«Проблемы особо опасных инфекций» – рецензируемый научно-практический журнал издается с 1968 г. Учредитель журнала – Федеральное казенное учреждение науки «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.
Периодичность – 4 выпуска в год. Формат – А4, максимальный объем – 200 полос.
Журнал зарегистрирован Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций. Свидетельство о регистрации ПИ №ФС77-74153.
Журнал «Проблемы особо опасных инфекций» с 2001 г. входит в Перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий Высшей аттестационной комиссии, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук. В настоящее время журнал «Проблемы особо опасных инфекций» входит в Перечень ВАК по трем научным специальностям: 1.5.11. – Микробиология (медицинские и биологические науки), 3.2.2 – Эпидемиология (медицинские и биологические науки), 3.2.6. – Безопасность в чрезвычайных ситуациях (медицинские науки).
В журнале публикуются статьи ведущих ученых противочумных и профильных научных учреждений России и стран СНГ, а также специалистов практического здравоохранения по вопросам эпидемиологии, микробиологии, генетики, биотехнологии, иммунологии, лабораторной диагностики и профилактики особо опасных и природно-очаговых инфекций, а также по проблемам санитарной охраны, биологической безопасности и биотерроризма. Одной из задач журнала является предоставление возможности публикации результатов диссертационных исследований. Журнал имеет следующие разделы: обзоры, оригинальные статьи, краткие сообщения, информация.
Все без исключения материалы, поступающие в редакцию журнала, проходят рецензирование. В состав редакционного совета входят ведущие специалисты России и зарубежных стран. Статьи публикуются на русском языке, резюме и сведения об авторах переводятся на английский, список литературы транслитерируется.
Журнал включен в Реферативный журнал и Базы данных ВИНИТИ, индексируется в Российском Индексе Научного Цитирования (РИНЦ) и размещен в Научной электронной библиотеке. Двухлетний импакт-фактор РИНЦ в 2022 г. – 1,788. Пятилетний импакт-фактор РИНЦ в 2022 г. – 1,084.
С апреля 2019 г. журнал вошел в Scopus, показатели за 2022 г.: CiteScore – 1,6; наивысший процентиль – 27 % (III квартиль).
С 1 января 2024 г. журнал отнесен к категории 1 Перечня ВАК.
Сведения о журнале ежегодно публикуются в международной справочной системе по периодическим и продолжающимся изданиям «Ulrich’s Directory».
Подписной индекс в объединенном каталоге подписных изданий «Пресса России» (раздел «Здоровье. Медицина») – 29448. Все номера журналов также можно заказать через редакцию. E-mail: jour@microbe.ru, тел. (845-2)51-82-22.
Текущий выпуск
ОБЗОРЫ
Цель обзора – оценить особенности распространения и эпидемиологическую опасность бешенства на крайнем северо-востоке Азии. Систематический обзор подготовлен в результате синтеза публикаций о бешенстве и «диковании» за 1860–2022 гг. (n=22) и ранее не опубликованных данных за 2009–2023 гг. С конца XIX в. до 1980-х гг. эпизоотии бешенства систематически наблюдались на Чукотке и Камчатке. Выявлена корреляционная связь времени возникновения заболеваний бешенством на этих территориях с лагом в 1–2 года (r=0,349; p=0,054). На Чукотке с 2009 по 2023 г. подтверждено 24 случая бешенства у животных; на Камчатке бешенство не регистрируется после 1981 г. До 1982 г. описано 5 подтвержденных случаев заболевания бешенством у людей на Чукотке, а также 4 случая смерти людей предположительно от бешенства (Чукотка – 3, Камчатка – 1). Установлено сходство пространственного распространения эпизоотий в разные периоды времени. Бешенство выявлялось преимущественно на территории постоянного обитания песца (Vulpes lagopus) в прибрежных тундрах от устья Колымы до Анадырского залива. За пределами этой территории (долины рек Анадырь и Пенжина, полуостров Камчатка) бешенство распространялось среди лисиц (Vulpes vulpes). В настоящее время значение песца в распространении бешенства на Чукотке сократилось, а значение лисицы существенно возросло. Благодаря вакцинации бешенство среди собак регистрируется спорадически. Изоляты вируса бешенства с Чукотки принадлежат к генетической линии Arctic (группа Arctic-3), имеющей циркумполярное распространение. Возможность независимой циркуляции вируса бешенства на Камчатском полуострове сомнительна из-за ограниченных размеров популяции лисицы. На основе картографирования установлены возможные направления заноса бешенства с Чукотки на Камчатский полуостров. Проведение барьерной оральной вакцинации лисиц рекомендуется в годы подъема численности лисицы и песца на Чукотке.
В обзоре представлен анализ публикаций за последние пять лет о глобальном распространении особо опасных (эндемических) микозов: кокцидиоидомикоза, гистоплазмоза, бластомикоза, паракокцидиоидомикоза. Возбудители этих микозов – диморфные микромицеты, которые способны вызывать тяжелое течение заболевания, вплоть до летального исхода. Эти грибы существуют в определенных экологических нишах, однако в последние годы получено много сообщений о том, что они встречаются вне регионов с традиционно известной эндемичностью. Существуют потенциальные причины этих изменений, такие как глобальные факторы (климатические изменения, миграция) и повышенное использование иммуносупрессивных препаратов. Потепление климата может обеспечить благоприятные условия для роста Coccidioides spp. на новых территориях, в то время как продолжительные засушливые периоды и последующие пыльные бури приводят к повышению уровня заболеваемости кокцидиоидомикозом в уже установленных эндемических областях. В настоящее время существует предположение, что не только почва, но и грызуны являются первичным резервуаром Coccidioides во внешней среде. Гистоплазмоз эндемичен в странах Американского континента, но границы распространения возбудителя микоза до конца не определены. В Латинской Америке гистоплазмоз – одна из наиболее распространенных инфекций у ВИЧ-инфицированных, характеризующаяся высоким уровнем смертности. Многие эпидемиологические данные по бластомикозу получены из Северной Америки, меньше сведений из Африки и Азии. Случаи эндемических микозов у иммунокомпетентных путешественников обычно диагностируются ошибочно, вследствие отсутствия специфических симптомов. Также существует риск реактивации инфекции, даже по истечении длительного периода времени, у лиц с приобретенной иммуносупрессией. Изоляция патогенов из объектов внешней среды с использованием традиционных культуральных методов затруднена, внедрение молекулярно-генетических исследований позволит дополнить знания об эпидемиологии этих микозов.
Цель обзора – оценка применения вакцин на основе вируса вакцины, штамм MVA, и аденовирусных векторов для профилактики болезни, вызываемой вирусом Эбола. Рассмотрены рекомбинантные штаммы MVA, экспрессирующие антигенные детерминанты представителей семейства филовирусов как возможные кандидаты в вакцинные препараты. Применение этого вируса в качестве вакцинного вектора обусловлено отсутствием противооспенного популяционного иммунитета и его безопасностью для здоровых взрослых волонтеров, для детей, подростков и лиц, больных туберкулезом, людей в возрасте 56–80 лет, лиц, больных атопическим дерматитом, СПИДом. Кроме того, иммунизация вакциной на основе вируса вакцины, штамм MVA, не вызывает осложнений со стороны сердечно-сосудистой системы. Доклиническая оценка иммуногенности и защитной эффективности проводилась на иммунокомпетентных и иммунокомпромиссных мышах, морских свинках, адаптированных к вирусу Эбола, обезьянах макаках-резусах и макаках cynomolgus. Представлены результаты экспериментов по созданию вакцин, экспрессирующих либо только вирусный гликопротеин, либо вирусный гликопротеин и структурный белок Vp40. Поскольку вспышки лихорадки Эбола и других филовирусных инфекций трудно спрогнозировать, были созданы мультивалентные вакцины, которые будут защищать против всех филовирусных видов. Клинические испытания по применению в одном и том же эксперименте вакцин на основе рекомбинантных аденовирусных векторов и штамма MVA подтвердили более выраженную безопасность вакцин на основе рекомбинантного штамма MVA. Результаты индуцированного гуморального и Т-клеточного иммунных ответов показали, что этот вектор целесообразнее применять в качестве бустерного при гетерологичной прайм/бустерной схеме иммунизации. Оценены схемы вакцинации для формирования сильного длительного иммунитета. Эпидемиологическое моделирование установило, что профилактическая иммунизация, вызывающая длительный иммунитет у здорового населения в местах с высоким эпидемическим риском, будет предпочтительнее для ограничения будущих вспышек по сравнению с кольцевой иммунизацией, что было показано в кампании по ликвидации натуральной оспы в мире. Повышенный уровень иммунитета, индуцируемый при прайм/бустерной схеме иммунизации, сохраняющийся в течение длительного времени, будет иметь преимущество над ускоренной кольцевой иммунизацией, когда длительность защиты является более важным фактором, чем скорость, с которой эта защита формируется.
С каждым годом стремительно растет количество потенциально опасных для жизни патогенных биологических агентов (ПБА), которые представлены вирусами, бактериями, риккетсиями, хламидиями, простейшими, грибами, генно-инженерными конструкциями и модифицированными микроорганизмами, прионами и токсинами. Применение ПБА с целью разрушения общества, экономических ресурсов страны, ухудшения качества источников питания и водоснабжения, устрашения населения, провокаций внутренних беспорядков, дестабилизации государственного управления, создания экономического, социально-психического и экологического кризисов есть не что иное, как биологический терроризм. Разработанные и ратифицированные на сегодняшний день многочисленные международные соглашения, договоры и протоколы, ограничивающие производство и использование оружия массового поражения, не гарантируют ликвидацию рисков незаконного приобретения и использования ПБА террористическими организациями, что не позволяет исключить вероятность совершения актов биотерроризма. В связи с этим сохранение и укрепление административно-правовых, медико-биологических, санитарно-эпидемиологических, ветеринарно- и фитосанитарных и иных мероприятий должны составлять основу государственной политики Российской Федерации по противодействию применению и распространению ПБА.
ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
Цель исследования – оценка эффективности анализа кривых плавления высокого разрешения, полученных после амплификации VNTR-локусов, для идентификации и дифференциации штаммов бруцелл.
Материалы и методы. В качестве объектов исследования использовали 16 штаммов бруцелл видов Brucella canis (n=1), B. abortus (n=9), B. melitensis (n=2) и B. suis (n=4) различного географического происхождения. MLVA-типирование проводили методом классической ПЦР с последующим разделением ампликонов в агарозном геле и методом ПЦР-РВ с пост-амплификационным анализом кривых плавления VNTR-локусов в присутствии интеркалирующего красителя SybrGreen. Биоинформационный анализ выполняли с помощью программ Vector NTI 9.1 и Mega 11 (алгоритм MUSCLE). Филогенетический анализ проводили методом UPGMA с помощью программы Mega 11.
Результаты и обсуждение. С помощью MLVA-подхода, основанного на анализе кривых плавления ПЦР-продуктов, полученных после амплификации VNTR-локусов, показано, что каждый из 16 штаммов бруцелл характеризуется уникальным профилем температур плавления. Методом ПЦР с последующим электрофорезом установлено, что, несмотря на высокую вариабельность использованных VNTR-последовательностей (h=0,48…0,74), только пост-амплификационные кривые плавления локусов Bru7, Bru9, Bru18, Bru21 обладали достаточной информативностью для определения генетического полиморфизма исследованных штаммов бруцелл. На основании филогенетического анализа последовательностей Bru7, Bru9, Bru18, Bru21 показано, что большинство исследуемых штаммов бруцелл распределялись на дендрограмме в соответствии с их таксономическим и географическим положением. Таким образом, HRM-анализ кривых плавления, полученных после амплификации локусов Bru7, Bru9, Bru18, Bru21, имеет потенциал использования для дифференциации штаммов бруцелл.
Цель работы – анализ результатов исследования полевого материала, полученного в 2023 г. в природных очагах чумы Кыргызской Республики (КР), с помощью современных диагностических технологий.
Материалы и методы. Изучено 1435 биологических образцов из Тянь-Шаньского, Алайского и Таласского высокогорных очагов КР с использованием традиционных методов лабораторной диагностики чумы: микробиологических, иммунологических, биологических, а также современных молекулярно-генетических методов. Индикацию полученных образцов на наличие ДНК возбудителя чумы проводили с помощью ПЦР-РВ, а наличие антител к чумному микробу выявляли методом иммуноферментного анализа. Молекулярную идентификацию штаммов Yersinia pestis по их принадлежности к подвидам, биоварам, филогенетическим линиям проводили методом ПЦР-РВ с применением способа выявления однонуклеотидных замен с помощью анализа кривых плавления продуктов.
Результаты и обсуждение. Разработан и прошел практическую проверку способ молекулярной идентификации штаммов Y. pestis из очагов чумы КР методом выявления однонуклеотидных замен с помощью анализа кривых плавления продуктов (HMR-анализ) с использованием комплекта сконструированных праймеров. Установлена принадлежность выделенных в Сарыджазском автономном очаге Тянь-Шаньского высокогорного очага штаммов Y. pestis к античному биовару основного подвида, филогенетической ветви 0.ANT5. Исследовано филогенетическое родство выделенных в 2023 г. штаммов Y. pestis по данным полногеномного SNP-анализа. Установлены участки эпизоотической активности в Восточном Алае. Полученные данные свидетельствуют о продолжающейся активизации очагов чумы КР. Также обсуждаются участки территории КР, перспективные для проведения палеогеномных исследований.
В последнее время изоляция культур патогенных лептоспир в Российской Федерации – крайне редкое явление.
Цель работы – обобщить опыт Иркутского противочумного института по выделению и идентификации культур лептоспир с 2011 г.
Материалы и методы. Методом ПЦР и в реакции микроскопической агглютинации (РМА) исследован материал от восьми лиц с подозрением на лептоспироз и от 942 мелких млекопитающих (ММ), бактериологическим методом – от людей и 260 ММ. Для идентификации культур использовали бактериологический температурный тест, РМА, ПЦР, мультилокусное сиквенс-типирование (MLST) и MALDI-TOF масс-спектрометрию (MS) с оригинальной базой белковых профилей лептоспир. В ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора получены полные геномы шести штаммов.
Результаты и обсуждение. У людей на фоне приема антибиотиков не удалось изолировать лептоспиры, несмотря на положительные результаты ПЦР и РМА. От ММ выделено четыре культуры Leptospira borgpetersenii серогруппы Javanica и три L. kirschneri (Grippotyphosa). Результаты идентификации методами MLST по схеме № 1 и MALDI-TOF MS идентичны. MLST in silico показало однотипность двух штаммов серогруппы Grippotyphosa из Приморья и Хабаровска с профилем сиквенс-типов (ST) 110:100:94. У четырех штаммов серогруппы Javanica по схеме № 1 определяется ST 146, а по схемам № 2–3 выявлены уникальные одиночные нуклеотидные полиморфизмы. Таким образом, в 2012–2016 гг. в Сибири и на Дальнем Востоке изолировано семь культур патогенных лептоспир от носителей в природных очагах при их инфицированности от 12,0 до 48,9 %. Штаммы серогруппы Javanica отличаются особенностями MLST-профиля и более длительно приспосабливаются к питательным средам, чем штаммы серогруппы Grippotyphosa.
Цель работы – изучение генетического разнообразия и пространственно-временной структуры Yersinia pestis в Прикаспийском песчаном очаге чумы с использованием методов MLVA25- и CRISPR-типирования.
Материалы и методы. В работе использовано 98 штаммов Y. pestis, выделенных на территории Прикаспийского песчаного очага чумы в 1925–2015 гг. Полногеномное секвенирование выполняли на платформах Ion GeneStudio S5 System (ThermoFisher Scientific) и MGI (DNBSEQ-G50RS). Фрагментное секвенирование проводили с помощью ABI PRISM 3500XL. Поиск VNTR- и CRISPR-локусов с последующим выравниванием нуклеотидных последовательностей осуществляли в программе MEGA X. Полученные последовательности вносили в созданную базу данных в программе Bionumerics v7.6 (Applied Maths). Построение филогенетического дерева осуществляли методом UPGMA.
Результаты и обсуждение. По результатам проведенного MLVA25- и CRISPR-анализа 98 штаммов Y. pestis разделились на 60 генотипов (CS1 – CS60). Выявлена вариабельность по 23 VNTR-локусам. Описаны 7 новых CRISPR-спейсеров: 5 – в YPa и 2 – в YPb (размер – 31–33 п.н., GC-состав – 34–58 %). Описанные спейсеры получили названия а108, а109, а110, а111, a112, b53, b54. Выявлена взаимосвязь изменения копийности VNTRлокусов в зависимости от места и времени выделения штаммов. Полученные данные могут быть использованы для проведения молекулярно-генетической паспортизации территории Прикаспийского песчаного очага чумы и для изучения направлений и закономерностей эволюции и пространственно-временной циркуляции популяций Y. pestis в очагах чумы Прикаспия.
В ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора с 2005 г. проводится надзор за высокопатогенным гриппом.
Цель работы – мониторинг маркеров вирусов гриппа с пандемическим потенциалом в сыворотках крови людей, имевших контакт с больной и/или погибшей птицей, а также жителей регионов, где наиболее вероятно появление новых вариантов вируса гриппа А.
Материалы и методы. Сыворотки исследованы в реакции торможения гемагглютинации (РТГА). Положительные в РТГА сыворотки тестированы в реакции нейтрализации.
Результаты и обсуждение. В 2021 г. было собрано 2076 образцов сыворотки крови в 19 регионах Российской Федерации. Только 7 образцов имели значимые титры в РТГА с вирусами А/H5N8. В 2022 г. собрано 1620 образцов сыворотки крови в 23 регионах, 25 из них были положительными к вирусам гриппа А/H5N8 и А/H5N1. В январе – августе 2023 г. собрано 3335 образцов сыворотки в 31 регионе РФ, 28 из них были положительными к вирусам гриппа А/H5N8 и А/H5N1. Также проводится серомониторинг в отношении низкопатогенного вируса субтипа А/H9N2. Количество серопозитивных образцов в 2021 г. было ниже 1 % (13 из 2076 образцов), в 2022 г. – 5,0 % (81 из 1620 образцов), в 2023 г. позитивных образцов – менее 1 % (31 из 3335 образцов). Полученные данные косвенно свидетельствуют, что в настоящее время среди населения Российской Федерации нет стабильной циркуляции вирусов зоонозного гриппа субтипов А/H5N8 и А/H5N1. Вирус гриппа субтипа А/H9N2 широко распространился во многих странах мира и активно участвует в эволюции высокопатогенных субтипов вируса гриппа А/H5Nх. В РФ наблюдается постепенное увеличение серопозитивности к вирусу А/H9N2.
Целью нашего исследования являлось изучение профилей устойчивости к антибиотикам штаммов шигатоксин-продуцирующих Escherichia coli (STEC), Salmonella spp., Shigella spp. и Staphylococcus aureus.
Материалы и методы. В период с 2021 по 2022 г. на двух общественных кухнях в Ханое, Вьетнам, было собрано 660 образцов. Они включали в себя образцы пищевых продуктов, внешней среды (предметы для обработки пищи) и биологические образцы (смывы с рук персонала). Для идентификации видов бактерий использовали систему VITEK® 2 Compact, наряду с секвенированием ДНК. Тест на чувствительность к антибиотикам (AST) проводился в соответствии с протоколом Kirby-Bauer Disk Diffusion Susceptibility по методу Института клинических и лабораторных стандартов (CLSI) (M100-Ed32).
Результаты и обсуждение. Всего выявлено 53 штамма патогенных бактерий, в том числе 11 STEC, 24 Salmonella enterica, 9 Shigella sonnei, Shigella flexneri и 8 S. aureus. AST STEC выявил наиболее высокий уровень резистентности к тетрациклину и хлорамфениколу (90,9 %); триметоприму+сульфаметоксазолу (81,8 %); ампициллину, гентамицину и пиперациллину (63,6 %). Изоляты STEC проявили чувствительность к группе карбапенемов. Среди штаммов сальмонелл 50 % устойчивы к ампициллину. Вторую позицию занимали тетрациклин и пиперациллин (45,8 %). При этом 25 % были устойчивы к тикарциллину+клавулановой кислоте, 20,8 % – к триметоприму+сульфаметоксазолу и 16,7 % – к левомицетину. Все штаммы сальмонелл проявляли чувствительность к гентамицину, цефокситину, имипенему, меропенему и цефтазидиму. AST штаммов Shigella spp. показал самый высокий уровень устойчивости к тетрациклину (30 %), цефазолину и цефтазидиму (20 %). Однако все штаммы шигелл были чувствительны к цефокситину, группам карбапенемов и хлорамфениколу. Среди штаммов S. aureus 50 % проявили устойчивость к эритромицину, азитромицину, клиндамицину, пенициллину, телитромицину и гентамицину, а 25 % – к ципрофлоксацину, моксифлоксацину, левофлоксацину и хлорамфениколу. Однако все штаммы S. aureus проявили чувствительность к триметоприму+сульфаметоксазолу, даптомицину, линезолиду, доксициклину, миноциклину и ванкомицину. Полученные нами результаты отражают текущее положение дел касательно устойчивости к антибиотикам среди штаммов патогенных бактерий, циркулирующих на объектах исследования при переработке пищевых продуктов. Они являются свидетельством потенциального риска пищевого отравления. Существует необходимость принятия надлежащих мер по контролю над патогенными агентами со стороны властей и руководящих органов.
Цель исследования – полногеномное секвенирование и сравнительный анализ исходного и резистентного к действию бензалкония хлорида штаммов Burkholderia pseudomallei.
Материалы и методы. В работе использованы штаммы: B. pseudomallei 134, B. pseudomallei 134К, устойчивый к бензалкония хлориду. Полногеномное секвенирование производили на платформе MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycle). Сборку геномов обоих штаммов проводили с помощью ассемблера SPAdes v3.11.1. Для сравнения последовательностей геномов исследуемых штаммов использовали программу Snippy v4.6.0. Для построения выравниваний нуклеотидных и аминокислотных последовательностей применяли программный продукт MEGA X.
Результаты и обсуждение. Поиск и анализ детерминант, которые могут быть ответственны за появление устойчивости к биоцидам у B. pseudomallei 134K, выявили два гена: ген транскрипционного репрессора TetR и ген эффлюксной помпы AmrAB-OprA. В регуляторе TetR обнаружен однонуклеотидный полиморфизм, что обусловило замену серина на пролин в мутантном белке и, как следствие, изменение его вторичной структуры. Предполагается, что данная мутация ведет к потере функции белка-регулятора, в результате чего увеличивается экспрессия регулируемых им генов эффлюксной помпы (AcrB/AcrD/AcrF), в связи с чем происходит как снижение уровня чувствительности к бензалкония хлориду, так и появление резистентности к цефтазидиму. В гене эффлюксной помпы AmrAB-OprA выявлена инсерция 16 нуклеотидов в положении 544-го участка оперона amrA, что повлекло за собой увеличение длины цистрона, сдвиг рамки считывания, изменение аминокислотного состава вторичной структуры кодируемого протеина. Вероятнее всего, данная мутация приводит к потере функции оперона AmrAB-OprA и невозможности нормального оттока ксенобиотиков из цитоплазмы микроорганизма. Данное предположение подтверждается тем фактом, что мутантный штамм утратил устойчивость к гентамицину.
Цель – изучение зависимости роста от аминокислот у штаммов Yersinia pestis разных филогенетических ветвей античного биовара и определение генетических основ ауксотрофности этих штаммов.
Материалы и методы. В работе использовали 38 штаммов Y. pestis основного подвида античного биовара, выделенных в различных очагах мира в период 1928–2020 гг. Питательные потребности штаммов определяли высевом на минимальный агар Difco с различным набором аминокислот. Для проведения филогенетического анализа штаммов использовали программы Wombac 2.0 и SeaView 5.0.5. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей генов выполняли с помощью алгоритма BLAST и программы Mega 7.0.
Результаты и обсуждение. Определена филогенетическая принадлежность использованных штаммов Y. pestis античного биовара к филогенетическим ветвям 0.ANT3, 0.ANT5, 1.ANT, 2.ANT3, 3.ANT2, 4.ANT. Установлено, что у всех исследованных штаммов античного биовара имеется общая зависимость роста от трех аминокислот – фенилаланина, треонина и метионина. У большинства штаммов античного биовара всех филогенетических ветвей рост также зависел от присутствия в среде цистеина, за исключением части штаммов филогенетической ветви 4.ANT. В 14 генах метаболизма серы и цистеина обнаружено 19 мутаций. Для каждой филогенетической группы античного биовара характерен свой профиль мутаций в генах, участвующих в биосинтезе цистеина. Установлена потребность в лейцине штаммов филогенетической ветви 0.ANT5, причиной которой может являться сдвиг рамки считывания в гене leuA. Штаммы ветви 1.ANT, выделенные на территории Демократической Республики Конго, проявляли дополнительную зависимость роста от пролина. Установленные питательные потребности штаммов и генетические причины ауксотрофности дополняют фенотипические и генетические характеристики филогенетических ветвей античного биовара и могут быть использованы в качестве генетических маркеров для дифференциации этих штаммов.
Цель работы – сравнение основных социально-демографических и эколого-эпидемиологических параметров заболеваемости при клещевом вирусном энцефалите, иксодовых клещевых боррелиозах и клещевом риккетсиозе.
Материалы и методы. В работе использованы базы данных на основе карт эпидемиологического расследования по клещевому вирусному энцефалиту и иксодовым клещевым боррелиозам с 1995 по 2022 г. и по клещевому риккетсиозу с 2001 по 2022 г. (всего 2974 случая по г. Иркутску и Иркутскому району).
Результаты и обсуждение. Проанализированы следующие параметры: сроки наступления эпидемического сезона, география распространенности, локализация присасывания клеща на теле человека, продолжительность инкубационного периода, половозрастная структура больных, их социальный состав и обстоятельства заражения. Показано, что исследованные параметры имеют особенности для каждого заболевания, часть которых являются общими для всего евразийского ареала этих инфекций. К ним относятся: более раннее наступление эпидемического сезона клещевого риккетсиоза; более короткая продолжительность инкубационного периода при клещевом риккетсиозе по сравнению с клещевым вирусным энцефалитом и иксодовыми клещевыми боррелиозами; повышенная частота присасывания переносчиков клещевого риккетсиоза в области головы и шеи пострадавших, а переносчиков иксодовых клещевых боррелиозов – в области туловища; большой процент лиц пожилого возраста среди больных иксодовыми клещевыми боррелиозами и детей до 14 лет среди больных клещевым риккетсиозом; преобладание лиц мужского пола в числе инфицированных всеми рассмотренными патогенами. К региональной специфике можно отнести низкую инцидентность клещевых инфекций среди профессионального контингента (работа, связанная с пребыванием в природных очагах), а также повышенный риск заболевания клещевым вирусным энцефалитом и клещевым риккетсиозом в социальной группе «безработные», а иксодовыми клещевыми боррелиозами – среди пенсионеров.
В разные периоды в Западной Африке выявлена циркуляция достаточно широкого спектра возбудителей природно-очаговых инфекционных болезней, передающихся клещами: боррелии, риккетсии, коксиеллы, вирусы Крымской-Конго геморрагической лихорадки (ККГЛ), Бханджа, синего языка овец Найроби и др. В настоящее время эпидемиологическая и эпизоотологическая ситуация по природно-очаговым инфекционным болезням, складывающаяся на территории Гвинейской Республики, выяснена не до конца.
Цель работы – выявление генетических маркеров (РНК/ДНК) возбудителей природно-очаговых инфекционных болезней в пробах иксодовых клещей, собранных в Гвинейской Республике, и определение спектра патогенов, циркулирующих на территории различных ландшафтно-географических зон страны.
Материалы и методы. Для проведения исследований на территории всех ландшафтно-географических зон Гвинейской Республики были собраны 4695 экземпляров иксодовых клещей 11 видов. С учетом видовой принадлежности, пола, фазы развития, а также места сбора составлена панель из 1645 проб. Методами полимеразной цепной реакции (ПЦР) и полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) проведена детекция генетических маркеров вирусов Крымской-Конго геморрагической лихорадки и клещевого энцефалита, а также Borrelia burgdorferi s.l., Ehrlichia chaffeensis, Ehrlichia muris, Anaplasma phagocytophilum, Coxiella burnetii, риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки (КПЛ) и Francisella tularensis.
Результаты и обсуждение. В результате в суспензиях иксодовых клещей обнаружены: ДНК риккетсий группы КПЛ (25,6 % от всех исследуемых образцов), ДНК C. burnetii (6,2 %), кДНК B. burgdorferi s.l. (9,1 %) и РНК вируса ККГЛ (2,5 %). Перечисленный спектр возбудителей зарегистрирован во всех ландшафтно-географических зонах Гвинеи. Генетические маркеры возбудителей туляремии, анаплазмозов, эрлихиозов и клещевого энцефалита в настоящем исследовании не выявлены. Полученные результаты позволили уточнить возможный спектр болезней, передаваемых клещами, на территории Гвинейской Республики, определили необходимость дальнейшего изучения циркуляции возбудителей природно-очаговых инфекционных болезней в Западной Африке и проведения регулярного эпизоотологического мониторинга.
Цель исследования – выявление структурных отличий в генах бруцелл omp25 и omp2a, позволяющих определять их таксономическое положение.
Материалы и методы. Объектами исследования служили нуклеотидные последовательности полных геномов 48 штаммов бруцелл, представленных в базе данных GenBank NCBI. Для оценки гомологии последовательностей использовали алгоритм BLAST и программу MEGA 11.
Результаты и обсуждение. У 13 видов бруцелл и Brucella spp. с неустановленной видовой принадлежностью воспроизведены in silico рестрикционные профили HindIII, EcoRV и EcoRI, AluI участков генома, включающих соответственно гены omp25 и оmp2a, фланкированные праймерами 25А-25B и 2AB-2AA. В гене omp25 выявлено 11 несинонимичных и 24 синонимичные мутации; две делеции: ∆103–108 п.н. – у В. nosferati, ∆562–597 п.н. – у В. ovis; вставка ACT после 585 п.н. – у В. vulpis. Вариабельность гена omp2a у изученных штаммов бруцелл была значительно выше. Выявлены 138 SNPs, из них 60 приводят к замене аминокислот, две формируют стоп-кодоны, дополнительно одна делеция ∆424–561 п.н. – у В. abortus 1, 2, 4-го биоваров. Единичные мутации в генах omp2a и omp25 имели как групповую специфичность – для нескольких видов, так и уникальную – для определенного вида или биовара патогена. Аллельные профили генов omp25 и omp2a обладают большей разрешающей способностью, чем изученные их рестрикционные профили. Выявленные изменения в структуре генов omp25 и omp2a коррелируют с циркуляцией отдельных видов и биоваров бруцелл в организме определенных носителей. В указанных генах показано наличие делеций, вставок и единичных полиморфных нуклеотидов, специфичных для видов, групп видов и в ряде случаев – биоваров патогена.
Цель исследования – анализ численности, видового состава, расселения мышевидных грызунов и других мелких млекопитающих в населенных пунктах Западно-Казахстанской области за последние шесть лет и причин изменения численности в многолетнем аспекте.
Материалы и методы. Для работы использованы данные, полученные сотрудниками филиала «Уральская противочумная станция» Республиканского государственного предприятия «Национальный научный центр особо опасных инфекций имени Масгута Айкимбаева» во время планового эпизоотологического обследования очагов чумы, расположенных на территории Западно-Казахстанской области.
Результаты и обсуждение. На энзоотичной по чуме территории средняя годовая численность грызунов и насекомоядных в населенных пунктах Западно-Казахстанской области составила весной 5,1, осенью – 8,1 при 30,0 % заселенности поселковых объектов. В надворных постройках численность грызунов в три раза выше, чем в жилых домах, и составляет 11,5 (в жилых домах – 3,7). Общий видовой состав добытых в населенных пунктах мелких млекопитающих представлен семью видами, среди которых доминирует домовая мышь (97,5 %). На втором месте стоит белозубка малая (1,7 %). В степных очагах чумы наблюдается тенденция снижения численности грызунов (за 18 лет – в среднем на 22,0 %). В песчаном очаге произошел незначительный рост численности зверьков на 2,0 %.
Всемирная организация здравоохранения определила COVID‑19 как пандемию 11 марта 2020 г. А в марте 2022 г., т.е. примерно через два года, зарегистрировано глобальное доминирование филогенетического варианта SARS‑CoV‑2 омикрон с обусловленным им более легким клиническим течением болезни, в связи с чем сделан эпидемиологический прогноз о наступлении периода спада пандемии.
Целью данной работы является определение продолжительности и возможностей прогнозирования пандемии COVID‑19 на основе эпидемиологической оценки ее динамики в контексте волнообразного хода, фазового характера, эпидемиологической значимости филогенетических преобразований возбудителя. Проанализированы материалы глобального ресурса в сети Интернет о ежедневных случаях заражения / летальных исходах COVID‑19, результатах филогенетических исследований возбудителя и их интерпретации с помощью эпидемиологического метода. Анализ динамики пандемии COVID‑19 в мире выявил ее принадлежность к типичному в эпидемиологии варианту пандемий (эпидемий) со свойственными ему волнами, длящимися месяцами, не совпадающими с годичными солнечными циклами. На начало марта 2023 г. зарегистрировано 7 волн, из них 1–4-я волны – эпидемическая фаза, обусловленная последовательным доминированием штаммов ухань и дельта, 6–7-я волны – постэпидемическая фаза. Волны варьировали по продолжительности от 4 до 7 мес. (М – 4,6 мес.) и по амплитуде от 307205 до 4082344 (М – 1331389,14) пиковых значений числа зараженных и соответственно умерших – от 2997 до 20702 (М – 10506) человек. Постэпидемическая фаза характеризовалась устойчивой тенденцией количественного уменьшения SARS‑CoV‑2 омикрон в виде ундулирующей динамики с неуклонно снижающейся амплитудой волн числа зараженных на фоне резкого снижения числа летальных исходов по сравнению с эпидемической фазой. Продолжение этой тенденции ожидается в виде еще двух небольших по амплитуде волн (8-я и 9-я) общей продолжительностью около 10 мес., завершение постэпидемической фазы прогнозируется в первом полугодии 2024 г. Данные о фазовом характере пандемии, детерминируемом геномными изменениями возбудителя, необходимы для формирования готовности к будущим пандемиям.
Цель работы – оценка возможности использования одноразовых полимерных контейнеров в технологии производства вакцины чумной живой.
Материалы и методы. Использовали вакцинный штамм Yersinia pestis ЕV линии НИИЭГ. Для глубинного выращивания посевной культуры чумного микроба применяли стандартный одноразовый полимерный контейнер типа Flexboy объемом 10 л фирмы Sartorius Stedim Biotech, оборудованный фильтр-капсулами Sartoроrе 2. Сравнение проводили с регламентной технологией получения посевных культур с использованием стеклянных бутылей объемом 20 л. Контроль полученных посевных культур вакцинного штамма ЕV осуществляли в соответствии с ФС.3.3.1.0022.15. Выращивание посевной культуры в одноразовом полимерном контейнере проводили в жидкой питательной среде при температуре от 26 до 28°С с непрерывным барботажем и механическим перемешиванием с частотой от 80 до 90 колебаний в минуту. Для аэрации использовался сжатый воздух с давлением от 0,3 до 0,4 кгс/см2. Объемный расход стерильного воздуха, подаваемого на аэрацию, составлял от 0,9 до 1,0 л/мин.
Результаты и обсуждение. Применение одноразовых полимерных контейнеров позволило сократить продолжительность технологической стадии получения посевной культуры в 1,7 раза и увеличить выход живых микробов с единицы объема питательной среды, по сравнению с регламентной, в 2,8 раза. Таким образом, показана возможность и перспективность использования одноразовых полимерных контейнеров в технологии производства вакцины чумной живой на стадии приготовления посевных культур.
КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ
Мутации в геноме SARS‑CoV‑2 позволяют эффективно преодолевать многие защитные механизмы организма, чем и объясняется распространение инфекции среди вакцинированных или ранее переболевших людей.
Цель работы – исследовать динамику мутаций в геноме вируса SARS‑CoV‑2 в период повышения сезонной заболеваемости в Чувашской Республике.
Материалы и методы. В условиях клинико-диагностической лаборатории ФГБУ «Федеральный центр травматологии, ортопедии и эндопротезирования» Минздрава России (г. Чебоксары) методом ОТ-ПЦР исследованы пробы, взятые в январе – феврале и июле – октябре 2022 г., в которых обнаружена РНК SARS‑CoV‑2. Использовали «МБС-Тест SARS‑CoV‑2 РНК» (ТУ 21.20.23-068-26329720-2021, Россия) и «АмплиТест SARS‑CoV‑2 VOC v.3» (серия V017, РУ № РЗН 2022/16307, Россия) в соответствии с инструкциями по применению.
Результаты и обсуждение. В исследованных пробах, полученных в разные периоды распространения коронавируса SARS‑CoV‑2 на территории Чувашской Республики в 2022 г., выявлены различия в совокупностях мутаций гена S SARS‑CoV‑2. В Чувашии, как и в России в целом, в начале 2022 г. вариант дельта был вытеснен вариантом омикрон, продолжающим активно мутировать с появлением множества новых вариантов.
Распространение штаммов Vibrio cholerae, обладающих множественной антибиотикоустойчивостью, обусловливает необходимость поиска альтернативных антибиотикам средств. Такими средствами могут стать холерные бактериофаги.
Цель работы – изучение безопасности смеси холерных бактериофагов на модели экспериментальных животных.
Материалы и методы. В работе использовали композицию на основе холерных фагов Rostov‑М3, Rostov-13, ФБ1. Проведена оценка токсичности препарата, цитотоксического и апоптогенного влияния на экспериментальных животных.
Результаты и обсуждение. Показано, что однократное введение максимальной определенной дозы смеси фагов не вызывает негативного воздействия на организм лабораторных животных. Сравнение с контролем не показало статистически достоверных отличий гистологической картины в органах опытных животных после длительного введения препарата. Также после однократного и повторного семидневного приема данные фаги не вызывают апоптоза и некроза иммунокомпетентных клеток экспериментальных животных. Результаты данных исследований свидетельствуют о безопасности 3-компонентной фаговой композиции и в перспективе могут быть использованы для дальнейшей разработки новых биопрепаратов на основе холерных бактериофагов.
ISSN 2658-719X (Online)