Филогения и историко-географический анализ штаммов Yersinia pestis из Вьетнама

Цель работы – выявление молекулярно-генетических особенностей, полногеномное секвенирование и фило- генетический анализ штаммов Yersinia pestis, выделенных во Вьетнаме в период 1962–1989 гг.

Материалы и методы. Проведено изучение свойств 50 штаммов Y. pestis, полногеномное секвенирование 18 и фрагментное секвенирование 32 штаммов из Вьетнама. Филогенетический анализ выполнен по данным полногеномного SNP- анализа на основе 1391 выявленного SNP. Полногеномный SNP-анализ и поиск маркерных SNPs выполняли с помощью программы Wombac 2.0. Построение филогенетического дерева проводили с использованием алгоритма Maximum Likelihood.

Результаты и обсуждение. Определено наличие нескольких филогенетических ветвей и популяций Y. pestis, соответствующих географическому и историческому распространению штаммов. Основная часть штаммов из Вьетнама относится к ветви, обозначенной нами 1.ORI2v. Два штамма составляют отдельную ветвь вместе со штаммом из Индии линии 1.ORI2, еще один штамм 55-801 Saigon располагается обособленно среди штаммов линии 1.ORI1. На основании полученных данных и литературных источников можно предполо- жить, что проникновение чумы во Вьетнам происходило несколько раз: в город Нячанг в 1898 г. морским путем, в северные провинции страны – в 1908 г. Вторая волна распространения штаммов Y. pestis по территории Вьетнама началась с 60-х годов XX в. с появлением штаммов из природного очага чумы в провинции Юньнань в Китае.

1. Cavanaugh D.C., Dangerfield H.G., Hunter D.H., Joy R.J., Marshall Jr J.D., Quy D.V., Vivona S., Winter P.E. Some observations on the current plague outbreak in the Republic of Vietnam. Amer. J. Public. Health. 1968; 58(4):42–52. DOI: 10.2105/ajph.58.4.742.

2. Velimirovic B. Investigations on the epidemiology and control of plague in South Vietnam. Part I, II. Zentralbl. Bakteriol. Orig. A. 1974; 228(4):482–532. PMID: 4155202.

3. Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M., Feldkamp M., Kusecek B., Vogler A.J., Li Y., Cui Y., Thomson N.R., Jombart T., Leblois R., Lichtner P., Rahalison L., Petersen J.M., Balloux F., Keim P., Wirth T., Ravel J., Yang R., Carniel E., Achtman M. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity. Nat. Genet. 2010; 42(12):1140–3. DOI: 10.1038/ng.705.

4. Касьян А.Ф., Дао Суан Винь, Бобров А.Г. Характеристика некоторых биологических свойств штаммов возбудителя чумы, циркулирующих во Вьетнаме. В кн.: Корзун Л.П., редактор. Экологические и эпизоотологические аспекты чумы во Вьетнаме. М.: ГЕОС; 2003. С. 96–8.

5. Слудский А.А., Ли Тхи Ви Хыонг, Касьян А.Ф. Данг Туан Дат, Матросов А.Н., Дао Суан Винь, Майоров Н.В., Сунцов В.В. Современная эпидемическая активность антропогенных очагов чумы на плато Тайнгуен. В кн.: Корзун Л.П., редактор. Экологические и эпизоотологические аспекты чумы во Вьетнаме. М.: ГЕОС; 2003. С. 10–2.

6. Pham H., Dang D., Minh N.N.T., Nguyen N.D., Nguyen T.V. Correlates of environmental factors and human plague: an ecological study in Vietnam. Intern. J. Epidemiol. 2009; 38(6):1634–41. DOI: 10.1093/ije/dyp244.

7. Сунцов В.В., Сунцова Н.И., Матросов А.Н., Кузнецов А.А., Данг Туан Дат, Лыонг Тхи Мо, Слудский А.А., Куклев Е.В., Тарасов М.А., Касьян И.А., Майоров Н.В., Астахова Т.С. Антропоургические очаги чумы во Вьетнаме: прошлое и настоящее. Проблемы особо опасных инфекций. 2014; 4:29–35. DOI: 10.21055/0370-1069-2014-4-29-35.

8. Акиев А.К., Варшавский С.Н., Козакевич В.П. Природная очаговость чумы в Юго-Восточной Азии (Вьетнам). В кн.: Солдаткин И.С., редактор. Эпидемиология и профилактика чумы и холеры. Саратов; 1983. С. 43–52.

9. Motin V.L., Georgescu A.M., Elliott J.M. Hu P., Worsham P.L., Ott L.L., Slezak T.R., Sokhansanj B.A., Regala W.M., Brubaker R.R., Garcia E. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by PCR–based IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol–3–phosphate dehydrogenase (glpD). J. Bacteriol. 2002; 184(4):1019–27. DOI: 10.1128/jb.184.4.10191027.2002.

10. Куклев Е.В., Куклева Л.М., До Тхунг. Характеристика штаммов чумного микроба, выделенных на плато ТайНгуйен (Вьетнам) в 1990 году. В сб. работ: Тропцентр-91. М.: ЮНИФИР; 1992. С. 253–5.

11. Филиппов А.А., Солодовников Н.С., Куклева Л.М., Проценко О.А. Изучение плазмидного состава штаммов возбудителя чумы из разных природных очагов. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1992; 69(3):10–3.

12. Шведун Г.П., Савостина Е.П., Можаров О.Т., Плотников О.П. Плазмидный спектр штаммов чумного микроба из Вьетнама. В кн.: Актуальные проблемы профилактики особо опасных и природно-очаговых инфекционных болезней. Саратов; 1994. С. 173.

13. Guiyoule A., Grimont F., Iteman I. Grimont P.A., Lefиvre M., Carniel E. Plague pandemics investigated by ribotyping of Yersinia pestis strains. J. Clin. Microbiol. 1994; 32(3):634–41. PMID: 8195371. PMCID: PMC263099.

14. Сучков И.Ю., Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Арутюнов Ю.И., Шишияну М.В., Мишанькин Б.Н. VNTRгенотипы в коллекции природных штаммов Yersinia pestis из республики Вьетнам. В кн.: Современные технологии в диагностике особо опасных инфекционных болезней. Саратов; 2003. С. 177–80.

15. Куклева Л.М., Никифоров К.А., Альхова Ж.В., Романов Н.И., Носов Н.Ю., Фадеева А.В., Малахаева А.Н., Шарапова Н.А., Девдариани З.Л., Попов Ю.А., Ерошенко Г.А. Молекулярногенетические и фенотипические особенности штаммов возбудителя чумы, выделенных во Вьетнаме. Проблемы особо опасных инфекций. 2017; 4:45–9. DOI: 10.21055/0370-1069-2017-4-45-49.

16. Онищенко Г.Г., Кутырев В.В., редакторы. Лабораторная диагностика особо опасных инфекционных болезней. Практическое руководство. М.: ЗАО «Шико»; 2013. 560 с.

17. Kado C., Liu S. Rapid procedure for detection and isolation of large and small plasmids. J. Bacteriol. 1981; 145(3):365–73. PMID: 7009583. PMCID: PMC217141.