microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2015-1-71-74microbe-210Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯMICROBIOLOGYДифференциация штаммов Yersinia pestis алтайско-гиссарской группы неосновных подвидов методом ПЦРDifferentiation between Yersinia pestis Strains of Altaic-Hissar Group of Non-Main Subspecies by Means of PCRНикифоровК. А.NikiforovK. A.rusrapi@microbe.ruОдиноковГ. Н.OdinokovG. N.rusrapi@microbe.ruНовичковаЛ. А.NovichkovaL. A.rusrapi@microbe.ruЕрошенкоГ. А.EroshenkoG. A.rusrapi@microbe.ruРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian Federation201520032015017174Copyright © Никифоров К.А., Одиноков Г.Н., Новичкова Л.А., Ерошенко Г.А., 20152015Никифоров К.А., Одиноков Г.Н., Новичкова Л.А., Ерошенко Г.А.Nikiforov K.A., Odinokov G.N., Novichkova L.A., Eroshenko G.A.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/210

На основе сравнения полногеномных последовательностей штаммов алтайского и гиссарского неосновных подвидов возбудителя чумы, штаммов из Таласского высокогорного очага чумы выявлены две новые ДНК-мишени, использование которых обеспечивает простое и быстрое разделение в ПЦР этих близкородственных штаммов неосновных подвидов, представляющих отдельную филогенетическую линию эволюции возбудителя чумы. Одна из мишеней расположена в межгенном участке между генами YPO3333 и YPO3332 и содержит у штаммов алтайского подвида делецию размером 122 п.н., а вторая является участком гена YPO2412 и включает у таласских штаммов делецию в 72 п.н. На эти ДНК мишени рассчитаны праймеры, и определены условия проведения реакции. Эффективность способа разделения штаммов алтайско-гиссарской группы неосновных подвидов подтверждена при изучении 97 штаммов Y. pestis разных подвидов.

On the basis of comparison between the genome-wide sequences of Altaic and Hissar strains of non-main subspecies and strains from Talas high-mountain plague focus, identified have been two novel DNA-targets, the usage of which provides for easy rapid subdivision of these closely-related strains of non-main subspecies that fall into separate phylogenetic brunches of plague agent evolution, applying PCR assay. One of the targets is allocated to intergenic region between YPO3333 and YPO3332 genes. In strains of altaica ssp. it contains 122 bps deletion. The other target is YPO2412 gene region which contains 72 bps deletion in Talas strains. Special primers for DNA-targets have been designed. Established have also been test specifications. Efficacy of the method for differentiation between the strains of Altaic-Hissar group of non-main subspecies is validated on 97 Y. pestis strains of various ssp.

возбудитель чумынеосновные подвидыдифференциацияПЦРДНК-мишениplague agentnon-main subspeciesdifferentiationPCRDNA-targetsReferencesЕрошенко Г.А., Видяева Н.А., Одиноков Г.Н.,. Куклева Л.М, Краснов Я.М., Гусева Н.П., Кутырев В.В. Структурно-функциональный анализ гена araC у штаммов Yersinia pestis различного происхождения. Мол. генет. 2009; 3:21-6.Eroshenko G.A., Vidyaeva N.A., Odinokov G.N., Kukleva L.M., Krasnov Ya.M., Guseva N.P., Kutyrev V.V. [Structural-functional analysis of araC gene in strains of Yersinia pestis of different origin]. Mol. Genet. Mikrobiol. Virusol. 2009; 3:21–6.Ерошенко Г.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М. Павлова А.И., Краснов Я.М., Шавина Н.Ю., Гусева Н.П., Виноградова Н.А., Кутырев В.В. Стандартный алгоритм молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis. Журн. микробиол, эпидемиол. и иммунобиол. 2012; 3:25-35.Eroshenko G.A., Odinokov G.N., Kukleva L.M., Pavlova A.I., Krasnov Ya.M., Shavina N.Yu., Guseva N.P., Vinogradova N.A., Kutyrev V.V. [Standard algorithm for molecular typing of Yersinia pestis strains]. Zh. Mikrobiol. Epidemiol. Immunol. 2012; 3:25–35.Одиноков Г.Н., Ерошенко Г.А., Куклева Л.М., Шавина Н.Ю., Краснов Я.М., Кутырев В.В. Определение генетических основ ауксотрофности штаммов Yersinia pestis кавказского подвида. Генетика. 2012; 48 (4):457-65.Odinokov G.N., Eroshenko G.A., Kukleva L.M., Shavina N.Yu., Krasnov Ya.M., Kutyrev V.V. [Determination of genetic foundation for auxotrophy in Y. pestis strains, spp. Caucasica]. Genetika. 2012; 48(4):457–65.Организация работ лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности. МУ 1.3.2569-09. М.; 2009.[Management of the laboratories using methods of nucleic acids amplification when working with the material containing microorganisms of the I-IV groups of pathogenicity. Methodological regulations]. MR 1.3.2569-09. M.; 2009.Cui Y., Yu C., Yan Y., Li D., Li Y., Jombart T., Weinert L.A., Wang Z., Guo Z., Xu L., Zhang Y., Zheng H., Qin N., Xiao X., Wu M., Wang X., Zhou D., Qi Z., Du Z., Wu H., Yang X., Cao H., Wang H., Wang J., Yao S., Rakin A., Li Y., Falush D., Balloux F., Achtman M., Song Y., Wang J., Yang R. Historical variations in mutational rate in an epidemic pathogen Yersinia pestis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2013; 110(2):577-82.Cui Y., Yu C., Yan Y., Li D., Li Y., Jombart T., Weinert L.A., Wang Z., Guo Z., Xu L., Zhang Y., Zheng H., Qin N., Xiao X., Wu M., Wang X., Zhou D., Qi Z., Du Z., Wu H., Yang X., Cao H., Wang H., Wang J., Yao S., Rakin A., Li Y., Falush D., Balloux F., Achtman M., Song Y., Wang J., Yang R. Historical variations in mutational rate in an epidemic pathogen Yersinia pestis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2013; 110(2):577–82.Eroshenko G.A., Kutyrev V.V. Biochemical and genetic peculiarities and the phylogenetic relationship of the non-main subspecies in the general scheme of the plague agent evolution. Adv. Exp. Med. Biol. 2012; 954(1):45-51.Eroshenko G.A., Kutyrev V.V. Biochemical and genetic peculiarities and the phylogenetic relationship of the non-main subspecies in the general scheme of the plague agent evolution. Adv. Exp. Med. Biol. 2012; 954(1):45–51.Zhou D., Tong Z., Song Y., Han Y., Pei D., Pang X., Zhai J., Li M., Cui B., Qi Z., Jin L., Dai R., Du Z., Wang J., Guo Z., Wang J., Huang P., Yang R. Genetics of metabolic variations between Yersinia pestis biovars and proposal of a new biovar, microtus. J. Bacteriol. 2004; 186:5147-62.Zhou D., Tong Z., Song Y., Han Y., Pei D., Pang X., Zhai J., Li M., Cui B., Qi Z., Jin L., Dai R., Du Z., Wang J., Guo Z., Wang J., Huang P., Yang R. Genetics of metabolic variations between Yersinia pestis biovars and proposal of a new biovar, microtus. J. Bacteriol. 2004; 186:5147–62.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.