Генетическое профилирование возбудителей природно-очаговых инфекций, циркулирующих на территории Ставропольского края

Цель работы - проведение молекулярно-генетического типирования штаммов и изолятов нуклеиновых кислот возбудителей природно-очаговых инфекций бактериальной и вирусной этиологии, накопление данных о генетических особенностях региональных штаммов, циркулирующих на территории ставропольского края. Материалы и методы. для изучения генетического спектра возбудителей природно-очаговых инфекций проводили анализ штаммов и изолятов нуклеиновых кислот возбудителей, выявленных в образцах полевого и клинического материала. индикацию возбудителей природно-очаговых инфекций в образцах осуществляли методом ПЦР. Для генетического типирования штаммов и изолятов ДНК/РНК возбудителей природно-очаговых инфекций использовали методы MLVA-типирования и секвенирования участков генома с последующим филогенетическим анализом. Анализ территориального распространения генетических вариантов возбудителей природно-очаговых инфекций и построение карт выполняли в программном обеспечении ArcGIS 10.1. Результаты и выводы. Выполнены: MLVA-25 типирование 20 штаммов Francisella tularensis; MLVA-10 типирование 4 изолятов Coxiella burnetii; видовая идентификация 20 изолятов ДНК Rickettsia sp.; субвидовое типирование 40 РНК-изолятов вируса ККГЛ и 8 РНК-изолятов хантавирусов, циркулировавших на территории Ставропольского края в 2016-2017 гг. Изученные штаммы F. tularensis принадлежат к восьми MLVA генотипам, в основном приуроченным к определенным тер­риториям. Изоляты C. burnetii обладают идентичным MLVA-типом. Выявлены риккетсии, относящиеся к 5 ви­дам: R. massiliae R. raoultii, R. sibirica, R. aeschlimannii, R. slovaca, РНК-изоляты хантавируса генотипа «Тула», варианты вируса ККГЛ генотипов «Европа-1» и «Европа-3». Полученные данные могут быть использованы при эпидемиологическом анализе возможных случаев инфекционных болезней для определения источника и путей распространения инфекции.

1. Куличенко А.Н., Малецкая О.В., Василенко Н.Ф., Манин Е.А., Прислегина Д.А., Дубянский В.М., Григорьев М.П. Эпидемиологическая обстановка по природно-очаговым инфекционным болезням в Южном, Северо-Кавказском и Крымском федеральных округах в 2015 г: аналитический обзор. Ставрополь: Дитера; 2016. 95 с.

2. Куличенко А.Н., Малецкая О.В., Василенко Н.Ф., Манин Е.А., Прислегина Д.А., Дубянский В.М., Григорьев М.П., составители. Эпидемиологическая обстановка по природно-очаговым инфекционным болезням в Южном и Северо-Кавказском федеральном округах в 2016 г. Аналитический обзор. Ставрополь: Дитера; 2017. 164 с.

3. Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V., Meisel H., Denys C., Koivogui L., ter Meulen J., Kruger D.H. Hantavirus in African Wood Mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(5):838-40. DOI:10.3201/eid1205.051487.

4. Johansson A., Farlow J., Larsson P., Dukerich M., Chambers E., Bystrom M., Fox J., Chu M., Forsman M., Sjostedt A., Keim P. Worldwide Genetic Relationships among Francisella tularensis Isolates Determined by Multiple-Locus Variable-Number Tandem RepeatAnalysis. J. Bacteriol. 2004; 186(17):5808—18. DOI: 10.1128/JB.186.17.5808-5818.2004.

5. Arricau-Bouvery N., Hauck Y, Bejaoui A., Frangoulidis D., Bodier C.C., Souriau A., Meyer H., Neubauer H., Rodolakis A., Vergnaud G. Molecular characterization of Coxiella burnetii isolates by infrequent restriction site-PCR and MLVA typing. BMC Microbiology. 2006; 6:38. DOI: 10.1186/1471-2180-6-38.

6. Куличенко А.Н., Волынкина А.С., Котенев Е.С., Писаренко С.В., Шапошникова Д.И., Лисицкая Я.В., Василенко Н.Ф., Цыганкова О.И., Евченко Ю.м., Тохов Ю.м., Савельев B.Н., Тихонов С.Н., Пеньковская Н.А. Новый генетический вариант вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки, вы-явленный в Крыму. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016; 34(2):76-80. DOI: 10.18821/0208-0613-2016-34-2-76-80.

7. MLVAbank for Microbes Genotyping [Электронный ресурс]. URL: http://microbesgenotyping.i2bc.paris-saclay.fr/databas-es/view/524/2?panel=911 (дата обращения 15.06.2018 г.).

8. Тимофеев В.С., Кудрявцева Т.Ю., Мокриевич А.Н., Павлов В.М., Дятлов И.А. молекулярное типирование штаммов Francisella tularensis методом мультилокусного анализа вариабельности числа тандемных повторов. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014; 1:8-15.

9. Torina A., Fernandez de Mera I.G., Alongi A., Mangold A.J., Blanda V, Scarlata F., Di Marco V, de la Fuente J. Rickettsia conorii Indian Tick Typhus Strain and R. slovaca in Humans, Sicily. Emerg. Infect. Dis. 2012; 18(6):1008-10. DOI:10.3201/eid1806.110966.

10. Яшина Д.Н., Зайковская А.В., Протопопова Е.В., Бабкин И.В., Малышев Б.С., Товпинец Н.Н., Евстафьев И.Д. Хантавирус Тула на территории Крыма. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015; 33(4):38-40.