microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2011-2(108)-42-45microbe-746Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯMICROBIOLOGYDFR-типирование штаммов Yersinia pestis из природных очагов СНГDFR-Typing of Yersinia pestis Strains from the CIS Natural FociПлатоновМ. Е.PlatonovM. E.info@obolensk.orgЕвсееваВ. В.EvseevaV. V.noemail@neicon.ruЕфременкоД. В.EfremenkoD. V.snipchi@mail.stv.ruКузнецоваИ. В.KuznetsovaI. V.noemail@neicon.ruЧирковаЕ. В.ChirkovaE. V.noemail@neicon.ruДентовскаяС. В.DentovskayaS. V.noemail@neicon.ruКуличенкоА. Н.KulichenkoA. N.noemail@neicon.ruАнисимовА. П.AnisimovA. P.noemail@neicon.ruГосударственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологииРоссияState Research Center for Applied Microbiology and BiotechnologyRussian FederationСтавропольский научно-исследовательский противочумный институтРоссияStavropol Research Anti-Plague InstituteRussian Federation20112004201102(108)4245Copyright © Платонов М.Е., Евсеева В.В., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Чиркова Е.В., Дентовская С.В., Куличенко А.Н., Анисимов А.П., 20112011Платонов М.Е., Евсеева В.В., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Чиркова Е.В., Дентовская С.В., Куличенко А.Н., Анисимов А.П.Platonov M.E., Evseeva V.V., Efremenko D.V., Kuznetsova I.V., Chirkova E.V., Dentovskaya S.V., Kulichenko A.N., Anisimov A.P.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/746

С помощью DFR-типирования [6] набора из 275 штаммов Y. pestis, выделенных преимущественно в природных очагах чумы стран СНГ, определены «геномовары» (DFR-типы), характерные для 27 очагов. Выявлено 64 новых DFR-типа Y. pestis (из 96, описанных к настоящему времени) и установлено, что на территории стран СНГ и в Монголии циркулирует не менее 56 геномоваров. Показано, что все исследованные методом DFR-типирования штаммы кластеризуются в соответствии с филогенетической схемой, предложенной на основании данных сочетанного SNP- и IS100-типирования [1], и дифференцируются до уровня подвидов, популяций и даже штаммов, циркулирующих на территории определенных природных очагов.

Different region analysis (DFR-typing) was used for characterization of 275 Y. pestis strains isolated mainly from the CIS natural plague foci. Genomovars (DFR-types) endemic for 27 natural foci were determined. In addition to 32 genomovars described previously 64 novel Y. pestis DFR-types were revealed. 56 genomovars were shown to circulate in CIS and Mongolia. All strains analyzed by DFR-typing, were clustered in accordance with the phylogenetic tree proposed on the basis of combined SNP- and IS100-typing data. The discriminatory ability of the method is high enough to distinguish between subspecies, populations and even strains circulating in certain natural plague focus.

DFR-типированиеYersinia pestisDFR-typingYersinia pestisReferencesAchtman M., Morelli G., Zhu P., Wirth T., Diehl I., Kusecek B. et al. Microevolution and history of the plague bacillus, Yersinia pestis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004; 101(51):17837-42.Achtman M., Morelli G., Zhu P., Wirth T., Diehl I., Kusecek B. et al. Microevolution and history of the plague bacillus, Yersinia pestis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004; 101(51):17837-42.Anisimov A.P., Lindler L.E., Pier G.B. Intraspecific diversity of Yersinia pestis. Clin. Microbiol. Rev. 2004; 17(2):434-64.Anisimov A.P., Lindler L.E., Pier G.B. Intraspecific diversity of Yersinia pestis. Clin. Microbiol. Rev. 2004; 17(2):434-64.Derbise A., Chenal-Francisque V., Huon C., Fayolle C., Demeure C.E., Chane-Woon-Ming B. et al. Delineation and analysis of chromosomal regions specifying Yersinia pestis. Infect. Immun. 2010; 78(9):3930-41.Derbise A., Chenal-Francisque V., Huon C., Fayolle C., Demeure C.E., Chane-Woon-Ming B. et al. Delineation and analysis of chromosomal regions specifying Yersinia pestis. Infect. Immun. 2010; 78(9):3930-41.Foley S.L., Lynne A.M., Nayak R. Molecular typing methodologies for microbial source tracking and epidemiological investigations of Gram-negative bacterial foodborne pathogens. Infect. Genet. Evol. 2009; 9(4):430-40.Foley S.L., Lynne A.M., Nayak R. Molecular typing methodologies for microbial source tracking and epidemiological investigations of Gram-negative bacterial foodborne pathogens. Infect. Genet. Evol. 2009; 9(4):430-40.Li Y., Cui Y., Hauck Y., Platonov M.E., Dai E., Song Y. et al. Genotyping and phylogenetic analysis of Yersinia pestis by MLVA: insights into the worldwide expansion of Central Asia plague foci. PLoS ONE 2009; 4(6):e6000.Li Y., Cui Y., Hauck Y., Platonov M.E., Dai E., Song Y. et al. Genotyping and phylogenetic analysis of Yersinia pestis by MLVA: insights into the worldwide expansion of Central Asia plague foci. PLoS ONE 2009; 4(6):e6000.Li Y., Dai E., Cui Y., Li M., Zhang Y., Wu M. et al. Different region analysis for genotyping Yersinia pestis isolates from China. PLoS One 2008; 3(5):e2166.Li Y., Dai E., Cui Y., Li M., Zhang Y., Wu M. et al. Different region analysis for genotyping Yersinia pestis isolates from China. PLoS One 2008; 3(5):e2166.Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M. et al. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity. Nat. Genet. 2010; 42(12):1140-3.Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M. et al. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity. Nat. Genet. 2010; 42(12):1140-3.Zhou D., Han Y., Song Y., Tong Z., Wang J., Guo Z. et al. DNA microarray analysis of genome dynamics in Yersinia pestis: insights into bacterial genome microevolution and niche adaptation. J. Bacteriol. 2004; 186(15):5138-46.Zhou D., Han Y., Song Y., Tong Z., Wang J., Guo Z. et al. DNA microarray analysis of genome dynamics in Yersinia pestis: insights into bacterial genome microevolution and niche adaptation. J. Bacteriol. 2004; 186(15):5138-46.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.