microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2011-4(110)-49-52microbe-703Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯMICROBIOLOGYКонструирование ПЦР тест-системы для идентификации токсигенных штаммов Vibrio cholerae О1, определения их биовара и дифференциации штаммов эльтор вибрионов на типичные и измененныеConstruction of the PCR Test-System for the Detection of Vibrio cholerae O1 Toxigenic Strains, for Indication of Their Biovar and for Differentiation between Typical and Altered El Tor-Vibrio StrainsШашковаА. В.ShashkovaA. V.rusrapi@microbe.ruГоряевА. А.GoryaevA. A.noemail@neicon.ruЗадноваС. П.ZadnovaS. P.noemail@neicon.ruКрасновЯ. М.KrasnovYa. M.noemail@neicon.ruСмирноваН. И.SmirnovaN. I.noemail@neicon.ruКутыревВ. В.KutyrevV. V.noemail@neicon.ruРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute MicrobeRussian Federation20112008201104(110)4952Copyright © Шашкова А.В., Горяев А.А., Заднова С.П., Краснов Я.М., Смирнова Н.И., Кутырев В.В., 20112011Шашкова А.В., Горяев А.А., Заднова С.П., Краснов Я.М., Смирнова Н.И., Кутырев В.В.Shashkova A.V., Goryaev A.A., Zadnova S.P., Krasnov Y.M., Smirnova N.I., Kutyrev V.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/703

Разработана мультилокусная ПЦР тест система, позволяющая идентифицировать штаммы Vibrio cholerae О1 серогруппы при выделении чистой культуры на основе выявления гена rfbO, определять их биовар - классический или эльтор при тестировании соответственно генов cas3 и rtxC и одновременно проводить дифференциацию эльтор вибрионов на типичные токсигенные штаммы, содержащие в геноме ген ctxBEltor, и генетически измененные варианты, имеющие ctxBClass. Эффективность и специфичность тест-системы экспериментально доказана при анализе 64 природных штаммов V.cholerae разных серогрупп и биоваров и 13 штаммов энтеробактерий и других видов рода Vibrio. Принадлежность изученных штаммов V. cholerae биовара эльтор к типичным или измененным вариантам подтверждена секвенированием гена ctxB.

Worked out is the multilocus PCR test-system which makes it possible to identify Vibrio cholerae O1 strains on the basis of rfb gene detection, to determine their biovar - either Classical or El Tor by testing cas3 or rtxC genes respectively, and at the same time to differentiate them into typical (which carry ctxBEltor gene) and genetically altered (which carry ctxBClass gene) variants. Efficacy and specificity of the test-system is demonstrated by the analysis of 64 natural V. cholerae strains of various serogroups and biovars, and 13 strains of enterobacteria and other species of Vibrio genus. Relation of the studied V. cholerae El Tor isolates to the typical or altered vibrio variants is proved out by ctxB gene sequencing.

Vibrio choleraeмультилокусная ПЦР тест-системаидентификация и дифференциациягенетически измененные вариантыVibrio choleraemultilocus PCR test-systemidentification and differentiationgenetically altered vibrio variantsReferencesБароян О.В. Холера Эль-Тор. М.: Медицина; 1971. 254 с.Baroyan O.V. [El Tor Cholera]. M.: Meditsina; 1971. 254 p.Заднова С.П., Ливанова Л.Ф., Крепостнова И.М., Захарова Т.Л., Осин А.В., Смирнова Н.И. Комплексная гено- и иммунодиагностическая тест-система для идентификации холерных вибрионов О1 и О139 серогруппы и оценки их вирулентности. Патент РФ № 2404257.Zadnova S.P., Livanova L.F., Krepostnova I.M., Zakharova T.L., Osin A.V., Smirnova N.I. [Complex geno- and immunodiagnostic test-system for Vibrio cholerae O1 and O139 serotypes identification and evaluation of their virulence]. RF Patent 2404257.Осина Н.А., Бугоркова Т.В., Коннова С.С., Куклев В.Е., Кутырев В.В. Способ детекции и определения биотипа, серогруппы и токсигенности возбудителя холеры и набор для его осуществления. Патент РФ 2360972.Osina N.A., Bugorkova T.V., Konnova S.S., Kuklev V.E., Kutyrev V.V. [Method of detection and identification of the cholera agent biotype, sero- group and toxigenicity, and the kit for its application]. RF Patent 2360972.Смирнова Н.И., Кириллина О.А., Челдышова Н.Б., Кутырев В.В. Дифференциация штаммов Vibrio cholerae eltor по их эпидемической значимости с помощью новых диагностических холерных бактериофагов эльтор ctx- и ctx+ и полимеразной цепной реакции. Журн. эпидемиол., микробиол. и иммунобиол. 2001; 6:11-6.Smirnova N.I., Kirillina O.A., Cheldyshova N.B., Kutyrev V.V. [Differentiation of Vibrio cholerae El Tor Strains on the basis of their epidem- ic value using the new diagnostic ctx- and ctx+ El Tor cholera bacteriophages and polymerase chain reaction]. Zh. Epidemiol. Mikrobiol. Immunobiol. 2001; 6:11–6.Смирнова Н.И., Кутырев В.В. Эволюция генома возбудителя холеры. Мол. генет., микробиол. и вирусол. 2004; 4:3-13.Smirnova N.I., Kutyrev V.V. [Evolution of the cholera agent genome]. Mol. Genet. Mikrobiol. Virusol. 2004; 4:3–13.Смирнова Н.И., Челдышова Н.Б., Горяев А.А., Лозовский Ю.В., Кутырев В.В. Эволюция генома Vibrio cholerae: пути формирования атипичных штаммов. Пробл. особо опасных инф. 2008; 3(97):3-12.Smirnova N.I., Cheldyshova N.B., Goryaev A.A., Lozovsky Yu.V., Kutyrev V.V. [Vibrio cholerae genome evolution: ways of atypical strains for- mation]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2008; 97:3–12.Яцышина С.Б., Осина Н.А., Астахова Т.С., Ильичев Ю.А., Куличенко А.Н., Хайтович А.Б., Шипулин Г.А. Разработка тест-систем на основе мультиплексной ПЦР для обнаружения эпидемически значимых холерных вибрионов. URL: http://www.interlabservice.ru/consulting/index.php?id=1961 (дата обращения 15.03.2011 г.).Yatsyshina S.B., Osina N.A., Astakhova T.S., Il’ichev Yu. A., Kulichenko A.N., Khaitovich A.B., Shipulin G.A. [Development of the test- systems on the basis of multiplex PCR for the detection of Vibrio cholerae with epidemic potential]. Available from: http://www.interlabservice.ru/con- sulting/index.php?id=1961 [cited 15 Mar 2011].Bhattacharya T., Chatterjee S., Maiti D. et al. Molecular analysis of the rstR and orfU genes of the CTX prophages integrated in the small chromosomes of environmental Vibrio cholerae non-O1, non-O139 strains. Environ. Microbiol. 2006; 8:526-34.Bhattacharya T., Chatterjee S., Maiti D. et al. Molecular analysis of the rstR and orfU genes of the CTX prophages integrated in the small chromosomes of environmental Vibrio cholerae non-O1, non-O139 strains. Environ. Microbiol. 2006; 8:526-34.Chin C.-S., Sorenson J., Harris J.B. et al. The origin of the Haitian cholera outbreak strain. N. Engl. J. Med. 2010; 364:33-42.Chin C.-S., Sorenson J., Harris J.B. et al. The origin of the Haitian cholera outbreak strain. N. Engl. J. Med. 2010; 364:33-42.Chow K.H., Ng T.K., Yuen K.Y., Yam W.C. Detection of RTX toxin gene in Vibrio cholerae by PCR. J. Clin. Microbiol. 2001; 39:2594-7.Chow K.H., Ng T.K., Yuen K.Y., Yam W.C. Detection of RTX toxin gene in Vibrio cholerae by PCR. J. Clin. Microbiol. 2001; 39:2594-7.Faruque S.M., Albert M.J., Mekalanos J.J. Epidemiology, genetics an ecology of toxigenic Vibrio cholerae. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998; 62:1301-14.Faruque S.M., Albert M.J., Mekalanos J.J. Epidemiology, genetics an ecology of toxigenic Vibrio cholerae. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998; 62:1301-14.Goel A.K., Ponmariappan S., Kamboj D.V., Singh L. Single multiplex polymerase chain reaction for environmental surveillance of toxigenic-pathogenic O1 and non-O1 Vibrio cholerae. Folia Microbiol (Praha). 2007; 52:81-5.Goel A.K., Ponmariappan S., Kamboj D.V., Singh L. Single multiplex polymerase chain reaction for environmental surveillance of toxigenic-pathogenic O1 and non-O1 Vibrio cholerae. Folia Microbiol (Praha). 2007; 52:81-5.Kumar P., Jain M., Goel A. K., Bhadauria S., Sharma S. K., Kamboj D. V. et al. A large cholera outbreak due to a new cholera toxin variant of the Vibrio cholerae O1 El Tor biotype in Orissa, Eastern India. J. Med. Microbiol. 2009; 58:234-8.Kumar P., Jain M., Goel A. K., Bhadauria S., Sharma S. K., Kamboj D. V. et al. A large cholera outbreak due to a new cholera toxin variant of the Vibrio cholerae O1 El Tor biotype in Orissa, Eastern India. J. Med. Microbiol. 2009; 58:234-8.Morita M., Ohnishi M., Arakawa E., Bhuiyan N.A., Nusrin S., Alam M. et al. Development and validation of a mismatch amplification mutation PCR assay to monitor the dissemination of an emerging variant of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor. Microbiol. Immunol. 2008; 52:314-7.Morita M., Ohnishi M., Arakawa E., Bhuiyan N.A., Nusrin S., Alam M. et al. Development and validation of a mismatch amplification mutation PCR assay to monitor the dissemination of an emerging variant of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor. Microbiol. Immunol. 2008; 52:314-7.Olsvik Q., Wahlberg J., Petterson B., Uhlen M., Popovic T., Wachsmuth I.K. et al. Use of automated sequencing of polymerase chain reaction-generated amplicons to identify three types of cholera toxin subunit B in Vibrio cholerae O1 strains. J. Clin. Microbiol. 1993; 31:22-35.Olsvik Q., Wahlberg J., Petterson B., Uhlen M., Popovic T., Wachsmuth I.K. et al. Use of automated sequencing of polymerase chain reaction-generated amplicons to identify three types of cholera toxin subunit B in Vibrio cholerae O1 strains. J. Clin. Microbiol. 1993; 31:22-35.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.