microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2011-4(110)-68-70microbe-708Research ArticleДИАГНОСТИКА, ИММУНОЛОГИЯ, ИММУНОТЕРАПИЯDIAGNOSTICS, IMMUNOLOGY, IMMUNOTHERAPYИспользование методов молекулярного типирования Bacillus anthracis в Референс-центре по мониторингу за возбудителем сибирской язвыApplication of Bacillus anthracis Molecular Typing Methods by the Reference Center for the Anthrax Agent MonitoringРязановаА. Г.RyazanovaA. G.snipchi@mail.stv.ruЕременкоЕ. И.EremenkoE. I.noemail@neicon.ruЦыганковаО. И.TsygankovaO. I.noemail@neicon.ruЦыганковаЕ. А.TsygankovaE. A.noemail@neicon.ruКуличенкоА. Н.KulichenkoA. N.noemail@neicon.ruСтавропольский научно-исследовательский противочумный институтРоссияStavropol Research Anti-Plague InstituteRussian Federation20112008201104(110)6870Copyright © Рязанова А.Г., Еременко Е.И., Цыганкова О.И., Цыганкова Е.А., Куличенко А.Н., 20112011Рязанова А.Г., Еременко Е.И., Цыганкова О.И., Цыганкова Е.А., Куличенко А.Н.Ryazanova A.G., Eremenko E.I., Tsygankova O.I., Tsygankova E.A., Kulichenko A.N.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/708

В работе представлены результаты молекулярного типирования B. anthracis в рамках деятельности Референс-центра по мониторингу за возбудителем сибирской язвы. Обобщен опыт использования генотипирования при проведении эпидемиологического расследования вспышек сибирской язвы. Отмечено, что MLVA-генотипирование с анализом от 8 до 25 VNTR-локусов при изучении штаммов B. anthracis, выделенных в Российской Федерации и на сопредельных территориях, позволяет проводить корректное сравнение генотипов с данными всемирной MLVA-базы данных. Определены основные задачи Референс-центра по разработке подходов к генотипированию возбудителя сибирской язвы, к числу которых относится изучение возможности использования дополнительных методов генотипирования, таких как анализ SNP, SNR с оценкой вариабельности описанных локусов и поиском новых полиморфных областей.

Presented are the results of B. anthracis molecular typing of in the scope of work of the Reference center for the anthrax agent monitoring. Summarized is the experience of genotyping application in epidemiological investigation of anthrax outbreaks. MLVA-genotyping (8-25 VNTR-loci analysis) of B. anthracis strains, isolated in Russia and in neighboring regions is shown to provide the correct comparison of genotypes with the data of the global MLVA-data bank. The major tasks of reference center for the development of approaches to B. anthracis genotyping are identified. These approaches include research of additional genotyping methods such as SNP analysis, SNR analysis with assessment of the described loci variability and identification of new polymorphic regions.

B. anthracisсибирская язвагенотипированиеVNTRMLVASNPSNRB. anthracisanthraxgenotypingVNTRMLVASNPSNRReferencesЕременко Е.И., Рязанова А.Г., Цыганкова Е.А., Цыганкова О.И., Куличенко А.Н. Генотипические особенности штаммов Bacillus anthracis c разным проявлением признаков, ассоциированных с патогенностью. Пробл. особо опасных инф. 2010; 2(104):53-6.Eremenko E.I., Ryazanova A.G., Tsygankova E.A., Tsygankova O.I., Kulichenko A.N. [Genotypic peculiarities of Bacillus anthracis strains with different manifestation of pathogenicity-associated features]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2010; 104:53–6.Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности. Методические указания МУ 1.3.2569-09. М.; 2009.[Arrangement of work of laboratories using the nucleic acid ampli- fication methods in the course of work with material containing microorgan- isms of pathogenicity groups I–IV. MU 1.3.2569-09]. M.; 2009.Цыганкова О.И., Еременко Е.И., Брюханов А.Ф., Абгарян А.Г., Ефременко В.И., Рязанова А.Г. Генотипирование штаммов сибиреязвенного микроба на территории стран СНГ. Журн. микробиол, эпидемиол. и иммунобиол. 2003; 6(приложение):51-6.Tsygankova O.I., Eremenko E.I., Bryukhanov A.F., Abgaryan A.G., EfremenkoV.I., Ryazanova A.G. [Gene typing of Bacillus anthracis strains isolated on the territory of the CIS countries]. Zh. Mikrobiol. Epidemiol. Immunobiol. 2003; 6(supplement):51–6.Шишкова Н.А., Мокриевич А.Н., Платонов М.Е., Светоч Т.Э., Маринин Л.И. Изучение генетического разнообразия штаммов сибиреязвенного микроба из коллекции ГНЦ ПМБ. Пробл. особо опасных инф. 2010; 2(104):60-5.Shishkova N.A., Mokrievich A.N., Platonov M.E., Svetoch T.E., Marinin L.I. [Study of the genetic diversity of the anthrax microbe strains from the collection of SRC AMB]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2010; 104:60–5.Keim P., Price L.B., Klevytska A.M., Smith K.L., Schupp J.M., Okinaka R. et al. Multiple locus variable namber tandem repeat analysis reveals genetic relationships within Bacillus anthracis. J. Bacteriol. 2000; 182(10):2928-36.Keim P., Price L.B., Klevytska A.M., Smith K.L., Schupp J.M., Okinaka R. et al. Multiple locus variable namber tandem repeat analysis reveals genetic relationships within Bacillus anthracis. J. Bacteriol. 2000; 182(10):2928-36.Le Fleche P., Hauck Y., Onteniente L., Prieur A., Denoeud F., Ramisse V. et al. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of Yersinia pestis and Bacillus anthracis. BMC Microbiology. 2001; 1:2.Le Fleche P., Hauck Y., Onteniente L., Prieur A., Denoeud F., Ramisse V. et al. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of Yersinia pestis and Bacillus anthracis. BMC Microbiology. 2001; 1:2.Lista F., Faggioni G., Valjevac S., Ciammaruconi A., Vaissaire J., Doujet C. et al. Genotyping of Bacillus anthracis strains based on automated capillary 25-loci multiple locus variable-number tandem repeats analysis. BMC Microbiol. 2006; 6:33.Lista F., Faggioni G., Valjevac S., Ciammaruconi A., Vaissaire J., Doujet C. et al. Genotyping of Bacillus anthracis strains based on automated capillary 25-loci multiple locus variable-number tandem repeats analysis. BMC Microbiol. 2006; 6:33.Stratilo C.W., Lewis C.T., Bryden L., Mulvey M.R., Bader D. Single-nucleotide repeat analysis for subtyping Bacillus anthracis isolates. J. Clin. Microbiol. 2006; 44(3):777-82.Stratilo C.W., Lewis C.T., Bryden L., Mulvey M.R., Bader D. Single-nucleotide repeat analysis for subtyping Bacillus anthracis isolates. J. Clin. Microbiol. 2006; 44(3):777-82.Van Ert M.N., Easterday W.R., Huynh L.Y. et al. Global Genetic Population Structure of Bacillus anthracis. PLoS ONE. 2007; 2(5):e461.Van Ert M.N., Easterday W.R., Huynh L.Y. et al. Global Genetic Population Structure of Bacillus anthracis. PLoS ONE. 2007; 2(5):e461.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.