microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2025-2-72-78microbe-2166Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESВыявление и генотипирование патогенных лептоспир, циркулирующих среди грызунов на территории Санкт-ПетербургаIdentification and Genotyping of Pathogenic Leptospira Circulating among Rodents in the City of St. Petersburghttps://orcid.org/0000-0002-0145-2653БаимоваР. Р.BaimovaR. R.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

14, Mira St., Saint Petersburg, 197101

baimova@pasteurorg.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8738-3021РябикоЕ. Г.RiabikoE. G.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

14, Mira St., Saint Petersburg, 197101

https://orcid.org/0000-0001-7295-5736ГречишкинаД. И.GrechishkinaD. I.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

14, Mira St., Saint Petersburg, 197101

https://orcid.org/0000-0003-3820-7106КармоковИ. А.KarmokovI. A.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

14, Mira St., Saint Petersburg, 197101

https://orcid.org/0000-0002-0599-4302ХалиловЭ. С.KhalilovE. S.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

14, Mira St., Saint Petersburg, 197101

https://orcid.org/0000-0001-8112-7879ЛызенкоИ. С.LyzenkoI. S.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

14, Mira St., Saint Petersburg, 197101

https://orcid.org/0009-0006-5832-4966ЛунинаГ. А.LuninaG. A.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

14, Mira St., Saint Petersburg, 197101

https://orcid.org/0000-0003-2270-8897ОстанковаЮ. В.OstankovaYu. V.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

14, Mira St., Saint Petersburg, 197101

https://orcid.org/0000-0001-6433-3486ТокаревичН. К.TokarevichN. K.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

14, Mira St., Saint Petersburg, 197101

https://orcid.org/0009-0002-9273-8223ЖелтаковаИ. Р.ZheltakovaI. R.

198035, Санкт-Петербург, ул. Невельская, 3

3, Nevel’skaya St., Saint Petersburg, 198035

https://orcid.org/0009-0001-1430-7180ЧмырьИ. А.ChmyrI. A.

198035, Санкт-Петербург, ул. Невельская, 3

3, Nevel’skaya St., Saint Petersburg, 198035

ФБУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера»РоссияSt. Petersburg Pasteur Research Institute of Epidemiology and MicrobiologyRussian FederationФКУЗ «Северо-Западная противочумная станция»РоссияNorthwest Plague Control StationRussian Federation202504072025027278Copyright © Баимова Р.Р., Рябико Е.Г., Гречишкина Д.И., Кармоков И.А., Халилов Э.С., Лызенко И.С., Лунина Г.А., Останкова Ю.В., Токаревич Н.К., Желтакова И.Р., Чмырь И.А., 20252025Баимова Р.Р., Рябико Е.Г., Гречишкина Д.И., Кармоков И.А., Халилов Э.С., Лызенко И.С., Лунина Г.А., Останкова Ю.В., Токаревич Н.К., Желтакова И.Р., Чмырь И.А.Baimova R.R., Riabiko E.G., Grechishkina D.I., Karmokov I.A., Khalilov E.S., Lyzenko I.S., Lunina G.A., Ostankova Y.V., Tokarevich N.K., Zheltakova I.R., Chmyr I.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/2166

Цель – определение инфицированности различными геномовидами лептоспир диких и синантропных мелких млекопитающих, собранных на территории Санкт-Петербурга. Материалы и методы. Сбор диких и синантропных мелких млекопитающих проводился с сентября по октябрь 2021 г. с использованием ловушек типа Геро в Курортном и Кировском районах Санкт-Петербурга. Исследование образцов на наличие ДНК Leptospira spp. проводилось методом ПЦР с использованием праймеров, подобранных по фрагменту гена lipL32. Генотипирование образцов проводили с использованием праймеров по фрагментам генов secY и rpoB. Результаты и обсуждение. ДНК патогенных лептоспир выявлена в 8 образцах, что составило (4,2±1,5) % от общего количества образцов (190). Инфицированность серых крыс, собранных на территории Кировского района, составила (11,1±5,2) % (4/36). Инфицированность диких грызунов, собранных на территории Курортного района, – у желтогорлых мышей (3,7±2,6) % (2/54), а у рыжих полевок (2,0±1,4) % (2/100). По результатам анализа последовательностей, полученных при секвенировании, выявлена циркуляция двух патогенных видов лептоспир – L. interrogans и L. borgpetersenii. Полученные нами результаты подтверждают циркуляцию лептоспир как среди диких, так и среди синантропных мелких млекопитающих. Филогенетические виды патогенных лептоспир, выявленные в нашем исследовании, типичны и ассоциированы с исследованными грызунами. С целью профилактики заболевания людей необходимо продолжать исследования, направленные на выявление циркуляции возбудителей в популяциях диких и синантропных мелких млекопитающих. Необходимо проведение дератизационных мероприятий и мероприятий, направленных на разъяснение жителям Санкт-Петербурга мер защиты и профилактики.

The aim of the work was to determine the rate of infection by various Leptospira genomospecies of wild and synanthropic small mammals collected on the territory of St. Petersburg. Materials and methods. The capture of wild and synanthropic small mammals was carried out using Gero-type traps in the Kurortny and Kirovsky districts of St. Petersburg between September and October, 2021. The study of samples for the presence of Leptospira spp. DNA was performed applying PCR with primers selected for the lipL32 gene fragment. Genotyping of samples was conducted using primers for fragments of the secY and rpoB genes. Results and discussion. DNA of pathogenic Leptospira was detected in 8 samples, which amounted to (4.2±1.5) % of the total number of samples (190). The infection rate of gray rats collected in the Kirovsky district was (11.1±5.2) % (4/36). The infection rate of wild rodents collected in the Kurortny district was (3.7±2.6) % (2/54) for yellow-throated mice, and (2.0±1.4) % for bank voles (2/100). Based on the results of analysis of sequences obtained, the circulation of two pathogenic Leptospira species, L. interrogans and L. borgpetersenii, has been established. Our results confirm the circulation of Leptospira both among wild and synanthropic small mammals. The phylogenetic species of pathogenic Leptospira identified in our study are typical and associated with the studied rodents. In order to prevent the disease in humans, it is necessary to continue research aimed at identifying the circulation of pathogens in populations of wild and synanthropic small mammals. Deratization and activities aimed at educating residents of St. Petersburg about protection and prevention measures are required.

лептоспирылептоспирозгрызуныСанкт-ПетербургleptospiraleptospirosisrodentsSt. PetersburgReferencesHer R., Crespin L., Etougbétché J., Groud K., Gnolonfoun M., Chapron A., Evenamia C., Houéménou G., Lurier T., Cappelle J., Dobigny G., Ayral F. Seroprevalence and renal carriage of pathogenic Leptospira in livestock in Cotonou, Benin. Vet. Med. Sci. 2024; 10(3):e1430. DOI: 10.1002/vms3.1430Her R., Crespin L., Etougbétché J., Groud K., Gnolonfoun M., Chapron A., Evenamia C., Houéménou G., Lurier T., Cappelle J., Dobigny G., Ayral F. Seroprevalence and renal carriage of pathogenic Leptospira in livestock in Cotonou, Benin. Vet. Med. Sci. 2024; 10(3):e1430. DOI: 10.1002/vms3.1430Транквилевский Д.В., Киселева Е.Ю., Корзун В.М., Бренёва Н.В., Вержуцкая Ю.А., Зарва И.Д., Скударева О.Н., Балахонов С.В. Эпизоотолого-эпидемиологическая ситуация по лептоспирозам в Российской Федерации в период с 2013 по 2022 г. и прогноз на 2023 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2023; (3):43–50. DOI: 10.21055/0370-1069-2023-3-43-50.Trankvilevsky D.V., Kiseleva E.Yu., Korzun V.M., Breneva N.V., Verzhutskaya Yu.A., Zarva I.D., Skudareva O.N., Balakhonov S.V. Epizootiological and epidemiological situation on leptospirosis in the Russian Federation over the period of 2013–2022 and the forecast for 2023. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2023; (3):43–50. DOI: 10.21055/0370-1069-2023-3-43-50.Izquierdo-Rodríguez E., Fernández-Álvarez Á., Martín-Carrillo N., Marchand B., Feliu C., Miquel J., Foronda P., Quilichini Y. Pathogenic Leptospira species in rodents from Corsica (France). PloS One. 2020; 15(6):e0233776. DOI: 10.1371/journal.pone.0233776.Izquierdo-Rodríguez E., Fernández-Álvarez Á., MartínCarrillo N., Marchand B., Feliu C., Miquel J., Foronda P., Quilichini Y. Pathogenic Leptospira species in rodents from Corsica (France). PloS One. 2020; 15(6):e0233776. DOI: 10.1371/journal.pone.0233776.Boey K., Shiokawa K., Rajeev S. Leptospira infection in rats: A literature review of global prevalence and distribution. PLoS Negl. Trop. Dis. 2019; 13(8):e0007499. DOI: 10.1371/journal. pntd.0007499.Boey K., Shiokawa K., Rajeev S. Leptospira infection in rats: A literature review of global prevalence and distribution. PLoS Negl. Trop. Dis. 2019; 13(8):e0007499. DOI: 10.1371/journal. pntd.0007499.Loan H.K., Van Cuong N., Takhampunya R., Kiet B.T., Campbell J., Them L.N., Bryant J.E., Tippayachai B., Van Hoang N., Morand S., Hien V.B., Carrique-Mas J.J. How important are rats as vectors of leptospirosis in the Mekong Delta of Vietnam? Vector Borne Zoonotic Dis. 2015; 15(1):56–64. DOI: 10.1089/vbz.2014.1613.Loan H.K., Van Cuong N., Takhampunya R., Kiet B.T., Campbell J., Them L.N., Bryant J.E., Tippayachai B., Van Hoang N., Morand S., Hien V.B., Carrique-Mas J.J. How important are rats as vectors of leptospirosis in the Mekong Delta of Vietnam? Vector Borne Zoonotic Dis. 2015; 15(1):56–64. DOI: 10.1089/vbz.2014.1613.Vincent A.T., Schiettekatte O., Goarant C., Neela V.K., Bernet E., Thibeaux R., Ismail N., Mohd Khalid M.K.N., Amran F., Masuzawa T., Nakao R., Amara Korba A., Bourhy P., Veyrier F.J., Picardeau M. Revisiting the taxonomy and evolution of pathogenicity of the genus Leptospira through the prism of genomics. PLoS Negl. Trop. Dis. 2019; 13(5):e0007270. DOI: 10.1371/journal. pntd.0007270.Vincent A.T., Schiettekatte O., Goarant C., Neela V.K., Bernet E., Thibeaux R., Ismail N., Mohd Khalid M.K.N., Amran F., Masuzawa T., Nakao R., Amara Korba A., Bourhy P., Veyrier F.J., Picardeau M. Revisiting the taxonomy and evolution of pathogenicity of the genus Leptospira through the prism of genomics. PLoS Negl. Trop. Dis. 2019; 13(5):e0007270. DOI: 10.1371/journal. pntd.0007270.Баимова Р.Р., Рябико Е.Г., Останкова Ю.В., Токаревич Н.К. Оптимизация способа детекции и генотипирования патогенных лептоспир в биологических образцах. Клиническая лабораторная диагностика. 2025; 70(3):210–7. DOI: 10.51620/0869-2084-2025-70-3-210-217.Baimova R.R., Ryabiko E.G., Ostankova Yu.V., Tokarevich N.K. Optimization of the method for detection and genotyping of pathogenic leptospira in biological samples. Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika [Clinical Laboratory Diagnostics]. 2025; 70(3):210–7. DOI: 10.51620/0869-2084-2025-70-3-210-217.Киселева Е.Ю., Корзун В.М., Борисов С.А., Бренёва Н.В., Тимошенко А.Ф., Шаракшанов М.Б., Балахонов С.В. Современная эпизоотологическая ситуация по лептоспирозам в Прибайкалье. Acta Biomedica Scientifica. 2021; 6(5):57–67. DOI: 10.29413/ABS.2021-6.5.6.Kiseleva E.Yu., Korzun V.M., Borisov S.A., Breneva N.V., Timoshenko A.F., Sharakshanov M.B., Balakhanov S.V. Current epizootiological situation on leptospirosis in the Baikal region. Acta Biomedica Scientifica. 2021; 6(5):57–67. DOI: 10.29413/ABS.2021-6.5.6.Flores B., Sheleby-Elias J., Pérez-Sánchez T., Fischer R., Múzquiz J., Fuertes H., Halaihel N., Jirón W., Duttmann C. Leptospira spp. in Rodents from peridomestic sites in endemic regions of Nicaragua. Ecohealth. 2020; 17(4):469–76. DOI: 10.1007/s10393-021-01520-4.Flores B., Sheleby-Elias J., Pérez-Sánchez T., Fischer R., Múzquiz J., Fuertes H., Halaihel N., Jirón W., Duttmann C. Leptospira spp. in Rodents from peridomestic sites in endemic regions of Nicaragua. Ecohealth. 2020; 17(4):469–76. DOI: 10.1007/s10393-021-01520-4.Fischer S., Mayer-Scholl A., Imholt C., Spierling N.G., Heuser E., Schmidt S., Reil D., Rosenfeld U.M., Jacob J., Nöckler K., Ulrich R.G. Leptospira genomospecies and sequence type prevalence in small mammal populations in Germany. Vector Borne Zoonotic Dis. 2018; 18(4):188–99. DOI: 10.1089/vbz.2017.2140.Fischer S., Mayer-Scholl A., Imholt C., Spierling N.G., Heuser E., Schmidt S., Reil D., Rosenfeld U.M., Jacob J., Nöckler K., Ulrich R.G. Leptospira genomospecies and sequence type prevalence in small mammal populations in Germany. Vector Borne Zoonotic Dis. 2018; 18(4):188–99. DOI: 10.1089/vbz.2017.2140.Vukićević-Radić O., Matic R., Kataranovski D., Stamenković S. Spatial organization and home range of Apodemus flavicollis and A. agrarius on Mt. Avala, Serbia. Acta Zoologica Academiae Scientiarum Hungaricae. 2006; 52(1):81–96.Vukićević-Radić O., Matic R., Kataranovski D., Stamenković S. Spatial organization and home range of Apodemus flavicollis and A. agrarius on Mt. Avala, Serbia. Acta Zoologica Academiae Scientiarum Hungaricae. 2006; 52(1):81–96.Schmidt E., Obiegala A., Imholt C., Drewes S., Saathoff M., Freise J., Runge M., Jacob J., Mayer-Scholl A., Ulrich R.G., Pfeffer M. Influence of season, population and individual characteristics on the prevalence of Leptospira spp. in bank voles in NorthWest Germany. Biology (Basel). 2021; 10(9):933. DOI: 10.3390/biology10090933.Schmidt E., Obiegala A., Imholt C., Drewes S., Saathoff M., Freise J., Runge M., Jacob J., Mayer-Scholl A., Ulrich R.G., Pfeffer M. Influence of season, population and individual characteristics on the prevalence of Leptospira spp. in bank voles in NorthWest Germany. Biology (Basel). 2021; 10(9):933. DOI: 10.3390/biology10090933.Chiani Y.T., Jacob P., Mayora G., Aquino D.S., Quintana R.D., Mesa L. Presence of Leptospira spp. in a mosaic of wetlands used for livestock raising under differing hydroclimatic conditions. Appl. Environ. Microbiol. 2023; 89(6):e0197122. DOI: 10.1128/aem.01971-22.Chiani Y.T., Jacob P., Mayora G., Aquino D.S., Quintana R.D., Mesa L. Presence of Leptospira spp. in a mosaic of wetlands used for livestock raising under differing hydroclimatic conditions. Appl. Environ. Microbiol. 2023; 89(6):e0197122. DOI: 10.1128/aem.01971-22.Shao J.W., Wei Y.H., Yao X.Y., Chen H.Y., Liu H., Sun J., Chen S.Y. Pathogenic Leptospira species are widely disseminated among wild rodents in urban areas of Guangzhou, Southern China. Microorganisms. 2022; 10(5):873. DOI: 10.3390/microorganisms10050873.Shao J.W., Wei Y.H., Yao X.Y., Chen H.Y., Liu H., Sun J., Chen S.Y. Pathogenic Leptospira species are widely disseminated among wild rodents in urban areas of Guangzhou, Southern China. Microorganisms. 2022; 10(5):873. DOI: 10.3390/microorganisms10050873.Cosson J.F., Picardeau M., Mielcarek M., Tatard C., Chaval Y., Suputtamongkol Y., Buchy P., Jittapalapong S., Herbreteau V., Morand S. Epidemiology of leptospira transmitted by rodents in southeast Asia. PLoS Negl. Trop. Dis. 2014; 8(6):e2902. DOI: 10.1371/journal.pntd.0002902.Cosson J.F., Picardeau M., Mielcarek M., Tatard C., Chaval Y., Suputtamongkol Y., Buchy P., Jittapalapong S., Herbreteau V., Morand S. Epidemiology of leptospira transmitted by rodents in southeast Asia. PLoS Negl. Trop. Dis. 2014; 8(6):e2902. DOI: 10.1371/journal.pntd.0002902.Bulach D.M., Zuerner R.L., Wilson P., Seemann T., McGrath A., Cullen P.A., Davis J., Johnson M., Kuczek E., Alt D.P., Peterson-Burch B., Coppel R.L., Rood J.I., Davies J.K., Adler B. Genome reduction in Leptospira borgpetersenii reflects limited transmission potential. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2006; 103(39):14560–5. DOI: 10.1073/pnas.0603979103.Bulach D.M., Zuerner R.L., Wilson P., Seemann T., McGrath A., Cullen P.A., Davis J., Johnson M., Kuczek E., Alt D.P., PetersonBurch B., Coppel R.L., Rood J.I., Davies J.K., Adler B. Genome reduction in Leptospira borgpetersenii reflects limited transmission potential. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2006; 103(39):14560–5. DOI: 10.1073/pnas.0603979103.Krijger I.M., Ahmed A.A.A., Goris M.G.A., Groot Koerkamp P.W.G., Meerburg B.G. Prevalence of Leptospira infection in rodents from Bangladesh. Int. J. Environ. Res. Public Health. 2019; 16(12):2113. DOI: 10.3390/ijerph16122113.Krijger I.M., Ahmed A.A.A., Goris M.G.A., Groot Koerkamp P.W.G., Meerburg B.G. Prevalence of Leptospira infection in rodents from Bangladesh. Int. J. Environ. Res. Public Health. 2019; 16(12):2113. DOI: 10.3390/ijerph16122113.Ramli S.R., Bunk B., Spröer C., Geffers R., Jarek M., Bhuju S., Goris M., Mustakim S., Pessler F. Complete genome sequencing of Leptospira interrogans isolates from Malaysia reveals massive genome rearrangement but high conservation of virulenceassociated genes. Pathogens. 2021; 10(9):1198. DOI: 10.3390/pathogens10091198.Ramli S.R., Bunk B., Spröer C., Geffers R., Jarek M., Bhuju S., Goris M., Mustakim S., Pessler F. Complete genome sequencing of Leptospira interrogans isolates from Malaysia reveals massive genome rearrangement but high conservation of virulenceassociated genes. Pathogens. 2021; 10(9):1198. DOI: 10.3390/pathogens10091198.Obiegala A., Woll D., Karnath C., Silaghi C., Schex S., Eßbauer S., Pfeffer M. Prevalence and genotype allocation of pathogenic Leptospira species in small mammals from various habitat types in Germany. PLoS Negl. Trop. Dis. 2016; 10(3):e0004501. DOI: 10.1371/journal.pntd.0004501.Obiegala A., Woll D., Karnath C., Silaghi C., Schex S., Eßbauer S., Pfeffer M. Prevalence and genotype allocation of pathogenic Leptospira species in small mammals from various habitat types in Germany. PLoS Negl. Trop. Dis. 2016; 10(3):e0004501. DOI: 10.1371/journal.pntd.0004501.Xu J., Chen J., Xiong C., Qin L., Hu B., Liu M., Ren Y., Li Y., Cai K., Chen L., Hou W. Pathogenic Leptospira infections in Hubei Province, Central China. Microorganisms. 2022; 11(1):99. DOI: 10.3390/microorganisms11010099.Xu J., Chen J., Xiong C., Qin L., Hu B., Liu M., Ren Y., Li Y., Cai K., Chen L., Hou W. Pathogenic Leptospira infections in Hubei Province, Central China. Microorganisms. 2022; 11(1):99. DOI: 10.3390/microorganisms11010099.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.