microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2011-4(110)-44-48microbe-702Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯMICROBIOLOGYМолекулярно-генетический анализ полного генома вируса клещевого энцефалита сибирского субтипа на примере современного изолята Коларово-2008Molecular Genetic Analysis of the Complete Genome of Tick-Borne Encephalitis Virus (Siberia Subtype): Modern Kolarovo-2008 IsolateЧаусовЕ. В.ChausovE. V.vector@vector.nsc.ruТерновойВ. А.TernovoyV. A.noemail@neicon.ruПротопоповаЕ. В.ProtopopovaE. V.noemail@neicon.ruКоноваловаС. Н.KonovalovaS. N.noemail@neicon.ruКононоваЮ. В.KononovaYu. V.noemail@neicon.ruТупотаН. Л.TupotaN. L.noemail@neicon.ruМосквитинаН. С.MoskvitinaN. S.noemail@neicon.ruРоманенкоВ. Н.RomanenkoV. N.noemail@neicon.ruИвановаН. В.IvanovaN. V.noemail@neicon.ruБольшаковаН. П.Bol'shakovaN. P.noemail@neicon.ruЛеоноваГ. Н.LeonovaG. N.noemail@neicon.ruЛоктевВ. Б.LoktevV. B.noemail@neicon.ruГосударственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»РоссияState Research Centre of Virology and Biotechnology VectorRussian FederationТомский государственный университетРоссияTomsk State UniversityRussian FederationТомский Государственный УниверситетРоссияTomsk State UniversityRussian FederationНИИ эпидемиологии и микробиологии СО РАМНРоссияRAMS Siberian Branch Research Institute of Epidemiology and MicrobiologyRussian Federation20112008201104(110)4448Copyright © Чаусов Е.В., Терновой В.А., Протопопова Е.В., Коновалова С.Н., Кононова Ю.В., Тупота Н.Л., Москвитина Н.С., Романенко В.Н., Иванова Н.В., Большакова Н.П., Леонова Г.Н., Локтев В.Б., 20112011Чаусов Е.В., Терновой В.А., Протопопова Е.В., Коновалова С.Н., Кононова Ю.В., Тупота Н.Л., Москвитина Н.С., Романенко В.Н., Иванова Н.В., Большакова Н.П., Леонова Г.Н., Локтев В.Б.Chausov E.V., Ternovoy V.A., Protopopova E.V., Konovalova S.N., Kononova Y.V., Tupota N.L., Moskvitina N.S., Romanenko V.N., Ivanova N.V., Bol'shakova N.P., Leonova G.N., Loktev V.B.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/702

Определена полная последовательность генома штамма Коларово-2008 сибирского подтипа вируса клещевого энцефалита (ВКЭ), изолированного из клеща в пригороде Томска. Анализ нуклеотидной последовательности показал, что уровень генетических отличий внутри сибирского подтипа ВКЭ может достигать 10 % по нуклеотидной последовательности и 7 % по аминокислотной последовательности для отдельных вирусных генов. Наиболее высокий уровень изменчивости имеет 3'-НТО генома сибирского генотипа ВКЭ, для которой уровень гомологии колеблется от 65 до 97 %. Самый высокий уровень гомологии штамм Коларово-2008 имеет со штаммом Vasilchenko, выделенным в Новосибирске в 1969 г. Уровень отличий между двумя томскими штаммами существенно выше, общее количество аминокислотных замен между томскими штаммами Zausaev и Коларово-2008 достигает 124, а уровень гомологии 3'-НТО составляет всего 79 %. Обнаруженная генетическая изменчивость сибирского субтипа ВКЭ имеет принципиальное значение для дальнейшего совершенствования генетической диагностики клещевого энцефалита.

Determined is the complete genome sequence of Kolarovo-2008 strain (Siberia subtype) of Tick-borne encephalitis virus (TBEV), isolated from a tick in the suburbs of the Tomsk city. Nucleotide sequence analysis testifies of the fact that the level of genetic differences within the Siberian subtype of TBEV amounts to 10 % of the nucleotide sequence and to 7 % of amino-acid sequence for certain virus genes. 3'-HTO of the genome of Siberian subtype has the highest rate of variability and the homology level ranging from 65 to 97 %. Kolarovo-2008 and Vasilchenko (isolated in Novosibirsk in 1969) strains have the highest level of genome homology. The level of dissimilarity between the two Tomsk strains is substantially higher: the total number of amino-acid substitutions in Tomsk Zausaev and Kolarovo-2008 strains equals to 124, and 3'HTO level of homology is 79 %. Identified genetic variability of the Siberian subtype of TBEV is of a great importance for further development and enhancement of tick-borne encephalitis virus diagnostics.

вирус клещевого энцефалиташтамм Коларово-2008нуклеотидная последовательностьвирусный геномфлавивирусыtick-borne encephalitis virusKolarovo-2008 strainnucleotide sequencevirus genomeflavivirusesReferencesЗлобин В.И., Верхозина М.М., Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Адельшин Р.В., Козлова И.В. и др. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита. Вопр. вирусол. 2007; (6):4-13.Zlobin V.I., Verkhozina M.M., Demina T.V., Dzhioev Yu.P., Adel’shin R.V., Kozlova I.V. et al. [Molecular epidemiology of tick-borne encephalitis virus]. Vopr. Virusol. 2007; (6):4–13.Локтев В.Б., Терновой В.А., Нетесов С.В. Молекулярно-генетическая характеристика вируса клещевого энцефалита. Вопр. вирусол. 2007; 52(5):10-6.Loktev V.B., Ternovoy V.A., Netesov S.V. [Molecular genetic charac- terization of tick-borne encephalitis virus]. Vopr. Virusol. 2007; 52(5):10–6.Погодина В.В., Фролова М.П., Ерман Б.А. Хронический клещевой энцефалит. Новосибирск.: Наука, 1986. 78 с.Pogodina V.V., Frolova M.P., Erman B.A. [Chronic Tick-Borne Encephalitis]. Novosibirsk: Nauka, 1986. 78 p.Charrel R.N., Attoui H., Butenko A.M., Clegg J.C., Deubel V., Frolova T.V. et al. Tick-borne virus diseases of human interest in Europe. Clin. Microbiol. Infect. 2004; 10(12):1040-55.Charrel R.N., Attoui H., Butenko A.M., Clegg J.C., Deubel V., Frolova T.V. et al. Tick-borne virus diseases of human interest in Europe. Clin. Microbiol. Infect. 2004; 10(12):1040-55.Chausov E.V., Ternovoi V.A., Protopopova E.V., Kononova J.V., Konovalova S.N., Pershikova N.L. et al. Variability of the Tick-Borne Encephalitis Virus Genome in the 5' Noncoding Region Derived from Ticks Ixodes persulcatus and Ixodes pavlovskyi in Western Siberia. Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(4):365-75.Chausov E.V., Ternovoi V.A., Protopopova E.V., Kononova J.V., Konovalova S.N., Pershikova N.L. et al. Variability of the Tick-Borne Encephalitis Virus Genome in the 5' Noncoding Region Derived from Ticks Ixodes persulcatus and Ixodes pavlovskyi in Western Siberia. Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(4):365-75.Ecker M., Allison S.L., Meixner T., Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia. J. Gen. Virol. 1999; 80:179-85.Ecker M., Allison S.L., Meixner T., Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia. J. Gen. Virol. 1999; 80:179-85.Filomatori C.V., Lodeiro M.F., Alvarez D.E., Samsa M.M., Pietrasanta L., Gamarnik A.V. A 5' RNA enement promotes dengue virus synthesis on a circular genome. Genes Dev. 2006; 20:2238-49.Filomatori C.V., Lodeiro M.F., Alvarez D.E., Samsa M.M., Pietrasanta L., Gamarnik A.V. A 5' RNA enement promotes dengue virus synthesis on a circular genome. Genes Dev. 2006; 20:2238-49.Gritsun T.S., Lashkevich V.A., Gould E.A. Tick-borne encephalitis. Antiviral Res. 2003; 57:129-46.Gritsun T.S., Lashkevich V.A., Gould E.A. Tick-borne encephalitis. Antiviral Res. 2003; 57:129-46.Gritsun T.S., Frolova T.V., Zhankov A.I., Armesto M, Turner S.L., Frolova M.P. et al. Characterization of a Siberian Virus Isolated from a Patient with Progressive Chronic Tick-Borne Encephalitis. J. Virol. 2003; 77:25-36.Gritsun T.S., Frolova T.V., Zhankov A.I., Armesto M, Turner S.L., Frolova M.P. et al. Characterization of a Siberian Virus Isolated from a Patient with Progressive Chronic Tick-Borne Encephalitis. J. Virol. 2003; 77:25-36.Poponnikova T.V. Specific clinical and epidemiological features of tick-borne encephalitis in Western Siberia. Int. J. Med. Microbiol. 2006; 296(Sl):59-62.Poponnikova T.V. Specific clinical and epidemiological features of tick-borne encephalitis in Western Siberia. Int. J. Med. Microbiol. 2006; 296(Sl):59-62.Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol. Biol. Evol. 2007; 24:1596-9.Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol. Biol. Evol. 2007; 24:1596-9.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.