Тест-система для идентификации типичных и генетически измененных вариантов холерных вибрионов биовара Эль Тор методом ПЦР в режиме реального времени
В. Н. Савельев,
А. Н. Куличенко,
И. В. Савельева,
Д. А. Ковалев,
Т. В. Таран,
Е. И. Подопригора,
В. В. Сосунов,
Т. В. Радаева https://doi.org/10.21055/0370-1069-2021-4-120-127
Аннотация
Цель работы – анализ и оценка результатов ПЦР -тест-системы «Гены V. cholerae вариант ctxB-rtxC, FL» для идентификации Vibrio cholerae O1 с дифференциацией на типичные токсигенные и генетически измененные варианты в мультиплексном формате с гибридизационно-флуоресцентным методом учета результатов в режиме реального времени. Материалы и методы. Для достижения указанной цели в работе представлен набор реагентов ПЦР -тест-системы «Гены V. cholerae О1 вариант ctxB-rtxC, FL», а также способ осуществления идентификации V. cholerae O1 с дифференциацией на типичные токсигенные и генетически измененные варианты. Изучены специфичность, специфическая активность и чувствительность разработанной тест-системы на 35 штаммах V. cholerae O1, 6 штаммах V. cholerae non O1, 5 гетерологичных штаммах (Shigella zonnei – 2 штамма, по одному штамму Salmonella typhimurium, S. enteritidis, Escherichia coli). Результаты и обсуждение. Набор реагентов ПЦР -тест-системы «Гены V. cholerae вариант ctxB-rtxC, FL» выявляет в геноме токсигенных V. cholerae О1 фрагменты ДНК генов ctxBСl, ctxBEl, rtxC (обладает специфической активностью, аналитическая чувствительность 1∙103 ГЭ /мл) и не обнаруживает данные гены у нетоксигенных V. cholerae О1 и non O1, а также у гетерологичных штаммов микроорганизмов (показана специфичность 100 %). На ПЦР -тест-систему «Гены V. cholerae вариант ctxB-rtxC, FL» получен патент РФ № 2732448, опубл. 24.08.2020, бюл. № 24. ПЦР -тест-система «Гены Vibrio cholerae О1 вариант ctxB-rtxC, FL» может быть использована для повышения эффективности системы эпидемиологического надзора за холерой и проведения обоснованного объема противоэпидемических мероприятий в случае ее завоза на территорию Российской Федерации.
Об авторах
В. Н. Савельев
ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт»
Россия
Россия
Российская Федерация, 355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15
А. Н. Куличенко
ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт»
Россия
Россия
Российская Федерация, 355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15
И. В. Савельева
ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт»
Россия
Россия
Российская Федерация, 355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15
Д. А. Ковалев
ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт»
Россия
Россия
Российская Федерация, 355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15
Т. В. Таран
ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт»
Россия
Россия
Российская Федерация, 355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15
Е. И. Подопригора
ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт»
Россия
Россия
Российская Федерация, 355035, Ставрополь, ул. Советская, 13–15
В. В. Сосунов
ООО «ДНК-СИНТЕЗ»
Россия
Россия
Российская Федерация, 127238, Москва, Локомотивный пр., 9
Т. В. Радаева
ООО «ДНК-СИНТЕЗ»
Россия
Россия
Российская Федерация, 127238, Москва, Локомотивный пр., 9
Список литературы
1. De Haan L., Hirst T.R. Cholera toxin: a paradigm for multifunctional engagement of cellular mechanisms. Mol. Membr. Biol. 2004; 21(2):77–92. DOI: 10.1080/09687680410001663267.
2. Dziejman M.E., Balon D., Boyd C.M., Fraser J.F., Heidelberg J.J., Mekalanos J.J. Comparative genomicanalysis of Vibrio cholerae: genes that correlate with cholera endemic and handemic disease. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2002; 99(3):1556–61. DOI: 0.1073/pnas.042667999.
3. Pradhan S., Baidya A.K., Ghosh A., Paul K., Chowdhury R. The El Tor biotype of Vibrio cholerae exhibits Vibrio cholerae a growth advantage in the stationary phase in mixt cultures with the classical biotype. J. Bacteriol. 2010; 192(4):955–63. DOI: 10.1128/JB.01180-09.
4. Смирнова Н.И., Заднова С.П., Шашкова А.П., Кутырев В.В. Вариабельность генома измененных вариантов Vibrio choleraе биовара Эль Тор, изолированных на территории России в современный период. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2011; 3:11–7.
5. Safa A., Sultana J., Cam P.D., Mwansa J.C., Kong R.Y. Vibrio cholerae O1 eltor strains, Asia and Africa. Emerg. Infect. Dis. 2008; 15(6):987–8. DOI: 10.3201/eid1406.080129.
6. Nguyen B.M., Lee J.H., Cuong N.T., Choi S.Y., Hien N.T., Anh D.D., Lee H.R., Ansaruzzaman M., Endtz H.P., Chun J., Lopez A.L., Czerkinsky C., Clemens J.D., Kim D.W. Cholera outbreaks caused by an altered Vibrio cholerae O1 El Tor biotype strain produsing classical toxin B in Vietnam in 2007 to 2008. J. Clin. Microbiol. 2009; 47(5):1568–71. DOI: 10.1128/JCM.02040-08.
7. Raychoudhuri A., Patra T., Ghosh K., Ramamurthy T., Nandy R.K., Takeda Y., Balakrish-Nair G., Mukhopadhyay A.K. Classical ctxB in Vibrio cholerae O1, Kalkata, India. Emerg. Infect. Dis. 2009; 15(1):131–2. DOI: 10.3201/eid1501.080543.
8. Safa A., Nair G.B., Kong R.Y. Evolution of new variants of Vibrio cholerae O1. Trends Microbiol. 2010; 18(1):46–54. DOI: 10.1016/j.tim.2009.10.003.
9. Ghosh-Banerjee J., Senoh M., Takahashi T., Hamabata T., Barman S., Koley H., Mukhopadhyay A.K., Ramamurthy T., Chatterjee S., Asakura M., Yamasaki S., Nair G.B., Takeda Y. Cholera toxin production by the El Tor variant of Vibrio cholerae O1 compared to prototype El Tor end classical biotypes. J. Clin. Microbiol. 2010; 48(11):4283–6. DOI: 10.1128/JCM.00799-10.
10. Grim C.J., Hasan N.A., Taviani E., Haley B., Chun J., Brettin T.S., Bruce D.C., Detter J.C., Han C.S., Chertkov O., Challacombe J., Huq A., Nair G.B., Colwell R.R. Genome sequence of hybrid Vibrio cholerae O1 MJ-1236, B-33, and CIRS101 and comparative genomics with V. cholerae. J. Bacteriol. 2010; 192(13):3524–33. DOI: 10.1128/JB.00040-10.
11. Siddique A.K., Nair G.B., Alam M., Sack D.A., Huq A., Nizam A., Longini I.M. Jr., Qadri F., Faruque S.M., Colwell R.R., Ahmed S., Iqbal A., Bhuiyan N.A., Sack R.B. El Tor cholera with severe disease: a new threat to Asia and beyond. Epidemiol. Infect. 2010; 138(3):347–52. DOI: 10.1017/S0950268809990550.
12. Morita M., Ohnishi M., Arakawa E., Bhuiyan N.A., Nusrin S., Alam M., Siddique A.K., Qadri F., Izumiya H., Nair G.B., Watanabe H. Development and validation of a mismatch amplification mutation PCA assay to monitor the dissemination of an emerging variant of Vibrio cholеrae O1 biotype El Tor. Microbiol. Immunol. 2008; 52(6):314–7. DOI: 10.1111/j.1348-0421.2008.00041.x.
13. Nair G.B., Qadri F., Holmgren J., Safa A., Bhuiyan N.A., Ahmad Q.S., Faruque S.M., Faruque A.S., Takeda Y., Sack D.A. Cholera due to altered El Tor strains of Vibrio cholerae O1 in Bangladesh. J. Clin. Microbiol. 2006; 44(11):4211–3. DOI: 10.1128/JCM.01304-06.
14. Савельева И.В., Куличенко А.Н., Ковалев Д.А., Жиров А.М., Савельев В.Н. Эволюция генома холерного вибриона биовара Эль Тор и разработка ПЦР -тест-системы для идентификации штаммов возбудителя холеры. В кн.: Холера и патогенные для человека вибрионы: материалы Проблемной комиссии. Ростов н/Д; 2017. Вып. 30. С. 172–7.
15. Смирнова Н.И., Горяев А.А., Шубина А.В., Заднова С.П., Кутырев В.В. Способ идентификации токсигенных штаммов V. cholerae O1, определения их биовара и дифференциации штаммов биовара Эль Тор на типичные и измененные методом мультиплексной полимеразной цепной реакции и тест-система для его осуществления. Патент РФ № 2458141, опубл. 10.08.2012. Бюл. № 22.
16. Шашкова А.В., Горяев А.А., Заднова С.П., Краснов Я.М., Смирнова Н.И., Кутырев В.В. Конструирование ПЦР -тест-системы для идентификации токсигенных штаммов Vibrio cholerae O1, определения их биовара и дифференциации штаммов Эль Тор вибрионов на типичные и измененные. Проблемы особо опасных инфекций. 2011; 4(110):49–52. DOI: 10.21055/0370-1069-2011-4(110)-49-52.
17. Савельев В.Н., Савельева И.В., Сосунов В.В, Ковалев Д.А., Подопригора Е.И., Васильева О.В., Гусева Л.В. Способ идентификации штаммов Vibrio cholerae O1, определения их токсигенности и биовара с дифференциацией биовара ЭльТор на типичные и генетически измененные варианты методом мультиплексной полимеразной цепной реакции и тест-система для его осуществления с учетом результатов в режиме «реального времени». Патент РФ № 2732448, опубл. 16.09.2020. Бюл. № 26.
Рецензия
Для цитирования:
Савельев В.Н., Куличенко А.Н., Савельева И.В., Ковалев Д.А., Таран Т.В., Подопригора Е.И., Сосунов В.В., Радаева Т.В. Тест-система для идентификации типичных и генетически измененных вариантов холерных вибрионов биовара Эль Тор методом ПЦР в режиме реального времени. Проблемы особо опасных инфекций. 2021;(4):120-127. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2021-4-120-127
For citation:
Savel’ev V.N., Kulichenko A.N., Savel’eva I.V., Kovalev D.A., Taran T.V., Podoprigora E.I., Sosunov V.V., Radaeva T.V. Test-System for Identification of Typical and Genetically Altered Variants of Cholera Vibrios, Biovar El Tor, Using Real-Time PCR. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2021;(4):120-127. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2021-4-120-127
Просмотров: 437
Послать статью по эл. почте 