Филогения и биологические свойства штаммов Brucella abortus, выделенных на территории Приволжского и Центрального федеральных округов в 2017–2024 гг.

Цель работы – изучение биологических, молекулярно-генетических свойств и определение филогенетической принадлежности штаммов Brucella abortus, выделенных на территории Приволжского (ПФО) и Центрального (ЦФО) федеральных округов.

Материалы и методы. Проведено исследование 21 штамма B. abortus, выделенных на территории ПФО и ЦФО в 2017–2024 гг. Секвенирование геномов выполняли на платформе DNBSEQ G50RS (MGI, Китай) с использованием набора реагентов MGIEasy FAST FS DNA Library Prep Set V2.1 (MGI, Китай) по стандартному протоколу. Филогенетическую реконструкцию выполняли по методу максимального правдоподобия в программе RealPhy.

Результаты и обсуждение. Все штаммы имели характерные для B. abortus тинкториальные, морфологические и культуральные свойства. Топология филогенетического дерева свидетельствует об общем происхождении штаммов, выделенных на территории ПФО и ЦФО в 2017–2024 гг. Установлено, что исследуемые изоляты генетически близки к штаммам B. abortus, выделенным из биоматериала от больных бруцеллезом животных и пищевых продуктов животного происхождения из Липецкой области (2017 г.), Самарской области (2016 г.), Ставропольского края (2015 г.), Республики Дагестан (2015 г.), Республики Калмыкия (2012 г.). Общая кластеризация штаммов из ПФО и ЦФО и из разных субъектов Северо-Кавказского и Южного федеральных округов указывает на наличие ретроспективной эпидемиологической связи очагов бруцеллеза с длительно неблагополучной территорией юга европейской части России, в том числе Северного Кавказа.

1. Corbel M.J. Brucellosis in humans and animals. World Health Organization; 2006.

2. Hayoun M.A., Muco E., Shorman M. Brucellosis. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2025 Jan. PMID 28722861.

3. Пономаренко Д.Г., Матвиенко А.Д., Хачатурова А.А., Жаринова И.В., Скударева О.Н., Транквилевский Д.В., Логвиненко О.В., Ракитина Е.Л., Костюченко М.В., Кондратьева Ю.В., Малецкая О.В., Куличенко А.Н. Анализ ситуации по бруцеллезу в мире и Российской Федерации. Проблемы особо опасных инфекций. 2024; (2):36–50. DOI: 10.21055/0370-1069-2024-2-36-50.

4. Andrews S. FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data. [Электронный ресурс]. URL: https://github.com/s-andrews/FastQC (дата обращения 07.07.2025).

5. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics. 2014. 30(15):2114–20. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu170.

6. Prjibelski A., Antipov D., Meleshko D., Lapidus A., Korobeynikov A. Using SPAdes de novo Assembler. Curr. Protoc. Bioinformatics. 2020; 70(1):e102. DOI: 10.1002/cpbi.102.

7. Mikheenko A., Prjibelski A., Saveliev V., Antipov D., Gurevich A. Versatile genome assembly evaluation with QUAST- LG. Bioinformatics. 2018; 34(13):i142–i150. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty266.

8. Tanizawa Y., Fujisawa T., Nakamura Y. DFAST: a flexible prokaryotic genome annotation pipeline for faster genome publication. Bioinformatics. 2018; 34(6):1037–9. DOI: 10.1093/bioinformatics/btx713.

9. Whatmore A.M., Koylass M.S., Muchowski J., Edwards-Smallbone J., Gopaul K.K., Perrett L.L. Extended multilocus sequence analysis to describe the global population structure of the genus Brucella: phylogeography and relationship to biovars. Front. Microbiol. 2016; 7:2049. DOI: 10.3389/fmicb.2016.02049.

10. Bertels F., Silander O.K., Pachkov M., Rainey P.B., van Nimwegen E. Automated reconstruction of whole-genome phylogenies from short-sequence reads. Mol. Biol. Evol. 2014; 31(5):1077–88. DOI: 10.1093/molbev/msu088.

11. Rambaut A. FigTree v1.4.2. A Graphical Viewer of Phylogenetic Trees. [Электронный ресурс]. URL: http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ (дата обращения 07.07.2025).