microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2015-3-65-72microbe-248Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯMICROBIOLOGYСравнительный анализ секвенированных образцов вируса Zaire Ebolavirus из Гвинейской РеспубликиComparative Analysis of the Sequenced Zaire ebolavirus Samples from the Republic of GuineaКрасновЯ. М.KrasnovYa. M.rusrapi@microbe.ruСафроновВ. А.SafronovV. A.rusrapi@microbe.ruНосовН. Ю.NosovN. Yu.rusrapi@microbe.ruКутыревВ. В.KutyrevV. V.rusrapi@microbe.ruПоповаА. Ю.PopovaA. Yu.noemail@neicon.ruРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian FederationФедеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека; Российская медицинская академия последипломного образованияРоссияFederal Service for Surveillance in the Sphere of Consumers Rights Protection and Human Welfare; Russian Medical Academy for Post-Graduate TrainingRussian Federation201520092015036572Copyright © Краснов Я.М., Сафронов В.А., Носов Н.Ю., Кутырев В.В., Попова А.Ю., 20152015Краснов Я.М., Сафронов В.А., Носов Н.Ю., Кутырев В.В., Попова А.Ю.Krasnov Y.M., Safronov V.A., Nosov N.Y., Kutyrev V.V., Popova A.Y.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/248

В 2013-2015 гг. в Западной Африке зарегистрирована крупнейшая в истории эпидемия лихорадки Эбола, вызванная вирусом вида Zaire ebolavirus. Из Гвинейской Республики вирус быстро распространился на соседние страны. В статье представлены результаты сравнительного анализа трех геномов Zaire ebolavirus, кДНК которых получена из клинического материала от больных лихорадкой Эбола с лабораторно подтвержденным диагнозом на территории Гвинейской Республики в 2014 г. Полученные нуклеотидные последовательности геномов позволили установить их филогенетическую близость к определенным вариантам, представленным в базе данных NCBI GenBank. Общий филогенетический анализ с использованием репрезентативной выборки показал два направления эволюционного развития генома от одного исходного предка. Первая ветвь эволюции представлена относительно небольшим числом изолятов Zaire ebolavirus, получивших распространение в Гвинее. Второе, наиболее многочисленное направление эволюции, вызвано 4 вариантами генома Zaire ebolavirus, которые первоначально начали выделяться в конце мая - начале июня 2014 г. в Сьерра-Леоне. За короткий период времени они охватили территорию Сьерра-Леоне, Гвинеи и Либерии.

An unprecedented on its scale Ebola fever epidemic, caused by Zaire ebolavirus, has been registered in the territory of West Africa in 2014-2015. The virus quickly spread from the Republic of Guinea into the neighboring countries. Presented are the results of comparative analysis between three Zaire ebolavirus genomes, the complementary DNA of which was obtained from the samples from Ebola fever patients in the Republic of Guinea in 2014. The nucleotide sequences of the genomes received have allowed for identification of phylogenetic affinity to certain references, displayed in the database of NCBI GenBank. General phylogenetic analysis by means of representative sampling has revealed two trends of genome evolutionary development from one and the same ancestral form. The first branch of evolution is represented by a relatively small number of Zaire ebolavirus isolates, disseminated in Guinea. The second one, the most numerous trend, is generated by four variants of Zaire ebolavirus genome, which have been identified starting from May - early June, 2014 in Sierra-Leone, but within a short period of time they have won the whole territory of the country and the neighboring Guinea and Liberia.

геном возбудителя БВВЭлихорадка Эболасеквенированиефилогенетический анализГвинейская РеспубликаЗападная АфрикаEVD agent genomeEbola feversequencingphylogenetic analysisRepublic of GuineaWest AfricaReferencesОрганизация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности: МУ 1.3.2569-09. М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора; 2010. 51 с.[Organization of works of laboratories utilizing nucleic acids amplification methods while handling materials containing microorganizms of I–IV pathogenicity groups]. MU 1.3.2569-09. M.; 2010. 51 p.Baize S., Pannetier D., Oestereich L., Rieger T., Koivogui L., Magassouba N’Faly, Soropogui B., Sow M.S., Keïta S., Clerck H., Tiffany A., Dominguez G., Loua M., Traoré A., Kolié M., Malano E.R., Heleze E., Bocquin A., Mély S., Raoul H., Caro V., Cadar D., Gabriel M., Pahlmann M., Tappe D., Schmidt-Chanasit J., Impouma B., Diallo A.K., Formenty P., Van Herp M., Günther S. Emergence of Zaire Ebola virus disease in Guinea. N. Engl. J. Med. 2014; 371:1418-25.Baize S., Pannetier D., Oestereich L., Rieger T., Koivogui L., Magassouba N’Faly, Soropogui B., Sow M.S., Keïta S., Clerck H., Tiffany A., Dominguez G., Loua M., Traoré A., Kolié M., Malano E.R., Heleze E., Bocquin A., Mély S., Raoul H., Caro V., Cadar D., Gabriel M., Pahlmann M., Tappe D., Schmidt-Chanasit J., Impouma B., Diallo A.K., Formenty P., Van Herp M., Günther S. Emergence of Zaire Ebola virus disease in Guinea. N. Engl. J. Med. 2014; 371:1418–25.Ebihara H., Takada A., Kobasa D., Jones S., Neumann G., Theriault S., Bray M., Feldmann H., Kawaokaet Y. Molecular determinants of Ebola virus virulence in mice. PLoS Pathog. 2006; 2(7):e73.Ebihara H., Takada A., Kobasa D., Jones S., Neumann G., Theriault S., Bray M., Feldmann H., Kawaokaet Y. Molecular determinants of Ebola virus virulence in mice. PLoS Pathog. 2006; 2(7):e73.Ebola response roadmap - Situation report. http://www.who.int/csr/disease/ebola/situation-reports/en. (дата обращения 12.08.2015).Ebola response roadmap – Situation report. [cited 12 Aug 2015]. Available from: http://www.who.int/csr/disease/ebola/situation-reports/en.Gire S.K., Goba A., Andersen K.G., Sealfon R.S., Park D.J., Kanneh L., Jalloh S, Momoh M., Fullah M., Dudas G., Wohl S., Moses L.M., Yozwiak N.L., Winnicki S., Matranga C.B., Malboeuf C.M., Qu J., Gladden A.D., Schaffner S.F., Yang X., Jiang P.P., Nekoui M., Colubri A., Coomber M.R., Fonnie M., Moigboi A., Gbakie M., Kamara F.K., Tucker V., Konuwa E., Saffa S., Sellu J., Jalloh A.A., Kovoma A., Koninga J., Mustapha I., Kargbo K., Foday M., Yillah M., Kanneh F., Robert W., Massally J.L., Chapman S.B., Bochicchio J., Murphy C., Nusbaum C., Young S., Birren B.W., Grant D.S., Scheiffelin J.S., Lander E.S., Happi C., Gevao S.M., Gnirke A., Rambaut A., Garry R.F., Khan S.H., Sabeti P.C. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak. Science. 2014; 345(6202):1369-72.Gire S.K., Goba A., Andersen K.G., Sealfon R.S., Park D.J., Kanneh L., Jalloh S, Momoh M., Fullah M., Dudas G., Wohl S., Moses L.M., Yozwiak N.L., Winnicki S., Matranga C.B., Malboeuf C.M., Qu J., Gladden A.D., Schaffner S.F., Yang X., Jiang P.P., Nekoui M., Colubri A., Coomber M.R., Fonnie M., Moigboi A., Gbakie M., Kamara F.K., Tucker V., Konuwa E., Saffa S., Sellu J., Jalloh A.A., Kovoma A., Koninga J., Mustapha I., Kargbo K., Foday M., Yillah M., Kanneh F., Robert W., Massally J.L., Chapman S.B., Bochicchio J., Murphy C., Nusbaum C., Young S., Birren B.W., Grant D.S., Scheiffelin J.S., Lander E.S., Happi C., Gevao S.M., Gnirke A., Rambaut A., Garry R.F., Khan S.H., Sabeti P.C. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak. Science. 2014; 345(6202):1369–72.Huang Y., Xu L., Sun Y., Nabel G.J. The assembly of Ebola virus nucleocapsid requires virion-associated proteins 35 and 24 and posttranslational modification of nucleoprotein. Mol. Cell. 2002; 10:307-16.Huang Y., Xu L., Sun Y., Nabel G.J. The assembly of Ebola virus nucleocapsid requires virion-associated proteins 35 and 24 and posttranslational modification of nucleoprotein. Mol. Cell. 2002; 10:307–16.Kuhn J.H., Andersen K.G., Baize S., Bào Y., Bavari S., Berthet N., Blinkova O., Brister J.R., Clawson A.N., Fair J., Gabriel M., Garry R.F., Gire S.K., Goba A., Gonzalez J.P., Günther S., Happi C.T., Jahrling P.B., Kapetshi J., Kobinger G., Kugelman J.R., Leroy E.M., Maganga G.D., Mbala P.K., Moses L.M., Muyembe-Tamfum J.J., N’Faly M., Nichol S.T., Omilabu S.A., Palacios G., Park D.J., Paweska J.T., Radoshitzky S.R., Rossi C.A., Sabeti P.C., Schieffelin J.S., Schoepp R.J., Sealfon R., Swanepoel R., Towner J.S., Wada J., Wauquier N., Yozwiak N.L., Formenty P. Nomenclature- and database-compatible names for the two Ebola virus variants that emerged in Guinea and the Democratic Republic of the Congo in 2014. Viruses. 2014; 6(11):4760-99.Kuhn J.H., Andersen K.G., Baize S., Bào Y., Bavari S., Berthet N., Blinkova O., Brister J.R., Clawson A.N., Fair J., Gabriel M., Garry R.F., Gire S.K., Goba A., Gonzalez J.P., Günther S., Happi C.T., Jahrling P.B., Kapetshi J., Kobinger G., Kugelman J.R., Leroy E.M., Maganga G.D., Mbala P.K., Moses L.M., Muyembe-Tamfum J.J., N’Faly M., Nichol S.T., Omilabu S.A., Palacios G., Park D.J., Paweska J.T., Radoshitzky S.R., Rossi C.A., Sabeti P.C., Schieffelin J.S., Schoepp R.J., Sealfon R., Swanepoel R., Towner J.S., Wada J., Wauquier N., Yozwiak N.L., Formenty P. Nomenclature- and database-compatible names for the two Ebola virus variants that emerged in Guinea and the Democratic Republic of the Congo in 2014. Viruses. 2014; 6(11):4760–99.Park D.J., Dudas G., Wohl S., Goba A., Whitmer S.L., Andersen K.G., Sealfon R.S., Ladner J.T., Kugelman J.R., Matranga C.B., Winnicki S.M., Qu J., Gire S.K., Gladden-Young A., Jalloh S., Nosamiefan D., Yozwiak N.L., Moses L.M., Jiang P.P., Lin A.E., Schaffner S.F., Bird B., Towner J., Mamoh M., Gbakie M., Kanneh L., Kargbo D., Massally J.L., Kamara F.K., Konuwa E., Sellu J., Jalloh A.A., Mustapha I., Foday M., Yillah M., Erickson B.R., Sealy T., Blau D., Paddock C., Brault A., Amman B., Basile J., Bearden S., Belser J., Bergeron E., Campbell S., Chakrabarti A., Dodd K., Flint M., Gibbons A., Goodman C., Klena J., McMullan L., Morgan L., Russell B., Salzer J., Sanchez A., Wang D., Jungreis I., Tomkins-Tinch C., Kislyuk A., Lin M.F., Chapman S., Maclnnis B., Matthews A., Bochicchio J., Hensley L.E., Kuhn J.H., Nusbaum C., Schieffelin J.S., Birren B.W., Forget M., Nichol S.T., Palacios G.F., Ndiaye D., Happi C., Gevao S.M., Vandi M.A., Kargbo B., Holmes E.C., Bedford T., Gnirke A., Stroher U., Rambaut A., Garry R.F., Sabeti P.C. Ebola virus Epidemiology, Transmission, and Evolution during Seven Months in Sierra Leone. Cell. 2015; 161(7):1516-26.Park D.J., Dudas G., Wohl S., Goba A., Whitmer S.L., Andersen K.G., Sealfon R.S., Ladner J.T., Kugelman J.R., Matranga C.B., Winnicki S.M., Qu J., Gire S.K., Gladden-Young A., Jalloh S., Nosamiefan D., Yozwiak N.L., Moses L.M., Jiang P.P., Lin A.E., Schaffner S.F., Bird B., Towner J., Mamoh M., Gbakie M., Kanneh L., Kargbo D., Massally J.L., Kamara F.K., Konuwa E., Sellu J., Jalloh A.A., Mustapha I., Foday M., Yillah M., Erickson B.R., Sealy T., Blau D., Paddock C., Brault A., Amman B., Basile J., Bearden S., Belser J., Bergeron E., Campbell S., Chakrabarti A., Dodd K., Flint M., Gibbons A., Goodman C., Klena J., McMullan L., Morgan L., Russell B., Salzer J., Sanchez A., Wang D., Jungreis I., Tomkins-Tinch C., Kislyuk A., Lin M.F., Chapman S., Maclnnis B., Matthews A., Bochicchio J., Hensley L.E., Kuhn J.H., Nusbaum C., Schieffelin J.S., Birren B.W., Forget M., Nichol S.T., Palacios G.F., Ndiaye D., Happi C., Gevao S.M., Vandi M.A., Kargbo B., Holmes E.C., Bedford T., Gnirke A., Stroher U., Rambaut A., Garry R.F., Sabeti P.C. Ebola virus Epidemiology, Transmission, and Evolution during Seven Months in Sierra Leone. Cell. 2015; 161(7):1516–26.Sanchez A., Kiley M.P., Holloway B.P., Auperin D.D. Sequence analysis of the Ebola virus genome: organization, genetic elements, and comparison with the genome of Marburg virus. Virus Res. 1993; 29(3):215-40.Sanchez A., Kiley M.P., Holloway B.P., Auperin D.D. Sequence analysis of the Ebola virus genome: organization, genetic elements, and comparison with the genome of Marburg virus. Virus Res. 1993; 29(3):215–40.Simon-Loriere E., Faye O., Faye O., Koivogui L., Magassouba N., Keita S., Thiberge J.M., Diancourt L., Bouchier C., Vandenbogaert M., Caro V., Fall G., Buchmann J.P., Matranga C.B., Sabeti P.C., Manuguerra J.C., Holmes E.C., Sall A.A. Distinct lineages of Ebola virus in Guinea during the 2014 West African epidemic. Nature. 2015; 524(7563):102-4.Simon-Loriere E., Faye O., Faye O., Koivogui L., Magassouba N., Keita S., Thiberge J.M., Diancourt L., Bouchier C., Vandenbogaert M., Caro V., Fall G., Buchmann J.P., Matranga C.B., Sabeti P.C., Manuguerra J.C., Holmes E.C., Sall A.A. Distinct lineages of Ebola virus in Guinea during the 2014 West African epidemic. Nature. 2015; 524(7563):102–4.Volchkov V.E., Becker S., Volchkova V.A., Ternovoj V.A., Kotov A.N., Netesov S.V., Klenk H.-D. GP mRNA of Ebola virus is edited by the Ebola virus polymerase and by T7 and Vaccinia virus polymerases. Virology. 1995; 214:421-30.Volchkov V.E., Becker S., Volchkova V.A., Ternovoj V.A., Kotov A.N., Netesov S.V., Klenk H.-D. GP mRNA of Ebola virus is edited by the Ebola virus polymerase and by T7 and Vaccinia virus polymerases. Virology. 1995; 214:421–30.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.