microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2023-2-61-74microbe-1821Research ArticleОБЗОРЫREVIEWSАнализ заболеваемости бруцеллезом и молекулярно-генетическая характеристика популяции бруцелл на территории Российской ФедерацииAnalysis of Brucellosis Incidence and Molecular-Genetic Characteristics of Brucella Population in the Territory of the Russian Federationhttps://orcid.org/0000-0003-0422-6755ПономаренкоД. Г.PonomarenkoD. G.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

ponomarenko.dg@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-7459-7204ХачатуровА. А.KhachaturovaA. A.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0002-9366-5647КовалёвД. А.KovalevD. A.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

СкудареваО. Н.SkudarevaO. N.

127994, Москва, Вадковский пер., 18, стр. 5 и 7

18, Bld. 5 and 7, Vadkovsky Lane, Moscow, 127994

https://orcid.org/0000-0001-7405-101XЛукашевичД. Е.LukashevichD. E.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0002-9614-234XЖариноваИ. В.ZharinovaI. V.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0009-5192-7937ДауроваА. В.DaurovaA. V.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0001-5036-9517ГермановаА. Н.GermanovaA. N.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0003-1054-8937ЛогвиненкоО. В.LogvinenkoO. V.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0001-6073-6544РакитинаЕ. Л.RakitinaE. L.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0001-6068-6655 КостюченкоМ. В.KostyuchenkoM. V.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0001-9513-0761КузнецоваИ. В.KuznetsovaI. V.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0001-9152-4026ШапаковН. А.ShapakovN. A.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0001-6338-4476БобрышеваО. В.BobryshevaO. V.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0001-6458-6790ПисаренкоС. В.PisarenkoS. V.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0001-8163-7844МанинЕ. А.ManinE. A.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0002-3003-4952МалецкаяО. В.MaletskayaO. V.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

https://orcid.org/0000-0002-9362-3949КуличенкоА. Н.KulichenkoA. N.

355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15

13–15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035

ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт»РоссияStavropol Research Anti-Plague InstituteRussian FederationФедеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаРоссияFederal Service for Surveillance on Consumers’ Rights Protection and Human Well-beingRussian Federation202312072023026174Copyright © Пономаренко Д.Г., Хачатуров А.А., Ковалёв Д.А., Скударева О.Н., Лукашевич Д.Е., Жаринова И.В., Даурова А.В., Германова А.Н., Логвиненко О.В., Ракитина Е.Л.,  Костюченко М.В., Кузнецова И.В., Шапаков Н.А., Бобрышева О.В., Писаренко С.В., Манин Е.А., Малецкая О.В., Куличенко А.Н., 20232023Пономаренко Д.Г., Хачатуров А.А., Ковалёв Д.А., Скударева О.Н., Лукашевич Д.Е., Жаринова И.В., Даурова А.В., Германова А.Н., Логвиненко О.В., Ракитина Е.Л.,  Костюченко М.В., Кузнецова И.В., Шапаков Н.А., Бобрышева О.В., Писаренко С.В., Манин Е.А., Малецкая О.В., Куличенко А.Н.Ponomarenko D.G., Khachaturova A.A., Kovalev D.A., Skudareva O.N., Lukashevich D.E., Zharinova I.V., Daurova A.V., Germanova A.N., Logvinenko O.V., Rakitina E.L., Kostyuchenko M.V., Kuznetsova I.V., Shapakov N.A., Bobrysheva O.V., Pisarenko S.V., Manin E.A., Maletskaya O.V., Kulichenko A.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1821

Представлены анализ заболеваемости бруцеллезом в России в 2013–2022 гг. и данные о генетическом разнообразии популяций Brucella melitensis и Brucella abortus, выделенных в России в 1939–2022 гг. В последние 10 лет эпидемиологическая ситуация в России характеризуется как неустойчивая на фоне стойкого неблагополучия по бруцеллезу крупного (КРС) и мелкого (МРС) рогатого скота. В период 2013–2022 (9 мес.) гг. зарегистрировано 4298 неблагополучных пунктов по бруцеллезу КРС (89164 больных животных) и 371 – по бруцеллезу МРС (13569). Наибольшее количество эпизоотических очагов бруцеллеза регистрировали в Северо-Кавказском и Южном федеральных округах. В 2013–2022 гг. в среднем ежегодно регистрировалось 327 случаев бруцеллеза среди людей, показатель заболеваемости на 100 тыс. населения – 0,24. До 70–90 % случаев бруцеллеза выявлено на юге европейской части страны. Отмечается тренд на ухудшение ситуации по бруцеллезу в Приволжском (Пензенская и Самарская области) и Центральном (Смоленская, Воронежская и Тульская области) федеральных округах. Имеется связь интенсивности эпидемических проявлений бруцеллеза с уровнем антропоургической энзоотичности территорий. В 2022 г. зарегистрировано 467 случаев бруцеллеза (0,32 на 100 тыс. населения), что превышает на 42,8 % среднегодовые значения за 10 лет. В 2023 г. можно прогнозировать некоторую стабилизацию уровня заболеваемости на 20–25 % выше средних многолетних величин. Количество людей, заболевших бруцеллезом, может находиться в диапазоне 380–410 случаев (0,26–0,28 на 100 тыс. населения). Результаты генотипирования штаммов B. melitensis указали на увеличение за последние 20–25 лет доли изолятов с MLVA-профилем, характерным для штаммов из энзоотичных по бруцеллезу стран Ближнего Востока и Северной Африки, что может свидетельствовать о завозе (заносе) с этих территорий в Россию инфекции с поголовьем овец, коз и/или биоматериалом от них.

An analysis of brucellosis incidence in Russia in 2013–2022 and the data on genetic diversity of Brucella melitensis and Brucella abortus populations isolated in Russia in 1939–2022 are provided in the review. Over the past decade, the epidemiological situation in Russia has been characterized as unstable against the background of persistent unfavorable conditions for brucellosis in cattle and small ruminants. During the period of 2013–2022 (9 months), 4298 epizootic foci as regards brucellosis in cattle (89164 sick animals) and 371 as regards brucellosis in small ruminants (13569) were registered. The largest number of epizootic brucellosis foci was recorded in the North-Caucasian and Southern Federal Districts. In 2013–2022, on average, 327 cases of brucellosis among people were registered annually, the incidence rate per 100 000 of the population was 0.24. Up to 70–90 % of brucellosis cases were detected in the south of the European part of the country. A trend towards deterioration of the situation on brucellosis in Volga (Penza and Samara Regions) and Central (Smolensk, Voronezh and Tula Regions) Federal Districts is observed. There is a connection between the intensity of epidemic manifestations of brucellosis and the level of anthropurgic enzooty of territories. In 2022, 467 cases of brucellosis were reported (0.32 per 100 000 of the population), which is 42.8 % higher than annual average values over 10 years. In 2023, a measure of stability of incidence rates, by 20–25 % above average long-term values, is to be expected. Incidence of brucellosis in humans will be within the range of 380–410 cases (0.26–0.28 per 100 000 of the population). The results of genotyping of B. melitensis strains point to an increase in the proportion of isolates with an MLVA-profile characteristic of strains from enzootic as regards brucellosis countries of Middle East and North Africa over past 20–25 years, which can indicate importation (introduction) of the infection from these territories to Russia through small ruminants and/or biomaterial from them.

бруцеллеззаболеваемостьэпизоотический процессэпидемические проявлениягенетическое разнообразие штаммов Brucella spp.brucellosisincidenceepizootic processepidemic manifestationsgenetic diversity of Brucella spp. strainsReferencesПопова А.Ю., Куличенко А.Н., редакторы. 70 лет Ставропольскому научно-исследовательскому противочумному институту. Ставрополь: ООО «Дизайн-студия Б»; 2022. 232 с. [Электронный ресурс]. URL: https://snipchi.ru/updoc/book_stavnipchi_70years.pdf.Popova A.Yu., Kulichenko A.N., editors. [70th Anniversary of the Stavropol Research Anti-Plague Institute]. Stavropol: “Design Studio B” LLC; 2022. 232 p. [Internet]. Available from: https://snipchi.ru/updoc/book_stavnipchi_70years.pdf.Онищенко Г.Г., Куличенко А.Н., редакторы. Бруцеллез. Современное состояние проблемы. Ставрополь: ООО «Губерния»; 2019. 336 c.Onishchenko G.G., Kulichenko A.N., editors. [Brucellosis. The Current State of the Issue]. Stavropol: “Gubernia” LLC; 2019. 336 p.Пономаренко Д.Г., Скударева О.Н., Хачатурова А.А., Лукашевич Д.Е., Жаринова И.В., Даурова А.В., Германова А.Н., Логвиненко О.В., Ракитина Е.Л., Костюченко М.В., Манин Е.А., Малецкая О.В., Куличенко А.Н. Бруцеллез: тенденции развития ситуации в мире и прогноз на 2022 г. в Российской Федерации. Проблемы особо опасных инфекций. 2022; 2:36–45. DOI: 10.21055/0370-1069-2022-2-36-45.Ponomarenko D.G., Skudareva O.N., Khachaturova A.A., Lukashevich D.E., Zharinova I.V., Daurova A.V., Germanova A.N., Logvinenko O.V., Rakitina E.L., Kostyuchenko M.V., Manin E.A., Maletskaya O.V., Kulichenko A.N. [Brucellosis: trends in the development of situation in the world and forecast for 2022 in the Russian Federation]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2022; (2):36–45. DOI: 10.21055/0370-1069-2022-2-36-45.Le Flèche P., Jacques I., Grayon M., Al Dahouk S., Bouchon P., Denoeud F., Nöckler K., Neubauer H., Guilloteau L.A., Vergnaud G. Evaluation and selection of tandem repeat loci for a Brucella MLVA typing assay. BMC Microbiol. 2006; 6:9. DOI: 10.1186/1471-2180-6-9.Le Flèche P., Jacques I., Grayon M., Al Dahouk S., Bouchon P., Denoeud F., Nöckler K., Neubauer H., Guilloteau L.A., Vergnaud G. Evaluation and selection of tandem repeat loci for a Brucella MLVA typing assay. BMC Microbiol. 2006; 6:9. DOI: 10.1186/1471-2180-6-9.Ma J.Y., Wang H., Zhang X.F., Xu L.Q., Hu G.Y., Jiang H., Zhao F., Zhao H.Y., Piao D.R., Qin Y.M., Cui B.Y., Lin G.H. MLVA and MLST typing of Brucella from Qinghai, China. Infect. Dis. Poverty. 2016; 5:26. DOI: 10.1186/s40249-016-0123-z.Ma J.Y., Wang H., Zhang X.F., Xu L.Q., Hu G.Y., Jiang H., Zhao F., Zhao H.Y., Piao D.R., Qin Y.M., Cui B.Y., Lin G.H. MLVA and MLST typing of Brucella from Qinghai, China. Infect. Dis. Poverty. 2016; 5:26. DOI: 10.1186/s40249-016-0123-z.MLVA bank for Microbes Genotyping. [Электронный ресурс]. URL: http://microbesgenotyping.i2bc.paris-saclay.fr/databases.MLVA bank for Microbes Genotyping. [Internet]. Available from: http://microbesgenotyping.i2bc.paris-saclay.fr/databases.R Core Team (2020). R: A Language and Environment for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. [Электронный ресурс]. URL: https://www.r-project.org/.R Core Team (2020). R: A Language and Environment for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. [Internet]. Available from: https://www.r-project.org/.Wickham H., Averick M., Bryan J., Chang W., D’Agostino McGowan L., François R., Grolemund G., Hayes A., Henry L., Hester J., Kuhn M., Pedersen T.L., Miller E., Bache S.M., Müller K., Ooms J., Robinson D., Seidel D.P., Spinu V., Takahashi K., Vaughan D., Wilke C., Woo K., Yutani H. Welcome to the tidyverse. JOSS. 2019; 4(43):1686. DOI: 10.21105/JOSS.01686.Wickham H., Averick M., Bryan J., Chang W., D’Agostino McGowan L., François R., Grolemund G., Hayes A., Henry L., Hester J., Kuhn M., Pedersen T.L., Miller E., Bache S.M., Müller K., Ooms J., Robinson D., Seidel D.P., Spinu V., Takahashi K., Vaughan D., Wilke C., Woo K., Yutani H. Welcome to the tidyverse. JOSS. 2019; 4(43):1686. DOI: 10.21105/JOSS.01686.Эпизоотическая ситуация в Российской Федерации 2022 (III квартал). [Электронный ресурс]. URL: https://fsvps.gov.ru/sites/default/files/files/iac/iac_3_kv.2022_goda.pdf.[Epizootic situation in the Russian Federation, 2022 (III quarter)]. [Internet]. Available from: https://fsvps.gov.ru/sites/default/files/files/iac/iac_3_kv.2022_goda.pdf.Vergnaud G., Hauck Y., Christiany D., Daoud B., Pourcel C., Jacques I., Cloeckaert A., Zygmunt M.S. Genotypic expansion within the population structure of classical Brucella species revealed by MLVA16 typing of 1404 Brucella isolates from different animal and geographic origins, 1974–2006. Front. Microbiol. 2018; 9:1545. DOI: 10.3389/fmicb.2018.01545.Vergnaud G., Hauck Y., Christiany D., Daoud B., Pourcel C., Jacques I., Cloeckaert A., Zygmunt M.S. Genotypic expansion within the population structure of classical Brucella species revealed by MLVA16 typing of 1404 Brucella isolates from different animal and geographic origins, 1974–2006. Front. Microbiol. 2018; 9:1545. DOI: 10.3389/fmicb.2018.01545.Wattam A.R., Foster J.T., Mane S.P., Beckstrom-Sternberg S.M., Beckstrom-Sternberg J.M., Dickerman A.W., Keim P., Pearson T., Shukla M., Ward D.V., Williams K.P., Sobral B.W., Tsolis R.M., Whatmore A.M., O’Callaghan D. Comparative phylogenomics and evolution of the Brucellae reveal a path to virulence. J. Bacteriol. 2014; 196(5):920–30. DOI: 10.1128/JB.01091-13.Wattam A.R., Foster J.T., Mane S.P., Beckstrom-Sternberg S.M., Beckstrom-Sternberg J.M., Dickerman A.W., Keim P., Pearson T., Shukla M., Ward D.V., Williams K.P., Sobral B.W., Tsolis R.M., Whatmore A.M., O’Callaghan D. Comparative phylogenomics and evolution of the Brucellae reveal a path to virulence. J. Bacteriol. 2014; 196(5):920–30. DOI: 10.1128/JB.01091-13.Whatmore A.M., Koylass M.S., Muchowski J., Edwards- Smallbone J., Gopaul K.K., Perrett L.L. Extended multilocus sequence analysis to describe the global population structure of the genus Brucella: Phylogeography and relationship to biovars. Front. Microbiol. 2016; 7:2049. DOI: 10.3389/fmicb.2016.02049.Whatmore A.M., Koylass M.S., Muchowski J., Edwards- Smallbone J., Gopaul K.K., Perrett L.L. Extended multilocus sequence analysis to describe the global population structure of the genus Brucella: Phylogeography and relationship to biovars. Front. Microbiol. 2016; 7:2049. DOI: 10.3389/fmicb.2016.02049.Хачатурова А.А., Пономаренко Д.Г., Ковалев Д.А., Германова А.Н., Лукашевич Д.Е., Русанова Д.В., Сердюк Н.С., Семенко О.В., Жиров А.М., Катунина Л.С., Куличенко А.Н. Анализ заболеваемости людей бруцеллезом и молекулярнобиологическая характеристика изолятов Brucella melitensis на длительно неблагополучных по бруцеллезу территориях юга европейской части России. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99(1):63–74. DOI: 10.36233/0372-9311-185.Khachaturova A.A., Ponomarenko D.G., Kovalev D.A., Germanova A.N., Lukashevich D.E., Rusanova D.V., Serdyuk N.S., Semenko O.V., Zhirov A.M., Katunina L.S., Kulichenko A.N. [Analysis of cases of brucellosis in humans and molecular-biolo gical characteristics of Brucella melitensis strains in regions of South European Russia with a high brucellosis incidence]. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunobiologii. [Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology]. 2022; 99(1):63– 74. DOI: 10.36233/0372-9311-185.Pisarenko S.V., Kovalev D.A., Volynkina A.S., Ponomarenko D.G., Rusanova D.V., Zharinova N.V., Khachaturova A.A., Tokareva L.E., Khvoynova I.G., Kulichenko A.N. Global evolution and phylogeography of Brucella melitensis strains. BMC Genomics. 2018; 19(1):353. DOI: 10.1186/s12864-018-4762-2.Pisarenko S.V., Kovalev D.A., Volynkina A.S., Ponomarenko D.G., Rusanova D.V., Zharinova N.V., Khachaturova A.A., Tokareva L.E., Khvoynova I.G., Kulichenko A.N. Global evolution and phylogeography of Brucella melitensis strains. BMC Genomics. 2018; 19(1):353. DOI: 10.1186/s12864-018-4762-2.Tan K.K., Tan Y.C., Chang L.Y., Lee K.W., Nore S.S., Yee W.Y., Mat Isa M.N., Jafar F.L., Hoh C.C., AbuBakar S. Full genome SNP-based phylogenetic analysis reveals the origin and global spread of Brucella melitensis. BMC Genomics. 2015; 16(1):93. DOI: 10.1186/s12864-015-1294-x.Tan K.K., Tan Y.C., Chang L.Y., Lee K.W., Nore S.S., Yee W.Y., Mat Isa M.N., Jafar F.L., Hoh C.C., AbuBakar S. Full genome SNP-based phylogenetic analysis reveals the origin and global spread of Brucella melitensis. BMC Genomics. 2015; 16(1):93. DOI: 10.1186/s12864-015-1294-x.Kovalev D.A., Ponomarenko D.G., Pisarenko S.V., Shapakov N.A., Khachaturova A.A., Serdyuk N.S., Bobrysheva O.V., Kulichenkо A.N. Phylogeny of Brucella abortus strains isolated in the Russian Federation. Asian Pac. J. Trop. Med. 2021; 14(7):323–9. DOI: 10.4103/1995-7645.320523.Kovalev D.A., Ponomarenko D.G., Pisarenko S.V., Shapakov N.A., Khachaturova A.A., Serdyuk N.S., Bobrysheva O.V., Kulichenkо A.N. Phylogeny of Brucella abortus strains isolated in the Russian Federation. Asian Pac. J. Trop. Med. 2021; 14(7):323–9. DOI: 10.4103/1995-7645.320523.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.