microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2014-4-52-55microbe-185Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯ, ДИАГНОСТИКАMICROBIOLOGY, DIAGNOSTICSОпределение геновариантов штаммов Yersinia pestis основного подвида методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатовIdentification of Genovariants of Yersinia pestis Strains Belonging to Main Subspecies Using PCR with Hybridization-Fluorescent Registration of ResultsОглодинЕ. Г.OglodinE. G.rusrapi@microbe.ruОдиноковГ. Н.OdinokovG. N.rusrapi@microbe.ruНикифоровК. А.NikiforovK. A.rusrapi@microbe.ruКуклеваЛ. М.KuklevaL. M.rusrapi@microbe.ruЕрошенкоГ. А.EroshenkoG. A.rusrapi@microbe.ruРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian Federation201420122014045255Copyright © Оглодин Е.Г., Одиноков Г.Н., Никифоров К.А., Куклева Л.М., Ерошенко Г.А., 20142014Оглодин Е.Г., Одиноков Г.Н., Никифоров К.А., Куклева Л.М., Ерошенко Г.А.Oglodin E.G., Odinokov G.N., Nikiforov K.A., Kukleva L.M., Eroshenko G.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/185

Впервые разработан способ определения геновариантов штаммов Yersinia pestis основного подвида методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов. Для дифференциации геновариантов античного (0.ANT, 1.ANT, 2.ANT, 4.ANT), средневекового (2.MED, 2.MED0) и восточного (1.ORI) биоваров использован комплекс ДНК-мишеней, большинство из которых выявлено впервые. Применение их в ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов обеспечивает быстрое и надежное разделение штаммов этих геновариантов, циркулирующих в различных географических регионах. Эффективность метода подтверждена при анализе 110 штаммов Y. pestis , выделенных на территории России, ближнего и дальнего зарубежья, в том числе 37 штаммов античного, 53 штаммов средневекового и 20 штаммов восточного биоваров.

For the first time ever developed has been the method of identification of genovariants in Yersinia pestis strains belonging to the main subspecies using PCR with hybridization-fluorescent registration of results. A complex of DNA-targets, the most of which are newly detected ones, have been utilized to differentiate between genovariants of antique (0.ANT, 1.ANT, 2.ANT, 4.ANT), medievalis (2.MED, 2.MED0), and orientalis (1.ORI) biovars. Application of these targets in PCR with hybridization-fluorescent registration of results provides for a rapid, effective and reliable classifying of the strains of the genovariants, circulating in various geographical regions. Efficacy of the method has been validated via analysis of 110 Y. pestis strains, isolated in the territory of the Russian Federation, neighboring countries and beyond, including 37 strains of antique, 53 strains of medievalis, and 20 strains of orientalis biovars.

возбудитель чумыосновной подвидгеновариантыПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатовplague agentthe main subspeciesgenovariantsPCR with hybridization-fluorescent registration of resultsReferencesЕрошенко Г.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Шавина Н.Ю., Гусева Н.П., Кутырев В.В. Генетические основы вариабельности признака редукции нитратов у штаммов Yersinia pestis. Генетика. 2014; 50:1-9.Eroshenko G.A., Odinokov G.N., Kukleva L.M., Shavina N.Yu., Guseva N.P., Kutyrev V.V. [Genetic foundations of the variability of nitrate reduction in Yersinia pestis strains]. Genetika. 2014; 50:1–9.Жаринова Н.В., Брюханова Г.Д., Еременко Е.И., Брюханов А.Ф., Бейер А.П., Царева Н.С., Зайцев А.А. Свойства штаммов чумного микроба, циркулирующих в Центрально-Кавказском высокогорном природном очаге чумы. Акт. пробл. эпидемиол. и профилакт. инф. бол. 2004; 2:14.Zharinova N.V., Bryukhanova G.D., Eremenko E.I., Bryukhanov A.F., Beyer A.P., Tsareva N.S., Zaitsev A.A. [Properties of the plague agent strains circulating in Central-Caucasian high-mountain natural focus of plague]. Aktual. Probl. Epidemiol. Profilakt. Infek. Bol. 2004; 2:14.Одиноков Г.Н., Ерошенко Г.А., Краснов Я.М., Куклева Л.М., Черкасов А.В., Шавина Н.Ю., Кутырев В.В. Анализ полногеномной последовательности штаммов Yersinia pestis на основе ступенчатого 680-SNP алгоритма. Пробл. особо опасных инф. 2013; 3:49-54.Odinokov G.N., Eroshenko G.A., Krasnov Ya.M., Kukleva L.M., Cherkasov A.V., Shavina N.Yu., Kutyrev V.V. [Analysis of the genome wide sequence of Yersinia pestis strains based on the consecutive 680-SNP algorithm]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2013; 3:49–54.Организация работ лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности. МУ 1.3.2569-09.[Management of the laboratories using methods of nucleic acids amplification when working with the materials containing microorganisms of the I–IV groups of pathogenicity. Methodological Regulations]. MR 1.3.2569-09.Проценко С.Л., Сердюкова Т.В., Розанова Г.Н. Выявление новой плазмиды у пролинзависимых штаммов возбудителя чумы из Центрально-Кавказского природного очага и гетерогенность циркулирующих в нем штаммов по плазмидному составу. В кн.: Особо опасные инфекции на Кавказе. Ставрополь; 1987. С. 265-7.Protsenko S.L., Serdyukova T.V., Rozanova G.N. [Detection of new plasmid in proline-dependent plague agent strains found in Central-Caucasian natural focus and heterogeneity in plasmid composition of the circulating in the focus strains]. In: [Particularly dangerous infections in the Caucasis]. Stavropol, 1987; 265–7.Achtman M., Zurth K., Morelli G., Torrea G., Guiyoule A., Carniel E. Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis. Proc Natl Acad Sci USA. 1999; 96(24):14043.Achtman M., Zurth K., Morelli G., Torrea G., Guiyoule A., Carniel E. Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis. Proc Natl Acad Sci USA. 1999; 96(24):14043.Cui Y., Yu C., Yan Y., Li D., Li Y., Jombart T., Weinert L.A., Wang Z., Guo Z., Xu L., Zhang Y., Zheng H., Qin N., Xiao X., Wu M., Wang X., Zhou D., Qi Z., Du Z., Wu H., Yang X., Cao H., Wang H., Wang J., Yao S., Rakin A., Li Y., Falush D., Balloux F., Achtman M., Song Y., Wang J., Yang R. Historical variations in mutational rate in an epidemic pathogen Yersinia pestis. Proc Natl Acad Sci USA. 2013; 110(2):577.Cui Y., Yu C., Yan Y., Li D., Li Y., Jombart T., Weinert L.A., Wang Z., Guo Z., Xu L., Zhang Y., Zheng H., Qin N., Xiao X., Wu M., Wang X., Zhou D., Qi Z., Du Z., Wu H., Yang X., Cao H., Wang H., Wang J., Yao S., Rakin A., Li Y., Falush D., Balloux F., Achtman M., Song Y., Wang J., Yang R. Historical variations in mutational rate in an epidemic pathogen Yersinia pestis. Proc Natl Acad Sci USA. 2013; 110(2):577.Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Raumagnac P., Wagner D.V., Feldcamp M., Kusecek B., Vogler A.J., Li Y., Cui Y., Thomson N.R., Jombart T., Leblois R. Phylogenetic diversity and historical patterns of pandemic spread of Yersinia pestis. Nat. Genet. 2010; 42(12):1140.Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Raumagnac P., Wagner D.V., Feldcamp M., Kusecek B., Vogler A.J., Li Y., Cui Y., Thomson N.R., Jombart T., Leblois R. Phylogenetic diversity and historical patterns of pandemic spread of Yersinia pestis. Nat. Genet. 2010; 42(12):1140.Motin V.L., Georgescu A.M., Elliott J.M., Hu P., Worsham P.L., Ott L.L., Slezak T.R., Sokhansanj B.A., Regala W.M., Brubaker R.R., Garcia E. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by PCR-based IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). J. Bacteriol. 2002; 184(4):1019-27.Motin V.L., Georgescu A.M., Elliott J.M., Hu P., Worsham P.L., Ott L.L., Slezak T.R., Sokhansanj B.A., Regala W.M., Brubaker R.R., Garcia E. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by PCR-based IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). J. Bacteriol. 2002; 184(4):1019–27.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.