microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2014-4-43-51microbe-184Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯ, ДИАГНОСТИКАMICROBIOLOGY, DIAGNOSTICSЗаболевание человека чумой в Горно-Алтайском высокогорном природном очаге в 2014 г. Сообщение 2. Особенности лабораторной диагностики и молекулярно-генетическая характеристика выделенных штаммовInfection of an Individual with Plague in the Gorno-Altaisk High-Mountain Natural Focus in 2014. Communication 2. Peculiarities of Laboratory Diagnostics and Molecular-Genetic Characterization of the Isolated StrainsКутыревВ. В.KutyrevV. V.rusrapi@microbe.ruПоповаА. Ю.PopovaA. Yu.noemail@neicon.ruЕжловаЕ. Б.EzhlovaE. B.noemail@neicon.ruДеминаЮ. В.DeminaYu. V.noemail@neicon.ruПакскинаН. Д.PakskinaN. D.noemail@neicon.ruШароваИ. Н.SharovaI. N.rusrapi@microbe.ruМищенкоА. И.MishchenkoA. I.chuma@mail.gorny.ruРождественскийЕ. Н.RozhdestvenskyE. N.chuma@mail.gorny.ruБазароваГ. Х.BazarovaG. Kh.chuma@mail.gorny.ruМихайловЕ. П.MikhailovE. P.chuma@mail.gorny.ruЕрошенкоГ. А.EroshenkoG. A.rusrapi@microbe.ruКрасновЯ. М.KrasnovYa. M.rusrapi@microbe.ruКуклеваЛ. М.KuklevaL. M.rusrapi@microbe.ruЧеркасовА. В.CherkasovA. V.rusrapi@microbe.ruОглодинЕ. Г.OglodinE. G.rusrapi@microbe.ruКуклевВ. Е.KuklevV. E.rusrapi@microbe.ruОдиноковГ. Н.OdinokovG. N.rusrapi@microbe.ruЩербаковаС. А.ShcherbakovaS. A.rusrapi@microbe.ruБалахоновС. В.BalakhonovS. V.adm@chumin.irkutsk.ruАфанасьевМ. В.Afanas’EvM. V.adm@chumin.irkutsk.ruВитязеваС. А.VityazevaS. A.adm@chumin.irkutsk.ruШестопаловМ. Ю.ShestopalovM. Yu.adm@chumin.irkutsk.ruКлимовВ. Т.KlimovV. T.adm@chumin.irkutsk.ruРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian FederationФедеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаРоссияFederal Service for Surveillance in the Sphere of Consumers Rights Protection and Human WelfareRussian FederationАлтайская противочумная станцияРоссияAltai Plague Control StationRussian FederationИркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего ВостокаРоссияIrkutsk Research Anti-Plague Institute of Siberia and Far EastRussian Federation201420122014044351Copyright © Кутырев В.В., Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Пакскина Н.Д., Шарова И.Н., Мищенко А.И., Рождественский Е.Н., Базарова Г.Х., Михайлов Е.П., Ерошенко Г.А., Краснов Я.М., Куклева Л.М., Черкасов А.В., Оглодин Е.Г., Куклев В.Е., Одиноков Г.Н., Щербакова С.А., Балахонов С.В., Афанасьев М.В., Витязева С.А., Шестопалов М.Ю., Климов В.Т., 20142014Кутырев В.В., Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Пакскина Н.Д., Шарова И.Н., Мищенко А.И., Рождественский Е.Н., Базарова Г.Х., Михайлов Е.П., Ерошенко Г.А., Краснов Я.М., Куклева Л.М., Черкасов А.В., Оглодин Е.Г., Куклев В.Е., Одиноков Г.Н., Щербакова С.А., Балахонов С.В., Афанасьев М.В., Витязева С.А., Шестопалов М.Ю., Климов В.Т.Kutyrev V.V., Popova A.Y., Ezhlova E.B., Demina Y.V., Pakskina N.D., Sharova I.N., Mishchenko A.I., Rozhdestvensky E.N., Bazarova G.K., Mikhailov E.P., Eroshenko G.A., Krasnov Y.M., Kukleva L.M., Cherkasov A.V., Oglodin E.G., Kuklev V.E., Odinokov G.N., Shcherbakova S.A., Balakhonov S.V., Afanas’Ev M.V., Vityazeva S.A., Shestopalov M.Y., Klimov V.T.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/184

Лабораторную диагностику чумы осуществляли в соответствии с действующими нормативно-методическими документами. Особенностью стало проведение диагностических исследований на фоне лечения антибактериальными препаратами, обладающими выраженной активностью в отношении грамотрицательных бактерий, в том числе возбудителя чумы (цефтриаксон, ципролет, амикацин). Исследования показали, что в условиях антибиотикотерапии на ранних этапах заболевания наиболее эффективным методом лабораторной диагностики чумы является ПЦР, что позволяет на основании результатов этого метода осуществлять постановку не только предварительного, но и окончательного диагноза у больного. С помощью методов молекулярно-генетического анализа (ПЦР, мультилокусный VNTR-анализ, мультилокусное и полногеномное секвенирование) получена генетическая характеристика штаммов, выделенных от больного и сурка, изъятого на дому у больного, которые отнесены к античному биовару основного подвида возбудителя чумы. На основе филогенетического анализа установлено их близкое родство штамму Y. pestis основного подвида, изолированному в этом же очаге в 2012 г., а также штаммам из Монгольского Алтая и Тувинского горного очага.

Laboratory diagnostics of plague was carried out in compliance with valid operational guidelines and regulations. But its peculiarity consisted in the performance of diagnostic investigations secondary to antimicrobial therapy with application of preparations characterized by the expressed activity towards gram-negative microorganisms, including the agent of plague (ceftriaxone, ciprolet, and amikacin). The studies revealed that under antibiotic treatment during the early phase of infection the most effective method for the laboratory plague diagnostics was PCR. Based on the results of the assay it was possible to establish not only provisional, but also the final diagnosis in a patient. Obtained was genetic characteristics of the strains isolated from the patient and the marmot, withdrawn at the patient’s place, using techniques of molecular-genetic analysis, in particular PCR, multilocus VNTR, and multilocus and genome-wide sequencing. Thereupon the strains were attributed to antique biovar of the main subspecies of plague agent. In addition, close relation to Y. pestis of the main subspecies isolated in the same focus in 2012 and to the strains from Mongolian Altai and Tuvinian mountain focus was determined based on phylogenetic analysis of the isolates.

чумавозбудитель чумыосновной и неосновные подвиды Y pestisлабораторная диагностикамолекулярно-генетический анализplagueplague agentmain and non-main subspecies of Y pestislaboratory diagnosticsmolecular-genetic analysisReferencesБалахонов С.В., Афанасьев М.В., Шестопалов М.Ю., Остяк А.С., Витязева С.А., Корзун В.М., Вержуцкий Д.Б., Михайлов Е.П., Денисов А.В., Ивженко Н.И., Рождественский Е.Н., Висков Е.Н., Фомина Л.А. Первый случай выделения Yersinia pestis subsp. pestis в Алтайском горном природном очаге чумы. Сообщение 1. Микробиологическая характеристика, молекулярно-генетическая и масс-спектрометрическая идентификация изолята. Пробл. особо опасных инф. 2013; 1:60-5.Balakhonov S.V., Afanas’ev M.V., Shestopalov M.Yu., Ostyak A.S., Vityazeva S.A., Korzun V.M., Verzhutsky D.B., Mikhailov E.P., Mishchenko A.I., Denisov A.V., Ivzhenko N.I., Rozhdestvensky E.N., Viskov E.N., Fomina L.A. [The first case of Yersinia pestis subsp. pestis isolation in the territory of Altai mountain natural plague focus. Communication 1. Microbiological characteristics, molecular-genetic and mass-spectrometric identification of the isolate]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2013; 1:60–5.Дмитровский А.М., Белозеров Е.С. Чума. Алматы; 1995. 172 с.Dmitrovsky A.M., Belozerov E.S. [Plague]. Almaty, 1995. 172 p.Ерошенко Г.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Шавина Н.Ю., Гусева Н.П., Кутырев В.В. Генетические основы вариабельности признака редукции нитратов у штаммов Yersinia pestis. Генетика. 2014; 50(5):522-30.Eroshenko G.A., Odinokov G.N., Kukleva L.M., Shavina N.Yu., Guseva N.P., Kutyrev V.V. [Genetic foundations of nitrate reduction variability in Yersinia pestis strains]. Genetika. 2014; 50(5):522–30.Ерошенко Г.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Павлова А.И., Краснов Я.М., Шавина Н.Ю., Гусева Н.П., Виноградова Н.А., Кутырев В.В. Стандартный алгоритм молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis. Журн. эпидемиол, микробиол. и иммунобиол. 2012; 3:25-35.Eroshenko G.A., Odinokov G.N., Kukleva L.M., Pavlova A.I., Krasnov Ya.M., Shavina N.Yu., Guseva N.P., Vinogradova N.A., Kutyrev V.V. [Standard algorithm for molecular typing of Yersinia pestis strains]. Zh. Mikrobiol. Epidemiol. Immunobiol. 2012; 3:25–35.Куклева Л.М., Ерошенко Г.А., Куклев В.Е., Краснов Я.М., Гусева Н.П., Одиноков Г.Н., Кутырев В.В. Сравнение полной нуклеотидной последовательности гена rhaS у штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов. Пробл. особо опасных инф. 2008; 3(97):38-42.Kukleva L.M., Eroshenko G.A., Kuklev V.E., Krasnov Ya.M., Guseva N.P., Odinokov G.N., Kutyrev V.V. [Comparison of complete nucleotide sequence of rhaS gene in the strains of plague etiological agent of main and minor subspecies]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2008; 3(97):38–42.Кутырев В.В., Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Пакскина Н.Д., Щучинов Л.В., Михайлов Е.П., Мищенко А.И., Рождественский Е.Н., Базарова Г.Х., Денисов А.В., Шарова И.Н., Попов Н.В., Кузнецов А.А. Заболевание человека чумой в Горно-Алтайском высокогорном природном очаге в 2014 г. Сообщение 1. Эпидемиологические и эпизоотологические особенности проявлений чумы в Горно-Алтайском высокогорном (Сайлюгемском) природном очаге чумы. Пробл. особо опасных инф. 2014; 4:9-16.Kutyrev V.V., Popova A.Yu., Ezhlova E.B., Demina Yu.V., Pakskina N.D., Shchuchinov L.V., Mikhailov E.P., Mishchenko A.I., Rozhdestvensky E.N., Bazarova G.Kh., Denisov A.V., Sharova I.N., Popov N.V., Kuznetsov A.A. [Infection of an individual with plague in the Gorno-Altaisk highmountain natural focus in 2014. Communication 1. Epidemiological and epizootiological peculiarities of plague manifestations in the Gorno-Altaisk high-mountain (Sailyugemsky) natural plague focus]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2014; 4:9–16.Одиноков Г.Н., Ерошенко Г.А., Павлова А.И., Анисимова Л.В., Кутырев В.В. Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов и возбудителя псевдотуберкулеза методом полимеразной цепной реакции. Патент RU 2425891. Опубл.10.08.2011., Бюл. 22.Odinokov G.N., Eroshenko G.A., Pavlova A.I., Anisimova L.V., Kutyrev V.V. [Method of differentiation between Yersinia pestis strains of the main and non-main subspecies and Yersinia pseudotuberculosis using polymerase chain reaction]. RF Patent 2425891.Одиноков Г.Н., Ерошенко Г.А., Краснов Я.М., Куклева Л.М., Шавина Н.Ю., Павлова А.И., Кутырев В.В. Генетические основы метионинзависимости штаммов Yersinia pestis основного и неосновных подвидов. Генетика. 2011; 47 (3):332-8.Odinokov G.N., Eroshenko G.A., Krasnov Ya.M., Kukleva L.M., Shavina N.Yu., Pavlova A.I., Kutyrev V.V. [Genetic foundations of methionine-dependency in Yersinia pestis strains of the main and non-main subspecies]. Genetika. 2011; 47(3):332–8.Онищенко Г.Г., Кутырев В.В., редакторы. Лабораторная диагностика особо опасных инфекционных болезней: Практическое руководство. М.: ЗАО «Шико»; 2013. 560 с.Onishchenko G.G., Kutyrev V.V., editors [Laboratory Diagnostics of Particularly Dangerous Infections: Practice Guidelines]. M.: ZAO “Shiko”; 2013. 560 p.Онищенко Г.Г., Кутырев В.В., редакторы. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири. М.: Медицина; 2004. 192 с.Onishchenko G.G., Kutyrev V.V., editors [Natural Plague Foci in the Territory of the Caucasus, Caspian-Sea Region, Central Asia, and Siberia]. M.: Meditsina; 2004. 192 p.Cui Y., Yu C., Yan Y., Li D., Li Y., Jombart T., Weinert L.A., Wang Z., Guo Z., Xu L., Zhang Y., Zheng H., Qin N., Xiao X., Wu M., Wang X., Zhou D., Qi Z., Du Z., Wu H., Yang X., Cao H., Wang H., Wang J., Yao S., Rakin A., Li Y., Falush D., Balloux F., Achtman M., Song Y., Wang J., Yang R. Historical variations in mutation rate in an epidemic pathogen, Yersinia pestis. PNAS. 2013; 110(2):577-82.Cui Y., Yu C., Yan Y., Li D., Li Y., Jombart T., Weinert L.A., Wang Z., Guo Z., Xu L., Zhang Y., Zheng H., Qin N., Xiao X., Wu M., Wang X., Zhou D., Qi Z., Du Z., Wu H., Yang X., Cao H., Wang H., Wang J., Yao S., Rakin A., Li Y., Falush D., Balloux F., Achtman M., Song Y., Wang J., Yang R. Historical variations in mutation rate in an epidemic pathogen, Yersinia pestis. PNAS. 2013; 110(2):577–82.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.