Preview

Проблемы особо опасных инфекций

Расширенный поиск

Белки вакцинного штамма чумного микроба (Yersinia pestis EV НИИЭГ) с потенциальными свойствами аллергенов

https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-4-97-101

Полный текст:

Аннотация

Цель исследования - поиск белков вакцинного штамма Yersinia pestis EV НИИЭГ с потенциальными свойствами аллергенов. Материалы и методы. Проанализировано 3256 геномных белков штамма Yersinia pestis EV НИИЭГ, взятых из базы данных GenBank. определение аллергенности белков проводилось с использованием информационных компьютерных программ. программа Allpred, интегрированная в систему Protein Structure Discovery для предсказания белков, как аллергенов, использует не только первичную последовательность аминокислот, но и их пространственную структуру, а также физико-химические свойства аминокислот. для всех найденных потенциальных аллергенов дополнительно определялась их внутриклеточная локализации с помощью программы CELLO v.2.5: subCELlular LOcalization predictor и сходство с известными аллергенами человека в программе AllergenOnline. Результаты и обсуждение. Компьютерный анализ 3256 белков позволил выявить 170 (5,22 %) потенциальных аллергенных белка вакцинного штамма Y. pestis EV НИИЭГ. Из них 53 (31,18 %) относятся к белкам с неизвестной функцией (hypothetical protein), а 16 (9,41 %) к мембранным белкам (membrane protein). наибольший показатель отнесения белка к аллергену составил 0,824568569477881 и отмечен у протеина EXU71465.1 (autotransporter). сходство с известными аллергенами выявлено у 12 (7,06 %) предсказанных аллергенных протеинов. из них 4 (2,35 %) протеина имеют аналоги с аллергенами растений, 5 (2,94 %) - с аллергенами представителей царства животных, 3 (1,76 %) - с аллергенами дрожжей и плесневых грибов. Наиболее перспективными при создании новых гипоаллергенных вакцин и препаратов для диагностики напряженности иммунитета у вакцинированных лиц определены белки-аллергены, относящиеся к группе экстрацеллюлярных, и белки наружной мембраны. Таких у вакцинного штамма Yersinia pestis EV НииЭГ обнаружено 38 или 22,35 %.

Об авторах

В. В. Сутягин
Талдыкорганская противочумная станция
Казахстан

Сутягин Виталий Владимирович.

004000, Талдыкорган, пр. Н. Назарбаева, 104.



Г. Г. Ковалёва
Национальный научный центр особо опасных инфекций им. М. Айкимбаева
Казахстан
050054, Алматы, ул. Жахангер, 14. 


Список литературы

1. Дентовская С.В., Копылов П.Х., Иванов С.А., Агеев С.А., Анисимов А.П. Молекулярные основы вакцинопрофилактики чумы. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2013; 3:3-12.

2. Клюева С.Н., ШмельковаТ.П., Щуковская Т.Н. Влияние олигодезоксинуклеотида CpG ODN 200б на продукцию цитокинов клетками крови людей, вакцинированных против чумы. Медицинская иммунология. 2014; 16(6):531-8. DOI: 10.15789/1563-0625-2014-6-531-538.

3. Захаров А.В. О прививках против чумы сотрудников Уральской противочумной станции. Карантинные и зоонозные инфекции в Казахстане. 2013; 1(27):57-61.

4. Кравцов А.Л., Шмелькова Т.П., Щуковская Т.Н. Влияние противочумной вакцинации на функциональную активность клеток врожденного иммунитета человека. Проблемы особо опасных инфекций. 2011; 1:77-80. DOI: 10.21055/0370-1069-2011-1(107)-77-80.

5. Гостищева С.Е., Абзаева Н.В., Ковалев Д.А., Пономаренко Д.Г., Сирица Ю.В., Ракитина Е.Л., Афанасьев Е.Н Костюченко М.В. Оптимизация метода получения пестина ПП и изучение его специфической активности in vitro. Инфекция и иммунитет. 2018; 8(1):85-90. DOI: 10.15789/2220-7619-2018-1-85-90.

6. Protein structure discovery. [Электронный ресурс]. URL: http://www-bionet.sscc.ru/psd/cgi-bin/programs/Allpred/allpred.cgi (дата обращения 01.10.2019).

7. Брагин А.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2011; 15(3):462-8.

8. Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Ховештадт Р, Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2012; 16(4/1):784-90.

9. Брагин А.О., Соколов В.С., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Брагина Е.Ю, Матушкин Ю.Г., Иванисенко В.А. Программа Allpred для предсказания аллергенности бактерий и архей. Молекулярная биология. 2018; 52(2):326-32. DOI: 10.7868/S0026898418020179.

10. NCBI. Protein. [Электронный ресурс]. URL: https://www.ncbi.nlm.mh.gov/protein/?term=Yersinia+Pestis+EV (дата об-ращения 01.10.2019).

11. Goodman R.E., Ebisawa M., Ferreira F., Sampson H.A., van Ree R., Vieths S., Baumert J.L., Bohle B., Lalithambika S., Wise J., Taylor S.L. AllergenOnline: A peer-reviewed, curated allergen database to assess novel food proteins for potential cross-reactivity. Mol. Nutr. Food Res. 2016; 60(5):1183-98. DOI: 10.1002/mn-fr.201500769.

12. Allergenic Protein Sequence Searches. [Электронный ресурс]. URL: http://www.allergenonline.org/databasefasta.shtml (дата обращения 01.10.2019).

13. Pearson W.R. Effective protein sequence comparison. Methods Enzymol. 1996; 266:227-58. DOI: 10.1016/S0076-6879(96)66017-0.

14. Yu C.S., Chen Y.C., Lu C.H., Hwang J.K. Prediction of protein subcellular localization. Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 2006; 64(31643-51. DOI: 10.1002/prot.21018.

15. Molecular Bioinformatics Center. CELLO v.2.5: subCEL-lular LOcalization predictor. [Электронный ресурс]. URL: http://cello.life.nctu.edu.tw/ (дата обращения 01.10.2019 ).

16. Одиноков Г.Н., Ерошенко Г.А., Краснов Я.М., Куклева Л.М., Черкасов А.В., Шавина Н.Ю., Кутырев В.В. Анализ полно-геномной последовательности штаммов Yersinia pestis на основе ступенчатого 680-SNP алгоритма. Проблемы особо опасных инфекций. 2013; 3:49-54. DOI: 10.21055/0370-1069-2013-3-49-54.

17. Johansson S.G.O. A revised nomenclature for allergy - condensed version of the EAACI position statement from the EAACI nomenclature task force. Allergy Clin. Immunol. Intern. 2002; 14(6):279-87.

18. Федосеева B.H. Аллергенные свойства бактерий. Российский аллергологический журнал. 2005; 3:3-11

19. Колхир П.В. Доказательная аллергология-иммунология. М.: Практическая медицина; 2010. 527 с.


Для цитирования:


Сутягин В.В., Ковалёва Г.Г. Белки вакцинного штамма чумного микроба (Yersinia pestis EV НИИЭГ) с потенциальными свойствами аллергенов. Проблемы особо опасных инфекций. 2019;(4):97-101. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-4-97-101

For citation:


Sutyagin V.V., Kovaleva G.G. Proteins of the plague microbe vaccine strain (Yersinia pestis EV NIIEG) with potential allergen properties. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2019;(4):97-101. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-4-97-101

Просмотров: 117


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0370-1069 (Print)
ISSN 2658-719X (Online)