microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2024-2-167-177microbe-2011Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESОрганизация совместных лабораторных исследований при проведении санитарно-эпидемиологических мероприятий на территории Республики Конго специалистами РоспотребнадзораOrganization of Joint Laboratory Studies during Sanitary and Epidemiological Interventions in the Republic of the Congo by Rospotrebnadzor Specialistshttps://orcid.org/0000-0002-8334-9173ПортенкоС. А.PortenkoS. A.

Портенко Светлана Анатольевна, 

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

Svetlana A. Portenko,

46 Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6474-3696НайденоваЕ. В.NaidenovaE. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46 Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0001-9273-6063АгафоновД. А.AgafonovD. A.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46 Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0002-4198-0629КузнецоваД. А.KuznetsovaD. A.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40 M. Gorkogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruhttps://orcid.org/0000-0002-0087-9153ЕвтеевА. В.EvteevA. V.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40 M. Gorkogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruhttps://orcid.org/0009-0009-2889-4724ТушинскийА. А.TushinskyA. A.

344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

117/40 M. Gorkogo St., Rostov-on-Don, 344002

plague@aaanet.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3564-985XДмитриеваЛ. Н.DmitrievaL. N.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46 Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0002-8260-4670КатышевА. Д.KatyshevA. D.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46 Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0000-0002-9834-8544КуклевВ. Е.KuklevV. E.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46 Universitetskaya St., Saratov, 410005

https://orcid.org/0009-0006-9744-459XObissaN.ObissaN.

Браззавиль

Brazzaville

MabialaV.MabialaV.

Долизи

Dolisie

LoubanoJ.LoubanoJ.

Долизи

Dolisie

MpompoloM.MpompoloM.

Долизи

Dolisie

Mobousse MisseJ.-C.Mobousse MisseJ.-C.

Браззавиль

Brazzaville

https://orcid.org/0000-0003-1143-4069ЩербаковаС. А.ShcherbakovaS. A.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

https://orcid.org/0000-0003-3788-3452КутыревВ. В.KutyrevV. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46 Universitetskaya St., Saratov, 410005

ФКУН «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian FederationФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт»РоссияRostov-on-Don Research Anti-Plague InstituteRussian FederationМинистерство здравоохранения и народонаселения Республики КонгоКонгоMinistry of Health and Population of the Republic of the CongoCongoГенеральный госпиталь г. ДолизиКонгоDolisie General HospitalCongo20240307202402167177Copyright © Портенко С.А., Найденова Е.В., Агафонов Д.А., Кузнецова Д.А., Евтеев А.В., Тушинский А.А., Дмитриева Л.Н., Катышев А.Д., Куклев В.Е., Obissa N., Mabiala V., Loubano J., Mpompolo M., Mobousse Misse J., Щербакова С.А., Кутырев В.В., 20242024Портенко С.А., Найденова Е.В., Агафонов Д.А., Кузнецова Д.А., Евтеев А.В., Тушинский А.А., Дмитриева Л.Н., Катышев А.Д., Куклев В.Е., Obissa N., Mabiala V., Loubano J., Mpompolo M., Mobousse Misse J., Щербакова С.А., Кутырев В.В.Portenko S.A., Naidenova E.V., Agafonov D.A., Kuznetsova D.A., Evteev A.V., Tushinsky A.A., Dmitrieva L.N., Katyshev A.D., Kuklev V.E., Obissa N., Mabiala V., Loubano J., Mpompolo M., Mobousse Misse J., Shcherbakova S.A., Kutyrev V.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/2011

В работе представлены данные об организации лабораторных исследований проб клинического материала и из объектов окружающей среды при этиологической расшифровке вспышки острых кишечных инфекций специалистами объединенной СПЭБ Роспотребнадзора в г. Долизи (Республика Конго) в период с 7 по 24 августа 2023 г.

Материалы и методы

Материалы и методы. С целью выявления возбудителей холеры и других острых кишечных инфекций бактериальной и вирусной природы исследовано 177 проб клинического материала и из объектов окружающей среды, а также посевы на плотных питательных средах и бактериальные взвеси. Всего проведено 1023 исследования с помощью ПЦР и 305 – бактериологическим методом.

Результаты и обсуждение

Результаты и обсуждение. Во всех исследованных пробах возбудитель холеры не обнаружен. Методом ПЦР маркеры возбудителей острых кишечных инфекций (Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Rotavirus A) выявлены в 23 пробах клинического материала и 1 пробе бактериальной взвеси. В объектах окружающей среды ДНК/РНК возбудителей не обнаружена. При проведении культуральных исследований из 8 клинических образцов выделены культуры Salmonella enterica serovar Typhi, определена их чувствительность к антибактериальным препаратам. Методом полногеномного секвенирования через нанопоры на платформе MinIon (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания) изучены нуклеотидные последовательности 4 изолятов S. Typhi и депонированы в международную базу данных NCBI GenBank (№ CP141260, CP141193, CP141194, CP141195). Также при исследовании образцов из стерильных локусов (кровь, перитонеальная жидкость, операционный материал) от пациентов Генерального и Референс госпиталей г. Долизи выделено 5 культур неферментирующих бактерий, определена их чувствительность к антибактериальным препаратам.

The study presents the data on organization of laboratory testing of clinical and environmental samples within the framework of establishing the etiology of the acute intestinal infections outbreak, performed by the specialists of the joint SAET of the Rospotrebnadzor in Dolisie (Republic of the Congo) in the period of 07–24 July, 2023.

Materials and methods

Materials and methods. In order to identify the causative agents of cholera and other acute intestinal infections of bacterial and viral nature, 177 clinical and environmental samples were tested, as well as cultures on solid nutrient media and bacterial suspensions. A total of 1023 tests were carried out by polymerase chain reaction (PCR) and 305 – using bacteriological method.

Results and discussion

Results and discussion. The causative agent of cholera has not been detected in any of the samples tested. Using the PCR method, markers of acute intestinal diseases agents (Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Rotavirus A) have been identified in 23 clinical samples and 1 sample of bacterial suspension. No DNA/RNA of pathogens has been detected in environmental samples. During culture studies, Salmonella enterica serovar Typhi have been isolated from 8 clinical samples, and their antibiotic sensitivity has been determined. Applying whole-genome nanopore sequencing, using the MinIon platform (Oxford Nanopore Technologies, UK), nucleotide sequences of 4 S. Typhi isolates have been investigated and deposited in the international database NCBI GenBank (No. CP141260, CP141193, CP141194, CP141195). Additionally, the analysis of initially sterile samples (blood, peritoneal fluid, intraoperational samples) from the patients of General and Reference hospitals of Dolisie has resulted in the identification of 5 cultures of non-fermenting bacteria, and their antibiotic sensitivity has been determined.

ShigellaSalmonella TyphiVibrio choleraeполимеразная цепная реакциябактериологические исследованиясиквенсклинические образцыпробы окружающей средыРеспублика КонгоShigellaSalmonella TyphiVibrio choleraepolymerase chain reactionbacteriological studiessequenceclinical samplesenvironmental samplesRepublic of the CongoReferencesKim J.H., Im J., Parajulee P., Holm M., Cruz Espinoza L.M., Poudyal N., Mogeni O.D., Marks F. A systematic review of typhoid fever occurrence in Africa. Clin. Infect. Dis. 2019; 69(Suppl. 6):S492S498. DOI: 10.1093/cid/ciz525.Kim J.H., Im J., Parajulee P., Holm M., Cruz Espinoza L.M., Poudyal N., Mogeni O.D., Marks F. A systematic review of typhoid fever occurrence in Africa. Clin. Infect. Dis. 2019; 69(Suppl. 6):S492S498. DOI: 10.1093/cid/ciz525.GBD 2017 Typhoid and Paratyphoid Collaborators. The global burden of typhoid and paratyphoid fevers: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2017. Lancet. Infect. Dis. 2019; 19(4):369–81. DOI: 10.1016/S1473-3099(18)30685-6.GBD 2017 Typhoid and Paratyphoid Collaborators. The global burden of typhoid and paratyphoid fevers: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2017. Lancet. Infect. Dis. 2019; 19(4):369–81. DOI: 10.1016/S1473-3099(18)30685-6.Mogasale V., Maskery B., Ochiai R.L., Lee J.S., Mogasale V.V., Ramani E., Kim Y.E., Park J.K., Wierzba T.F. Burden of typhoid fever in low-income and middle-income countries: a syste¬ matic, literature-based update with risk factor adjustment. Lancet. Glob. Health. 2014; 2(10):e570-80. Lancet. Glob. Health. 2014; 2(10):e570-80. DOI: 10.1016/S2214-109X(14)70301-8.Mogasale V., Maskery B., Ochiai R.L., Lee J.S., Mogasale V.V., Ramani E., Kim Y.E., Park J.K., Wierzba T.F. Burden of typhoid fever in low-income and middle-income countries: a syste¬ matic, literature-based update with risk factor adjustment. Lancet. Glob. Health. 2014; 2(10):e570-80. Lancet. Glob. Health. 2014; 2(10):e570-80. DOI: 10.1016/S2214-109X(14)70301-8.Antillón M., Warren J.L., Crawford F.W., Weinberger D.M., Kürüm E., Pak G.D., Marks F., Pitzer V.E. The burden of typhoid fever in lowand middle-income countries: a meta-regression approach. PLoS Negl. Trop. Dis. 2017; 11(2):e0005376. DOI: 10.1371/journal.pntd.0005376.Antillón M., Warren J.L., Crawford F.W., Weinberger D.M., Kürüm E., Pak G.D., Marks F., Pitzer V.E. The burden of typhoid fever in lowand middle-income countries: a meta-regression approach. PLoS Negl. Trop. Dis. 2017; 11(2):e0005376. DOI: 10.1371/journal.pntd.0005376.Kim J.H., Mogasale V., Im J., Ramani E., Marks F. Updated estimates of typhoid fever burden in sub-Saharan Africa. Lancet. Glob. Health. 2017; 5(10):e969. DOI: 10.1016/S2214-109X(17)30328-5.Kim J.H., Mogasale V., Im J., Ramani E., Marks F. Updated estimates of typhoid fever burden in sub-Saharan Africa. Lancet. Glob. Health. 2017; 5(10):e969. DOI: 10.1016/S2214-109X(17)30328-5.Cholera Outbreaks in Central and West Africa: 2017 Regional Update – Week 14. [Электронный ресурс]. URL: http://reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/WCA%20Cholera_Update_W14.pdf (дата доступа 12.03.2024).Cholera Outbreaks in Central and West Africa: 2017 Regional Update – Week 14. (Cited 12 March 2024). [Internet]. Available from: http://reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/WCA%20Cholera_Update_W14.pdf.Shahapur P.R., Shahapur R., Nimbal A., Suvvari T.K., Silva R.G.D., Kandi V. Traditional Widal agglutination test versus rapid immunochromatographic test in the diagnosis of enteric fever: A prospective study from South India. Cureus. 2021; 13(10):e18474. DOI: 10.7759/cureus.18474.Shahapur P.R., Shahapur R., Nimbal A., Suvvari T.K., Silva R.G.D., Kandi V. Traditional Widal agglutination test versus rapid immunochromatographic test in the diagnosis of enteric fever: A prospective study from South India. Cureus. 2021; 13(10):e18474. DOI: 10.7759/cureus.18474.Kim H.J., Jung Y., Kim M.J., Kim H.Y. Novel heptaplex PCRbased diagnostics for enteric fever caused by typhoidal salmonella serovars and its applicability in clinical blood culture. J. Microbiol. Biotechnol. 2023; 33(11):1457–66. DOI: 10.4014/jmb.2307.07031.Kim H.J., Jung Y., Kim M.J., Kim H.Y. Novel heptaplex PCRbased diagnostics for enteric fever caused by typhoidal salmonella serovars and its applicability in clinical blood culture. J. Microbiol. Biotechnol. 2023; 33(11):1457–66. DOI: 10.4014/jmb.2307.07031.Rigby J., Elmerhebi E., Diness Y., Mkwanda C., Tonthola K., Galloway H., Miles R., Henrion M.Y.R., Edwards T., Gauld J., Msefula C., Johnston R., Nair S., Feasey N., Elviss N.C. Optimized methods for detecting Salmonella Typhi in the environment using validated field sampling, culture and confirmatory molecular approaches. J. Appl. Microbiol. 2022; 132(2):1503–17. DOI: 10.1111/jam.15237.Rigby J., Elmerhebi E., Diness Y., Mkwanda C., Tonthola K., Galloway H., Miles R., Henrion M.Y.R., Edwards T., Gauld J., Msefula C., Johnston R., Nair S., Feasey N., Elviss N.C. Optimized methods for detecting Salmonella Typhi in the environment using validated field sampling, culture and confirmatory molecular approaches. J. Appl. Microbiol. 2022; 132(2):1503–17. DOI: 10.1111/jam.15237.Antillon M., Saad N.J., Baker S., Pollard A.J., Pitzer V.E. The relationship between blood sample volume and diagnostic sensitivity of blood culture for typhoid and paratyphoid fever: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. Dis. 2018; 218(suppl_4):S255S267. DOI: 10.1093/infdis/jiy471.Antillon M., Saad N.J., Baker S., Pollard A.J., Pitzer V.E. The relationship between blood sample volume and diagnostic sensitivity of blood culture for typhoid and paratyphoid fever: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. Dis. 2018; 218(suppl_4):S255S267. DOI: 10.1093/infdis/jiy471.Carey M.E., Dyson Z.A., Ingle D.J., Amir A., Aworh M.К., Chattaway M.A., Chew K.L., Crump J.A., Feasey N.A., Howden B.P., Keddy K.H., Maes M., Parry C.M., Van Puyvelde S., Webb H.E., Afolayan A.O., Alexander A.P., Anandan S., Andrews J.R., Ashton P.M., Basnyat B., Bavdekar A., Bogoch I.I., Clemens J.D., da Silva K.E., De A., de Ligt J., Diaz Guevara P.L., Dolecek C., Dutta S., Ehlers M.M., Francois Watkins L., Garrett D.O., Godbole G., Gordon M.A., Greenhill A.R., Griffin C., Gupta M., Hendriksen R.S., Heyderman R.S., Hooda Y., Hormazabal J.C., Ikhimiukor O.O., Iqbal J., Jacob J.J., Jenkins C., Jinka D.R., John J., Kang G., Kanteh A., Kapil A., Karkey A., Kariuki S., Kingsley R.A., Koshy R.M., Lauer A.C., Levine M.M., Lingegowda R.K., Luby S.P., Mackenzie G.A., Mashe T., Msefula C., Mutreja A., Nagaraj G., Nagaraj S., Nair S., Naseri T.K., Nimarota-Brown S., Njamkepo E., Okeke I.N., Perumal S.P.B., Pollard A.J., Pragasam A.K., Qadri F., Qamar F.N., Rahman S.I.A., Rambocus S.D., Rasko D.A., Ray P., Robins-Browne R., Rongsen-Chandola T., Rutanga J.P., Saha S.K., Saha S., Saigal K., Sajib M.S.I., Seidman J.C., Shakya J., Shamanna V., Shastri J., Shrestha R., Sia S., Sikorski M.J., Singh A., Smith A.M., Tagg K.A., Tamrakar D., Tanmoy A.M., Thomas M., Thomas M.S., Thomsen R., Thomson N.R., Tupua S., Vaidya K., Valcanis M., Veeraraghavan B., Weill F.-X., Wright J., Dougan G., Argimón S., Keane J.A., Aanensen D.M., Baker S., Holt K.E.; Global Typhoid Genomics Consortium Group Authorship. Global diversity and antimicrobial resistance of typhoid fever pathogens: Insights from a meta-analysis of 13,000 Salmonella Typhi genomes. eLife. 2023; 12:e85867. DOI: 10.7554/eLife.85867.Carey M.E., Dyson Z.A., Ingle D.J., Amir A., Aworh M.К., Chattaway M.A., Chew K.L., Crump J.A., Feasey N.A., Howden B.P., Keddy K.H., Maes M., Parry C.M., Van Puyvelde S., Webb H.E., Afolayan A.O., Alexander A.P., Anandan S., Andrews J.R., Ashton P.M., Basnyat B., Bavdekar A., Bogoch I.I., Clemens J.D., da Silva K.E., De A., de Ligt J., Diaz Guevara P.L., Dolecek C., Dutta S., Ehlers M.M., Francois Watkins L., Garrett D.O., Godbole G., Gordon M.A., Greenhill A.R., Griffin C., Gupta M., Hendriksen R.S., Heyderman R.S., Hooda Y., Hormazabal J.C., Ikhimiukor O.O., Iqbal J., Jacob J.J., Jenkins C., Jinka D.R., John J., Kang G., Kanteh A., Kapil A., Karkey A., Kariuki S., Kingsley R.A., Koshy R.M., Lauer A.C., Levine M.M., Lingegowda R.K., Luby S.P., Mackenzie G.A., Mashe T., Msefula C., Mutreja A., Nagaraj G., Nagaraj S., Nair S., Naseri T.K., Nimarota-Brown S., Njamkepo E., Okeke I.N., Perumal S.P.B., Pollard A.J., Pragasam A.K., Qadri F., Qamar F.N., Rahman S.I.A., Rambocus S.D., Rasko D.A., Ray P., Robins-Browne R., Rongsen-Chandola T., Rutanga J.P., Saha S.K., Saha S., Saigal K., Sajib M.S.I., Seidman J.C., Shakya J., Shamanna V., Shastri J., Shrestha R., Sia S., Sikorski M.J., Singh A., Smith A.M., Tagg K.A., Tamrakar D., Tanmoy A.M., Thomas M., Thomas M.S., Thomsen R., Thomson N.R., Tupua S., Vaidya K., Valcanis M., Veeraraghavan B., Weill F.-X., Wright J., Dougan G., Argimón S., Keane J.A., Aanensen D.M., Baker S., Holt K.E.; Global Typhoid Genomics Consortium Group Authorship. Global diversity and antimicrobial resistance of typhoid fever pathogens: Insights from a meta-analysis of 13,000 Salmonella Typhi genomes. eLife. 2023; 12:e85867. DOI: 10.7554/eLife.85867.Пшеничная Н.Ю., Найденова Е.В., Гопаца Г.В., Кузнецова Д.А., Дмитриева Л.Н., Евтеев А.В., Тушинский А.А., Портенко С.А., Obissa N., Mpompolo M., Elenga-Bongo Sh.L., Inana M., Mobousse Misse J.-C., Кутырев В.В., Смоленский В.Ю. Результаты работы инфекционистов и эпидемиологов Роспотребнадзора во время вспышки острых кишечных инфекций в Республике Конго (Браззавиль) в 2023 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2024; 1:102–12. DOI: 10.21055/0370-1069-2024-1-102-112.Pshenichnaya N.Yu., Naidenova E.V., Gopatsa G.V., Kuznetsova D.A., Dmitrieva L.N., Evteev A.V., Tushinsky A.A., Portenko S.A., Obissa N., Mpompolo M., Elenga-Bongo Sh.L., Inana M., Mobousse Misse J.-K., Kutyrev V.V., Smolensky V.Yu. [The results of work of infectious disease specialists and epidemiologists of the Rospotrebnadzor during the outbreak of acute intestinal infections in the Republic of the Congo (Brazzaville) in 2023]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2024; (1):102–12. DOI: 10.21055/0370-1069-2024-1-102-112.Посольство Российской Федерации в Республике Конго. Общая информация о Конго. [Электронный ресурс]. URL: https://congo.mid.ru/ru/o_kongo/obshchaya_informatsiya_o_kongo/.[Embassy of the Russian Federation in the Republic of Congo. General information about Congo]. [Internet]. Available from: https://congo.mid.ru/ru/o_kongo/obshchaya_informatsiya_o_kongo/.Kolmogorov M., Yuan J., Lin Y., Pevzner P.A. Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs. Nat. Biotechnol. 2019; 37(5):540–6. DOI: 10.1038/s41587-019-0072-8.Kolmogorov M., Yuan J., Lin Y., Pevzner P.A. Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs. Nat. Biotechnol. 2019; 37(5):540–6. DOI: 10.1038/s41587-019-0072-8.Yan S., Zhang W., Li C., Liu X., Zhu L., Chen L., Yang B. Serotyping, MLST, and core genome MLST analysis of Salmonella enterica from different sources in China during 2004–2019. Front. Microbiol. 2021; 12:688614. DOI: 10.3389/fmicb.2021.688614.Yan S., Zhang W., Li C., Liu X., Zhu L., Chen L., Yang B. Serotyping, MLST, and core genome MLST analysis of Salmonella enterica from different sources in China during 2004–2019. Front. Microbiol. 2021; 12:688614. DOI: 10.3389/fmicb.2021.688614.EnteroBase. Salmonella. [Электронный ресурс]. URL: https://enterobase.warwick.ac.uk/species/index/senterica.EnteroBase. Salmonella. [Internet]. Available from: https://enterobase.warwick.ac.uk/species/index/senterica.Alcock B.P., Huynh W., Chalil R., Smith K.W., Raphenya A.R., Wlodarski M.A., Edalatmand A., Petkau A., Syed S.A., Tsang K.K., Baker S.J.C., Dave M., McCarthy M.C., Mukiri K.M., Nasir J.A., Golbon B., Imtiaz H., Jiang X., Kaur K., Kwong M., Liang Z.C., Niu K.C., Shan P., Yang J.Y.J., Gray K.L., Hoad G.R., Jia B., Bhando T., Carfrae L.A., Farha M.A., French S., Gordzevich R., Rachwalski K., Tu M.M., Bordeleau E., Dooley D., Griffiths E., Zubyk H.L., Brown E.D., Maguire F., Beiko R.G., Hsiao W.W.L., Brinkman F.S.L., Van Domselaar G., McArthur A.G. CARD 2023: expanded curation, support for machine learning, and resistome prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database. Nucleic Acids Res. 2023; 51(D1):D690-D699. DOI: 10.1093/nar/gkac920.Alcock B.P., Huynh W., Chalil R., Smith K.W., Raphenya A.R., Wlodarski M.A., Edalatmand A., Petkau A., Syed S.A., Tsang K.K., Baker S.J.C., Dave M., McCarthy M.C., Mukiri K.M., Nasir J.A., Golbon B., Imtiaz H., Jiang X., Kaur K., Kwong M., Liang Z.C., Niu K.C., Shan P., Yang J.Y.J., Gray K.L., Hoad G.R., Jia B., Bhando T., Carfrae L.A., Farha M.A., French S., Gordzevich R., Rachwalski K., Tu M.M., Bordeleau E., Dooley D., Griffiths E., Zubyk H.L., Brown E.D., Maguire F., Beiko R.G., Hsiao W.W.L., Brinkman F.S.L., Van Domselaar G., McArthur A.G. CARD 2023: expanded curation, support for machine learning, and resistome prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database. Nucleic Acids Res. 2023; 51(D1):D690-D699. DOI: 10.1093/nar/gkac920.DTU. Center for Genomic Epidemiology. [Электронный ресурс]. URL: http://genepi.food.dtu.dk/resfinder.DTU. Center for Genomic Epidemiology. [Internet]. Available from: http://genepi.food.dtu.dk/resfinder.Basic Local Alignment Search Tool. [Электронный ресурс]. URL: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi.Basic Local Alignment Search Tool. [Internet]. Available from: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi.Егорова С.А., Кулешов К.В., Кафтырева Л.А., Матвеева З.Н. Чувствительность к антибиотикам, механизмы резистентности и филогенетическая структура популяции S. Typhi, выделенных в 2005–2018 гг. в Российской Федерации. Инфекция и иммунитет. 2020; 10(1):99–110. DOI: 10.15789/2220-7619-ASM-1171.Egorova S.A., Kuleshov K.V., Kaftyreva L.A., Matveeva Z.N. [The antimicrobial susceptibility, resistance mechanisms and phylogenetic structure of S. Typhi isolated in 2005–2018 in the Russian Federation]. Infektsiya i Immunitet [Russian Journal of Infection and Immunity]. 2020; 10(1):99–110. DOI: 10.15789/2220-7619-ASM-1171.Павлова А.С., Бочарова Ю.А., Кулешов К.В., Подколзин А.Т., Чеботарь И.В. Молекулярные детерминанты резистентности Salmonella enterica к антибиотикам. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021; 98(6):721–30. DOI: 10.36233/0372-9311-140.Pavlova A.S., Bocharova Yu.A., Kuleshov K.V., Podkolzin A.T., Chebotar I.V. [Molecular determinants of antibiotic resistance in Salmonella enterica antibiotic resistance]. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunobiologii [Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology]. 2021; 98(6):721–30. DOI: 10.36233/0372-9311-140.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.