Проведен анализ информации по распространению COVID-19 в мире и в Российской Федерации, имеющейся по состоянию на 15.06.2020 г. Рассмотрена динамика и географическое распространение COVID-19 в Российской Федерации. Приведена структура заболеваемости по полу и возрасту заболевших COVID-19. Дана оценка основных эпидемиологических параметров (заболеваемость и летальность). Рассмотрены вопросы эффективности проводимых мер по борьбе с COVID-19.

Цель – оценить, насколько оправдался долгосрочный прогноз территориального распространения бешенства в Сибири и на Дальнем Востоке, опубликованный около 40 лет назад, и дать характеристику современных подходов к пространственному прогнозированию. Подвергнута критическому анализу концепция пространственного распространения бешенства в азиатской части России, разработанная в 80-е годы ХХ в. на основании сведений о регистрации бешенства за 1881–1980 гг. и зоогеографических данных. Тогда выделили пять неблагополучных по бешенству регионов и участки наиболее вероятного выноса инфекции. На первом этапе проведен обзор опубликованных работ за 1985–2019 гг., включая информационно-справочные издания. Отобраны сведения о случаях бешенства среди людей и животных, для которых можно было определить географические координаты. Картографирование проведено с использованием ГИС-технологий (программа «QGIS 3.12.0 и электронные ландшафтно-географические карты «Natural Earth» и «OpenStreetMap»). Сравнение картограмм за разные периоды времени показало, что заболеваемость регистрировалась, в основном, в пределах ранее обозначенных территорий риска. Однако частота заболевания людей в разных регионах не всегда соответствовала интенсивности эпизоотий и прогнозируемому риску. На следующем этапе для корректировки прогноза пространственно-временного распространения бешенства представлен обзор публикаций по применению молекулярно-генетических данных, ГИС-технологий и моделирования. Распространение трех основных клад вируса бешенства («steppe», «Arctiсlike», «Arctic») соответствовало неблагополучным по бешенству регионам, которые выделили ранее. Отмечено продвижение «лисьего» бешенства (клада «steppe») в северо-восточном направлении. В ряде случаев вспышки на юге Сибири и Дальнего Востока связаны с трансграничным заносом вируса бешенства. Представлены данные по скорости распространения волны эпизоотии, путям распространения и естественным барьерам. Коррекция прогноза пространственного распространения бешенства имеет значение для разработки стратегии борьбы с бешенством в регионе, включая оральную вакцинацию диких животных. 

Опасные вирусные инфекционные болезни представляют серьезную угрозу для жизни и здоровья людей, так как неконтролируемое их распространение приводит к развитию крупных вспышек и эпидемий. Быстрое и точное выявление возбудителя является важнейшей составляющей борьбы с инфекционными заболеваниями. Данный обзор посвящен петлевой изотермической амплификации (loop-mediated isothermal amplification, LAMP), являющейся одним из простых и надежных методов молекулярно-генетических исследований, отвечающих современным требованиям. Простота процедуры постановки анализа и учета полученных результатов, необходимая в условиях с минимальными возможностями лабораторной базы, позволяет рассматривать данный вид диагностических технологий как наиболее перспективный, позволяющий выявить генетические маркеры (ДНК или РНК) возбудителей опасных инфекционных болезней в максимально короткие сроки. Цель обзора состоит в обобщении и систематизации имеющихся на сегодняшний день данных о случаях применения LAMP для выявления РНК опасных инфекционных болезней, вызванных вирусами, относящимися к I группе патогенности (Эбола, Марбург, Ласса). В работе рассматриваются основные принципы реакции петлевой изотермической амплификации, компоненты, входящие в состав реакционной смеси и используемые для постановки анализа, а также способы детекции полученных результатов. При изучении имеющихся в литературных источниках сведений о достоинствах и недостатках LAMP показано, что во многих случаях изотермическая амплификация не уступает по чувствительности и специфичности основным молекулярно-генетическим методам диагностики, используемым в настоящее время. Рассмотрены также модификации, которые можно применять для ускоренной диагностики РНК-содержащих вирусов. 

В данной статье рассмотрена современная ситуация по высокопатогенному вирусу гриппа птиц в 2019 г. и сделан прогноз возможного дальнейшего распространения вирусов на территории России. В 2019 г. в мире отмечена циркуляция различных вариантов вируса, имеющих важное эпизоотологическое и эпидемиологическое значение. Зарегистрированы вспышки среди диких и домашних птиц, а также случаи заражения человека вирусами гриппа подтипов A/H5Nx, A/H7N9 и A/H9N2. В России в 2019 г. зарегистрировано только две вспышки, вызванные высокопатогенным вариантом вируса гриппа A/H5N8. Обе вспышки зафиксированы в первой и второй половине января на птицефабрике в Ростовской области. Помимо этого, в ходе мониторинга вируса гриппа птиц на территории Томской области в мае 2019 г. от дикой птицы выделен штамм вируса гриппа A/H14N7. В июне на территории Камчатского края выделен штамм подтипа A/H13N2, затем в августе 2019 г. вирус гриппа подтипа A/H13N6 выделен на территории Саратовской области. Выявлено, что некоторые штаммы вируса гриппа, выделяемые в России, имеют высокую степень идентичности со штаммами, циркулирующими в Юго-Восточной Азии. Это показано на примере филогенетического анализа вирусов гриппа A/H5Nx, выделенных ранее на территории Саратовской области и Социалистической Республики Вьетнам. Таким образом, в очередной раз доказано, что территория России играет важную географическую роль в глобальном распространении вируса гриппа птиц. 

Цель– мониторинг распространения холеры в мире, странах СНГ и Российской Федерации с оценкой рисков и чрезвычайных ситуаций, способствующих активизации эпидемического процесса. Несмотря на тенденцию к снижению в динамике заболеваемости холерой в мире, за период с 2010 по 2019 год эпидемии и крупные вспышки имели место в 96 странах мира. ВОЗ информировала о 2013 импортированных случаях холеры в страны Азии, Америки, в том числе Карибского бассейна, Европы и Австралии с Океанией. В 24 странах выявлены эндемичные по холере административные территории. По данным ВОЗ, снижение уровня заболеваемости холерой в Азии и Африке связано с проведением широкомасштабной вакцинации. При эпидемиологическом надзоре за холерой из поверхностных водоемов в 26 субъектах Российской Федерации изолировано 705 штаммов V. cholerae O1, о139 серогрупп, в том числе V. cholerae O1 ctxA⁺tcpA⁺– 10, V. cholerae O1 ctxA^–tcpA⁺ – 35, V. cholerae O1 ctxA^–tcpA^–– 655 и V. cholerae O139 ctxA^–tcpA^–– 5. Выявление штаммов с уникальными и ранее не встречающимися INDEL-генотипами свидетельствует об их заносном происхождении. Прогноз по холере в мире на 2020 г. с учетом установленной высокой степени активизации эпидемического процесса за счет социальных и природных рисков, обусловленных чрезвычайными ситуациями различного происхождения, наличия эндемичных очагов, завоза инфекции и других факторов риска, – неблагоприятный. Для России прогноз по холере определяется наличием внешних рисков, обусловленных продолжением седьмой пандемии, возможных завозов инфекции в субъекты страны, различные по типам эпидемических проявлений. 

Представлены данные по заболеваемости бруцеллезом в ряде стран мира в 2019 г. Проведена оценка эпизоотической и эпидемической ситуации по бруцеллезу в Российской Федерации в 2019 г. Установлено увеличение количества заболевшего бруцеллезом крупного рогатого скота на 14 % и первичных неблагополучных пунктов по бруцеллезу мелкого рогатого скота на 52 %. Эпизоотии болезни крупного рогатого скота преимущественно регистрировались на территориях Северо-Кавказского (63,5 %), Южного (19,9 %) и Приволжского федеральных округов (7,4 %). Основное количество неблагополучных по бруцеллезу пунктов мелкого рогатого скота, больных овец и коз выявлено в двух федеральных округах – Северо-Кавказском (36,8 %) и Южном (26,3 %). Эпидемические проявления бруцеллеза на территории Российской Федерации тесно связаны с активностью эпизоотического процесса среди основных эпидемически значимых видов сельскохозяйственных животных. В 2019 г. в России зарегистрировано 397 случаев заболевания людей бруцеллезом (0,27 ⁰/₀₀₀₀), в том числе 23 (0,08 ⁰/₀₀₀₀) среди несовершеннолетних. Количество заболевших и значение показателя заболеваемости в 2019 г. сопоставимы со среднемноголетними данными за последние 10 лет. Наибольшее количество случаев заболевания людей, как и в прошлые годы, установлено в Северо-Кавказском (278 случаев, 70,4 % от общего количества) и Южном (59 случаев, 14,9 %) федеральных округах. Отмечается увеличение относительно многолетних значений заболеваемости людей бруцеллезом в Республике Дагестан, Воронежской, Пензенской областях и Республике Калмыкия. На территориях этих субъектов в 2019 г. отмечалась напряженная эпизоотическая обстановка по бруцеллезу среди крупного и мелкого рогатого скота. С учетом текущей эпизоото-эпидемической обстановки и многолетней динамики развития ситуации по бруцеллезу в Российской Федерации, в 2020 г. можно прогнозировать заболеваемость людей на уровне средних многолетних значений – 0,23–0,27– 0,23–0,27 ⁰/₀₀₀₀.

Представлены результаты анализа эпидемиологической и эпизоотологической обстановки по сибирской язве в Российской Федерации и в мире в2019 г., приведен прогноз заболеваемости в россии на2020 г. в2019 г. в Российской Федерации зарегистрировано пять случаев заболевания людей кожной формой сибирской язвы в двух субъектах Северо-Кавказского федерального округа – в республике Дагестан (4) и Ставропольском крае (1), что на два случая больше по сравнению с2018 г. вспышки инфекции среди сельскохозяйственных животных и людей зафиксированы в странах ближнего зарубежья – Азербайджане, Армении, Белоруссии, Казахстане, Кыргызстане И Таджикистане. наибольшие показатели заболеваемости диких и сельскохозяйственных животных выявлены в ряде государств Азии и Африки. сибирская язва среди людей регистрировалась преимущественно в странах Африки, заражение происходило в основном алиментарным путем, реже – при контакте с тушами, мясом животных. уровень заболеваемости животных и людей сибирской язвой в Российской Федерации в 2020 г. будет во многом определяться полнотой учета и охвата специфической иммунизацией сельскохозяйственных животных и групп лиц профессионального риска заражения и при их полноценной реализации не будет превышать единичных случаев.

Цель обзора – характеристика эпидемиологической ситуации по глпс в мире, сравнительный анализ интенсивности и динамики эпидемического процесса ГЛПС в Российской Федерации в разрезе федеральных округов и прогноз на 2020 г. При анализе эпидемиологической ситуации использовались материалы официальных сайтов организаций здравоохранения США и Европы, ВОЗ, а также данные оперативного мониторинга, осуществляемого референс-центром по мониторингу за ГЛПС ФБУН «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии», на основании информации, представленной учреждениями Роспотребнадзора в субъектах Российской Федерации. В анализ вошли все данные по административным территориям России.Статистическая обработка проведена стандартными методами вариационной статистики с применением программы Excel. Эпидемиологическая ситуация по геморрагической лихорадке с почечным синдромом в мире и Российской Федерации остается напряженной. На территории Российской Федерации эпидемически активные очаги ГЛПС расположены в европейской части страны, Западной Сибири и на Дальнем Востоке. Заболеваемость за период с 2010 по 2019 год регистрировалась в 8 федеральных округах, в 58 субъектах. однако распределение заболеваемости населения по территории страны было не равномерным. В 97 % случаев заболеваемость регистрировалась на европейской части России. На территории Приволжского федерального округа заболеваемость ГЛПС составила 82,16 % от всей заболеваемости, зарегистрированной в целом по Российской Федерации. Высокая заболеваемость ГЛПС регистрируется и в Центральном федеральном округе. За последние 10 лет (2010–2019 гг.) отмечается рост заболеваемости ГЛПС в Центральном и Северо-Западном федеральных округах, снижение заболеваемости в Уральском и Дальневосточном федеральных округах. Существенное значение для распространения ГЛПС  за последние десятилетия имеет меняющаяся степень антропогенного воздействия на природные очаги ГЛПС и изменение климатических условий в виде повышения приземной температуры воздуха. Представлен прогноз развития эпидемиологической ситуации по ГЛПС в Российской Федерации в 2020 г.

Цель работы – провести сравнительную оценку иммуномодулирующего эффекта сочетанного применения вакцинного штамма Yersinia pestis EV НИИЭГ с препаратами «Полиоксидоний» и «Ингарон» на модели мышей линии BALB/c.

Материалы и методы. Мышей линии BALB/c подкожно иммунизировали культурой Yersinia pestis EV НИИЭГ в дозе 2,5·10⁴ м.к. (1 группа), в сочетании с ингароном в дозе 150 МЕ (2 группа) или с полиок- сидонием в дозе 4 мкг (3 группа), 4 группа – интактные мыши. На 3, 7, 21 и 90-е сутки после иммунизации оце- нивали субпопуляционный состав лимфоцитов, продукцию медиаторов клеточного ответа (INF-ɣ и IL-10), титры специфических антител к капсульному антигену чумного микроба (F1), ядерный аппарат лимфоцитов, а также характер гистологических изменений в органах мышей. Характеристику иммуногенной (протективной) актив- ности сочетанного применения Y. pestis EV НИИЭГ с иммуномодуляторами в отношении Y. pestis 231 в опытах на мышах линии BALB/c проводили на 21-е сутки после иммунизации, определяя количество павших животных и их среднюю продолжительность жизни.

Результаты и обсуждение. Сочетанное введение экспериментальным животным вакцинного штамма Y. pestis EV НИИЭГ с полиоксидонием или ингароном позволило установить раз- личия в реакции иммунной системы биомодели, обусловленные механизмом действия конкретного иммуномоду- лятора. Установлено, что как полиоксидоний, так и ингарон при сочетанном использовании с Y. pestis EV НИИЭГ усиливают у экспериментальных животных реакцию со стороны иммунокомпетентных клеток, способствуют активации гуморального ответа и продукции медиаторов клеточного ответа, не оказывают повреждающего дей- ствия на ткани макроорганизма. В то же время эффективность применения сочетанной вакцинации Y. pestis EV НИИЭГ с иммуномодуляторами в тесте заражения мышей подтверждена только для полиоксидони

Цель исследования – выявить эпидемиологические особенности вспышки ГЛПС на территории Саратовской области в2019 г. и установить ведущие факторы, повлиявшие на интенсивность эпидемического процесса.

Материалы и методы. В статье использованы данные о 2702 случаях заболевания ГЛПС, зарегистрированных на территории Саратовской области в2019 г., полученные из Управления Роспотребнадзора по Саратовской области и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Саратовской области». Основным методом исследования стал эпидемиологический с использованием современных информационных технологий.

Результаты и обсуждение. Ретроспективный анализ эпидемических проявлений ГЛПС в Саратовской области показал, что вспышка ГЛПС 2019 г. стала самой масштабной за весь период регистрации болезни как по числу больных (2702 случая заболевания), так и по длительности течения. Характерными особенностями вспышки следует считать раннее начало роста заболеваемости (май) и приуроченность большинства случаев заражения к территории природного парка «Кумысная поляна» (75 %). Проведено эпидемиологическое районирование Саратовской области, позволившее выделить четыре типа территорий, отличающихся по уровню риска заражения ГЛПС (очень высокий, высокий, средний и низкий), а также установить наиболее опасные в плане заражения ГЛПС территории Саратова. Основными факторами, повлиявшими на резкий рост заболеваемости ГЛПС, послужили высокая численность инфицированных грызунов в весенний период2019 г., обусловленная относительно мягкой и чрезвычайно снежной зимой 2018–2019 гг.; сокращение лесотехнических работ, направленных на перевод очаговой территории в лесопарковое состояние. Изменение характера эксплуатации 9 % территории природного парка «Кумысная поляна», повлекло за собой увеличение частоты контактов населения с природно-очаговыми комплексами. Массовое посещение населением природного очага в ранневесенний период на фоне низкой настороженности о рисках заражения ГЛПС обусловило взрывной рост заболеваемости ГЛПС.

HtpG (высокотемпературный белок G – high-temperature protein G) – бактериальный гомолог высококонсервативного молекулярного шаперона Hsp90 эукариот, играющего важную роль в защите от стресса у многих бактерий. Роль продукта гена htpG, кодирующего синтез высокотемпературного белка G прокариот, в патогенезе бактериальных инфекций до настоящего времени остается не ясной.

Цель работы – изучить функциональную важность HtpG в патогенезе чумы.

Материалы и методы. Аминокислотную последовательность HtpG анализировали с использованием программы BLAST. С помощью сайт-направленного мутагенеза гена htpG (YPO3119) получили изогенные наборы на основе аттенуированного и вирулентных штаммов Yersinia pestis. Свойства полученных мутантов оценивали с использованием микробиологических и биологических методик.

Результаты и обсуждение. Проведенный биоинформационный анализ показал высокую консервативность белка HtpG внутри вида Y. pestis (100 % идентичности), а также 99 % идентичности с белком Y. pseudotuberculosis и 96 % идентичности с белком Y. enterocolitica. Штамм Y. pestis с делецией htpG проявлял чувствительность к температурному и оксидативному стрессу, обладая фенотипом, общим для htpG мутантов других бактериальных видов. Однако мутант не был чувствителен к осмотическому стрессу и комплементу сыворотки крови человека. Утрата чумным микробом способности к синтезу HtpG не оказывала влияния на вирулентность и средние сроки жизни мышей и морских свинок при подкожном способе заражения, что свидетельствует о неперспективности его использования в качестве молекулярной мишени для терапии и/или вакцинопрофилактики чумы.

Целью исследования стало проведение полногеномного секвенирования вакцинного штамма Francisella tularensis 15 НИИЭГ, а также определение на основании полученных результатов его филогенетических связей и особенностей генетической организации.

Материалы и методы. Полногеномное секвенирование штамма F. tularensis 15 НИИЭГ осуществляли на платформах Ion PGM (Ion Torrent, США) и MinIon (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания). Выравнивание полученных прочтений на полный геном штамма F. tularensis subsp. holarctica LVS (CP009694, США, 2015 г.) осуществляли с помощью программного пакета DNASTAR Lasergene 15.3. Гибридную сборку ридов в контиги осуществляли с помощью программы Unicycler v. 0.4.4, используя данные, полученные по технологии полупроводникового секвенирования (Ion PGM) и секвенирования через нанопоры (MinIon). Филогенетический анализ выполняли на основе данных о найденных единичных нуклеотидных заменах (SNPs), находящихся в коровой части генома F. tularensis. Для построения дендрограммы по полученным данным общей SNP-матрицы использовали алгоритм Maximum parsimony.

Результаты и обсуждение. Подтверждено близкое родство штамма F. tularensis 15 НИИЭГ с вакцинным штаммом F. tularensis LVS, который используется в странах Западной Европы и Северной Америки. При поиске общих единичных мутаций, характерных для вакцинных штаммов F. tularensis 15 НИИЭГ и LVS, найдены 5 уникальных SNPs, отличающих их от других 228 штаммов F. tularensis, используемых при сравнении. Геномный анализ вакцинного штамма F. tularensis 15 НИИЭГ относительно вирулентных штаммов выявил в его структуре две протяженные делеции размером 526 п.н. (гены pilA и pilE) и 1480 п.н. (гены, кодирующие липопротеин). Аналогичные делеции присутствуют и в геноме вакцинного штамма F. tularensis LVS.

Цель работы – выявление молекулярно-генетических особенностей, полногеномное секвенирование и фило- генетический анализ штаммов Yersinia pestis, выделенных во Вьетнаме в период 1962–1989 гг.

Материалы и методы. Проведено изучение свойств 50 штаммов Y. pestis, полногеномное секвенирование 18 и фрагментное секвенирование 32 штаммов из Вьетнама. Филогенетический анализ выполнен по данным полногеномного SNP- анализа на основе 1391 выявленного SNP. Полногеномный SNP-анализ и поиск маркерных SNPs выполняли с помощью программы Wombac 2.0. Построение филогенетического дерева проводили с использованием алгоритма Maximum Likelihood.

Результаты и обсуждение. Определено наличие нескольких филогенетических ветвей и популяций Y. pestis, соответствующих географическому и историческому распространению штаммов. Основная часть штаммов из Вьетнама относится к ветви, обозначенной нами 1.ORI2v. Два штамма составляют отдельную ветвь вместе со штаммом из Индии линии 1.ORI2, еще один штамм 55-801 Saigon располагается обособленно среди штаммов линии 1.ORI1. На основании полученных данных и литературных источников можно предполо- жить, что проникновение чумы во Вьетнам происходило несколько раз: в город Нячанг в 1898 г. морским путем, в северные провинции страны – в 1908 г. Вторая волна распространения штаммов Y. pestis по территории Вьетнама началась с 60-х годов XX в. с появлением штаммов из природного очага чумы в провинции Юньнань в Китае.

Цель исследования – провести дифференциацию административных районов Забайкальского края в период спада заболеваемости клещевым вирусным энцефалитом (КВЭ) на группы эпидемиологического риска и охарактеризовать их по объему мер специфической и неспецифической профилактики.

Материалы и методы. Ретроспективный анализ эпидемиологической обстановки по КВЭ основан на данных формы № 2 статистической отчетности «Сведения об инфекционных и паразитарных заболеваниях» за 2009–2019 гг. и других материалах Управления Роспотребнадзора по Забайкальскому краю. Путем расчета 95 % доверительного интервала для среднемноголетних показателей числа случаев КВЭ за 10-летний период в муниципальных образованиях края и оценки принадлежности отклоняющихся значений к исследуемой совокупности проведена разбивка районов на группы с различным уровнем эпидемиологического риска.

Результаты и обсуждение. Из 32 районов Забайкальского края 24 являются эндемичными по КВЭ. Последние разделены на пять групп: с очень высоким показателем эпидемиологического риска (2 района), с высоким (5), средним (8) и низким (8), а также административный центр субъекта, который по всему комплексу показателей (проявление болезни, плотность населения, факторы направленного снижения КВЭ, социально-бытовые и экономические условия) не может рассматриваться совместно с другими МО. Каждая группа районов охарактеризована по числу случаев и инцидентности КВЭ, обращаемости людей, пострадавших от присасывания клещей, в медицинские организации, объемам вакцинации, серопрофилактики, площадям акарицидных обработок. Даны рекомендации по необходимому комплексу и объемам мер профилактики КВЭ в группах административных районов, различающихся по уровню эпидемиологического риска.

Цель работы – разработка технологии получения положительных контрольных образцов на основе рекомбинантных ретровирусных частиц, а также ее применение при создании наборов реагентов для выявления РНК возбудителей опасных и особо опасных вирусных инфекций методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией.

Материалы и методы. Для выполнения исследований использованы молекулярнобиологические, генно-инженерные и иммунологические методы: полимеразная цепная реакция, рестрикция, лигирование, клонирование, трансформация, трансфекция и цитофлуориметрия.

Результаты и обсуждение. Разработана и апробирована технология получения положительных контрольных образцов на основе рекомбинантных вирионов, включающая в себя создание генноинженерной конструкции на базе ретровирусного вектора с клонированной в него диагностической последовательностью вирусного генома; получение «пакующей» клеточной линии, продуцирующей химерные ретровирусные частицы; определение титра рекомбинантных вирионов методом проточной цитометрии и полимеразной цепной реакции; использование полученного на их основе препарата в качестве положительного контрольного образца при ПЦР-диагностике инфекционного агента. Технология использования ретровирусных векторов как носителей фрагментов РНК-геномных вирусов применена при разработке тест-систем для ПЦР-диагностики опасных и особо опасных вирусных инфекций, что позволило повысить эксплуатационные качества диагностических наборов и исключить на этапе их производства работу с концентрированными инфекционными агентами, относящимися к 3 и 4 группам риска по классификации ВОЗ (вирусы Ласса, клещевого энцефалита, лимфоцитарного хориоменингита и возбудители геморрагической лихорадки с почечным синдромом).

Цель исследования – анализ генетических маркеров вируса клещевого энцефалита, которые можно использовать для специфичной индикации максимально большего числа штаммов и изолятов вируса.

Материалы и методы. В качестве амплифицируемого материала использовалась плазмидная ДНК и нуклеиновые кислоты клещей рода Ixodes и Dermacentor. Полимеразную цепную реакцию осуществляли на амплификаторе «C1000» с оптическим блоком «CFX96» (BioRad). Видовое (штаммовое) разнообразие выявляемых с применением анализируемых генетических маркеров организмов определяли в программной утилите «nBLAST». Дизайн нуклеотидных последовательностей праймеров и зондов проводили, используя программу «Vector NTI 9.1.0» (Invitrogen Corporation). Выделение нуклеиновых кислот производили методом магнитной сорбции с комплектом реагентов «МАГНО-сорб». Праймеры и зонды синтезировали в ЗАО «Евроген» (Москва, Россия). Для ПЦР использовались реактивы производства ЗАО «Синтол» (Москва, Россия).

Результаты и обсуждение. При индикации генома вируса клещевого энцефалита основным критерием выбора маркерной последовательности является специфичное выявление нуклеиновых кислот только искомого микроорганизма. Для поиска специфичной маркерной нуклеотидной последовательности произведен анализ полногеномных нуклеотидных последовательностей различных штаммов и изолятов вируса клещевого энцефалита. Взаимное сравнение всех указанных выше геномов позволило определить семь условно консервативных локусов, характеризующихся минимальной вариабельностью нуклеотидов. Опираясь в дальнейшей работе на результаты выравнивания нуклеотидных последовательностей изолятов вируса клещевого энцефалита, в том числе учитывая нуклеотидные последовательности гетерогенных микроорганизмов, выполнен дизайн праймеров и зондов для амплификации каждого из маркерных локусов, наиболее аналитически значимые олигонуклеотиды разработаны на основе локусов 4 и 7. Амплификация с олигонуклеотидными затравками для индикации вируса клещевого энцефалита была результативной как в отдельной ПЦР с положительным контролем, так и в сочетании с ДНК клещей.

Цель работы – оценка современной эпизоотической ситуации в приграничной с Российской Федерацией части Хархира-Тургенского природного очага чумы Монголии.

Материалы и методы. Эпизоотологическое обследование проведено на площади 2715,5 км² . На обнаружение возбудителя чумы исследовано 213 проб полевого материала из них: 90 проб – мелкие млекопитающие, 102 пробы – эктопаразиты, 17 проб – остатки стола хищных птиц и сухих костные останки монгольских сурков, 4 пробы – погадки хищных птиц. Лабораторная деятельность осуществлялась в «Микробиологической лаборатории экспресс диагностики» на базе автомобиля ГАЗель. Исследования полевого материала проводились с использованием иммунохроматографического (ИХ) анализа и полимеразной цепной реакции (ПЦР). Пробы с положительной реакцией в ПЦР и ИХ тестах далее исследовали бактериологическим методом. При проведении эпизоотологического обследования использованы ГИС-инструменты. Все полученные результаты наносились на электронные карты в программе QGIS 2.18.26.

Результаты и обсуждение. Капсульный антиген (F1) Yersinia pestis обнаружен в трех (1,4 %) исследуемых образцах (n=213), ДНК чумного микроба – в восьми (3,7 %). При бактериологическом исследовании положительно реагирующих проб из одной – остатки стола хищных птиц (монгольский сурок), выделена культура возбудителя чумы основного подвида Y. pestis. Осуществлено географическое позиционирование точек эпизоотологического обследования, положительных находок при иммунологических и молекулярно-генетических исследованиях. Результаты эпизоотологического обследования свидетельствуют об активной фазе циркуляции возбудителя чумы основного подвида в Хархира-Тургенском природном очаге Монголии. 

Обнаружение на юге России (район Большого Сочи, Черноморское побережье Кавказа) комаров Aedes аlbopictus позволило предположить возможность их завоза в Крым.

 Цель работы – определение возможности существования на территории полуострова эпидемически значимого переносчика – комара Ae. albopictus.

Материалы и методы. В рамках энтомологического мониторинга проводился сбор комаров с мая по октябрь 2018 г. и с мая по сентябрь 2019 г. на разных административных территориях Крыма: Бахчисарайский, Джанкойский, Раздольненский, Сакский, Черноморский районы, города Симферополь, Севастополь и Феодосия. Взрослые комары отбирались автоматической ловушкой Mosquito Magnet® Executive (США) с приманкой на основе октенола. Активно атакующих самок собирали с помощью аспиратора по методу Гуцевича. Отлов проводился в вечерние и ночные часы. Всего осуществлено 26 выездов, отработано 77 ч и отловлено 8463 экземпляра комаров (имаго и личинок).

Результаты и обсуждение. При энтомологическом мониторинге территории Крымского полуострова впервые обнаружены кровососущие комары Aedes (Stegomyia) albopictus (Skuse, 1895). Учитывая благоприятные климатические условия Крыма, тенденцию к глобальному потеплению климата, адаптацию комаров в холодный период, особенности биологии Aedes albopictus, а также распространение этого вида в европейской части юга России, возможно формирование и распространение стабильно воспроизводящейся популяции переносчика на территории полуострова. Для подтверждения циркуляции в Крыму самостоятельной популяции Ae. albopictus, а не случайного завоза взрослых особей, погибающих зимой, необходимо дальнейшее проведение регулярных энтомологических обследований. 

В статье приведены данные об эпидемиологической обстановке по COVID-19 в Республике Узбекистан. По состоянию на 29.06.2020 г. в стране зарегистрирован 8031 лабораторно подтвержденный случай заболевания COVID-19. Отмечено 22 случая смерти. Описана национальная стратегия по предупреждению заноса инфекции на территорию страны и дальнейшего распространения среди населения. Охарактеризован комплекс мероприятий по реагированию на распространение COVID-19 в Республике Узбекистан. Представлены меры по оказанию Республикой Узбекистан поддержки странам-партнерам в борьбе с COVID-19.

Цель исследования – разработка эффективного метода пулирования проб для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 с помощью ПЦР, а также оценка данного подхода с различными тест-системами.

Материалы и методы. Выявление РНК коронавируса SARS-CoV-2 проводилось в пробах, содержащих образцы мазков из носа людей, помещенных в транспортную среду. Пять образцов объединяли в один пул для выполнения анализа. Оценку эффективности метода пулирования «в одной пробирке» для выполнения массовых исследований на COVID-19 проводили с помощью тест-систем «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG-19» (Россия), «АртТест COVID- 19» (Республика Беларусь) и «BioSpeedy» (Турция).

Результаты и обсуждение. Всего исследовано 587 пулов образцов, составленных из 2935 исследуемых проб, в которых обнаружено и подтверждено методом ПЦР 56 образцов, содержащих РНК SARS-CoV-2. Результаты применения метода пулирования коррелировали с данными, полученными без пулирования образцов. Среднее значение отклонения цикла составляло в среднем 2 C_t, кривая флуоресценции положительных образцов соответствовала «S» форме.