Первичные мутации лекарственной устойчивости вируса гепатита C у пациентов с впервые выявленной ВИЧ-инфекцией

Цель. Оценка распространенности первичных мутаций лекарственной устойчивости ВГС в гене NS5b у пациентов с впервые выявленной инфекцией ВИЧ.

Материалы и методы. Материалом исследования служили 196 бразцов плазмы крови пациентов, проживающих на территории СЗ ФО, с впервые выявленным ВИЧ.  Образцы обследовали на наличие антител анти-HCV и РНК ВГС . В случае выявления РНК ВГС осуществляли амплификацию с использованием трех пар праймеров, совместно  фланкирующих ген NS5b. После секвенирования нуклеотидной последовательности указанного гена определяли субтип вируса и выявляли мутации лекарственной устойчивости.

Результаты и обсуждение. Антитела к ВГС выявлены у 18,87 % ВИЧ -инфицированных лиц, РНК ВГС – у 18,36 % пациентов, включая 89,18 % анти-ВГС  -позитивных и 1,88 % анти-ВГС -негативных больных. Показано, что ко-инфекция чаще встречается у мужчин (77,8 %), чем у женщин (22,2 %). Выявлено отличие по вирусной нагрузке ВИЧ между группами с моноинфекцией ВИЧ и с ко-инфекцией ВИЧ + ВГС , показано достоверное отличие групп по количеству CD4+ лифоцитов. При филогенетическом анализе субтипы ВГС распределены следующим образом: ВГС 1b – 47,2 %, ВГС 3а – 30,6 %, ВГС 1а – 13,9 %, ВГС 2а – 5,5 % и единственный образец определен как ВГС 2k – 2,8 %. В девяти образцах (25 %) обнаружены мутации NS5b в положениях, связанных с развитием лекарственной устойчивости ВГС , в том числе по два образца среди ВГС генотипов 1а и 3а, а также пять образцов среди ВГС 1b. Мутации среди ВГС 1а представляли собой замены C316Y и N444D, среди ВГС 1b выявлены замены C316N, C451S, S556N/G. У пациентов с ВГС 3а выявлены два образца с мутацией D310N, ассоциированной с неблагоприятным прогнозом заболевания. Полученные  данные рационально использовать для оценки динамики распространенности первичной фармакорезистентности ВГС среди ВИЧ -инфицированных лиц. 

1. Petruzziello A., Marigliano S., Loquercio G., Cozzolino A., Cacciapuoti C. Global epidemiology of hepatitis C virus infection: an up-date of the distribution and circulation of hepatitis C virus genotypes. World J. Gastroenterol. 2016; 22(34):7824–40. DOI: 10.3748/wjg.v22.i34.7824.

2. Мукомолов С.Л., Левакова И.А. Эпидемиологическая характеристика хронических вирусных гепатитов в Российской Федерации в 1999–2009 гг. Инфекция и иммунитет. 2011; 1(3):255–62. DOI: 10.15789/2220-7619-2011-3-255-262.

3. Borgia S.M., Hedskog C., Parhy B., Hyland R.H., Stamm L.M., Brainard D.M., Subramanian M.G., McHutchison J.G., Mo H., Svarovskaia E., Shafran S.D. Identification of a novel hepatitis C virus genotype from Punjab, India: expanding classification of hepatitis C Virus into 8 genotypes. J. Infect. Dis. 2018; 218(11):1722–9. DOI: 10.1093/infdis/jiy401.

4. Gower E., Estes C., Blach S., Razavi-Shearer K., Razavi H. Global epidemiology and genotype distribution of the hepatitis C virus infection. J. Hepatol. 2014; 61(1):S45–57. DOI: 10.1016/j.jhep.2014.07.027.

5. Messina J.P., Humphreys I., Flaxman A., Brown A., Cooke G.S., Pybus O.G., Barnes E. Global distribution and prevalence of hepatitis C virus genotypes. Hepatology. 2015; 61(1):77–87. DOI: 10.1002/hep.27259.

6. Соболева Н.В., Карлсен А.А., Кожанова Т.В., Кичатова В.С., Клушкина В.В., Исаева О.В., Игнатьева М.Е., Романенко В.В., Ооржак Н.Д., Малинникова Е.Ю., Кюрегян К.К., Михайлов М.И. Распространенность вируса гепатита С среди условно здорового населения Российской Федерации. Журнал инфектологии. 2017; 9(2):56–64. DOI: 10.22625/2072-6732-2017-9-2-56-64.

7. Asselah T., Boyer N., Saadoun D., Martinot-Peignoux M., Marcellin P. Direct-acting antivirals for the treatment of hepatitis C virus infection: optimizing current IFN-free treatment and future perspectives. Liver Int. 2016; 36(1):47–57. DOI: 10.1111/liv.13027.

8. World Health Organization. Global health sector strategy on viral hepatitis, 2016–2021: towards ending viral hepatitis. 2016. [Электронный ресурс]. URL: http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/246177/1/WHO-HIV-2016.06-eng.pdf (дата обращения 11.05.20).

9. Salazar-Vizcaya L., Kouyos R.D., Metzner K.J., Caraballo Cortes K., Böni J., Shah C., Fehr J., Braun D.L., Bernasconi E., Mbunkah H.A., Hoffmann M., Labhardt N., Cavassini M., Rougemont M., Günthard H.F., Keiser O., Rauch A. Swiss HIV cohort study. Changing trends in international versus domestic HCV transmission in HIV-positive men who have sex with men: a perspective for the direct-acting antiviral scale-up era. J. Infect. Dis. 2019; 220(1):91–9. DOI: 10.1093/infdis/jiz069.

10. Kouyos R.D., Rauch A., Böni J., Yerly S., Shah C., Aubert V., Klimkait T., Kovari H., Calmy A., Cavassini M., Battegay M., Vernazza P.L., Bernasconi E., Ledergerber B., Günthard H.F. Swiss HIV cohort study (SHCS). Clustering of HCV coinfections on HIV phylogeny indicates domestic and sexual transmission of HCV. Int. J. Epidemiol. 2014; 43(3):887–96. DOI: 10.1093/ije/dyt276.

11. Martin N.K., Boerekamps A., Hill A.M., Rijnders B.J.A. Is hepatitis C virus elimination possible among people living with HIV and what will it take to achieve it? J. Int. AIDS Soc. 2018; 2:e25062. DOI: 10.1002/jia2.25062.

12. Thornton A.C., Jose S., Bhegani S., Chadwick D., Dunn D., Gilson R., Main J., Nelson M., Rodger A., Taylor C., Youssef E., Leen C., Gompels M., Kegg S., Schwenk A., Sabin C. UK Collaborative HIV cohort (UK CHIC) steering committee. Hepatitis B, Hepatitis C, and mortality among HIV-positive individuals. AIDS. 2017; 31(18):2525–32. DOI: 10.1097/QAD.0000000000001646.

13. Thompson A.J., McHutchison J.G. Antiviral resistance and specifically targeted therapy for HCV (STAT-C). J. Viral. Hepat. 2009; 16:377–87. DOI: 10.1111/j.1365-2893.2009.01124.x.

14. Welzel T.M., Bhardwaj N., Hedskog C., Chodavarapu K., Camus G., McNally J., Brainard D., Miller M.D., Mo H., Svarovskaia E., Jacobson I., Zeuzem S., Agarwal K. Global epidemiology of HCV subtypes and resistance-associated substitutions evaluated by sequencing-based subtype analyses. J. Hepatol. 2017; 67(2):224–36. DOI: 10.1016/j.jhep.2017.03.014.

15. Kumar S., Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 2016; 33(7):1870–4. DOI: 10.1093/molbev/msw054.5.

16. Chamie G., Bonacini M., Bangsberg D.R., Stapleton J.T., Hall C., Overton E.T., Scherzer R., Tien P.C. Factors associated with seronegative chronic hepatitis C virus infection in HIV infection. Clin. Infect. Dis. 2007; 44:577–83. DOI: 10.1086/511038.

17. Gul A., Ali I., Gul N., Ahmed J. Amino acid mutations in NS5B protein among treatment-naive genotype 3a infectedpatients. J. Coll. Physicians Surg. Pak. 2019; 29(12):1149–52.

18. Asahina Y., Izumi N., Enomoto N., Uchihara M., Kurosaki M., Onuki Y., Nishimura Y., Ueda K., Tsuchiya K., Nakanishi H., Kitamura T., Miyake S. Mutagenic effects of ribavirin and response to interferon/ribavirin combination therapy in chronic hepatitis C. J. Hepatol. 2005; 43(4):623–29. DOI: 10.1016/j.jhep.2005.05.032.

19. Wyles D.L., Luetkemeyer A.F. Understanding hepatitis C virus drug resistance: clinical implications for current and future regimens. Top. Antivir. Med. 2017; 25(3):103–9.

20. Nelson D.R., Cooper J.N., Lalezari J.P., Lawitz E., Pockros P.J., Gitlin N. All-oral 12-week treatment with daclatasvir plus sofosbuvir in patients with hepatitis C virus genotype 3 infection: ALLY-3 phase III study. Hepatology. 2015; 61(4):1127–35. DOI: 10.1002/hep.27726.

21. Bagaglio S., Uberti-Foppa C., Messina E., Merli M., Hasson H., Andolina A., Galli A., Lazzarin A., Morsica G. Distribution of natural resistance to NS3 protease inhibitors in hepatitis C genotype 1a separated into clades 1 and 2 and in genotype 1b of HIVinfected patients. Clin. Microbiol. Infect. 2016; 22(4):386.e1-3. DOI: 10.1016/j.cmi.2015.12.007.

22. Wu R., Geng D., Chi X., Wang X., Gao X., Xu H., Shi Y., Guan Y., Wang Y., Jin J., Ding Y., Niu J. Computational analysis of naturally occurring resistance-associated substitutions in genes NS3, NS5A, and NS5B among 86 subtypes of hepatitis C virus worldwide. Infect. Drug Resist. 2019; 12:2987–3015. DOI: 10.2147/IDR.S218584.

23. Simmonds P. Genetic diversity and evolution of hepatitis C virus – 15 years on. J. Gen. Virol. 2004; 85(11):3173–88. DOI: 10.1099/vir.0.80401-0.

24. Paolucci S., Fiorina L., Mariani B., Gulminetti R., Novati S., Barbarini G., Bruno R., Baldanti F. Naturally occurring resistance mutations to inhibitors of HCV NS5A region and NS5B polymerase in DAA treatment-naïve patients. Virol. J. 2013; 10:355. DOI: 10.1186/1743-422X-10-355.

25. Suzuki F., Sezaki H., Akuta N., Suzuki Y., Seko Y., Kawamura Y., Hosaka T., Kobayashi M., Saito S., Arase Y., Ikeda K., Kobayashi M., Mineta R., Watahiki S., Miyakawa Y., Kumada H. Prevalence of hepatitis C virus variants resistant to NS3 protease inhibitors or the NS5A inhibitor (BMS-790052) in hepatitis patients with genotype 1b. J. Clin. Virol. 2012; 54(4):352–4. DOI: 10.1016/j.jcv.2012.04.024.

26. Welsch C., Schweizer S., Shimakami T., Domingues F.S., Kim S., Lemon S.M., Antes I. Ketoamide resistance and hepatitis C virus fitness in val55 variants of the NS3 serine protease. Antimicrob. Agents Chemother. 2012; 56:1907–15. DOI: 10.1128/AAC.05184-11.

27. Fridell R.A., Wang C., Sun J.H., O’Boyle D.R., Nower P., Valera L., Qiu D., Roberts S., Huang X., Kienzle B., Bifano M., Nettles R.E., Gao M. Genotypic and phenotypic analysis of variants resistant to hepatitis C virus nonstructural protein 5A replication complex inhibitor BMS-790052 in humans: in vitro and in vivo correlations. Hepatology. 2011; 54(6):1924–35. DOI: 10.1002/hep.24594.

28. Kichatova V.S., Kyuregyan K.K., Soboleva N.V., Karlsen A.A., Isaeva O.V., Isaguliants M.G., Mikhailov M.I. Frequency of interferon-resistance conferring substitutions in amino acid positions 70 and 91 of core protein of the Russian HCV 1b isolates analyzed in the T-cell epitopic context. J. Immunol. Res. 2018; 7:7685371. DOI: 10.1155/2018/7685371.

29. Tsui J.I., Ko S.C., Krupitsky E., Lioznov D., Chaisson C.E., Gnatienko N., Samet J.H. Insights on the Russian HCV Care Cascade: Minimal HCV Treatment for HIV/HCV co-infected PWID in St. Petersburg. Version 2. Hepatol. Med. Policy. 2016; 1:13. DOI: 10.1186/s41124-016-0020-x.

30. Яшечкин Ю.И., Найденова Е.В., Бугоркова Т.В., Щербакова С.А. Создание базы данных по характеристикам нуклеотидных последовательностей геномов штаммов возбудителей бактериальных и вирусных инфекций I–II групп патогенности. Проблемы особо опасных инфекций. 2013; 1:70–3. DOI: 10.21055/0370-1069-2013-1-70-73