Генетические маркеры вируса ящура крупного рогатого скота, геномный анализ
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-2-111-116
Аннотация
Цель работы – поиск локусов генома различных типов вируса ящура, характеризующихся наименьшей вариабельностью, для использования их в качестве генетических маркеров при ПЦР-индикации вируса.
Материалы и методы. В работе использовались ресурсы Национального центра биотехнологической информации и программные утилиты «BLAST» и «Vector NTI 9.1.0». Для ПЦР-амплификации применялась плазмидная ДНК с маркерной вставкой.
Результаты и обсуждение. Анализу подверглись нуклеотидные последовательности геномов вируса ящура типов А, Asia-1, С, О и SAT (1, 2 и 3). При выравнивании геномов изолятов каждого из типов вируса установлены потенциально консервативные участки. Сравнение этих локусов у различных типов вируса позволило выявить один максимально консервативный локус, последующий BLAST-анализ установил его высокую специфичность к геному вируса ящура, на этот локус выбрали праймеры и зонд. Кроме того, олигонуклеотидные затравки подобраны на три гена, входящих в геном крупного рогатого скота, наименее гомологичные специфичным олигонуклеотидам. Праймеры и зонд использованы в качестве внутреннего контроля амплификации. Для контроля хода амплификации разработан положительный контроль, имеющий нуклеотидную последовательность маркерной области генома вируса ящура. В геномах некоторых изолятов вируса обнаружен высокий уровень полиморфизма относительно ПЦР-зонда (у 12 изолятов по серотипам A, Asia-1, SAT1 и SAT2). Устранить влияние такой вариабельности на количество выявляемых изолятов вируса позволяют модификации ПЦР-зонда (Pas FMDV и Psat FMDV). Нуклеотидные последовательности праймеров, зондов и положительного контроля представлены в таблицах.
Об авторе
Н. И. Хаммадов
ФГБНУ «Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности»
Россия
420075, Татарстан, г. Казань, Научный городок-2
Россия
420075, Татарстан, г. Казань, Научный городок-2
Список литературы
1. Тимина А.М., Зиняков Н.Г., Щербаков А.В., Лозовой Д.А. Филогенетический анализ изолятов вируса ящура, выявленных на постсоветском пространстве и в Монголии в 2016 году. Ветеринария сегодня. 2017; 4:3–8.
2. Мищенко А.В. Особенности клинической диагностики ящура свиней. Ветеринария Кубани. 2014; 2:13–4.
3. Мищенко А.В., Мищенко В.А., Шевкопляс В.Н., Кривонос Р.А., Черных О.Ю. Проблема клинической диагностики ящура у овец и коз. Ветеринария Кубани. 2016; 6:8–10.
4. Рамешвар Д., Паршин П.А., Сухарев О.И., Макаров В.В. Особенности эпизоотологии ящура в Непале. Ветеринарная патология. 2009; 4:96–104.
5. Никифоров В.В., Майорова Т.К., Караулов А.К., Спиридонов А.Н., Саввин А.В. Восприимчивость и роль диких животных при ящуре. Ветеринария сегодня. 2014; 1:35–40.
6. Miller R.S., Sweeney S.J., Slootmaker C., Grear D.A., Di Salvo P.A., Kiser D., Shwiff S.A. Cross-species transmission potential between wild pigs, livestock, poultry, wildlife, and humans: implications for disease risk management in North America. Sci Rep. 2017; 7(1):7821. DOI: 10.1038/s41598-017-07336-z.
7. Ятусевич А.И., Семенов В.М., Максимович В.В., Карасев Н.Ф., Мироненко В.М., Багрецов В.Ф. Заразные болезни, общие для животных и человека. Справочное пособие «Витебская государственная академия ветеринарной медицины». Витебск: Учреждение образования «Витебская ордена «Знак Почета» государственная академия ветеринарной медицины»; 2011. 480 с.
8. Турдиев Ш.А., Косумбеков М.И., Джумаев Ш.Н., Зуурбекова О.С., Азизбеков М., Наврузбекова М.Д. Серологические исследования ящура животных в ГорноБадахшанской автономной области. Доклады Таджикской академии сельскохозяйственных наук. 2016; 4:49–51.
9. Яковлева А.С., Каньшина А.В., Щербаков А.В., Орлова Е.С. Разработка и валидация тест-системы ЗАВ-ИФА для обнаружения антител к неструктурным белкам вируса ящура в сыворотках крови крупного и мелкого рогатого скота. Ветеринария сегодня. 2015; 4:36–42.
10. Лозовой Д.А., Шишкова А.А., Доронин М.И., Медведева Н.Н., Тимина А.М. Применение ОТ-ПЦР-РВ для определения концентрации 146S компонента вируса ящура типов О/Саудовская Аравия и Asia-1/Shamir в полуфабрикатах вакцин. Ветеринария. 2017; 6:57–61.
11. Maree F.F., Blignaut B., de Beer T.A., Rieder E. Analysis of SAT Type Foot-And-Mouth Disease Virus Capsid Proteins and the Identification of Putative Amino Acid Residues Affecting Virus Stability. PLoS One. 2013; 8(5):e61612. DOI: 10.1371/journal.pone.0061612.
12. Yang M., Goolia M., Xu W., Bittner H., Clavijo A. Development of a quick and simple detection methodology for footand-mouth disease virus serotypes O, A and Asia 1 using a generic RapidAssay Device. Virol. J. 2013; 10:125. DOI: 10.1186/1743-422X-10-125.
13. Тимина А.Н., Щербаков А.В. Определение основных характеристик ОТ-ПЦР в реальном времени, предназначенной для обнаружения вируса ящура всех серотипов. Труды федерального центра охраны здоровья животных. 2016; 14:7–19.
14. Ндайишимийе Э.В., Хаммадов Н.И., Осянин К.А., Фаизов Т.Х., Шуралев Э.А., Мукминов М.Н. Биоинформационный анализ олигонуклеотидов для молекулярно-генетической индикации возбудителей аспергиллеза и аскосфероза пчел. Ветеринарный врач. 2015; 2:3–9.
15. Khammadova A.V., Shuralev E.A., Khammadov N.I., Oumarou B.M., Faizov T.K., Mukminov M.N. Design of primers for identification of honey bee viruses in multiplex-PCR. Astra Salvensis. 2017; 1(5):481–90.
Рецензия
Для цитирования:
Хаммадов Н.И. Генетические маркеры вируса ящура крупного рогатого скота, геномный анализ. Проблемы особо опасных инфекций. 2019;(2):111-116. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-2-111-116
For citation:
Khammadov N.I. Genetic Markers of the Cattle Foot and Mouth Disease Virus: Genomic Analysis. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2019;(2):111-116. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-2-111-116
Просмотров: 680
Послать статью по эл. почте 