microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2015-3-55-57microbe-246Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯMICROBIOLOGYСовершенствование диагностической системы в формате ОТ-ПЦР в реальном времени «Амплисенс EBOV (ZAIRE)-FL» для детекции РНК вируса Эбола ЗаирImprovement of Diagnostic System in a Real-Time RT-PCR “AmpliSens EBOV (ZAIRE)-FL” Format for Zaire ebolavirus RNA DetectionДедковВ. Г.DedkovV. G.vgdedkov@yandex.ruСафоноваМ. В.SafonovaM. V.info@pcr.ruБодневС. А.BodnevS. A.vector@vector.nsc.ruКабановА. С.KabanovA. S.vector@vector.nsc.ruСафроновВ. А.SafronovV. A.rusrapi@microbe.ruЛопатинА. А.LopatinA. A.rusrapi@microbe.ruКуклевВ. Е.KuklevV. E.rusrapi@microbe.ruУткинД. В.UtkinD. V.rusrapi@microbe.ruМалеевВ. В.MaleevV. V.info@pcr.ruШипулинГ. А.ShipulinG. A.info@pcr.ruЦентральный научно-исследовательский институт эпидемиологии; Научно-исследовательский институт медицины труда РАНРоссияCentral Research Institute of Epidemiology; RAS Research Institute of Occupational MedicineRussian FederationЦентральный научно-исследовательский институт эпидемиологииРоссияCentral Research Institute of EpidemiologyRussian FederationГосударственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»РоссияState Research Centre of Virology and Biotechnology “Vector”Russian FederationРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian Federation201520092015035557Copyright © Дедков В.Г., Сафонова М.В., Боднев С.А., Кабанов А.С., Сафронов В.А., Лопатин А.А., Куклев В.Е., Уткин Д.В., Малеев В.В., Шипулин Г.А., 20152015Дедков В.Г., Сафонова М.В., Боднев С.А., Кабанов А.С., Сафронов В.А., Лопатин А.А., Куклев В.Е., Уткин Д.В., Малеев В.В., Шипулин Г.А.Dedkov V.G., Safonova M.V., Bodnev S.A., Kabanov A.S., Safronov V.A., Lopatin A.A., Kuklev V.E., Utkin D.V., Maleev V.V., Shipulin G.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/246

С учетом опыта практического применения системы «Амплисенс EBOV(Zaire)-Fl» в условиях мобильной лаборатории СПЭБ проведено ее усовершенствование с целью сокращения времени проведения исследования и повышения предела аналитической чувствительности. Осуществленная модификация позволила увеличить значение аналитической чувствительности системы до уровня 200 копий в мл, что в 10 раз выше предыдущего показателя аналитической чувствительности, составлявшей 2·103 копий в 1 мл. Кроме того, удалось сократить время проведения исследования до 1 ч 25 мин, что на 25 % меньше времени, необходимого для проведения исследования по стандартной программе. Модификация диагностической системы «Амплисенс EBOV(Zaire)-Fl» будет способствовать совершенствованию надзорных мероприятий по пресечению распространения вируса Эбола Заир в Западной Африке и недопущению его завоза на территорию Российской Федерации.

Taking into consideration experience in utilization of “AmpliSens EBOV (ZAIRE)-FL” in the setting of SAET mobile laboratory complex, carried out has been the improvement of the panel with a view to elapsed time reduction and analytical sensitivity enhancement. It provides for the analytical sensitivity increase up to 200 copies per ml, which is 10 times higher than the previous measurement, that accounted for 2·103 copies per ml. The timing of the assay has been reduced up to 1 h 25 min, which is 25 % less than the time needed for the standard study. Modification of “AmpliSens EBOV (ZAIRE)-FL” panel benefits to the enhancement of epidemiological surveillance activities intended to stop the spread of Zaire ebolavirus in West Africa and prevent its importation into the Russian Federation.

Вирус Эбола Заирлихорадка ЭболаОТ-ПЦР в реальном времениEbola virus ZaireEbola feverreal-time RT-PCRReferencesДедков В.Г., Сафонова М.В., Девяткин А.А., Долгова А.С., Пьянков О.В., Сергеев А.А., Агафонов А.П., Малеев В.В., Шипулин Г.А. Разработка диагностической системы в формате ОТ-ПЦР в реальном времени для выявления РНК вируса Эбола Заир. Эпидемиол. инф. бол. Акт. вопр. 2015; 2:26-32.Dedkov V.G., Safonova M.V., Devyatkin A.A., Dolgova A.S., P`yankov O.V., Sergeev A.A., Agafonov A.P., Maleev V.V., Shipulin G.A. [Development of diagnostic real-time RT-PCR system for Ebola virus Zaire RNA detection]. Epidemiol. Infekt. Bol. Aktual. Vopr. 2015; 2:26–32.Ebola situation report. 26 August 2015. http://apps.who.int/ebola/current-situation/ebola-situation-report-26-august-2015 (дата обращения 02.09.2015).Ebola situation report. 26 August 2015 [cited 02 Sep 2015]. Available from: http://apps.who.int/ebola/current-situation/ebola-situation-report-26-august-2015.Faye Ous., Bolle P., Heleze E., Faye Oum., Loucoubar Ch., Magassouba N., Soropogui B., Keita S., Gakou T., Bah I., Koivogui L., Sall A., Cauchemez S. Chains of transmission and control of Ebola virus disease in Conakry, Guinea, in 2014: an observational study. Lancet Inf. Dis. 2015; 15(3):320-6.Faye Ous., Bolle P., Heleze E., Faye Oum., Loucoubar Ch., Magassouba N., Soropogui B., Keita S., Gakou T., Bah I., Koivogui L., Sall A., Cauchemez S. Chains of transmission and control of Ebola virus disease in Conakry, Guinea, in 2014: an observational study. Lancet Inf. Dis. 2015; 15(3):320–6.Gire K.S., Goba A., Andersen G.K. Sealfon R.S.G., Park D.J., Kanneh L., Jalloh S., Momoh M., Fullah M., Dudas G., Wohl S., Moses L.M.,Yozwiak N.L., Winnicki S., Matranga Ch.B., Malboeuf J.Q., Gladden A.D., Schaffner S.F., Jiang Y.X., Nekoui M., Colubri A., Coomber M.R., Fonnie M., Moigboi A., Gbakie M., Kamara F.K., Tucker V., Konuwa E., Saffa S., Sellu J., Jalloh A.A., Kovoma A., Koninga J., Mustapha I., Kargbo K., Foday M., Yillah M., Kanneh F., Robert W., Massally J.L., Chapman S.B., Bochicchio J., Murphy C., Nusbaum C., Young S., Birren B.W., Grant D.S., Scheiffelin J.S., Lander E.S., Happi Ch., Gevao S.M., Gnirke A., Rambaut A., Garry R.F., Humarr Khan S., Sabeti P.C. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak. Science. 2014; 345(6202):1369-72.Gire K.S., Goba A., Andersen G.K. Sealfon R.S.G., Park D.J., Kanneh L., Jalloh S., Momoh M., Fullah M., Dudas G., Wohl S., Moses L.M.,Yozwiak N.L., Winnicki S., Matranga Ch.B., Malboeuf J.Q., Gladden A.D., Schaffner S.F., Jiang Y.X., Nekoui M., Colubri A., Coomber M.R., Fonnie M., Moigboi A., Gbakie M., Kamara F.K., Tucker V., Konuwa E., Saffa S., Sellu J., Jalloh A.A., Kovoma A., Koninga J., Mustapha I., Kargbo K., Foday M., Yillah M., Kanneh F., Robert W., Massally J.L., Chapman S.B., Bochicchio J., Murphy C., Nusbaum C., Young S., Birren B.W., Grant D.S., Scheiffelin J.S., Lander E.S., Happi Ch., Gevao S.M., Gnirke A., Rambaut A., Garry R.F., Humarr Khan S., Sabeti P.C. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak. Science. 2014; 345(6202):1369–72.Maganga G.D., Kapetshi J., Berthet N., Kebela Ilunga B., Kabange F., Mbala Kingebeni P., Mondonge V., Muyembe J.J., Bertherat E., Briand S., Cabore J., Epelboin A., Formenty P., Kobinger G., González-Angulo L., Labouba I., Manuguerra J.C., Okwo-Bele J.M., Dye C., Leroy E.M. Ebola virus disease in the Democratic Republic of Congo. N. Engl. J. Med. 2014; 371(22):2083-91.Maganga G.D., Kapetshi J., Berthet N., Kebela Ilunga B., Kabange F., Mbala Kingebeni P., Mondonge V., Muyembe J.J., Bertherat E., Briand S., Cabore J., Epelboin A., Formenty P., Kobinger G., González-Angulo L., Labouba I., Manuguerra J.C., Okwo-Bele J.M., Dye C., Leroy E.M. Ebola virus disease in the Democratic Republic of Congo. N. Engl. J. Med. 2014; 371(22):2083–91.Oligonucleotide Properties Calculator. http://www.basic.northwestern.edu/biotools/OligoCalc.html (дата обращения 02.09.2015).Oligonucleotide Properties Calculator. [cited 02 Sep 2015]. Available from: http://www.basic.northwestern.edu/biotools/OligoCalc.html.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.