microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2015-2-63-67microbe-229Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯMICROBIOLOGYОсобенности структуры генома токсигенного штамма Vibrio cholerae El Tor Инаба, выделенного в 2014 г. из открытого водоема в Ростове-на-ДонуPeculiarities of Genome Structure of Toxigenic Vibrio cholerae El Tor Inaba Strain, Isolated from a Surface Water Body in the Territory of Rostov-on-Don in 2014ПисановР. В.PisanovR. V.plague@aaanet.ruЕжоваМ. И.EzhovaM. I.plague@aaanet.ruМонаховаЕ. В.MonakhovaE. V.plague@aaanet.ruЧеркасовА. В.CherkasovA. V.rusrapi@microbe.ruКрасновЯ. М.KrasnovYa. M.rusrapi@microbe.ruВодопьяновА. С.Vodop’YanovA. S.plague@aaanet.ruКульшаньТ. А.Kul’Shan’T. A.rusrapi@microbe.ruЛивановаЛ. Ф.LivanovaL. F.rusrapi@microbe.ruПортенкоС. А.PortenkoS. A.rusrapi@microbe.ruАбдрашитоваА. С.AbdrashitovaA. S.rusrapi@microbe.ruКругликовВ. Д.KruglikovV. D.plague@aaanet.ruТитоваС. В.TitovaS. V.plague@aaanet.ruРостовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институтРоссияRostov-on-Don Research Anti-Plague InstituteRussian FederationРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian Federation201520062015026367Copyright © Писанов Р.В., Ежова М.И., Монахова Е.В., Черкасов А.В., Краснов Я.М., Водопьянов А.С., Кульшань Т.А., Ливанова Л.Ф., Портенко С.А., Абдрашитова А.С., Кругликов В.Д., Титова С.В., 20152015Писанов Р.В., Ежова М.И., Монахова Е.В., Черкасов А.В., Краснов Я.М., Водопьянов А.С., Кульшань Т.А., Ливанова Л.Ф., Портенко С.А., Абдрашитова А.С., Кругликов В.Д., Титова С.В.Pisanov R.V., Ezhova M.I., Monakhova E.V., Cherkasov A.V., Krasnov Y.M., Vodop’Yanov A.S., Kul’Shan’ T.A., Livanova L.F., Portenko S.A., Abdrashitova A.S., Kruglikov V.D., Titova S.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/229

Проведено полногеномное секвенирование ДНК штамма Vibrio cholerae 81 биовара Эль Тор серовара Инаба, выделенного в 2014 г. из воды реки Темерник на территории Ростова-на-Дону в июле 2014 г. Установлено присутствие в его геноме гибридного профага CTX, содержащего ген ctxB классического типа (аллель ctxB1 ) и гена rstR типа Эль Тор, гена tcpA с мутациями в кодирующей и промоторной областях (аллель tcpETCIRS ), а также наличие null-мутации в гене rtxA (аллель rtxA4 ) и протяженной делеции в пределах острова пандемичности VSP-II. Все эти особенности характерны для геновариантов холерных вибрионов, которые обладают повышенным эпидемическим потенциалом и в последние годы вытесняют типичных представителей данного биовара.

Carried out has been whole-genome sequencing of the Vibrio cholerae 81 El Tor Inaba strain DNA, isolated from Temernik River waters in the territory of Rostov-on-Don in July, 2014. Identified is the presence of hybrid CTX prophage, which contains ctxB gene of the classical type ( ctxB1 allele), as well as rstR gene El Tor type, tcpA gene with the mutations in coding and promoter regions ( tcpETCIRS allele), the null-mutation in rtxA gene, and extended deletion inside the pandemicity island VSP-II. All the stated above peculiarities are characteristic of cholera vibrio genovariants, which have an enhanced epidemic potential and have recently replaced the typical strains of this biovar.

Vibrio choleraeгеновариантыпрофаг CTXRTX-кластеростров пандемичностиgenovariantsCTX prophageRTX-clusterpandemicity islandReferencesАгафонов Д.А., Заднова С.П., Лозовский Ю.В., Смирнова Н.И. Конструирование ПЦР-тест-системы для дифференциации генетически измененных токсигенных штаммов Vibrio cholerae биовара Эль Тор с разным эпидемическим потенциалом. Пробл. особо опасных инф. 2014; 2:85-8.Agafonov D.A., Zadnova S.P., Lozovsky Yu.V., Smirnova N.I. [Construction of PCR test-system for differentiation between genetically altered toxigenic Vibrio cholerae strains, biovar El Tor, with varied epidemic potential]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2014; 2:85–8.Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин М.Б., Сучков И.Ю., Мишанькин Б.Н. Вариабельные тандемные повторы, выявленные при компьютерном анализе генома Vibrio cholerae. Биотехнология. 2001; 6:85-8.Vodop’yanov A.S., Vodop’yanov S.O., Mishan’kin M.B., Suchkov I.Yu., Mishan’kin B.N. [Variable tandem repeats, identified by means of computer- based analysis of the Vibrio cholerae genome]. Biotekhnologia. 2001; 6:85–8.Водопьянов С.О., Сучков И.Ю., Мишанькин Б.Н., Водопьянов А.С. База данных «Холера. Штаммы - VNTR». Свидетельство о государственной регистрации № 2007620389.Vodop’yanov S.O., Suchkov I.Yu., Mishan’kin B.N., Vodop’yanov A.S. [Data base “Cholera. Strains – VNTR”]. Certificate of State Registration No 2007620389.Лабораторная диагностика холеры: МУК 4.2.2218-07. М.; 2007.[Laboratory diagnostics of cholera: Methodological regulations]. MR 4.2.2218-07. M.; 2007.Мишанькин Б.Н., Водопьянов А.С., Ломов Ю.М. Мультилокусное VNTR-типирование культур холерных вибрионов, выделенных в г. Казань во время вспышки холеры летом 2001 года. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2003; 6:11-5.Mishan’kin B.N., Vodop’yanov A.S., Lomov Yu.M. [Multi-locus VNTR-typing of cholera vibrios cultures, isolated in Kazan at the time of the cholera outbreak during summer, 2001]. Zh. Mikrobiol. Epidemiol. Immunobiol. 2003; 6:11–5.Смирнова Н.И., Агафонов Д.А., Заднова С.П., Черкасов А.В., Кутырев В.В. Алгоритм идентификации токсигенных генетически измененных штаммов Vibrio cholerae биовара Эль Тор. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2014; 2:36-46.Smirnova N.I., Agafonov D.A., Zadnova S.P., Cherkasov A.V., Kutyrev V.V. [Algorithm for identification of toxigenic genetically altered Vibrio cholerae strains, biovar El Tor]. Zh. Mikrobiol. Epidemiol. Immunobiol. 2014; 2:36–46.Смирнова Н.И., Горяев А.А., Заднова С.П., Краснов Я.М., Лозовский Ю.В., Кутырев В.В. Генетическая характеристика клинических штаммов Vibrio cholerae, завезенных на территорию Российской Федерации в современный период. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2011; 3:3-10.Smirnova N.I., Goryaev A.A., Zadnova S.P., Krasnov Ya.M., Lozovsky Yu.V., Kutyrev V.V. [Genetic characteristics of clinical Vibrio cholerae strains, imported onto the territory of the Russian Federation in the modern period]. Zh. Mikrobiol. Epidemiol. Immunobiol. 2011; 3:3–10.Смирнова Н.И., Горяев А.А., Кутырев В.В. Эволюция генома возбудителя холеры в современный период. Мол. генет., микробиол. и вирусол. 2010; 4:11-9.Smirnova N.I., Goryaev A.A., Kutyrev V.V. [Evolution of cholera agent genome in the modern period]. Mol. Gen. Mikrobiol. Virusol. 2010; 4:11–9.Смирнова Н.И., Заднова С.П., Агафонов Д.А., Шашкова А.В., Челдышова Н.Б., Черкасов А.В. Сравнительный молекулярно-генетический анализ мобильных элементов природных штаммов возбудителя холеры. Генетика. 2013; 49(9):1036-47.Smirnova N.I., Zadnova S.P., Agafonov D.A., Shashkova A.V., Cheldyshova N.B., Cherkasov A.V. [Comparative molecular-genetic analysis of mobile elements in cholera agent natural strains]. Genetika. 2013; 49(9):1036–47.Шашкова А.В., Агафонов Д.А., Черкасов А.В., Заднова С.П., Смирнова Н.И. Фенотипический и молекулярно-генетический анализ генетически измененного токсигенного штамма Vibrio cholerae 301 биовара Эль Тор, изолированного в 2011 г. в России. Пробл. особо опасных инф. 2012; 4(114):61-4.Shashkova A.V., Agafonov D.A., Cherkasov A.V., Zadnova S.P., Smirnova N.I. [Phenotypic and molecular-genetic analysis of genetically modified toxigenic Vibrio cholerae El Tor strain 301, isolated in 2011 in Russia]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2012; 4(114):61–4.Dolores J., Satchell K.J.F. Analysis of Vibrio cholerae genome sequences reveals unique rtxA variants in environmental strains and an rtxA null-mutation in recent altered El Tor isolates. mBio. 2013; 4(2):e00624-12.Dolores J., Satchell K.J.F. Analysis of Vibrio cholerae genome sequences reveals unique rtxA variants in environmental strains and an rtxA null-mutation in recent altered El Tor isolates. mBio. 2013; 4(2):e00624-12.Dutta N.K., Habbu M.K. Experimental cholera in infant rabbits: a method for chemotherapeutic investigation. Brit. J. Pharmacol. 1955; 10(2):153-9.Dutta N.K., Habbu M.K. Experimental cholera in infant rabbits: a method for chemotherapeutic investigation. Brit. J. Pharmacol. 1955; 10(2):153–9.Hasan N.A., Choi S.Y., Eppinger M., Clark P.W., Chen A., Alam M., Haley B.J., Taviani E., Hine E., Su Q., Tallon L.J., Prosper J.B., Furth K., Hoq M.M., Li H., Fraser-Liggett C.M., Cravioto A., Huq A., Ravel J., Cebula T.A., Colwell R.R. Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2012; 109:E2010-17.Hasan N.A., Choi S.Y., Eppinger M., Clark P.W., Chen A., Alam M., Haley B.J., Taviani E., Hine E., Su Q., Tallon L.J., Prosper J.B., Furth K., Hoq M.M., Li H., Fraser-Liggett C.M., Cravioto A., Huq A., Ravel J., Cebula T.A., Colwell R.R. Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2012; 109:E2010-17.Lin W., Fullner K.J., Clayton R., Sexton J.A., Rogers M.B., Calia K.E., Calderwood S.B., Fraser C., Mekalanos J.J. Identification of a Vibrio cholerae RTX toxin gene cluster that is tightly linked to the cholera toxin prophage. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999; 96(2):1071-6.Lin W., Fullner K.J., Clayton R., Sexton J.A., Rogers M.B., Calia K.E., Calderwood S.B., Fraser C., Mekalanos J.J. Identification of a Vibrio cholerae RTX toxin gene cluster that is tightly linked to the cholera toxin prophage. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999; 96(2):1071–6.Nair G.B., Qadri F., Holmgren J., Svennerholm A.-M., Safa A., Bhuiyan N.A., Ahmad Q.S., Faruque S.M., Faruque A.S.G., Takeda Y., Sack D.A. Cholera due to altered El Tor strains of Vibrio cholerae O1 in Bangladesh. J. Clin. Microbiol. 2006; (44):4211-3.Nair G.B., Qadri F., Holmgren J., Svennerholm A.-M., Safa A., Bhuiyan N.A., Ahmad Q.S., Faruque S.M., Faruque A.S.G., Takeda Y., Sack D.A. Cholera due to altered El Tor strains of Vibrio cholerae O1 in Bangladesh. J. Clin. Microbiol. 2006; (44):4211–3.Nusrin S., Gil A.I., Bhuiyan N.A., Safa A., Asakura M., Lanata C.F., Hall E., Miranda H., Huapaya B., Vargas C.G., Luna M.A., Sack D.A., Yamasaki S., Nair G.B. Peruvian Vibrio cholerae O1 El Tor strains possess a distinct region in the Vibrio seventh pandemic island-II that differentiates them from the prototype seventh pandemic El Tor strains. J. Med. Microbiol. 2009; 58(3):342-54.Nusrin S., Gil A.I., Bhuiyan N.A., Safa A., Asakura M., Lanata C.F., Hall E., Miranda H., Huapaya B., Vargas C.G., Luna M.A., Sack D.A., Yamasaki S., Nair G.B. Peruvian Vibrio cholerae O1 El Tor strains possess a distinct region in the Vibrio seventh pandemic island-II that differentiates them from the prototype seventh pandemic El Tor strains. J. Med. Microbiol. 2009; 58(3):342–54.Safa A., Nair G.B., Kong R.Y. Evolution of new variants of Vibrio cholerae O1. Trends Microbiol. 2010; 18:46-54.Safa A., Nair G.B., Kong R.Y. Evolution of new variants of Vibrio cholerae O1. Trends Microbiol. 2010; 18:46–54.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.