microbeПроблемы особо опасных инфекцийProblems of Particularly Dangerous Infections0370-10692658-719XRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”10.21055/0370-1069-2012-4-49-53microbe-872Research ArticleМИКРОБИОЛОГИЯMICROBIOLOGYАнализ генетической изменчивости штаммов Yersinia pestis средневекового биовара из природных очагов чумы Российской Федерации и МонголииAnalysis of Genetic Variability of Yersinia pestis Strains (Medieval Biovar) Isolated in Natural Plague Foci of the Russian Federation and MongoliaПавловаА. И.PavlovaA. I.rusrapi@microbe.ruЕрошенкоГ. А.EroshenkoG. A.rusrapi@microbe.ruОдиноковГ. Н.OdinokovG. N.rusrapi@microbe.ruКуклеваЛ. М.KouklevaL. M.rusrapi@microbe.ruШавинаН. Ю.ShavinaN. Yu.rusrapi@microbe.ruКрасновЯ. М.KrasnovYa. M.rusrapi@microbe.ruКутыревВ. В.KutyrevV. V.rusrapi@microbe.ruРоссийский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»РоссияRussian Research Anti-Plague Institute “Microbe”Russian Federation20122008201204(114)4953Copyright © Павлова А.И., Ерошенко Г.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Шавина Н.Ю., Краснов Я.М., Кутырев В.В., 20122012Павлова А.И., Ерошенко Г.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Шавина Н.Ю., Краснов Я.М., Кутырев В.В.Pavlova A.I., Eroshenko G.A., Odinokov G.N., Koukleva L.M., Shavina N.Y., Krasnov Y.M., Kutyrev V.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.microbe.ru/jour/article/view/872

Проведен анализ генетических особенностей штаммов Yersinia pestis основного подвида, выделенных в природных очагах Российской Федерации и Монголии. Установлено, что в 7 из 9 очагов сусликового и песчаночьего типа циркулируют штаммы средневекового биовара, имеющие типичный генотип glpD1 napA2 rhaS1 . В Забайкальском степном очаге распространены штаммы античного биовара с генотипом glpD1 napA1 rhaS1. Аналогичный генотип имеют штаммы Y. pestis из Тувинского горного очага чумы, что коррелирует с наличием денитрифицирующей активности и отсутствием у них маркерной мутации средневекового биовара – замены единичного нуклеотида G→Т в позиции 613 гена napA и свидетельствует о принадлежности штаммов из этого очага к античному биовару. Среди штаммов Y. pestis , выделенных в Монголии, выявлены два атипичных штамма, не редуцирующие нитраты, но относящиеся к античному биовару.

Carried out is the analysis of genetic peculiarities of Yersinia pestis strains (main ssp.), isolated in natural foci of the Russian Federation and Mongolia. Determined is the fact that strains of medieval biovar characterized by typical glpD1 napA2 rhaS1 genotype circulate in 7 out of 9 marmot and sandy-type foci. Strains of antique biovar characterized by glpD1 napA1 rhaS1 genotype prevail in the Trans-Baikal steppe foci. Y. pestis strains from Tuva mountain focus have similar genotype, which correlates with denitrification activity and absence of marker mutation of medieval biovar – single nucleotide substitution G→T in the 613 position of napA gene, and testifies to affiliation of these strains to antique biovar. Among Y. pestis strains isolated in Mongolia, identified are two atypical strains incapable of reducing nitrates but pertinent to antique biovar.

возбудитель чумысредневековый биоваргенотипы штаммовplague agentmedieval biovarstrain genotypesReferencesЕрошенко Г.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Павлова А.И., Краснов Я.М., Шавина Н.Ю. и др. Стандартный алгоритм молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2012; 3:25–35.Eroshenko G.A., Odinokov G.N., Kukleva L.M., Pavlova A.I., Krasnov Ya.M., Shavina N.Yu. et al. [Standard algorithm of molecular typ- ing of Yersinia pestis strains]. Zh. Mikrobiol. Epidemiol. Immunobiol. 2012; 3:25–35.Куклева Л.М., Ерошенко Г.А., Куклев В.Е., Краснов Я.М., Гусева Н.П., Одиноков Г.Н., Кутырев В.В. Сравнение полной нуклеотидной последовательности гена rhaS у штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов. Пробл. особо опасных инф. 2008; 3(97):38–42.Koukleva L.M., Yeroshenko G.A., Kouklev V.E., Krasnov Ya.M., Guseva N.P., Odinokov G.N., Kutyrev V.V. [Comparison of complete nucle- otide sequence of rhaS gene in the strains of plague etiological agent of main and minor subspecies]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2008; (97):38–42.Онищенко Г.Г., Кутырев В.В., редакторы. Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней. Практическое руководство. М: Медицина; 2009. 470 с.Onishchenko G.G., Kutyrev V.V., editors [Laboratory Diagnostics of Particularly Dangerous Infections. Practical Guidelines]. M.: Meditsina; 2009. 470 p.Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I–IV групп патогенности: МУ 1.3.2569-09. М.; 2009. 42 с.[Labor management in laboratories using nucleotide acid amplifica- tion methods for work with objects containing microorganisms of I–IV groups of pathogenicity: MR 1.3.2569-09]. M.; 2009. 42 p.Одиноков Г.Н., Ерошенко Г.А., Видяева Н.А., Краснов Я.М., Гусева Н.П., Кутырев В.В. Структурно-функциональный анализ генов nap оперона у штаммов Yersinia pestis разных подвидов. Пробл. особо опасных инф. 2008; 4(98):40–2.Odinokov G.N., Eroshenko G.A., Vidyaeva N.A., Krasnov Ja.M., Gouseva N.P., Kutyrev V.V. [Structural and functional analysis of nap operon genes in Yersinia pestis strains of different subspecies]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2008; (98):40–2.Онищенко Г.Г., Кутырев В.В., редакторы. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири. М.: Медицина; 2004. 192 с.Onishchenko G.G., Kutyrev V.V., editors [Plague Natural Foci in Caucasus, Caspian Sea Region, Central Asia and Siberia]. M.: Meditsina; 2004. 192 p.Попов Н.В., Безсмертный В.Е., Матросов А.Н., Немченко Л.С., Вержуцкий Д.Б., Малецкая О.В. и др. Эпизоотическая активность природных очагов чумы Российской Федерации в 2010 г. и прогноз на 2011 г. Пробл. особо опасных инф. 2011; 1(107):31–7.Popov N.V., Bezsmertny V.E., Matrosov A.N., Nemchenko L.S., Verzhutsky D.B., Maletskaya O.V. et al. [Epizootic activity of plague natural foci in the Russian Federation in 2010 and prognosis for 2011]. Probl. Osobo Opasn. Infek. 2011; (107):31–7.Deng W., Burland V., Plunkett G. et al. Genome sequence of Yersinia pestis KIM. J. Bacteriol. 2002; 184:4601–11Deng W., Burland V., Plunkett G. et al. Genome sequence of Yersinia pestis KIM. J. Bacteriol. 2002; 184:4601–11Motin V.L., Georgescu A.M., Elliot J.M. et al. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). J. Bacteriol. 2002; 184:1019–27.Motin V.L., Georgescu A.M., Elliot J.M. et al. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). J. Bacteriol. 2002; 184:1019–27.Zhou D., Han Y., Song Y. et al. DNA microarray analysis of genome dynamics in Yersinia pestis: insights into bacterial genome microevolution and niche adaptation. J. Bacteriol. 2004; 186:5138–46.Zhou D., Han Y., Song Y. et al. DNA microarray analysis of genome dynamics in Yersinia pestis: insights into bacterial genome microevolution and niche adaptation. J. Bacteriol. 2004; 186:5138–46.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.