DFR-типирование штаммов Yersinia pestis из природных очагов СНГ
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2011-2(108)-42-45
Аннотация
С помощью DFR-типирования [6] набора из 275 штаммов Y. pestis, выделенных преимущественно в природных очагах чумы стран СНГ, определены «геномовары» (DFR-типы), характерные для 27 очагов. Выявлено 64 новых DFR-типа Y. pestis (из 96, описанных к настоящему времени) и установлено, что на территории стран СНГ и в Монголии циркулирует не менее 56 геномоваров. Показано, что все исследованные методом DFR-типирования штаммы кластеризуются в соответствии с филогенетической схемой, предложенной на основании данных сочетанного SNP- и IS100-типирования [1], и дифференцируются до уровня подвидов, популяций и даже штаммов, циркулирующих на территории определенных природных очагов.
Об авторах
М. Е. Платонов
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
Россия
Россия
В. В. Евсеева
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
Россия
Россия
Д. В. Ефременко
Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт
Россия
Россия
И. В. Кузнецова
Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт
Россия
Россия
Е. В. Чиркова
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
Россия
Россия
С. В. Дентовская
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
Россия
Россия
А. Н. Куличенко
Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт
Россия
Россия
А. П. Анисимов
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
Россия
Россия
Список литературы
1. Achtman M., Morelli G., Zhu P., Wirth T., Diehl I., Kusecek B. et al. Microevolution and history of the plague bacillus, Yersinia pestis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004; 101(51):17837-42.
2. Anisimov A.P., Lindler L.E., Pier G.B. Intraspecific diversity of Yersinia pestis. Clin. Microbiol. Rev. 2004; 17(2):434-64.
3. Derbise A., Chenal-Francisque V., Huon C., Fayolle C., Demeure C.E., Chane-Woon-Ming B. et al. Delineation and analysis of chromosomal regions specifying Yersinia pestis. Infect. Immun. 2010; 78(9):3930-41.
4. Foley S.L., Lynne A.M., Nayak R. Molecular typing methodologies for microbial source tracking and epidemiological investigations of Gram-negative bacterial foodborne pathogens. Infect. Genet. Evol. 2009; 9(4):430-40.
5. Li Y., Cui Y., Hauck Y., Platonov M.E., Dai E., Song Y. et al. Genotyping and phylogenetic analysis of Yersinia pestis by MLVA: insights into the worldwide expansion of Central Asia plague foci. PLoS ONE 2009; 4(6):e6000.
6. Li Y., Dai E., Cui Y., Li M., Zhang Y., Wu M. et al. Different region analysis for genotyping Yersinia pestis isolates from China. PLoS One 2008; 3(5):e2166.
7. Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M. et al. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity. Nat. Genet. 2010; 42(12):1140-3.
8. Zhou D., Han Y., Song Y., Tong Z., Wang J., Guo Z. et al. DNA microarray analysis of genome dynamics in Yersinia pestis: insights into bacterial genome microevolution and niche adaptation. J. Bacteriol. 2004; 186(15):5138-46.
Рецензия
Для цитирования:
Платонов М.Е., Евсеева В.В., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Чиркова Е.В., Дентовская С.В., Куличенко А.Н., Анисимов А.П. DFR-типирование штаммов Yersinia pestis из природных очагов СНГ. Проблемы особо опасных инфекций. 2011;(2(108)):42-45. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2011-2(108)-42-45
For citation:
Platonov M.E., Evseeva V.V., Efremenko D.V., Kuznetsova I.V., Chirkova E.V., Dentovskaya S.V., Kulichenko A.N., Anisimov A.P. DFR-Typing of Yersinia pestis Strains from the CIS Natural Foci. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2011;(2(108)):42-45. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2011-2(108)-42-45
Просмотров:
619
Послать статью по эл. почте 