microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2024-2-132-139microbe-2007Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESХарактеристика CTX+ штамма Vibrio cholerae O1, выделенного в 2023 г. из реки Темерник в Ростове-на-ДонуCharacteristics of Vibrio cholerae O1 CTX+ Strain Isolated from the Temernik River in Rostov-on-Don in 2023https://orcid.org/0000-0002-9216-7777МонаховаЕ. В.MonakhovaE. V.

Монахова Елена Владимировна, 

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

Elena V. Monakhova,

117/40, M. Gor’kogo St., Rostov-on-Don, 344002

monakhova_ev@antiplague.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6540-2778КругликовВ. Д.KruglikovV. D.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor’kogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruhttps://orcid.org/0000-0002-9056-3231ВодопьяновА. С.Vodop’yanovA. S.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor’kogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruhttps://orcid.org/0000-0002-4909-2394КрасновЯ. М.KrasnovYa. M.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0009-0000-7575-653XКатышевС. Д.KatyshevS. D.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5289-7783ШараповаН. А.SharapovaN. A.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0002-9866-3579АлексееваЛ. П.AlekseevaL. P.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor’kogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6003-4283МеньшиковаЕ. А.Men’shikovaE. A.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor’kogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruhttps://orcid.org/0000-0001-5522-9097ЕвдокимоваВ. В.EvdokimovaV. V.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor’kogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruhttps://orcid.org/0000-0003-4254-3313ЕжоваМ. И.EzhovaM. I.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor’kogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0550-2221НосковА. К.NoskovA. K.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40, M. Gor’kogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт»РоссияRostov-on-Don Research Anti-Plague InstituteRussian FederationФКУН «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian Federation20240307202402132139Copyright © Монахова Е.В., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Краснов Я.М., Катышев С.Д., Шарапова Н.А., Алексеева Л.П., Меньшикова Е.А., Евдокимова В.В., Ежова М.И., Носков А.К., 20242024Монахова Е.В., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Краснов Я.М., Катышев С.Д., Шарапова Н.А., Алексеева Л.П., Меньшикова Е.А., Евдокимова В.В., Ежова М.И., Носков А.К.Monakhova E.V., Kruglikov V.D., Vodop’yanov A.S., Krasnov Y.M., Katyshev S.D., Sharapova N.A., Alekseeva L.P., Men’shikova E.A., Evdokimova V.V., Ezhova M.I., Noskov A.K.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/2007

Цель работы – определение фено- и генотипических особенностей CTX+ штамма Vibrio cholerae, выделенного в 2023 г. из пробы воды, и сравнительный биоинформационный анализ данных полногеномного секвенирования.

Материалы и методы

Материалы и методы. Полногеномное секвенирование выполняли на платформах MiSeq (Illumina) и MinIon (Oxford Nanopore Technologies), гибридную сборку полного генома проводили с использованием алгоритма Trycycler, устранение ошибок сборки – с помощью алгоритма Medaka и программы Pilon. Построение дендрограммы и биоинформационный анализ осуществляли с использованием пакетов SciPy и Graphviz, программ BioEdit, BLASTN, BLASTP, CARD, ICE Genotyper, Vector NTI. Способность к токсинопродукции проверяли с помощью иммуноферментного анализа GM1ИФА.

Результаты и обсуждение

Результаты и обсуждение. Выделенный штамм идентифицирован как V. cholerae О1 Огава, чувствительный к большинству антибиотиков. По совокупности генетических свойств он отнесен к первым геновариантам, отличающимся от типовых штаммов Эль Тор только наличием гена ctxB1 классического типа вместо ctxB3 типа Эль Тор. Установлено, что он содержит тандемно дуплицированный профаг СТХ в составе малой хромосомы и тандем из двух копий профага RS1 в составе большой. При этом ген rstR профага СТХ относился к классическому типу, а профага RS1 – к типу Эль Тор. Остальные критерии эпидемической опасности – tcpAelt, rtxA1 и интактный VSP-II – не отличались от прототипов. В геноме штамма обнаружен ICE-элемент VchBan11, содержащий ген устойчивости к триметоприму dfrA1, и фенотипически штамм устойчив к этому антибиотику. В условиях in vitro штамм не продуцировал холерный токсин, как показали результаты ИФА. Возможно, это связано с наличием делеции в регуляторном гене toxR. Штаммы, подобные изоляту 2023 г., относят в основном ко второй волне седьмой пандемии. В настоящее время они практически вытеснены новыми геновариантами, но изредка могут встречаться и даже вызывать заболевания. Поэтому их заносы на территорию России потенциально могут представлять угрозу здоровью населения.

The aim of the work was to determine the pheno- and genotypic features of the aquatic CTX+ strain of Vibrio cholerae isolated in 2023 and a comparative bioinformatic analysis of whole-genome sequencing data.

Materials and methods

Materials and methods. Whole-genome sequencing was performed on MiSeq (Illumina) and MinIon Oxford Nanopore Technologies (ONT) platforms; hybrid assembly of the whole genome was carried out using the Trycycler algorithm; assembly errors were eliminated by means of the Medaka algorithm and the Pilon program. Dendrogram construction and bioinformatics analysis were carried out with the help of the scipy and Graphviz packages, BioEdit, BLASTN, BLASTP, CARD, ICE Genotyper, and Vector NTI programs. The ability to produce cholera toxin was tested using the GM1ELISA.

Results and discussion

Results and discussion. The isolated strain was identified as V. cholerae O1 Ogawa, sensitive to most antibiotics. Based on the totality of genetic properties, it was classified as the first genovariant, distinct from the typical El Tor strains only by the presence of ctxB1 gene of classical type instead of ctxB3 of the El Tor type. It has been established that it contains a tandemly duplicated CTX prophage on the small chromosome and a tandem of two copies of RS1 prophage on the large chromosome. Thereat, the rstR gene of the CTX prophage belonged to the classical type, and the RS1 prophage – to the El Tor type. The remaining criteria of epidemic hazard – tcpAelt, rtxA1 and intact VSP-II did not differ from the prototypes. The genome of the strain carries the ICE element VchBan11, which contains the trimethoprim resistance gene dfrA1, and phenotypically the strain is resistant to this antibiotic. Under in vitro conditions, the strain did not produce cholera toxin, as shown by ELISA results. This may be due to the presence of a deletion within the toxR regulatory gene. Strains similar to the 2023 isolate are mainly attributed to the second wave of the seventh pandemic. Currently, they are almost replaced by new genovariants, but occasionally can emerge and even cause diseases. Therefore, their importation into Russian territory potentially pose a threat to public health.

Vibrio choleraeполногеномное секвенированиегибридная сборкабиоинформационный анализпрофаг CTXпрофаг RS1ICE-элементGM1ИФVibrio choleraewhole genome sequencinghybrid assemblybioinformatics analysisCTX prophageRS1 prophageICE elementGM1ELISA assayReferencesЕжова М.И., Левченко Д.А., Архангельская И.В., Кругликов В.Д., Непомнящая Н.Б. Особенности биологических свойств Vibrio cholerae, изолированных в процессе мониторинга водных объектов Ростова-на-Дону с 1989 по 2018 год. Проблемы особо опасных инфекций. 2021; 1:148–51. DOI: 10.21055/0370-1069-2021-1-148-151.Ezhova M.I., Levchenkо D.А., Arkhangelskaya I.V., Kruglikov V.D., Nepomnyashchaya N.B. [Features of the biological properties of Vibrio cholerae isolated during the monitoring of water bodies in Rostov-on-Don from 1989 to 2018]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2021; (1):148–51. DOI: 10.21055/0370-1069-2021-1-148-151.Monakhova E.V., Ghosh A., Mutreja A., Weill F.-X., Ramamurthy T. Endemic cholera in India and imported cholera in Russia: what is common? Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; 3:17–26. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-17-26.Monakhova E.V., Ghosh A., Mutreja A., Weill F.-X., Ramamurthy T. Endemic cholera in India and imported cholera in Russia: what is common? Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; (3):17–26. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-17-26.Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Олейников И.П., Монахова Е.В. Разработка схемы типирования токсигенных холерных вибрионов на основе данных биоинформационного анализа. Здоровье населения и среда обитания. 2022; 30(7):66–71. DOI: 10.35627/2219-5238/2022-30-7-66-71.Vodopyanov S.O., Vodopyanov A.S., Oleynikov I.P., Monakhova E.V. [Elaboration of a toxigenic Vibrio cholerae typing scheme based on bioinformatiсs analysis data]. Zdorov’e Naseleniya i Sreda Obitaniya [Public Health and Life Environment]. 2022; 30(7):66–71. DOI: 10.35627/2219-5238/2022-30-7-66-71.Iwanaga M., Kuyyakanond T. Large production of cholera toxin by Vibrio cholerae O1 in yeast extract peptone water. J. Clin. Microbiol. 1987; 25(1):2314–16. DOI: 10.1128/jcm.25.12.2314-2316.1987.Iwanaga M., Kuyyakanond T. Large production of cholera toxin by Vibrio cholerae O1 in yeast extract peptone water. J. Clin. Microbiol. 1987; 25(1):2314–16. DOI: 10.1128/jcm.25.12.2314-2316.1987.Sack D.A., Huda S., Neogi P.K., Daniel R.R., Spira W.M. Microtiter ganglioside enzyme linked immunosorbent assay for Vibrio and Escherichia coli heat labile enterotoxins and antitoxin. J. Clin. Microbiol. 1980; 11(1):35–40. DOI: 10.1128/jcm.11.1.35-40.1980.Sack D.A., Huda S., Neogi P.K., Daniel R.R., Spira W.M. Microtiter ganglioside enzyme linked immunosorbent assay for Vibrio and Escherichia coli heat labile enterotoxins and antitoxin. J. Clin. Microbiol. 1980; 11(1):35–40. DOI: 10.1128/jcm.11.1.35-40.1980.Wick R.R., Judd L.M., Cerdeira L.T., Hawkey J., Meric G., Vezina B., Wyres K.L., Holt K.E. Trycycler: consensus long-read assemblies for bacterial genomes. Genome Biol. 2021; 22(1):266. DOI: 10.1186/s13059-021-02483-z.Wick R.R., Judd L.M., Cerdeira L.T., Hawkey J., Meric G., Vezina B., Wyres K.L., Holt K.E. Trycycler: consensus long-read assemblies for bacterial genomes. Genome Biol. 2021; 22(1):266. DOI: 10.1186/s13059-021-02483-z.Wick R.R., Judd L.M., Holt K.E. Assembling the perfect bacterial genome using Oxford Nanopore and Illumina sequencing. PLoS Comput. Biol. 2023; 19(3):e1010905. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010905.Wick R.R., Judd L.M., Holt K.E. Assembling the perfect bacterial genome using Oxford Nanopore and Illumina sequencing. PLoS Comput. Biol. 2023; 19(3):e1010905. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010905.Sequence correction provided by ONT research. [Электронный ресурс]. URL: https://github.com/nanoporetech/medaka (дата обращения 24.10.2023).Sequence correction provided by ONT research. (Cited 24 Oct 2023). [Internet]. Available from: https://github.com/nanopo-retech/medaka.Walker B.J., Abeel T., Shea T., Priest M., Abouelliel A., Sakthikumar S., Cuomo C.A., Zeng Q., Wortman J., Young S.K., Earl A.M. Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement. PLoS One. 2014; 9(11):e112963. DOI: 10.1371/journal.pone.0112963.Walker B.J., Abeel T., Shea T., Priest M., Abouelliel A., Sakthikumar S., Cuomo C.A., Zeng Q., Wortman J., Young S.K., Earl A.M. Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement. PLoS One. 2014; 9(11):e112963. DOI: 10.1371/journal.pone.0112963.Монахова Е.В., Водопьянов А.С., Кругликов В.Д., Селянская Н.А., Писанов Р.В., Носков А.К. Молекулярногенетическая характеристика штаммов Vibrio cholerae nonO1/nonO139, выделенных от больных отитами на территории Российской Федерации. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99(4):465–77. DOI: 10.36233/0372-9311-215.Monakhova E.V., Vodop’yanov A.S., Kruglikov V.D., Selyanskaya N.A., Pisanov R.V., Noskov A.K. [Molecular genetic characteristics of Vibrio cholerae nonO1/nonO139 strains isolated on the territory of the Russian Federation from patients with otitis]. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunobiologii [Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology]. 2022; 99(4):465– 77. DOI: 10.36233/0372-9311-215.Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A.A., Dvorkin M., Kulikov A.S., Lesin V.M., Nikolenko S.I., Pham S., Prjibelski A.D., Pyshkin A.V., Sirotkin A.V., Vyahhi N., Tesler G., Alekseyev M.A., Pevzner P.A. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Comput. Biol. 2012; 19(5):455–77. DOI: 10.1089/cmb.2012.0021.Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A.A., Dvorkin M., Kulikov A.S., Lesin V.M., Nikolenko S.I., Pham S., Prjibelski A.D., Pyshkin A.V., Sirotkin A.V., Vyahhi N., Tesler G., Alekseyev M.A., Pevzner P.A. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Comput. Biol. 2012; 19(5):455–77. DOI: 10.1089/cmb.2012.0021.Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Водопьянов С.О., ОлейниковИ.П. Совершенствованиеметодики SNP-типирования штаммов Vibrio cholerae на основе анализа первичных данных полногеномного секвенирования. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020; 97(6):587–93. DOI: 10.36233/0372-9311-2020-97-6-9.Vodopianov A.S., Pisanov R.V., Vodopianov S.O., Oleynikov I.P. [Improvement of the technique of SNP-typing of Vibrio cholerae strains on the basis of the analysis of the primary data of whole genome sequencing]. Zhurnal Mikrobiologii, Èpidemiologii i Immunobiologii [Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology]. 2020; 97(6):587–93. DOI: 10.36233/0372-9311-2020-97-6-9.Virtanen P., Gommers R., Oliphant T.E., Haberland M., Reddy T., Cournapeau D., Burovski E., Peterson P., Weckesser W., Bright J., van der Walt S.J., Brett M., Wilson J., Millman K.J., Mayorov N., Nelson A.R.J., Jones E., Kern R., Larson E., Carey C.J., Polat İ., Feng Y., Moore E.W., VanderPlas J., Laxalde D., Perktold J., Cimrman R., Henriksen I., Quintero E.A., Harris C.R., Archibald A.M., Ribeiro A.H., Pedregosa F., van Mulbregt P.; SciPy 1.0 Contributors. SciPy 1.0: fundamental algorithms for scientific computing in Python. Nat. Methods. 2020; 17(3):261–72. DOI: 10.1038/s41592-019-0686-2.Virtanen P., Gommers R., Oliphant T.E., Haberland M., Reddy T., Cournapeau D., Burovski E., Peterson P., Weckesser W., Bright J., van der Walt S.J., Brett M., Wilson J., Millman K.J., Mayorov N., Nelson A.R.J., Jones E., Kern R., Larson E., Carey C.J., Polat İ., Feng Y., Moore E.W., VanderPlas J., Laxalde D., Perktold J., Cimrman R., Henriksen I., Quintero E.A., Harris C.R., Archibald A.M., Ribeiro A.H., Pedregosa F., van Mulbregt P.; SciPy 1.0 Contributors. SciPy 1.0: fundamental algorithms for scientific computing in Python. Nat. Methods. 2020; 17(3):261–72. DOI: 10.1038/s41592-019-0686-2.Ellson J., Gansner E., Koutsofios L., North S.C., Woodhull G. Graphviz – open source graph drawing tools. In: Mutzel P., Jünger M., Leipert S., editors. Graph Drawing. 9th international symposium, GD 2001. Vienna, Austria, September 23–26, 2001. Berlin, Heidelberg: Springer; 2002. P. 483–85. DOI: 10.1007/3-540-45848-4_57.Ellson J., Gansner E., Koutsofios L., North S.C., Woodhull G. Graphviz – open source graph drawing tools. In: Mutzel P., Jünger M., Leipert S., editors. Graph Drawing. 9th international symposium, GD 2001. Vienna, Austria, September 23–26, 2001. Berlin, Heidelberg: Springer; 2002. P. 483–85. DOI: 10.1007/3-540-45848-4_57.Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Писанов Р.В. «V. cholerae ICE Genotyper» – программа для выявления и типирования интегративно-конъюгативного элемента у штаммов V. cholerae. Свидетельство о государственной регистрации от 21.06.2023 № 2023663855. [Электронный ресурс]. URL: https://antiplague.ru/v-cholerae-ice-genotyper-programma-dlya-vyyavleniya-i-tipirovaniya-integrativno-konyugativnogo-elementa-ice-elementa-u-shtammov-v-cholerae.Vodop’yanov A.S., Vodop’yanov S.O., Pisanov R.V. “V. cholerae ICE Genotyper – is a program for identifying and typing the integrative-conjugative element in V. cholerae strains. Certificate of state registration No. 2023663855 dated June 21, 2023. [Internet]. Available from: http://antiplague.ru/v-cholerae-ice-genotyperprogramma-dlya-vyyavleniya-i-tipirovaniya-integrativnokonyugativnogo-elementa-ice-elementa-u-shtammov-v-cholerae.Mutreja A., Kim D.W., Thomson N.R., Connor T.R., Lee J.H., Kariuki S., Croucher N.J., Choi S.Y., Harris S.R., Lebens M., Niyogi S.K., Kim E.J., Ramamurthy T., Chun J., Wood J.L., Clemens J.D., Czerkinsky C., Nair G.B., Holmgren J., Parkhill J., Dougan G. Evidence for several waves of global transmission in the seventh cholera pandemic. Nature. 2011; 477(7365):462–5. DOI: 10.1038/nature10392.Mutreja A., Kim D.W., Thomson N.R., Connor T.R., Lee J.H., Kariuki S., Croucher N.J., Choi S.Y., Harris S.R., Lebens M., Niyogi S.K., Kim E.J., Ramamurthy T., Chun J., Wood J.L., Clemens J.D., Czerkinsky C., Nair G.B., Holmgren J., Parkhill J., Dougan G. Evidence for several waves of global transmission in the seventh cholera pandemic. Nature. 2011; 477(7365):462–5. DOI: 10.1038/nature10392.Ramamurthy T., Mutreja A., Weill F.-X., Das B., Ghosh A., Nair G.B. Revisiting the global epidemiology of cholera in conjunction with the genomics of Vibrio cholerae. Front. Public Health. 2019; 7:203. DOI: 10.3389/fpubh.2019.00203.Ramamurthy T., Mutreja A., Weill F.-X., Das B., Ghosh A., Nair G.B. Revisiting the global epidemiology of cholera in conjunction with the genomics of Vibrio cholerae. Front. Public Health. 2019; 7:203. DOI: 10.3389/fpubh.2019.00203.Choi S.Y., Lee J.H., Kim E.J., Lee H.R., Jeon Y.S., von Seidlein L., Deen J., Ansaruzzaman M., Lucas G.M.E.S., Barreto A., Songane F.F., Mondlane C., Nair G.B., Czerkinsky C., Clemens J.D., Chun J., Kim D.W. Classical RS1 and environmental RS1 elements in Vibrio cholerae O1 El Tor strains harbouring a tandem repeat of CTX prophage: revisiting Mozambique in 2005. J. Med. Microbiol. 2010; 59(Pt. 3):302–8. DOI: 10.1099/jmm.0.017053-0.Choi S.Y., Lee J.H., Kim E.J., Lee H.R., Jeon Y.S., von Seidlein L., Deen J., Ansaruzzaman M., Lucas G.M.E.S., Barreto A., Songane F.F., Mondlane C., Nair G.B., Czerkinsky C., Clemens J.D., Chun J., Kim D.W. Classical RS1 and environmental RS1 elements in Vibrio cholerae O1 El Tor strains harbouring a tandem repeat of CTX prophage: revisiting Mozambique in 2005. J. Med. Microbiol. 2010; 59(Pt. 3):302–8. DOI: 10.1099/jmm.0.017053-0.Ha S.-M., Chalita M., Yang S.-J., Yoon S.-H., Cho K., Seong W.K., Hong S., Kim J., Kwak H.-S., Chun J. Comparative genomic analysis of the 2016 Vibrio cholerae outbreak in South Korea. Front. Public Health. 2019; 7:228. DOI: 10.3389/fpubh.2019.00228.Ha S.-M., Chalita M., Yang S.-J., Yoon S.-H., Cho K., Seong W.K., Hong S., Kim J., Kwak H.-S., Chun J. Comparative genomic analysis of the 2016 Vibrio cholerae outbreak in South Korea. Front. Public Health. 2019; 7:228. DOI: 10.3389/fpubh.2019.00228.Baddam R., Sarker N., Ahmed D., Mazumder R., Abdullah A., Morshed R., Hussain A., Begum S., Shahrin L., Khan A.I., Islam M.S., Ahmed T., Alam M., Clemens J.D., Ahmed N. Genome dynamics of Vibrio cholerae isolates linked to seasonal outbreaks of cholera in Dhaka, Bangladesh. mBio. 2020; 11(1):e03339-19. DOI: 10.1128/mBio.03339-19.Baddam R., Sarker N., Ahmed D., Mazumder R., Abdullah A., Morshed R., Hussain A., Begum S., Shahrin L., Khan A.I., Islam M.S., Ahmed T., Alam M., Clemens J.D., Ahmed N. Genome dynamics of Vibrio cholerae isolates linked to seasonal outbreaks of cholera in Dhaka, Bangladesh. mBio. 2020; 11(1):e03339-19. DOI: 10.1128/mBio.03339-19.Смирнова Н.И., Агафонов Д.А., Щелканова Е.Ю., Рыбальченко Д.А., Крицкий А.А., Альхова Ж.В., Краснов Я.М., Агафонова Е.Ю., Кутырев В.В. Структурные и функциональные изменения генома авирулентных штаммов Vibrio cholerae биовара Эль Тор ctxA+tcpA+. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2020; 38(3):108–19. DOI: 10.17116/molgen202038031108.Smirnova N.I., Agafonov D.A., Shchelkanova E.Yu., Rybal’chenko D.A., Kritsky A.A., Al’khova Zh.V., Krasnov Ya.M., Agafonova E.Yu., Kutyrev V.V. [Structural and functional changes of the genome in avirulent Vibrio cholerae strains biovar El Tor, genotype ctxA+tcpA+]. Molekulyarnaya Genetika, Microbiologia i Virusologia [Molecular Genetics, Microbiology and Virology]. 2020; 38(3):108–19. DOI: 10.17116/molgen202038031108.Шашкова А.В., Агафонов Д.А., Черкасов А.В., Заднова С.П., Смирнова Н.И. Фенотипический и молекулярногенетический анализ генетически измененного токсигенного штамма Vibrio cholerae 301 биовара эльтор, изолированного в 2011 году в России. Проблемы особо опасных инфекций. 2012; 4:61–4. DOI: 10.21055/0370-1069-2012-4-61-64.Shashkova A.V., Agafonov D.A., Cherkasov A.V., Zadnova S.P., Smirnova N.I. [Phenotypic and molecular-genetic analysis of genetically modified toxigenic Vibrio cholerae El Tor strain 301, isolated in 2011 in Russia]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2012; (4):61–4. DOI: 10.21055/0370-1069-2012-4-61-64.Писанов Р.В., Ежова М.И., Монахова Е.В., Черкасов А.В., Краснов Я.М., Водопьянов А.С., Кульшань Т.А., Ливанова Л.Ф., Портенко С.А., Абдрашитова А.С., Кругликов В.Д., Титова С.В. Особенности структуры генома токсигенного штамма Vibrio cholerae El Tor Инаба, выделенного в 2014 г. из открытого водоема в Ростове-на-Дону. Проблемы особо опасных инфекций. 2015; 2:63–7. DOI: 10.21055/0370-1069-2015-2-63-67.Pisanov R.V., Ezhova M.I., Monakhova E.V., Cherkasov A.V., Krasnov Ya.M., Vodop’yanov A.S., Kul’shan’ T.A., Livanova L.F., Portenko S.A., Abdrashitova A.S., Kruglikov V.D., Titova S.V. [Peculiarities of genome structure of toxigenic Vibrio cholerae El Tor Inaba strain, isolated from a surface water body in the territory of Rostov-on-Don in 2014]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2015; (2):63–7. DOI: 10.21055/0370-1069-2015-2-63-67.Goss T.J., Morgan S.J., French E.L., Krukonis E.S. ToxR recognizes a direct repeat element in the toxT, ompU, ompT, and ctxA promoters of Vibrio cholerae to regulate transcription. Infect. Immun. 2013; 81(3):884–95. DOI: 10.1128/IAI.00889-12.Goss T.J., Morgan S.J., French E.L., Krukonis E.S. ToxR recognizes a direct repeat element in the toxT, ompU, ompT, and ctxA promoters of Vibrio cholerae to regulate transcription. Infect. Immun. 2013; 81(3):884–95. DOI: 10.1128/IAI.00889-12.Dorman M.J., Dorman C.J. Regulatory hierarchies controlling virulence gene expression in Shigella flexneri and Vibrio cholerae. Front. Microbiol. 2018; 9:2686. DOI: 10.3389/fmicb.2018.02686.Dorman M.J., Dorman C.J. Regulatory hierarchies controlling virulence gene expression in Shigella flexneri and Vibrio cholerae. Front. Microbiol. 2018; 9:2686. DOI: 10.3389/fmicb.2018.02686.Morgan S.J., French E.L., Plecha S.C., Krukonis E.S. The wing of the ToxR winged helix-turn-helix domain is required for DNA binding and activation of toxT and ompU. PLoS One. 2019; 14(9):e0221936. DOI: 10.1371/journal.pone.0221936.Morgan S.J., French E.L., Plecha S.C., Krukonis E.S. The wing of the ToxR winged helix-turn-helix domain is required for DNA binding and activation of toxT and ompU. PLoS One. 2019; 14(9):e0221936. DOI: 10.1371/journal.pone.0221936.Stone J.B., Withey J.H. H-NS and ToxT inversely control cholera toxin production by binding to overlapping DNA sequences. J. Bacteriol. 2021; 203(18):e0018721. DOI: 10.1128/JB.00187-21.Stone J.B., Withey J.H. H-NS and ToxT inversely control cholera toxin production by binding to overlapping DNA sequences. J. Bacteriol. 2021; 203(18):e0018721. DOI: 10.1128/JB.00187-21.Naha A., Withey J.H., Mukherjee P., Saha R.N., Samanta P., Ghosh A., Miyoshi S.I., Dutta S., Mukhopadhyay A.K. Elucidating the correlation between the number of TTTTGAT heptamer repeats and cholera toxin promoter activity in Vibrio cholerae O1 pandemic strains. FEMS Microbiol. Lett. 2022; 369(1):fnac041. DOI: 10.1093/femsle/fnac041.Naha A., Withey J.H., Mukherjee P., Saha R.N., Samanta P., Ghosh A., Miyoshi S.I., Dutta S., Mukhopadhyay A.K. Elucidating the correlation between the number of TTTTGAT heptamer repeats and cholera toxin promoter activity in Vibrio cholerae O1 pandemic strains. FEMS Microbiol. Lett. 2022; 369(1):fnac041. DOI: 10.1093/femsle/fnac041.Gladkikh A.S., Feranchuk S.I., Ponomareva A.S., Bochalgin N.O., Mironova L.V. Antibiotic resistance in Vibrio cholerae El Tor strains isolated during cholera complications in Siberia and the Far East of Russia. Infect. Genet. Evol. 2020; 78:104096. DOI: 10.1016/j.meegid.2019.104096.Gladkikh A.S., Feranchuk S.I., Ponomareva A.S., Bochalgin N.O., Mironova L.V. Antibiotic resistance in Vibrio cholerae El Tor strains isolated during cholera complications in Siberia and the Far East of Russia. Infect. Genet. Evol. 2020; 78:104096. DOI: 10.1016/j. meegid.2019.104096.Sarkar A., Morita D., Ghosh A., Chowdhury G., Mukhopadhyay A.K., Okamoto K., Ramamurthy T. Altered integrative and conjugative elements (ICEs) in recent Vibrio cholerae O1 isolated from cholera cases, Kolkata, India. Front. Microbiol. 2019; 10:2072. DOI: 10.3389/fmicb.2019.02072.Sarkar A., Morita D., Ghosh A., Chowdhury G., Mukhopadhyay A.K., Okamoto K., Ramamurthy T. Altered integrative and conjugative elements (ICEs) in recent Vibrio cholerae O1 isolated from cholera cases, Kolkata, India. Front. Microbiol. 2019; 10:2072. DOI: 10.3389/fmicb.2019.02072.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.