microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2016-1-61-63microbe-287Research ArticleЭПИДЕМИОЛОГИЯEPIDEMIOLOGYОпыт использования филогенетического анализа в эпидемиологическом расследовании случая заражения ВИЧ-инфекциейExperience in Utilization of Phylogenetic Analysis for Epidemiological Investigation of HIV Infection CaseЗайцеваН. Н.ZaitsevaN. N.prokaids@mail.ruПарфеноваО. В.ParfenovaO. V.micro@sinn.ruПекшеваО. Ю.PekshevaO. Yu.micro@sinn.ruЕфимовЕ. И.EfimovE. I.micro@sinn.ruПотеминаЛ. П.PoteminaL. P.centr_spid@overta.ruАбрамянТ. Л.AbramyanT. L.centr_spid@overta.ruНижегородский научно-исследовательский институт имени академика И.Н.БлохинойРоссияNizhny Novgorod Research Institute of Epidemiology and Microbiology Named after I.N.BlokhinaRussian FederationЦентр-СПИД Саратовской областиРоссияState Healthcare Institution “Center-AIDS” of the Saratov RegionRussian Federation201620032016016163Copyright © Зайцева Н.Н., Парфенова О.В., Пекшева О.Ю., Ефимов Е.И., Потемина Л.П., Абрамян Т.Л., 20162016Зайцева Н.Н., Парфенова О.В., Пекшева О.Ю., Ефимов Е.И., Потемина Л.П., Абрамян Т.Л.Zaitseva N.N., Parfenova O.V., Peksheva O.Y., Efimov E.I., Potemina L.P., Abramyan T.L.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/287

Цель. Расследование криминального случая заражения ВИЧ-инфекцией с использованием молекулярно-генетического анализа образцов плазмы крови предполагаемого источника инфекции и реципиента для определения вероятности наличия эпидемиологической связи между ними. Материалы и методы. Проведены генотипирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей вариантов ВИЧ-1, выделенных от пациентов исследуемой группы и группы сравнения с помощью современных молекулярно-генетических методов. Построение филогенетического дерева и расчет генетической дистанции проводились путем анализа 36 образцов. Результаты и выводы. Варианты вируса, выделенные в исследуемых образцах, относятся к субтипу А ВИЧ-1. Проведенный филогенетический анализ показал, что нуклеотидные последовательности исследуемых образцов достоверно группируются на филогенетическом дереве, образуя общий кластер, отличный от образцов группы сравнения. Расчет генетической дистанции свидетельствует, что генетическая близость между образцами исследуемой группы выше, чем между образцами исследуемой группы и группы сравнения. С помощью филогенетического анализа было показано, что штаммы, полученные от предполагаемого источника инфекции и реципиента, генетически более близки друг с другом, чем со штаммами из группы сравнения. В связи с этим можно с большой долей уверенности утверждать о вероятности наличия эпидемиологической связи между ними.

Objective of the study was to investigate a criminal case of infection with HIV, applying molecular-genetic analysis of blood plasma samples from an estimated source of an infection and the recipient for evaluation of probability of epidemiological connection between them. Materials and methods. The study involved genotyping and phylogenetic analysis of nucleotide sequences of HIV-1 variants, isolated from patients in the investigated group and the control one (19 nucleotide sequences of the HIV-1 from the patients living in the Saratov region, and 15 nucleotide sequences from GenBank). Genotyping was performed using the commercial ViroSeq HIV-1 Genotyping System. The sub-typing of HIV-1 strains was carried out on-line, through the COMET HIV-1/2 and HCV and REGA HIV-1 Sybtyping Tool programs. Phylogenetic analysis of nucleotide sequences was carried out by Mega software, version 5.2. Phylogenetic trees were constructed; nucleotide distances were calculated by Kimura method (bootstrap level 1000). Results and conclusions. Virus variants, isolated from the studied samples, were defined as HIV-1 A subtype. Performed phylogenetic analysis showed that nucleotide sequences of the studied samples authentically grouped on the phylogenetic tree, forming a common cluster, which mismatched that of control group. Calculation of the genetic distance testifies that the genetic relation between the samples within the investigated group is higher, than between the same samples and those of the control group. Thus, by means of phylogenetic analysis it is shown that the strains received from an estimated source of infection and the recipient are genetically closer to each other, than to the strains from the group of comparison. In this regard, it is possible to claim with a big share of confidence that probability of epidemiological connection between them exists.

заражение ВИЧ-инфекциейэпидемиологическое расследованиефилогенетический анализгенетическая дистанциягруппа сравненияinfection with HIVepidemiological investigationphylogenetic analysisgenetic distancecontrol groupReferencesНешумаев Д.А., Татьянина Е.А., Малышева М.А., Шевченко Н.М., Кокотюха Ю.А., Мейрманова Е.М., Виноградова М.Н., Уланова Т.И., Загрядская Ю.Е. Опыт совместного использования филогенетического анализа и определения давности инфицирования при расследовании внутрибольничного заражения ВИЧ-инфекцией. В кн.: Матер. VIII Всерос. конф. с междунар. участ. «Молекулярная диагностика - 2014». М.; 2014. Т. 1. С. 64-5.Neshumaev D.A., Tat’yanina E.A., Malysheva M.A., Shevchenko N.M., Kokotyukha Yu.A., Meyrmanova E.M., Vinogradova M.N., Ulanova T.I., Zagryadskaya Yu.E. [Experience in shared use of phylogenetic analysis and infection prescription specification in the investigation of a hospitalacquired HIV infection]. In: [Proceedings of the VIII All-Russian Conference with International Participation “Molecular Diagnostics – 2014”]. M.; 2014. Vol. 1. P. 64–5.Сандырева Т.П., Герасимова Н.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Куевда Д.А., Шипулин Г.А., Подымова А.С. Филогенетический анализ в эпидемиологических расследованиях случаев ВИЧ-инфекции. Эпидемиол. и инф. бол. 2014; 1:17-21.Sandyreva T.P., Gerasimova N.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E., Kuevda D.A., Shipulin G.A., Podymova A.S. [Phylogenetic analysis in epidemiological investigations of HIV-infection cases]. Epidemiol. Infek. Bol. 2014; 1:17–21.Сандырева Т.П., Герасимова Н.А., Подымова А.С. Молекулярно-генетические методы в системе эпидемиологической диагностики ВИЧ-инфекции. В кн.: Матер. VIII Всерос. конф. с междунар. участ. «Молекулярная диагностика - 2014». М.; 2014. Т. 1. С. 41-2.Sandyreva T.P., Gerasimova N.A., Podymova A.S. [Moleculargenetic methods within the system of epidemiological diagnostics of HIV-infection]. In: [Proceedings of the VIII All-Russian Conference with International Participation “Molecular Diagnostics – 2014”]. M.; 2014. Vol. 1. P. 41–2.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.