microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2016-4-88-92microbe-355Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯMICROBIOLOGYСравнительный MLVA-анализ штаммов Vibrio cholerae классического биовара, выделенных в России и за рубежомComparative MLVA-Analysis of Vibrio cholerae Strains of Classical Biovar, Isolated in the Russian Federation and AbroadЧелдышоваН. Б.CheldyshovaN. B.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruКрицкийА. А.KritskyA. A.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruЛозовскийЮ. В.LozovskyYu. V.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruГусеваН. П.GusevaN. P.

410005, Саратов, ул. Университетская, 46

46, Universitetskaya St., Saratov, 410005

rusrapi@microbe.ruФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», СаратовРоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”, SaratovRussian Federation201620122016048892Copyright © Челдышова Н.Б., Крицкий А.А., Лозовский Ю.В., Гусева Н.П., 20162016Челдышова Н.Б., Крицкий А.А., Лозовский Ю.В., Гусева Н.П.Cheldyshova N.B., Kritsky A.A., Lozovsky Y.V., Guseva N.P.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/355

Цель работы. Определение филогенетического родства штаммов V. cholerae классического биовара, выделенных в период с 1937 по 1969 год в России, со штаммами из ближнего и дальнего зарубежья. Материалы и методы. В работе использовано 27 штаммов Vibrio cholerae классического биовара. ПЦР проводили на амплификаторе «БИС М112». Для секвенирования использовали генетический анализатор ABI 3500xl. MLVA-анализ вели по 5 MLVA-локусам (VC0147, VC0436-0437, VC1650, VCA0171, VCA0283). Питательные потребности и продукцию растворимой гемагглютинин/протеазы определяли чашечным методом. Результаты и выводы. Выявлено 8 MLVA-кластеров и 21 MLVA-тип. Установлено, что штаммы, выделенные в период атипичной вспышки холеры в России в 1942–1943 гг., фено- и генотипически неоднородны и относятся к двум различным группам, одна из которых родственна изоляту, выделенному при вспышке холеры в Хабаровске в 1938 г., а вторая – штаммам из Индии и Китая, вы- деленным в 1946 и 1949 гг. соответственно. 

Objective of the study is to determine phylogenetic affinity of the Vibrio cholerae strains of classical biovar, isolated between 1937 and 1969 in Russia, to the strains from near and far abroad countries. Materials and methods. Utilized were 27 Vibrio cholerae strains of classical biovar. PCR was carried out applying “BIS M112” amplifier. Genetic analyzer ABI 3500xl was used for sequencing of the strains. MLVA-analysis was performed by reference to 5 MLVA-loci: VC0147, VC0436-0437, VC1650, VCA0171, and VCA0238. Nutrient requirement and soluble hemagglutinin/protease production was established using plate method. Results and conclusions. Identified have been 8 MLVA-clusters and 21 MLVA-types. It is determined that the strains, isolated during atypical cholera outbreak 1942–1943 in Russia, are inhomogeneous as regards phenotype and genotype and fall into two separate groups, one of which is related to the strain, isolated during cholera outbreak 1938 in Khabarovsk, and another group – to the strains from India and China, isolated in 1946 and 1949, respectively. 

V. cholerae классического биовараMLVA-кластерMLVA-типMLVA-профильV. cholerae of classical biovarMLVA-clusterMLVA-typeMLVA-profileReferencesВодопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин М.Б., Сучков И.Ю. Вариабельные тандемные повторы, выявленные при компьютерном анализе генома Vibrio cholerae. Биотехнология. 2001; 6:85–8.Vodop’yanov A.S., Vodop’yanov S.O., Mishan’kin M.B., Suchkov I.Yu. [Variable tandem repeats, detected by means of computer-based analysis of Vibrio cholerae genome]. Biotekhnologiya. 2001; 6:85–8.Покровский В.И., редактор. Холера в СССР в период VII пандемии. М.; 2000. 472 с.Pokrovsky V.I., editor. [Cholera in the USSR during the VII Pandemic]. M.; 2000. 472 p.Смирнова Н.И., Кульшань Т.А., Краснов Я.М. MLVA- типирование клинических штаммов Vibrio cholerae, изолированных в разные периоды текущей пандемии холеры. Мол. генет., микробиол. и вирусол. 2015; 1:15–22. DOI: 10.3103/ S0891416815010085.Smirnova N.I., Kul’shan’ T.A., Krasnov Ya.M. [MLVA-typing of clinical Vibrio cholerae strains, isolated in different periods of the current cholera pandemic]. Mol. Genet. Mikrobiol. Virusol. 2015; 1:15–22. DOI: 10.3103/S0891416815010085.Смирнова Н.И., Челдышова Н.Б., Заднова С.П., Кутырев В.В. Молекулярно-генетические особенности штаммов Vibrio cholerae classica, вызвавших эпидемию азиатской холеры в России в 1942 г. Мол. генет., микробиол. и вирусол. 2001; 4:12–6.Smirnova N.I., Cheldyshova N.B., Zadnova S.P., Kutyrev V.V. [Molecular-genetic peculiarities of Vibrio cholerae classica strains, which caused Asian cholera pandemic in Russia in 1942]. Mol. Genet. Mikrobiol. Virusol. 2001; 4:12–6.Челдышова Н.Б., Крицкий А.А., Краснов Я.М, Смирнова Н.И. Анализ результатов фрагментарного и полногеномного секвенирования атипичных штаммов Vibrio cholerae классического биовара, вызвавших вспышку азиатской холеры в России. Эпидемиол. и инф. бол. 2015; 20(5):24–31.Cheldyshova N.B., Kritsky A.A., Krasnov Ya.M., Smirnova N.I. [Analysis of the results of fragment and whole genome sequencing of atypi- cal Vibrio cholerae strains, classical biovar, which caused Asian cholera pan- demic in Russia]. Epidemiol. Infek. Bol. 2015; 20(5):24–31.Alam M., Islam M.T., Rashed S.M., Johura F.T., Bhuiyan N.A., Delgado G., Morales R., Mendez J.L., Navarro A., Gil A.I., Watanabe H., Morita M., Nair B., Cravioto A. Vibrio cholerae clas- sical biotype strains reveal distinct signatures in Mexico. J. Clin. Microbiol. 2012; 50 (7):2212–6. DOI:10.1128/JCM.00189-12.Alam M., Islam M.T., Rashed S.M., Johura F.T., Bhuiyan N.A., Delgado G., Morales R., Mendez J.L., Navarro A., Gil A.I., Watanabe H., Morita M., Nair B., Cravioto A. Vibrio cholerae classical biotype strains re- veal distinct signatures in Mexico. J. Clin. Microbiol. 2012; 50 (7):2212–6. DOI:10.1128/JCM.00189-12.Bakhshi B., Boustanshenas M., Mahmoudi-Аznaveh A. Emergence of Vibrio cholerae O1 classical biotype in 2012 in Iran. Lett. Appl. Microbiol. 2014; 58 (2):145–9. DOI:10.1111/lam.12167.Bakhshi B., Boustanshenas M., Mahmoudi-Аznaveh A. Emergence of Vibrio cholerae O1 classical biotype in 2012 in Iran. Lett. Appl. Microbiol. 2014; 58 (2):145–9. DOI:10.1111/lam.12167.Choi S.Y., Lee J.H., Jeon Y.S., Lee H.R., Kim E.J., Ansaruzzaman M., Bhuiyan N.A., Endtz H.P., Niyogi S.K., Sarkar B.L., Nair G.B., Nguen B.M., Hien N.T., Czerkinsky C., Clemens J.D., Chun J., Kim D.W. Multilocus variable-number tandem re- peat analysis of Vibrio cholerae O1 El Tor strains harbouring clas- sical toxin B. J. Med. Microbiol. 2010; 59(7):763–9. DOI: 10.1099/ jmm.0.017939-0.Choi S.Y., Lee J.H., Jeon Y.S., Lee H.R., Kim E.J., Ansaruzzaman M., Bhuiyan N.A., Endtz H.P., Niyogi S.K., Sarkar B.L., Nair G.B., Nguen B.M., Hien N.T., Czerkinsky C., Clemens J.D., Chun J., Kim D.W. Multilocus variable-number tandem repeat analysis of Vibrio cholerae O1 El Tor strains harbouring classical toxin B. J. Med. Microbiol. 2010; 59(7):763–9. DOI: 10.1099/jmm.0.017939-0.Dziejman M., Balon E., Boydet D., Fraser C.M., Heidelberg J.F., Mekalanos J.J. Comparative genomic analysis of Vibrio chol- erae: genes that correlate with cholera endemic and pandemic disease. Proc. Natl. Acad. Sci. 2002; 99:1556–61. DOI: 10.1073/ pnas.042667999.Dziejman M., Balon E., Boydet D., Fraser C.M., Heidelberg J.F., Mekalanos J.J. Comparative genomic analysis of Vibrio cholerae: genes that correlate with cholera endemic and pandemic disease. Proc. Natl. Acad. Sci. 2002; 99:1556–61. DOI: 10.1073/pnas.042667999.Hase C.C., Finkelstein R.A. Cloning and nucleotide se- quence of the Vibrio cholerae hemagglutinin/protease (HA/Protease) gene and construction of an HA/Protease-negative strain. J. Bacteriol. 1991; 173:3311–17.Hase C.C., Finkelstein R.A. Cloning and nucleotide sequence of the Vibrio cholerae hemagglutinin/protease (HA/Protease) gene and construc- tion of an HA/Protease-negative strain. J. Bacteriol. 1991; 173:3311–17.Kokashvili T, Elbakidze T, Jaiani E, Janelidze N, Kamkamidze G, Whitehouse C., Huq A., Tediashvili M. Comparative phenotypic characterization of Vibrio cholerae isolates collected from aquatic environments of Georgia. Georgian Med. News. 2013; 224:55–62.Kokashvili T, Elbakidze T, Jaiani E, Janelidze N, Kamkamidze G, Whitehouse C., Huq A., Tediashvili M. Comparative phenotypic character- ization of Vibrio cholerae isolates collected from aquatic environments of Georgia. Georgian Med. News. 2013; 224:55–62.Longini I.M. Jr., Yunus M., Zaman K., Siddique A.K., Sack R.B., Nizam A. Epidemic and endemic cholera trends over a 33-year period in Bangladesh. J. Infect. Dis. 2002; 186(2):246–51. DOI: 10.1086/341206.Longini I.M. Jr., Yunus M., Zaman K., Siddique A.K., Sack R.B., Nizam A. Epidemic and endemic cholera trends over a 33-year period in Bangladesh. J. Infect. Dis. 2002; 186(2):246–51. DOI: 10.1086/341206.Pun S.B. The first appearance of classical-like phenotype Vibrio cholerae in Nepal. N. Am. J. Med. Sci. 2014; 6(4):183–4. DOI: 10.4103/1947-2714.131248.Pun S.B. The first appearance of classical-like phenotype Vibrio cholerae in Nepal. N. Am. J. Med. Sci. 2014; 6(4):183–4. DOI: 10.4103/1947- 2714.131248.Rai K.R, Rai S.K, Bhatt D.R, Kurokuwa M, Ono K, Magar D.T. Study of medically important Vibrios in the sewage of Katmandu Valley, Nepal. Nepal Med. Coll. J. 2012; 14(3):212–5.Rai K.R, Rai S.K, Bhatt D.R, Kurokuwa M, Ono K, Magar D.T. Study of medically important Vibrios in the sewage of Katmandu Valley, Nepal. Nepal Med. Coll. J. 2012; 14(3):212–5.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.