Preview

Проблемы особо опасных инфекций

Расширенный поиск

Пространственная MLVA25-генотипическая структура Yersinia pestis ssp. pestis в трансграничном Сайлюгемском природном очаге чумы

https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-4-110-116

Аннотация

Для осуществления эпидемиологического надзора за чумой в Сайлюгемском природном очаге совместно с монгольскими специалистами внедрены и применяются современные молекулярно-генетические методы диагностики и типирования Yersinia pestis ssp. pestis в полевом и клиническом материале. Цель работы – изучить пространственную генотипическую структуру Y. pestis ssp. pestis в трансграничном Сайлюгемском природном очаге чумы методом MLVA25‑типирования. Материалы и методы. Проведено MLVA25‑типирование 160 штаммов Y. pestis ssp. pestis, изолированных в Сайлюгемском природном очаге чумы в 2012–2021 гг. Построение филогенетического древа осуществляли методами UPGMA и MST. Результаты и обсуждение. На основе кластерного анализа 25 VNTR-локусов штаммы Y. pestis ssp. pestis, изолированные в трансграничном Сайлюгемском природном очаге чумы, дифференцированы на 15 MLVA‑типов. Установлено, что исследуемые штаммы образуют однородный комплекс MLVA25‑типов без выраженной географической структурированности их по семи пространственным группам. При анализе частоты встречаемости числа тандемных повторов по трем вариабельным локусам у штаммов Y. pestis ssp. pestis выявлено, что между выборками из монгольской и российской частей очага наблюдаются значимые различия. Наиболее выраженные различия пространственной генотипической структуры прослеживаются по локусу yp4280ms62.

Об авторах

М. Б. Ярыгина
ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока»
Россия

Ярыгина Марина Борисовна

Российская Федерация, 664047, Иркутск, ул. Трилиссера, 78



С. А. Витязева
ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока»
Россия

Российская Федерация, 664047, Иркутск, ул. Трилиссера, 78



М. В. Корзун
ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока»
Россия

Российская Федерация, 664047, Иркутск, ул. Трилиссера, 78



Х. Тунгалаг
Национальный центр зоонозных инфекций
Монголия

Монголия, 18131, г. Улаанбаатар, Сонгинохайрхан микрорайон, 20 хоро



Д. Цэрэнноров
Национальный центр зоонозных инфекций
Монголия

Монголия, 18131, г. Улаанбаатар, Сонгинохайрхан микрорайон, 20 хоро



С. В. Балахонов
ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока»
Россия

Российская Федерация, 664047, Иркутск, ул. Трилиссера, 78



Список литературы

1. Zhao S.S., Pulati Y., Yin X.P., Li W., Wang B.J., Yang K., Chen C.F., Wang Y.Z. Wildlife plague surveillance near the China-Kazakhstan border: 2012–2015. Transbound. Emerg. Dis. 2017; 64(6):e48–e51. DOI: 10.1111/tbed.12603.

2. Wang P., Shi L., Zhang F., Guo Y., Zhang Z., Tan H., Cui Z., Ding Y., Liang Y., Liang Y., Yu D., Xu J., Li W., Song Z. Ten years of surveillance of the Yulong plague focus in China and the molecular typing and source tracing of the isolates. PLoS Negl. Trop. Dis. 2018; 12(3):e0006352. DOI: 10.1371/journal.pntd.0006352.

3. Вержуцкий Д.Б. Активизация природных очагов чумы в Центральной Азии: беспочвенные опасения или реальная угроза. Природа Внутренней Азии. Nature of Inner Asia. 2018; 1:7–18. DOI: 10.18101/2542-0623-2018-1-7-18.

4. Корзун В.М., Чипанин Е.В., Денисов А.В., Курепина Н .Ю. Ареал и пространственная структура населения монгольской пищухи (Ochotona pallasi, Ochotonidae, Lagomorpha) в Юго-Восточном Алтае. Байкальский зоологический журнал. 2017; 1:72–82.

5. Попова А.Ю., Кутырев В.В., редакторы. Обеспечение эпидемиологического благополучия в природных очагах чумы на территории стран СНГ и Монголии в современных условиях. Ижевск: ООО «Принт»; 2018. 336 с.

6. Achtman M., Morelli G., Zhu P., Wirth T., Diehl I., Kusecek B., Vogler A.J., Wagner D.M., Allender C.J., Easterday W.R., Chenal-Francisque V., Worsham P., Thomson N.R., Parkhill J., Lindler L.E., Carniel E., Keim P. Microevolution and history of the plague bacillus, Yersinia pestis. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2004; 101(51):17837–42. DOI: 10.1073/pnas.0408026101.

7. Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M., Feldkamp M., Kusecek B., Vogler A.J., Li Y., Cui Y., Thomson N.R., Jombart T., Leblois R., Lichtner P., Rahalison L., Petersen J.M., Balloux F., Keim P., Wirth T., Ravel J., Yang R., Carniel E., Achtman M. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity. Nat. Genet. 2010; 42(12):1140–3. DOI: 10.1038/ng.705.

8. Ерошенко Г.А., Попов Н.В., Краснов Я.М., Никифоров К.А., Кузнецов А.А., Матросов А.Н., Кутырев В.В. Природный мегаочаг основного подвида Yersinia pestis античного биовара филогенетической ветви 4.ANT в Горном Алтае. Проблемы особо опасных инфекций. 2018; 2:49–56. DOI: 10.21055/0370-1069-2018-2-49-56.

9. Li Y., Cui Y., Hauck Y., Platonov M.E., Dai E., Song Y., Guo Z., Pourcel C., Dentovskaya S.V., Anisimov A.P., Yang R., Vergnaud G. Genotyping and phylogenetic analysis of Yersinia pestis by MLVA: insights into the worldwide expansion of Central Asia plague foci. PLoS One. 2009; 4(6):e6000. DOI: 10.1371/journal.pone.0006000.

10. Zhang X., Hai R., Wei J., Cui Z., Zhang E., Song Z., Yu D. MLVA distribution characteristics of Yersinia pestis in China and the correlation analysis. BMC Microbiology. 2009; 9:205. DOI: 10.1186/1471-2180-9-205.

11. Vogler A.J., Chan F., Wagner D.M., Roumagnac P., Lee J., Nera R., Eppinger M., Ravel J., Rahalison L., Rasoamanana B.W., Beckstrom-Sternberg S.M., Achtman M., Chanteau S., Keim P. Phylogeography and molecular epidemiology of Yersinia pestis in Madagascar. PLoS Negl. Trop. Dis. 2011; 5(9):e1319. DOI: 10.1371/journal.pntd.0001319.

12. Marmur J. A procedure for the isolation of deoxyribonucleic acid from microorganisms. J. Mol. Biol. 1961; 3:208–18. DOI: 10.1016/S0022-2836(61)80047-8.

13. Klevytska A.M., Price L.B., Schupp J.M., Worsham P.L., Wong J., Keim P. Identification and characterization of variable-number tandem repeats in the Yersinia pestis genome. J. Clin. Microbiol. 2001; 39(9):3179–85. DOI: 10.1128/JCM.39.9.3179-3185.2001.

14. Le Flèche P., Hauck Y., Onteniente L., Prieur A., Denoeud F., Ramisse V., Sylvestre P., Benson G., Ramisse F., Vergnaud G. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of Yersinia pestis and Bacillus anthracis. BMC Microbiol. 2001; 1:2. DOI:10.1186/1471-2180-1-2.

15. Girard J.M., Wagner D.M., Vogler A.J., Keys C., Allender C.J., Drickamer L.C., Keim P. Differential plague-transmission dynamics determine Yersinia pestis population genetic structure on local, regional, and global scales. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2004; 101(22):8408–13. DOI: 10.1073/pnas.0401561101.

16. Ярыгина М.Б., Корзун В.М., Балахонов С.В., Рождественский Е.Н., Денисов А.В. Генотипическая структура Yersinia pestis ssp. central asiatica biovar altaica в Горно-Алтайском высокогорном природном очаге чумы при MLVA25‑типировании. Проблемы особо опасных инфекций. 2021; 2:138–47. DOI: 10.21055/0370-1069-2021-2-138-147.


Рецензия

Для цитирования:


Ярыгина М.Б., Витязева С.А., Корзун М.В., Тунгалаг Х., Цэрэнноров Д., Балахонов С.В. Пространственная MLVA25-генотипическая структура Yersinia pestis ssp. pestis в трансграничном Сайлюгемском природном очаге чумы. Проблемы особо опасных инфекций. 2022;(4):110-116. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-4-110-116

For citation:


Yarygina M.B., Vityazeva S.A., Korzun V.M., Tungalag H., Tserennorov D., Balakhonov S.V. Yersinia pestis ssp. pestis Spatial MLVA25 Genotypic Structure in the Transboundary Saylyugem Natural Plague Focus. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2022;(4):110-116. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-4-110-116

Просмотров: 221


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0370-1069 (Print)
ISSN 2658-719X (Online)