microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2025-4-130-139microbe-2259Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESОбнаружение реассортантных штаммов Orthohantavirus puumalaense в Высокогорском районе Республики ТатарстанDetection of Reassortant Orthohantavirus puumalaense Strains in Vysokogorsky District, Republic of Tatarstanhttps://orcid.org/0000-0002-2536-3604ТюринЮ. А.TyurinYu. A.

Тюрин Юрий Александрович, 420015, Казань, ул. Большая Красная, 67;

420012, Казань, ул. Бутлерова, 49,

kniem@mail.ru

Yuriy A.Tyurin,  67, Bolshaya Krasnaya St., Kazan, 420015;

49, Butlerova St., Kazan, 420012

tyurin.yurii@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6229-0387СавицкаяТ. А.SavitskayaT. A.

420015, Казань, ул. Большая Красная, 67

67, Bolshaya Krasnaya St., Kazan, 420015

kniem@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-4849-3866ИвановаА. В.IvanovaA. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3584-6861РешетниковаИ. Д.ReshetnikovaI. D.

420015, Казань, ул. Большая Красная, 67;

420111, Казань, Кремлевская ул., 18

67, Bolshaya Krasnaya St., Kazan, 420015;

18, Kremlevskaya St., Kazan, 420111

kniem@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6260-2363КуликовС. Н.KulikovS. N.

420015, Казань, ул. Большая Красная, 67иванова

67, Bolshaya Krasnaya St., Kazan, 420015

kniem@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6302-3993ПатяшинаМ. А.PatyashinaM. A.

420111, Казань, ул. Большая Красная, 30;

420012, Казань, ул. Бутлерова, 36

30, Bolshaya Krasnaya St., Kazan, 420111;

36, Butlerova St., 420012, Kazan

RPN.RT@tatar.ruhttps://orcid.org/0000-0002-4409-2942ДавидюкЮ. Н.DavidyukYu. N.

420111, Казань, Кремлевская ул., 18

18, Kremlevskaya St., Kazan, 420111

https://orcid.org/0000-0003-4328-8190КабвеЭ.KabweE.

420111, Казань, Кремлевская ул., 18

18, Kremlevskaya St., Kazan, 420111

https://orcid.org/0009-0001-2949-3289ЕлбоеваП. И.ElboevaP. I.

420015, Казань, ул. Большая Красная, 67;

420111, Казань, Кремлевская ул., 18

67, Bolshaya Krasnaya St., Kazan, 420015;

18, Kremlevskaya St., Kazan, 420111

kniem@mail.ruhttps://orcid.org/0009-0000-4116-0471НасыровТ. Р.NasyrovT. R.

420111, Казань, Кремлевская ул., 18

18, Kremlevskaya St., Kazan, 420111

ФБУН «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии»; ФГБОУ ВО «Казанский государственный медицинский университет» Минздрава РоссииРоссияKazan Research Institute of Epidemiology and Microbiology; Kazan State Medical University of the Ministry of Health of RussiaRussian FederationФБУН «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии»РоссияKazan Research Institute of Epidemiology and MicrobiologyRussian FederationФКУН «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian FederationФБУН «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии»; ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет»РоссияKazan Research Institute of Epidemiology and Microbiology; Kazan (Volga Region) Federal UniversityRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Республике Татарстан; КГМА – филиал ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава РоссииРоссияRospotrebnadzor Administration in the Republic of Tatarstan; Kazan State Medical Academy – Affiliated Branch of the Federal State Budgetary Educational Institution of Continuing Professional Education “Russian Medical Academy of Continuing Professional Education”Russian FederationФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет»РоссияKazan (Volga Region) Federal UniversityRussian Federation20251401202604130139Copyright © Тюрин Ю.А., Савицкая Т.А., Иванова А.В., Решетникова И.Д., Куликов С.Н., Патяшина М.А., Давидюк Ю.Н., Кабве Э., Елбоева П.И., Насыров Т.Р., 20262026Тюрин Ю.А., Савицкая Т.А., Иванова А.В., Решетникова И.Д., Куликов С.Н., Патяшина М.А., Давидюк Ю.Н., Кабве Э., Елбоева П.И., Насыров Т.Р.Tyurin Y.A., Savitskaya T.A., Ivanova A.V., Reshetnikova I.D., Kulikov S.N., Patyashina M.A., Davidyuk Y.N., Kabwe E., Elboeva P.I., Nasyrov T.R.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/2259

Цель исследования – выявление реассортантных штаммов Orthohantavirus puumalaense (PUUV), близкородственных ранее обнаруженным штаммам этого вируса у больных геморрагической лихорадкой с почечным синдромом (ГЛПС), в популяции рыжих полевок (Clethrionomys glareolus) в Республике Татарстан.

Материалы и методы

Материалы и методы. Вирусную РНК детектировали методом ОТ-ПЦР в легочной ткани рыжих полевок, отловленных в 2023–2024 гг. в Высокогорском и Пестречинском районах Республики Татарстан, и синтезировали кДНК для ОТ-ПЦР-положительных образцов. Последовательности участков S- и M-сегментов генома PUUV амплифицировали методом ПЦР, секвенировали (метод Сэнгера и по технологии Oxford Nanopore) и проводили филогенетический анализ.

Результаты и обсуждение

Результаты и обсуждение. Установлено, что 14 штаммов PUUV, выявленных у рыжих полевок из четырех точек отлова, можно объединить в три кластера. У двух штаммов из окрестностей поселка Киндери (кластер 2) обнаружен реассортантный геном: S-сегмент близкородственен штаммам из Высокогорского района (идентичность нуклеотидных последовательностей – 99,1–100,0 %), M-сегмент – штаммам из Пестречинского района (96,3–97,0 %). Данные штаммы вируса генетически близки к реассортантам, ранее обнаруженным у больных ГЛПС, инфицированных PUUV в Высокогорском районе Республики Татарстан. Выявленные поблизости от п. Киндери штаммы PUUV имеют, по всей видимости, реассортантное происхождение.

The aim of the work was to detect Orthohantavirus puumalaense (PUUV) reassortant strains in bank voles (Clethrionomys glareolus) of the Republic of Tatarstan (RT), which are closely related to strains previously isolated from patients with hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) from the RT.

Materials and methods

Materials and methods. Viral RNA was detected by RT-PCR in the lung tissue of bank voles captured in the Vysokogorsky and Pestrechinsky districts of the RT in 2023–2024. cDNA was synthesized for RT-PCR-positive samples. PUUV genome fragments of S- and M-segments were amplified using PCR, followed by sequencing (using the Sanger method and Oxford Nanopore technology) and phylogenetic analysis.

Results and discussion

Results and discussion. It has been found that 14 PUUV strains detected in bank voles from four capture sites fall into 3 clusters. In two strains from the vicinity of the village of Kinderi (cluster 2), a reassortant genome has been identified: the S-segment is closely related to strains from the Vysokogorsky district (nucleotide sequence (NS) identity is 99.1–100 %), while the M-segment is closely related to strains from the Pestrechinsky district (96.3–97.0 %). These virus strains are genetically close to reassortants previously found in HFRS patients infected by PUUV in the Vysokogorsky district of the RT. Detected in the vicinity of the village Kinderi PUUV strains appear to be of reassortant origin.

Orthohantavirus puumalaenseгеморрагическая лихорадка с почечным синдромом (ГЛПС)реассортацияOrthohantavirus puumalaensehemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS)reassortmentИсследование выполнено в рамках государственного задания ФБУН Казанский НИИЭМ Роспотребнадзора и темы НИР «Геномное профилирование ортохантавирусов Пуумала, циркулирующих в Приволжском федеральном округе», а также в рамках Программы стратегического академического лидерства Казанского (Приволжского) федерального университета («Приоритет-2030»).The study was conducted within the frames of the State Assignment for the Kazan Research Institute of Epidemiology and Microbiology of the Rospotrebnadzor and the research work “Genomic profiling of Orthohantavirus Puumula circulating in the Volga Federal District”, as well as part of the Program for strategic academic leadership of the Kazan (Volga Region) Federal University (“Priority-2030”).ReferencesИванова А.В., Савицкая Т.А., Магеррамов Ш.В., Нейштадт Я.А., Трифонов В.А., Решетникова И.Д., Исаева Г.Ш., Хусаинова Р.М., Салихова Д.М., Транквилевский Д.В. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом: актуальное состояние проблемы в Российской Федерации и оценка эпидемиологических рисков на 2025 год. Проблемы особо опасных инфекций. 2025; (2):17–28. DOI: 10.21055/0370-1069-2025-2-17-28.Ivanova A.V., Savitskaya T.A., Magerramov Sh.V., Neishtadt Ya.A., Trifonov V.A., Reshetnikova I.D., Isaeva G.Sh., Khusainova R.M., Salikhova D.M., Trankvilevsky D.V. [Hemorrhagic fever with renal syndrome: the current state of the problem in the Russian Federation and assessment of epidemiological risks for 2025]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2025; (2):17–28. DOI: 10.21055/0370-1069-2025-2-17-28.Зырянов П.М., Матросов А.Н., Иванова А.В., Попов Н.В. Обзор численности носителей и переносчиков зоонозов, эпизоотической и эпидемиологической обстановки в Приволжском федеральном округе в 2024 г. и прогноз на I полугодие 2025 г. [Электронный ресурс]. URL: https://microbe.ru/files/PFO_rev2024_prog2025_I.pdf (дата обращения 15.07.2025).Zyryanov P.M., Matrosov A.N., Ivanova A.V., Popov N.V. [Review of the number of carriers and vectors of zoonotic disea¬ ses, the epizootic and epidemiological situation in the Volga Federal District in 2024 and the forecast for the first half of 2025]. (Cited 15 July 2025). [Internet]. Available from: https://microbe.ru/files/PFO_rev2024_prog2025_I.pdf.Tkachenko E., Kurashova S., Balkina A., Ivanov A., Egorova M., Leonovich O., Popova Y., Teodorovich R., Belyakova A., Tkachenko P., Trankvilevsky D., Blinova E., Ishmukhametov A., Dzagurova T. Cases of hemorrhagic fever with renal syndrome in Russia during 2000–2022. Viruses. 2023; 15(7):1537. DOI: 10.3390/v15071537.Tkachenko E., Kurashova S., Balkina A., Ivanov A., Egorova M., Leonovich O., Popova Y., Teodorovich R., Belyakova A., Tkachenko P., Trankvilevsky D., Blinova E., Ishmukhametov A., Dzagurova T. Cases of hemorrhagic fever with renal syndrome in Russia during 2000–2022. Viruses. 2023; 15(7):1537. DOI: 10.3390/v15071537.ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). 2024. [Электронный ресурс]. URL: https://ictv.global/taxonomy (дата обращения 15.07.2025).ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). 2024. (Cited 15 July 2025). [Internet]. Available from: https://ictv.global/taxonomy.Filipi K., Marková S., Searle J.B., Kotlík P. Mitogenomic phylogenetics of the bank vole Clethrionomys glareolus, a model system for studying end-glacial colonization of Europe. Mol. Phylogenet. Evol. 2015; 82(Pt. A):245–57. DOI: 10.1016/j.ympev.2014.10.016.Filipi K., Marková S., Searle J.B., Kotlík P. Mitogenomic phylogenetics of the bank vole Clethrionomys glareolus, a model system for studying end-glacial colonization of Europe. Mol. Phylogenet. Evol. 2015; 82(Pt. A):245–57. DOI: 10.1016/j.ympev.2014.10.016.Plyusnin A., Vapalahti O., Vaheri A. Hantaviruses: genome structure, expression and evolution. J. Gen. Virol. 1996; 77(Pt. 11):2677–87. DOI: 10.1099/0022-1317-77-11-2677.Plyusnin A., Vapalahti O., Vaheri A. Hantaviruses: genome structure, expression and evolution. J. Gen. Virol. 1996; 77(Pt. 11):2677–87. DOI: 10.1099/0022-1317-77-11-2677.Castel G., Chevenet F., Razzauti M., Murri S., Marianneau P., Cosson J.F., Tordo N., Plyusnin A. Phylogeography of Puumala orthohantavirus in Europe. Viruses. 2019; 11(8):679. DOI: 10.3390/v11080679.Castel G., Chevenet F., Razzauti M., Murri S., Marianneau P., Cosson J.F., Tordo N., Plyusnin A. Phylogeography of Puumala orthohantavirus in Europe. Viruses. 2019; 11(8):679. DOI: 10.3390/v11080679.Blinova E., Deviatkin A., Makenov M., Popova Y., Dzagurova T. Evolutionary formation and distribution of Puumala virus genome variants, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2023; 29(7):1420–4. DOI: 10.3201/eid2907.221731.Blinova E., Deviatkin A., Makenov M., Popova Y., Dzagurova T. Evolutionary formation and distribution of Puumala virus genome variants, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2023; 29(7):1420–4. DOI: 10.3201/eid2907.221731.Ramsden C., Melo F.L., Figueiredo L.M., Holmes E.C., Zanotto P.M.; VGDN Consortium. High rates of molecular evolution in hantaviruses. Mol. Biol. Evol. 2008; 25(7):1488–92. DOI: 10.1093/molbev/msn093.Ramsden C., Melo F.L., Figueiredo L.M., Holmes E.C., Zanotto P.M.; VGDN Consortium. High rates of molecular evolution in hantaviruses. Mol. Biol. Evol. 2008; 25(7):1488–92. DOI: 10.1093/molbev/msn093.Souza W.M., Bello G., Amarilla A.A., Alfonso H.L., Aquino V.H., Figueiredo L.T. Phylogeography and evolutionary history of rodent-borne hantaviruses. Infect. Genet. Evol. 2014; 21:198–204. DOI: 10.1016/j.meegid.2013.11.015.Souza W.M., Bello G., Amarilla A.A., Alfonso H.L., Aquino V.H., Figueiredo L.T. Phylogeography and evolutionary history of rodent-borne hantaviruses. Infect. Genet. Evol. 2014; 21:198–204. DOI: 10.1016/j.meegid.2013.11.015.Klempa B. Reassortment events in the evolution of hantaviruses. Virus Genes. 2018; 54(5):638–46. DOI: 10.1007/s11262-018-1590-z.Klempa B. Reassortment events in the evolution of hantaviruses. Virus Genes. 2018; 54(5):638–46. DOI: 10.1007/s11262-018-1590-z.Razzauti M., Plyusnina A., Henttonen H., Plyusnin A. Accumulation of point mutations and reassortment of genomic RNA segments are involved in the microevolution of Puumala hantavirus in a bank vole (Myodes glareolus) population. J. Gen. Virol. 2008; 89(Pt. 7):1649–60. DOI: 10.1099/vir.0.2008/001248-0.Razzauti M., Plyusnina A., Henttonen H., Plyusnin A. Accumulation of point mutations and reassortment of genomic RNA segments are involved in the microevolution of Puumala hantavirus in a bank vole (Myodes glareolus) population. J. Gen. Virol. 2008; 89(Pt. 7):1649–60. DOI: 10.1099/vir.0.2008/001248-0.Razzauti M., Plyusnina A., Sironen T., Henttonen H., Plyusnin A. Analysis of Puumala hantavirus in a bank vole population in northern Finland: evidence for co-circulation of two genetic lineages and frequent reassortment between strains. J. Gen. Virol. 2009; 90(Pt. 8):1923–31. DOI: 10.1099/vir.0.011304-0.Razzauti M., Plyusnina A., Sironen T., Henttonen H., Plyusnin A. Analysis of Puumala hantavirus in a bank vole population in northern Finland: evidence for co-circulation of two genetic lineages and frequent reassortment between strains. J. Gen. Virol. 2009; 90(Pt. 8):1923–31. DOI: 10.1099/vir.0.011304-0.Razzauti M., Plyusnina A., Henttonen H., Plyusnin A. Microevolution of Puumala hantavirus during a complete population cycle of its host, the bank vole (Myodes glareolus). PLoS One. 2013; 8(5):e64447. DOI: 10.1371/journal.pone.0064447.Razzauti M., Plyusnina A., Henttonen H., Plyusnin A. Microevolution of Puumala hantavirus during a complete population cycle of its host, the bank vole (Myodes glareolus). PLoS One. 2013; 8(5):e64447. DOI: 10.1371/journal.pone.0064447.Davidyuk Y., Shamsutdinov A., Kabwe E., Ismagilova R., Martynova E., Belyaev A., Shuralev E., Trifonov V., Savitskaya T., Isaeva G., Khaiboullina S., Rizvanov A., Morzunov S. Prevalence of the Puumala orthohantavirus strains in the Pre-Kama Area of the Republic of Tatarstan, Russia. Pathogens. 2020; 9(7):540. DOI: 10.3390/pathogens9070540.Davidyuk Y., Shamsutdinov A., Kabwe E., Ismagilova R., Martynova E., Belyaev A., Shuralev E., Trifonov V., Savitskaya T., Isaeva G., Khaiboullina S., Rizvanov A., Morzunov S. Prevalence of the Puumala orthohantavirus strains in the Pre-Kama Area of the Republic of Tatarstan, Russia. Pathogens. 2020; 9(7):540. DOI: 10.3390/pathogens9070540.Davidyuk Y.N., Kabwe E., Shamsutdinov A.F., Knyazeva A.V., Martynova E.V., Ismagilova R.K., Trifonov V.A., Savitskaya T.A., Isaeva G.S., Urbanowicz R.A., Khaiboullina S.F., Rizvanov A.A., Morzunov S.P. The Distribution of Puumala orthohantavirus genome variants correlates with the regional landscapes in the Trans-Kama Area of the Republic of Tatarstan. Pathogens. 2021; 10(9):1169. DOI: 10.3390/pathogens10091169.Davidyuk Y.N., Kabwe E., Shamsutdinov A.F., Knyazeva A.V., Martynova E.V., Ismagilova R.K., Trifonov V.A., Savitskaya T.A., Isaeva G.S., Urbanowicz R.A., Khaiboullina S.F., Rizvanov A.A., Morzunov S.P. The Distribution of Puumala orthohantavirus genome variants correlates with the regional landscapes in the Trans-Kama Area of the Republic of Tatarstan. Pathogens. 2021; 10(9):1169. DOI: 10.3390/pathogens10091169.Kabwe E., Shamsutdinov A.F., Suleimanova S., Martynova E.V., Ismagilova R.K., Shakirova V.G., Savitskaya T.A., Isaeva G.S., Rizvanov A.A., Khaiboullina S.F., Morzunov S.P., Davidyuk Y.N. Puumala orthohantavirus reassortant genome variants likely emerging in the watershed forests. Int. J. Mol. Sci. 2023; 24(2):1018. DOI: 10.3390/ijms24021018.Kabwe E., Shamsutdinov A.F., Suleimanova S., Martynova E.V., Ismagilova R.K., Shakirova V.G., Savitskaya T.A., Isaeva G.S., Rizvanov A.A., Khaiboullina S.F., Morzunov S.P., Davidyuk Y.N. Puumala orthohantavirus reassortant genome variants likely emer¬ ging in the watershed forests. Int. J. Mol. Sci. 2023; 24(2):1018. DOI: 10.3390/ijms24021018.Kariwa H., Tkachenko E.A., Morozov V.G., Seto T., Tanikawa Y., Kolominov S.I., Belov S.N., Nakamura I., Hashimoto N., Balakiev A.E., Dzagurnova T.K., Daud N.H., Miyashita D., Medvedkina O.A., Nakauchi M., Ishizuka M., Yoshii K., Yoshimatsu K., Arikawa J., Takashima I. Epidemiological study of hantavirus infection in the Samara Region of European Russia. J. Vet. Med. Sci. 2009; 71(12):1569–78. DOI: 10.1292/jvms.001569.Kariwa H., Tkachenko E.A., Morozov V.G., Seto T., Tanikawa Y., Kolominov S.I., Belov S.N., Nakamura I., Hashimoto N., Balakiev A.E., Dzagurnova T.K., Daud N.H., Miyashita D., Medvedkina O.A., Nakauchi M., Ishizuka M., Yoshii K., Yoshimatsu K., Arikawa J., Takashima I. Epidemiological study of hantavirus infection in the Samara Region of European Russia. J. Vet. Med. Sci. 2009; 71(12):1569–78. DOI: 10.1292/jvms.001569.Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M.; UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012; 28(8):1166–7. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts091.Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M.; UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012; 28(8):1166–7. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts091.Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30(12):2725–9. DOI: 10.1093/molbev/mst197.Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30(12):2725–9. DOI: 10.1093/molbev/mst197.Szabó R., Radosa L., Ličková M., Sláviková M., Heroldová M., Stanko M., Pejčoch M., Osterberg A., Laenen L., Schex S., Ulrich R.G., Essbauer S., Maes P., Klempa B. Phylogenetic analysis of Puumala virus strains from Central Europe highlights the need for a full-genome perspective on hantavirus evolution. Virus Genes. 2017; 53(6):913–7. DOI: 10.1007/s1126 2-017-1484-5.Szabó R., Radosa L., Ličková M., Sláviková M., Heroldová M., Stanko M., Pejčoch M., Osterberg A., Laenen L., Schex S., Ulrich R.G., Essbauer S., Maes P., Klempa B. Phylogenetic analysis of Puumala virus strains from Central Europe highlights the need for a full-genome perspective on hantavirus evolution. Virus Genes. 2017; 53(6):913–7. DOI: 10.1007/s11262-017-1484-5.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.