McElhinney L., Van Rans M., Lee H.W. Wild rats, laboratory rats, pet rats: global Seoul hantavirus disease revisited. Viruses. 2019; 11(7):652. DOI: 10.3390/v11070652.Tkachenko E.A., Ishmukhametov A.A., Dzagurova T.K., Bernshtein A.D., Morozov V.G., Siniugina A.A., Kurashova S.S., Balkina A.S., Tkachenko P.E., Kruger D.H., Klempa B. Hemorrhagic fever with renal syndrome, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2019; 25(12):2325–7. DOI: 10.3201/eid2512.181649.Tkachenko E.A., Ishmukhametov A.A., Dzagurova T.K., Bernshtein A.D., Morozov V.G., Siniugina A.A., Kurashova S.S., Balkina A.S., Tkachenko P.E., Kruger D.H., Klempa B. Hemorrhagic fever with renal syndrome, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2019; 25(12):2325–7. DOI: 10.3201/eid2512.181649.Савицкая Т.А., Иванова А.В., Исаева Г.Ш., Решетникова И.Д., Трифонов В.А., Зиатдинов В.Б., Серова И.В., Сафронов В.А. Оценка эпидемиологической ситуации по геморрагической лихорадке с почечным синдромом в мире и России, прогноз на 2020 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2:62–70. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-62-70.Savitskaya T.A., Ivanova A.V., Isaeva G.Sh., Reshetnikova I.D., Trifonov V.A., Ziatdinov V.B., Serova I.V., Safronov V.A. [Assessment of epidemiological situation on hemorhhagic fever with renal syndrome around the world and in Russia, forecast for 2020]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; (2):62–70. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-62-70.Reynes J.M., Carli D., Boukezia N., Debruyne M., Herti S. Tula hantavirus infection in a hospitalised patient, France, June 2015. Euro Surveill. 2015; 20(50). DOI: 10.2807/1560-7917. ES.2015.20.50.30095.Reynes J.M., Carli D., Boukezia N., Debruyne M., Herti S. Tula hantavirus infection in a hospitalised patient, France, June 2015. Euro Surveill. 2015; 20(50). DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2015.20.50.30095.Plyusnin A., Vapalahti O., Lankinen H., Lehvaslaiho H., Apekina N., Myasnikov Y., Kallio-Kokko H., Henttonen H., Lundkvist A., Brummer-Korvenkontio M., Gavrilovskaya I., Vaheri A. Tula virus: a newly detected hantavirus carried by European common voles. J. Virol. 1994; 68(12):7833–9. DOI: 10.1128/JVI.68.12.7833-7839.1994.Plyusnin A., Vapalahti O., Lankinen H., Lehvaslaiho H., Apekina N., Myasnikov Y., Kallio-Kokko H., Henttonen H., Lundkvist A., Brummer-Korvenkontio M., Gavrilovskaya I., Vaheri A. Tula virus: a newly detected hantavirus carried by European common voles. J. Virol. 1994; 68(12):7833–9. DOI: 10.1128/JVI.68.12.7833-7839.1994.Якименко В.В., Деконенко А.Е., Малькова М.Г., Кузьмин И.В., Танцев А.К., Дзагурова Т.К., Ткаченко Е.А. О распространении хантавирусов в Западной Сибири. Медицинская паразитология и паразитарные болезни. 2000; 3:21–8.Yakimenko V.V, Dekonenko A.E., Mal’kova M.G., Kuz’min I.V., Tantsev A.K., Dzagurova T.K., Tkachenko E.A. [Spread of hantaviruses in West Siberia]. Meditsinskaya Parazitologiya i Parazitarnye Bolezni [Medical Parasitology and Parasitic Diseases]. 2000; 3:21–8.Яшина Л.Н., Зайковская А.В., Протопопова Е.В., Бабкин И.В., Малышев Б.С., Товпинец Н.Н., Евстафьев И.Л. Хантавирус Тула на территории Крыма. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015; 4:38–41.Yashina L.N., Zaykovskaya A.V., Protopopova E.V., Babkin I.V., Malyshev B.S., Tovpinets N.N., Evstaf’ev I.L. [Tula hantavirus in Crimea]. Molekulyarnaya genetika, Mikrobiologiya and Virusologiya [Molecular Genetics, Microbiology and Virology]. 2015; 4:38–41.Castel G., Chevenet F., Razzauti M., Murri S., Marianneau P., Cosson J.F., Tordo N., Plyusnin A. Phylogeography of Puumala orthohantavirus in Europe. Viruses. 2019; 11(8):679. DOI: 10.3390/v11080679.Castel G., Chevenet F., Razzauti M., Murri S., Marianneau P., Cosson J.F., Tordo N., Plyusnin A. Phylogeography of Puumala orthohantavirus in Europe. Viruses. 2019; 11(8):679. DOI: 10.3390/v11080679.Plyusnin A., Morzunov S.P. Virus evolution and genetic diversity of hantaviruses and their rodent hosts. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2001; 256:47–75. DOI: 10.1007/978-3-642-56753-7_4.Plyusnin A., Morzunov S.P. Virus evolution and genetic diversity of hantaviruses and their rodent hosts. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2001; 256:47–75. DOI: 10.1007/978-3-642-56753-7_4.Kariwa H., Yashimatsu K., Sawabe J., Yokota E., Arikawa J., Takashima I., Fukushima H., Lundkvist A., Shubin F.N., Isachkova L.M., Slonova R.A., Leonova G.N., Hashimoto N. Genetic diversities of hantaviruses among rodents in Hokkaido, Japan and Far East Russia. Virus Res. 1999; 59(2):219–28. DOI: 10.1016/s0168-1702(98)00141-5.Kariwa H., Yashimatsu K., Sawabe J., Yokota E., Arikawa J., Takashima I., Fukushima H., Lundkvist A., Shubin F.N., Isachkova L.M., Slonova R.A., Leonova G.N., Hashimoto N. Genetic diversities of hantaviruses among rodents in Hokkaido, Japan and Far East Russia. Virus Res. 1999; 59(2):219–28. DOI: 10.1016/s0168-1702(98)00141-5.Yashina L.N., Abramov S.A., Dupal T.A., Danchinova G.A., Malyshev B.S., Hay J., Gu S.H., Yanagihara R. Hokkaido genotype of Puumala virus in the grey red-backed vole (Myodes rufocanus) and northern red-backed vole (Myodes rutilus) in Siberia. Infect. Genet. Evol. 2015; 33:304–13. DOI: 10.1016/j.meegid.2015.05.021.Yashina L.N., Abramov S.A., Dupal T.A., Danchinova G.A., Malyshev B.S., Hay J., Gu S.H., Yanagihara R. Hokkaido genotype of Puumala virus in the grey red-backed vole (Myodes rufocanus) and northern red-backed vole (Myodes rutilus) in Siberia. Infect. Genet. Evol. 2015; 33:304–13. DOI: 10.1016/j.meegid.2015.05.021.Song K.J., Baek L.J., Moon S., Ha S.J., Kim S.H., Park K.S., Klein T.A., Sames W., Kim H.C., Lee J.S., Yanagihara R., Song J.W. Muju virus, a novel hantavirus harboured by the arvicolid rodent Myodes regulus in Korea. J. Gen. Virol. 2007; 88:3121–9. DOI: 10.1099/vir.0.83139-0.Song K.J., Baek L.J., Moon S., Ha S.J., Kim S.H., Park K.S., Klein T.A., Sames W., Kim H.C., Lee J.S., Yanagihara R., Song J.W. Muju virus, a novel hantavirus harboured by the arvicolid rodent Myodes regulus in Korea. J. Gen. Virol. 2007; 88:3121–9. DOI: 10.1099/vir.0.83139-0.Ge X.Y., Yang W.H., Pan H., Zhou J.H., Han X., Zhu G.J., Desmond J.S., Daszak P., Shi Z.L., Zhang Y.Z. Fugong virus, a novel hantavirus harbored by the small oriental vole (Eothenomys eleusis) in China. Virol. J. 2016; 13:27–33. DOI: 10.1186/s12985-016-0483-9.Ge X.Y., Yang W.H., Pan H., Zhou J.H., Han X., Zhu G.J., Desmond J.S., Daszak P., Shi Z.L., Zhang Y.Z. Fugong virus, a novel hantavirus harbored by the small oriental vole (Eothenomys eleusis) in China. Virol. J. 2016; 13:27–33. DOI: 10.1186/s12985-016-0483-9.Garanina S.B., Platonov A.E., Zhuravlev V.I., Murashkina A.N., Yakimenko V.V., Korneev A.G., Shipulin G.A. Genetic diversity and geographic distribution of hantaviruses in Russia. Zoon. Pub. Health. 2009; 56(6-7):297–309. DOI: 10.1111/j.1863-2378.2008.01210.х.Garanina S.B., Platonov A.E., Zhuravlev V.I., Murashkina A.N., Yakimenko V.V., Korneev A.G., Shipulin G.A. Genetic diversity and geographic distribution of hantaviruses in Russia. Zoon. Pub. Health. 2009; 56(6-7):297–309. DOI: 10.1111/j.1863-2378.2008.01210.х.Яшина Л.Н., Кузина И.И., Малышева Т.В., Иванов Л.И., Хасанова С.С. Применение амплификационной тест-системы для диагностики геморрагической лихорадки с почечным синдромом и изучения генотипов вирусов-возбудителей. Вестник Российской академии медицинских наук. 2004; 8:40–3.Yashina L.N., Kuzina I.I., Malysheva T.V., Ivanov L.I., Khasanova S.S. [PCR test-system application for hemorrhagic fever with renal syndrome diagnosis and study of hantavirus genetic diversity]. Vestnik Rossiyskoy Akademii Meditsinskikh Nauk [Bulletin of the Russian Academy of Medical Sciences]. 2004; 8:40–3.Dekonenko A., Yakimenko V., Ivanov A., Morozov V., Nikitin P., Khasanova S., Dzagurova T., Tkachenko E., Schmaljohn C. Genetic similarity of Puumala viruses found in Finland and western Siberia and of the mitochondrial DNA of their rodent hosts suggests a common evolutionary origin. Infect. Genet. Evol. 2003; 3:245–57.Dekonenko A., Yakimenko V., Ivanov A., Morozov V., Nikitin P., Khasanova S., Dzagurova T., Tkachenko E., Schmaljohn C. Genetic similarity of Puumala viruses found in Finland and western Siberia and of the mitochondrial DNA of their rodent hosts suggests a common evolutionary origin. Infect. Genet. Evol. 2003; 3:245–57.Иванова А.В., Сафронов В.А., Попов Н.В., Кожанова О.И., Матвеева Н.И., Кресова У.А., Чумачкова Е.А., Поспелов М.В., Архипова Г.Н., Вяткин И.Н., Щербакова С.А., Кутырев В.В. Эпидемиологические особенности вспышки ГЛПС в Саратовской области 2019 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2:78–85. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-78-85.Ivanova A.V., Safronov V.A., Popov N.V., Kozhanova O.I., Matveeva N.I., Kresova U.A., Chumachkova E.A., Pospelov M.V., Arkhipova G.N., Vyatkin I.N., Shcherbakova S.A., Kutyrev V.V. [Epidemiological features of HFRS (hemorrhagic fever with renal syndrome) outbreak in the Saratov Region in 2019]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; (2):78–85. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-78-85.Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V., Meisel H., Denys C., Koivogui L., ter Meulen J., Krüger D.H. Hantavirus in African wood mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(5):838–40. DOI: 10/3201/eid1205.051487.Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V., Meisel H., Denys C., Koivogui L., ter Meulen J., Krüger D.H. Hantavirus in African wood mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(5):838–40. DOI: 10/3201/eid1205.051487.Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28(10):2731–9. DOI:10.1093/molbev/msr121.Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28(10):2731–9. DOI:10.1093/molbev/msr121.Jaaskelainen K.M., Kaukinen P., Minskaya E.S., Plyusnina A., Vapalahti O., Elliott R.M., Weber F., Vaheri A., Plyusnin A. Tula and Puumala hantavirus NSs ORFs are functional and the products inhibit activation of the interferon-beta promoter. J. Med. Virol. 2007; 79(10):1527–36. DOI: 10.1002/jmv.20948.Jaaskelainen K.M., Kaukinen P., Minskaya E.S., Plyusnina A., Vapalahti O., Elliott R.M., Weber F., Vaheri A., Plyusnin A. Tula and Puumala hantavirus NSs ORFs are functional and the products inhibit activation of the interferon-beta promoter. J. Med. Virol. 2007; 79(10):1527–36. DOI: 10.1002/jmv.20948.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.