Природные очаги чумы – особо опасного трансмиссивного зооноза – широко распространены по всему миру, включая территории России и ряда сопредельных стан Центральной Азии. В 2000–2019 гг. в 21 стране мира отмечено 28339 случаев заболеваний чумой, смертность от болезни составила 8,0 %. Активные проявления чумы связаны с ростом численности носителей и переносчиков, увеличивающих риск инфицирования населения. Профилактические мероприятия по чуме, направленные на предупреждение и ликвидацию эпидемических очагов, включают целый комплекс (систему) мер. Наиболее радикальными из них остаются дезинсекция и дератизация. Контроль численности носителей и переносчиков чумы предусматривает ее снижение до уровней, при которых эпизоотии не развиваются, подавляются или ликвидируются. В настоящее время в России и странах СНГ при планировании и проведении истребительных мероприятий основное внимание акцентируют на полевой и поселковой дезинсекции. Снижение численности блох – носителей и переносчиков чумного микроба – приводит к нарушению эпизоотического процесса и, как следствие, обеспечению эпидемиологического благополучия по этому опасному заболеванию. Инсектицидные обработки в природных биотопах осуществляются порошковидными или аэрозольным средствами из групп пиретроидов, фосфорорганических соединений и фенилпиразолов с помощью современного оборудования: ранцевых дустеров, моторных воздуходувок, генераторов тумана. В населенных пунктах проводят влажную дезинсекцию с помощью разбрызгивателей. Полевая дератизация возможна только по эпидемиологическим показаниям на локальных участках эпизоотий в границах конкретных зараженных чумой поселений носителей. В качестве родентицидов используют приманочные средства на  основе фосфида цинка или антикоагулянтов. При этом не допускается уничтожения ценных промысловых животных, узкоареальных и редких видов мелких млекопитающих. Поселковая дератизация обязательно проводится вместе с поселковой дезинсекцией. При планировании и проведении инсектицидных и родентицидных обработок первоочередное внимание уделяют безопасности обращения с химическими препаратами и недопущению  их негативного воздействия на нецелевые виды животных. 

Эндемичность холеры в Индии хорошо изучена. Среди ряда других эндемичных регионов Индийский субконтинент, по-видимому, является местом формирования нескольких вариантов холерных вибрионов, впоследствии распространившихся по всему миру. Напротив, в России все зарегистрированные случаи холеры имели завозное происхождение. В прошлом столетии такие завозы могли приводить к эпидемиям, которые заканчивались вместе с элиминацией токсигенных штаммов Vibrio cholerae (TVC) из пораженных регионов. В настоящее время выделение TVC как из водоемов, так и от возвратившихся из азиатских стран больных, является редкостью, в основном благодаря постоянному мониторингу и контролю. Кроме того, климатические условия большинства областей России неблагоприятны для длительного выживания возбудителя во внешней среде. Однако глобальные изменения климата, сопровождающиеся неожиданными аномалиями в ранее стабильных климатических зонах, могут способствовать распространению отдельных завозных TVC, что может привести к эпидосложнениям по холере. В некоторых регионах России сезонные погодные условия очень похожи на индийские. Молекулярные исследования штаммов из разных мест выделения показывают, что TVC распространились на новые территории и приобрели дополнительные свойства, отсутствующие у их недавних предшественников.
В настоящей работе описаны геномные характеристики TVC, выделенных в России, Индии и некоторых других странах. Обзор дополнен биоинформатическим анализом генетических маркеров, значимых для дифференциации клонов, появившихся в  эндемичных регионах и завезенных на территории, где холера прежде отсутствовала. Мы нашли добавочные свидетельства в пользу первичного индийского происхождения недавно возникших геновариантов и их продолжающейся трансформации, включая появление нового аллеля гена rtxA с делецией 60 п.н. в дополнение к ранее известной null-мутации. В определенных условиях TVC могут представлять потенциальную угрозу распространения эпидемической холеры в России и на других территориях. Борьба с  холерой требует совместных усилий исследователей, направленных на получение знаний о возбудителе на молекулярном уровне, в целях разработки эффективных стратегий защиты человечества во всем мире. 

Продолжающаяся пандемия COVID-19 в мире и в России остается главным событием 2020 г. Во всем мире проводятся исследования по всестороннему изучению закономерностей и проявлений эпидемического процесса COVID-19. Для разработки системы эпидемиологического надзора важное значение имеют основные количественные характеристики динамики распространения SARS-CoV-2 в популяции, основанные на материалах официального мониторинга за текущей ситуацией.

Цель исследования – изучение особенностей гендерно-возрастной структуры пациентов с COVID-19 в Москве.

Материалы и методы. Проведен ретроспективный эпидемиологический анализ данных по изучению гендерно-возрастной структуры заболевших COVID-19 в период с 6 марта по 6 июля 2020 г. в различные фазы развития эпидемии в Москве. 

Результаты и обсуждение. Средний возраст заболевших COVID-19 в Москве за изучаемый период составил (46,41±20,58) года. Гендерная пропорция среди заболевших COVID-19 в Москве составляла 52,7/47,3 %, при этом показатели варьировали в зависимости от возраста. Соотношение мужчины/женщины в возрастной группе «до 39 лет» составляло 53,7/46,3 %, а у пациентов старше 40 лет – 39,3/60,7 %. В группе мужчин, заболевших COVID-19, превалировали пациенты в возрасте 19–39 лет (35,4 %), тогда как среди женщин – больные в возрасте 40–59 лет (36,5 %). Возрастная структура пациентов в Москве указывает на то, что COVID-19 является заболеванием, в первую очередь, лиц старших возрастных групп. Возрастная структура всех заболевших COVID-19 за период наблюдения характеризуется преобладанием взрослых пациентов старше 19 лет – 92,7 % (92,6–92,8 %), в том числе доля пациентов в возрасте 40–59 лет составляет 35,7 % (35,5–35,9 %). Показаны различия в возрастной структуре мужчин и женщин с COVID-19: среди мужчин наиболее высокий удельный вес у пациентов двух возрастных групп: «19–39 лет» и «40–59 лет» – 35,4 % (35,1–35,7 %) и 34,9 % (34,6–35,2 %), среди женщин превалировали пациентки 40–59 лет – 36,5 % (36,3–36,8 %). 

Цель – изучить распространение COVID-19 среди населения Омской области на протяжении 24 недель эпидемического неблагополучия на фоне противоэпидемических мероприятий.

Материалы и методы. Использованы открытые данные и данные ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Омской области» по официальному учету и эпидемиологическому расследованию выявленных случаев COVID-19 на территории Омской области за период с 27 марта по 10 сентября 2020 г. Рассчитывали экспоненциальный темп  прироста (r), базовый и эффективный показатели репродукции (R0 и Rt), ожидаемый естественный размах эпидемии и порог коллективного иммунитета. Обработка данных выполнена с использованием MS Excel 2010. Построение картограммы проводилось в приложении QGIS 3.12-Bukuresti в системе координат EPSG: 3576.

Результаты и обсуждение. За период с 27 марта по 10 сентября 2020 г. на территории Омской области зарегистрировано 9779 случаев COVID-19, показатель заболеваемости составил 507,6 0/0000 (95 % ДИ 497,5÷517,6), летальность по завершенным случаям – 2,9 %, по выявленным случаям – 2,4 %. Наиболее активное распространение COVID-19 отмечено в Омске и 4 (из 32) районах области (Москаленском, Азовском немецком национальном, Марьяновском, Нововаршавском). На фоне проводимых противоэпидемических мероприятий экспоненциальный темп прироста кумулятивного количества случаев COVID-19 составлял 4,5 % в сутки, R0 – 1,4–1,5, Rt – 1,10. Ожидаемый размах эпидемии при условии продолжения действия ограничительных мер может достигнуть 58,0 % переболевшего населения. Уменьшение количества выявляемых вирусоносителей и неполное выявление COVID-19 среди заболевших  внебольничными пневмониями создают дополнительные риски для скрытого распространения инфекции и осложнения эпидемической ситуации. Сохранение ограничительных мероприятий и превышение порога коллективного иммунитета (28,6 % населения) позволит значительно снизить риски усиления распространения COVID-19  в Омской области. 

Цель исследования: изучить бактериальную микрофлору в мокроте больных пневмонией, вызванной SARS-CoV-2 или другими возбудителями.

Материалы и методы. Исследовали бактериальную микрофлору мокроты 173 больных пневмонией, госпитализированных в лечебные учреждения г. Хабаровска и   Хабаровского края в мае–июне 2020 г. Бактериологический анализ мокроты проводили с использованием дифференциально-диагностических сред, идентификацию выделенных патогенов – с помощью микробиологического анализатора Vitec 2 Compact. Выявление РНК вируса SARS-CoV-2 проводили методом ПЦР с тест-системой «Вектор-ПЦР РВ - 2019-nCoV-RG» (производство ФБУН «ГНЦ ВБ «Вектор», р.п. К ольцово). Определение ДНК  возбудителей микоплазмоза и хламидиоза проводили с тест-системой «АмплиСенс® Mycoplasma pneumoniae/Chlamydophila pneumonia» (производство ФБУН ЦНИИЭ ). Статистическую обработку данных выполняли с использованием программы Exсel.

Результаты и обсуждение. Обе группы больных (Covid-19+ и Covid-19–) характеризуются высоким уровнем выделения бактериальной флоры (81,4 и 74,7 %), в том числе обычных возбудителей внебольничных пневмоний, существенной частотой выделения грибов рода Candida и микробных ассоциаций. Группа больных Covid-19+ характеризуется более широким спектром возбудителей, выявлением полирезистентных грамотрицательных энтеробактерий, грамотрицательных неферментирующих полирезистентных бактерий, более выраженным проявлением микробных ассоциаций. В группе наблюдения Covid-19– лекарственно устойчивая флора представлена в основном стафилококками групп MRSA, MRSE. 

Цель. Изучить возможность применения электрооптического анализа для оценки  жизнеспособности клеток вакцинного штамма туляремийного микроба на этапах получения экспериментальной живой туляремийной вакцины.

Материалы и методы. Объектом исследования стала культура клеток Francisella tularensis 15 НИИЭГ. Исследования проводились на всех этапах получения экспериментальной живой туляремийной вакцины по усовершенствованной технологии: выращивание, концентрирование, диафильтрация, сведение со средами высушивания, стабилизация, хранение (срок наблюдения два года). Электрооптический анализ по  показателю «анизотропия поляризуемости» бактериальной клетки производился с помощью устройства EloTrace (EloSystems, Германия). Общую концентрацию клеток измеряли денситометрически при 590 нм и спектрометрически при 650 нм, оценку жизнеспособности проводили высевом на пластинки с FT-агаром.

Результаты и обсуждение. В ходе эксперимента показано, что изменение анизотропии поляризуемости клетки при частотах 900 кГц и 2100 кГц, отражающее состояние цитоплазмы и цитоплазматической мембраны соответственно является самым ранним ответом на изменения жизненных показателей бактериальной культуры в процессе выращивания. В свою очередь, снижение жизнеспособности клеток F. tularensis происходило гораздо раньше, чем снижение концентрации клеток. Показано сохранение жизнеспособности клеток F. tularensis 15 НИИЭГ на всех этапах получения экспериментальной живой туляремийной вакцины. Электрооптический анализ позволяет регистрировать изменения жизненных показателей клеток микроорганизма в режиме реального времени, тогда как оценка жизнеспособности бактериологическим методом занимает 5 сут. Различные этапы производства туляремийной вакцины влияют на жизненные показатели клеток F. tularensis, а электрооптический анализ является  перспективным методом контроля показателя «Специфическая активность (количество живых микробных клеток)».

Цель исследования – анализ филогенетического родства штаммов и направлений распространения Yersinia pestis в Каракумском пустынном очаге в XX в.

Материалы и методы. Выполнено полногеномное секвенирование 8 штаммов Yersinia pestis, выделенных в Каракумском пустынном очаге в 1949–1985 гг. При проведении филогенетического анализа также использованы нуклеотидные  последовательности 16 штаммов Y. pestis из сопредельных очагов Восточного и Северного Прикаспия 1917–2002 гг., секвенированные в РосНИПЧИ «Микроб» на платформе Genestudio Ion S5XL (Thermo Fischer Scientific). Филогенетический анализ  выполнен на основе 1720 выявленных коровых SNPs. Построение филогенетического дерева проводили в программе PhyML 3.1 с помощью алгоритма Maximum Likelihood модели нуклеотидных замен GTR.

Результаты и обсуждение. По данным полногеномного SNP анализа штаммов Y. pestis из Каракумского пустынного очага, очагов Восточного и Северного Прикаспия проведен филогенетический анализ популяций возбудителя чумы, циркулировавших в  Туркменистане в XX в. Показано, что по территории Каракумского пустынного очага прошли три независимые волны распространения Y. pestis. Происхождение первой, зарегистрированной в 1912 г., вспышки чумы в юго-восточной части очага и ее этиологический агент остаются пока неустановленными. Вторая волна связана с распространением на этих территориях в 1949–1970 гг. северо-приаральской популяции 2.MED1 средневекового биовара, приведшим к проявлению здесь эпизоотической активности в 1949 г., а также к последующим случаям и вспышкам чумы в середине XХ в. В середине второй половины прошлого века Каракумского пустынного очага достигла  еще одна волна распространения 2.MED1 из Северного Прибалхашья. Эта центрально-азиатская популяция также укоренилась в природном биоценозе Каракумского очага. Полученные данные свидетельствуют об активных процессах распространения Y. pestis средневекового биовара в Восточном Прикаспии в южной подзоне пустынь Евразии в XX в. 

Francisella tularensis является внутриклеточной бактерией, вызывающей туляремию. Прогресс в создании безопасной и эффективной вакцины для профилактики туляремии затруднен из-за недостатка знаний об иммунологических параметрах, отражающих защитный адаптивный иммунитет. Целью исследований являлась оценка влияния модификаций генома F. tularensis 15 НИИЭГ на иммуногенные и протективные свойства штаммов F. tularensis 15/23-1ΔrecA и F. tularensis 15/23-1/sodBΔrecA. Материалы и методы. Многопараметрическая проточная цитометрия и измерение секретируемых цитокинов использованы для характеристики реакций лимфоцитов селезенки мышей на рестимуляцию кислотонерастворимым комплексом F. tularensis в системе in vitro, также проведен анализ титров специфических антител к липополисахариду F. tularensis в сыворотке крови методом иммуноферментного анализа. Результаты и обсуждение. В работе показано, что иммунизация исследуемыми штаммами приводила к достоверному увеличению CD4+ и/или CD8+ Т‑ клеток, способных экспрессировать функциональные маркеры CD69, CD25 и/или CD28, а также к увеличению субпопуляции Т‑ хелперов, синтезирующих IFN-γ. В организме иммунных мышей формировался пул В‑ лимфоцитов, способных секретировать IFN-γ в ответ на их стимуляцию кислотонерастворимым комплексом. Иммунизация штаммом 15/23-1/sodBΔrecA обеспечивала 70 % защиту у мышей от интраназального заражения вирулентным штаммом F. tularensis SchuS4. Более выраженные протективные свойства связаны с активацией не только В-лимфоцитов и Т-хелперов, но также с одновременной активацией цитотоксических Т‑ лимфоцитов.

Цель – изучение эволюции генома вируса SARS-CoV-2 при адаптации к организму человека в период текущей пандемии.

Материалы и методы. Использовалась база данных (GISAID) по нуклеотидным последовательностям геномов вируса SARS-CoV-2, полученных из образцов клинического материала в период с конца декабря 2019 по июль 2020 г. Построение филогенетических деревьев проводили с помощью программного обеспечения BioNumerics 7.6 с использованием алгоритма максимальной экономии (maximum parsimony).

Результаты и обсуждение. Самым существенным устойчивым изменением в геномах вируса SARS-CoV-2 являются связанные единичные мутации в гене ORF1b (P314L) и гене S (D614G), в результате чего к настоящему времени подавляющее большинство выявляемых изолятов этого вируса имеет данную пару замен. Замена в гене S (D614G) многими исследователями ассоциируется со снижением патогенности содержащих ее штаммов, что, однако, может быть объяснено и улучшением методологии лечения больных в ходе пандемии. Влияние мутации в гене ORF1b (P314L) еще не изучено. Мутации P314L и D614G тесно связаны, и только их совместное присутствие в геноме дало преимущество для распространения данным геновариантам вируса SARS-CoV-2. Анализ обобщенных эпидемиологических данных свидетельствует о том, что распространение новых геновариантов вируса может быть связано с их биологическими свойствами, облегчающими передачу от человека к человеку, при этом ассоциированное снижение летальности может отражать не только прогресс в методах лечения, но и вероятное ослабление вирулентных свойств. Наблюдаемое увеличение потенциала распространения на фоне признаков снижения вирулентности, вероятно, является основной формой адаптации нового коронавируса к человеческой популяции и, повидимому, будет продолжаться в дальнейшем в виде интеграции SARS-CoV-2 в структуру сезонных возбудителей ОРВИ. 

Для разработки наиболее диагностически информативных методик постановки антиген-стимулированных клеточных тестов in vitro необходим тщательный подбор стимулирующего агента (антигена), обладающего достаточным активирующим потенциалом и обеспечивающим специфичность реакции.

Цель работы – определение качественных показателей экспериментальных серий бруцеллезных антигенных препаратов, предназначенных для клеточных тестов in vitro.

Материалы и методы. Для проведения исследований получали антигенные комплексы бруцеллезного микроба – на основе вакцинных штаммов трех эпидемически значимых видов Brucella spp. (B. abortus, B. melitensis, B. suis). Количественное определение белков экспериментальных серий полученных препаратов WsAg и PPBC проводили методом специфической флуориметрии. Исследование белкового состава препаратов проводили методом капиллярного электрофореза. Качественный состав определяли методом ионообменной жидкостной хроматографии с рефрактометрической детекцией.

Результаты и обсуждение. В результате исследований определены физико-химические характеристики, изучены хроматографические профили и состав белковых фракций, а также проведена апробация изготовленных экспериментальных серий бруцеллезных антигенных препаратов. Анализируя охарактеризованный белковый и полисахаридный состав полученных образцов WsAg, можно сделать заключение о невозможности использования препарата WsAg для клеточных тестов, так как экспериментально доказана вероятность проявления неспецифических реакций лимфоцитов in vitro. В свою очередь, комплексный бруцеллезный антигенный препарат PPBC обладает выраженной специфической активностью и специфичностью в условиях in vitro и имеет перспективы использования при разработке методических подходов для лабораторной диагностики бруцеллеза и оценке фактической привитости контингентов риска после вакцинации. Полученные характеристики позволят обеспечить надлежащее качество при производстве разработанного экспериментального препарата PPBC,  предназначенного для клеточных тестов in vitro, с учетом современных правил валидации и стандартизации. 

Цель. Анализ фенотипической характеристики и выявление особенностей генотипической организации нетоксигенных штаммов холерных вибрионов, имеющих различное происхождение и изолированных на территории России.

Материалы и методы. Использована выборка из 548 нетоксигенных штаммов, полученная с помощью авторской пополняемой ГИС «Холера 1989–2014». ПЦР -генотипирование проводили в соответствии со «Способом идентификации нетоксигенных штаммов холерных вибрионов О1 серогруппы с помощью ПЦР для выделения генетических детерминант». Кластерный анализ проводили с использованием метода UPGMA. Построение дендрограммы осуществляли с помощью программы MEGA 5.

Результаты и обсуждение. Показана типичность штаммов V. cholerae по культурально-морфологическим, серологическим и биохимическим свойствам. Выявлена изменчивость изучаемых штаммов по признаку фаголизабельности. Определены уникальные фаготипы, ранее не встречавшиеся на территории России. Популяция нетоксигенных штаммов холерных вибрионов О139 серогруппы была генетически однородной в отличие от изолятов V. cholerae O1 El Tor и имела идентичные ПЦР -генотипы. Показана универсальность метода ПЦР -генотипирования по 14 генам-мишеням, позволяющего дифференцировать изученные штаммы V. cholerae О1 и O139, а также выявлять различия среди штаммов О139, выделенных в различных географических регионах страны.

Цель. Оценка распространенности первичных мутаций лекарственной устойчивости ВГС в гене NS5b у пациентов с впервые выявленной инфекцией ВИЧ.

Материалы и методы. Материалом исследования служили 196 бразцов плазмы крови пациентов, проживающих на территории СЗ ФО, с впервые выявленным ВИЧ.  Образцы обследовали на наличие антител анти-HCV и РНК ВГС . В случае выявления РНК ВГС осуществляли амплификацию с использованием трех пар праймеров, совместно  фланкирующих ген NS5b. После секвенирования нуклеотидной последовательности указанного гена определяли субтип вируса и выявляли мутации лекарственной устойчивости.

Результаты и обсуждение. Антитела к ВГС выявлены у 18,87 % ВИЧ -инфицированных лиц, РНК ВГС – у 18,36 % пациентов, включая 89,18 % анти-ВГС  -позитивных и 1,88 % анти-ВГС -негативных больных. Показано, что ко-инфекция чаще встречается у мужчин (77,8 %), чем у женщин (22,2 %). Выявлено отличие по вирусной нагрузке ВИЧ между группами с моноинфекцией ВИЧ и с ко-инфекцией ВИЧ + ВГС , показано достоверное отличие групп по количеству CD4+ лифоцитов. При филогенетическом анализе субтипы ВГС распределены следующим образом: ВГС 1b – 47,2 %, ВГС 3а – 30,6 %, ВГС 1а – 13,9 %, ВГС 2а – 5,5 % и единственный образец определен как ВГС 2k – 2,8 %. В девяти образцах (25 %) обнаружены мутации NS5b в положениях, связанных с развитием лекарственной устойчивости ВГС , в том числе по два образца среди ВГС генотипов 1а и 3а, а также пять образцов среди ВГС 1b. Мутации среди ВГС 1а представляли собой замены C316Y и N444D, среди ВГС 1b выявлены замены C316N, C451S, S556N/G. У пациентов с ВГС 3а выявлены два образца с мутацией D310N, ассоциированной с неблагоприятным прогнозом заболевания. Полученные  данные рационально использовать для оценки динамики распространенности первичной фармакорезистентности ВГС среди ВИЧ -инфицированных лиц. 

Целью сероэпидемиологического исследования явилось определение уровня и структуры популяционного иммунитета к SARS-CoV-2 среди населения Иркутской области в период роста заболеваемости COVID-19.

Материалы и методы. Содержание антител к SARS-CoV-2 определяли в сыворотке крови добровольцев методом иммуноферментного анализа (ИФА) с использованием набора реагентов «ИФА анти-SARS-Cov-2 IgG» (Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии, Оболенск).

Результаты и обсуждение. Исследование показало, что популяционный иммунитет среди населения Иркутской области в период обследования составил 5,8 %. Максимальный уровень серопозитивных лиц выявлен среди детей 14–17 лет – 13,8 %, и у дошкольников (1–6 лет) – 11,8 %. Установлено, что при наличии контактов с больными COVID-19 риск инфицирования возрастает в 3,1 раза. После заболевания COVID-19 антитела вырабатываются в 56,5 % случаев. Доля бессимптомных форм среди серопозитивных жителей Иркутской области достигала 81,2 %. Следовательно, в выбранный для исследования период эпидемического подъема заболеваемости COVID-19 среди населения Иркутской области сформировался невысокий уровень серопревалентности. Значительная доля бессимптомных форм инфекции характеризует высокую интенсивность скрыто развивающегося эпидемического процесса. Полученные результаты могут использоваться при организации профилактических мероприятий, включая вакцинацию, и для прогнозирования заболеваемости.

В Ленинградской области первый случай COVID-19 выявлен 13 марта 2020 г. Период нарастания интенсивности эпидемического процесса продолжался 8 недель. Через один месяц после достижения максимального уровня заболеваемости организовано исследование по определению серопревалентности к COVID-19 среди населения области.

Материалы и методы. Работа проводилась в рамках проекта Роспотребнадзора по оценке популяционного иммунитета к вирусу SARS-CoV-2 у населения Российской Федерации. Содержание антител к SARS-CoV-2 определяли методом ИФА с использованием набора для анализа сыворотки или плазмы крови человека на наличие специфических IgG к нуклеокапсиду вируса SARS-CoV-2 производства Государственного научного центра прикладной микробиологии и биотехнологии (Оболенск) в соответствии с инструкцией по применению.

Результаты и обсуждение. Показано, что коллективный иммунитет населения Ленинградской области составил 20,7 %. Максимальный уровень установлен у детей 1–6 лет (42,3 %) и лиц старше 70 лет (29,0 %). Наибольший уровень серопозитивности, кроме детей и лиц старшего возраста, выявлен у безработных (25,1 %). Наименьший уровень серопревалентности установлен у госслужащих (12,8 %) и военных (16,7 %). Показано, что при наличии контактов с больными COVID-19 риск инфицирования возрастает в 1,5 раза. После инфекции COVID-19 антитела вырабатываются в 82,1 % случаев. У лиц с позитивным результатом ПЦР -анализа, полученным ранее, антитела выявляются в 82,8 % случаев. Доля бессимптомных форм среди серопозитивных жителей Ленинградской области составила 86,9 %. Результаты оценки популяционного иммунитета к SARS-CoV-2 у населения  Ленинградской области свидетельствуют о том, что в период COVID-19 сформировался средний уровень серопревалентности. Значительная доля бессимптомных форм инфекции характеризует высокую интенсивность скрыто развивающегося эпидемического процесса. Полученные результаты следует учитывать при организации профилактических мероприятий, включая вакцинацию, и прогнозировании заболеваемости. 

В Санкт-Петербурге первый случай COVID-19 диагностирован 2 марта 2020 г., период нарастания заболеваемости продолжался в течение 10 недель, максимальные показатели зафиксированы в середине мая, и в дальнейшем отмечалось статистически значимое снижение заболеваемости.

Цель – определение уровня и структуры популяционного иммунитета к SARS-CoV-2 среди населения Санкт-Петербурга в период интенсивного распространения COVID-19.

Материалы и методы. Отбор волонтеров для исследования проводили методом анкетирования и рандомизации. Критерием исключения являлась активная инфекция COVID-19 в момент анкетирования. На наличие специфических антител к SARS-CoV-2 обследовано 2713 человек в возрасте от 1 года до 70 лет и старше. Антитела определяли иммуноферментным методом.

Результаты и обсуждение. Исследования показали, что в Санкт-Петербурге в активную фазу заболеваемости COVID-19 наблюдались умеренная серопревалентность к SARS-CoV-2, составившая 26 %, и высокая частота (84,5 %) бессимптомной инфекции у серопозитивных лиц, не имевших в анамнезе перенесенного заболевания COVID-19, положительного результата ПЦР и симптомов ОРЗ в день обследования. Максимальные показатели коллективного иммунитета установлены у детей 1–6 лет (31,1 %), 7–13 лет (37,7 %) и лиц старше 70 лет (30,4 %). Различия с уровнем cеропревалентности в  возрастных группах 18–49 лет статистически значимы. Наибольший уровень серопревалентности выявлен среди безработных (29,7 %), работников здравоохранения (27,1 %), образования (26,4 %) и бизнеса (25 %). У реконвалесцентов COVID-19 антитела обнаружены в 75 % случаев. У лиц с позитивным результатом ПЦР -анализа, проведенного ранее, антитела выявлены в 70 % случаев. Результаты исследования коллективного иммунитета к SARS-CoV-2 необходимы для разработки прогноза развития эпидемиологической ситуации, а также для планирования мероприятий по специфической и неспецифической профилактике COVID-19. 

Цель – анализ эпидемиологической ситуации по иксодовым клещевым боррелиозам в Российской Федерации в 2019 г. в сравнении с периодом 2002–2018 гг.

Материалы и методы. В статье использованы данные формы № 2 государственной статистической отчетности за 2002–2019 гг. и сведения, полученные Референс-центром  по мониторингу за боррелиозами ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» из 74 субъектов России в 2019 г. Основной метод исследования – эпидемиологический с применением современных информационных технологий.

Результаты и обсуждение. В России в 2019 г. зарегистрировано 8048 случаев заболеваний иксодовыми клещевыми боррелиозами (ИКБ ) (5,48 0/0000). Фактические показатели заболеваемости ИКБ в 2019 г. в целом по стране и по федеральным округам (ФО) в подавляющем большинстве случаев оказались в пределах доверительных границ величин, спрогнозированных методом линейной регрессии на основании  изучения динамики эпидемического процесса в 2002–2018 гг. На протяжении 2002–2019 гг. устойчивая тенденция к росту показателей заболеваемости ИКБ наблюдается в Центральном ФО за счет 10 из 18 субъектов (Москва, а также Белгородская, Липецкая, Московская, Брянская, Воронежская, Курская, Рязанская, Тамбовская и Тульская области); в Южном ФО за счет Краснодарского края и Волгоградской области; в Северо-Кавказском ФО – за счет Ставропольского края. Несмотря на то, что в целом по Северо-Западному, Приволжскому и Уральскому ФО за последние 18 лет установилась  тенденция снижения уровня заболеваемости ИКБ , в некоторых субъектах этих регионов наблюдается тренд к осложнению эпидемиологической ситуации (республики Коми и Чувашия, а также Пензенская область). При отсутствии выраженной тенденции к изменению показателей заболеваемости ИКБ в целом по Сибирскому и  Дальневосточному ФО особого внимания требуют Кемеровская область – Кузбасс, Республика Тыва и Забайкальский край, где выявлен растущий тренд. В Уральском и Сибирском ФО доля безэритемных форм среди лабораторно подтвержденных случаев ИКБ выше, чем в других регионах, что заслуживает дальнейшего изучения геновидовых особенностей популяций боррелий и их переносчиков. Эффективный контроль эпидемической ситуации по ИКБ в России возможен при условии совершенствования и сохранения, а для субъектов с установленной многолетней  тенденцией роста заболеваемости – увеличения объемов профилактических мероприятий, а также усиления зоолого-энтомологического мониторинга активности и структуры природных очагов ИКБ. 

Цель исследования – выбор критериев и методических подходов для перевода авирулентных штаммов возбудителя чумы из I группы патогенности (опасности) в III группу.

Материалы и методы. Проанализированы отечественные и зарубежные нормативные, методические документы, научные публикации в области лабораторной диагностики чумы и обеспечения биобезопасности работ с патогенными биологическими агентами.

Результаты и обсуждение. Обоснован комплекс критериев для перевода штаммов Y. pestis из I группы в III группу патогенности, а также определены методы их оценки. Установлено наличие оснований для перевода в III группу патогенности ряда авирулентных штаммов Y. pestis, которые включены в учебный набор, сформированный для освоения модуля «Микробиология и лабораторная диагностика чумы». Продемонстрирована целесообразность комбинирования регламентированных методов оценки патогенных свойств чумного микроба с дополнительными, в частности, изучением цитотоксичности штаммов Y. pestis в отношении лейкоцитов цельной крови человека in vitro. Оценка вирулентности штамма Y. pestis должна опираться на комплексную характеристику основных факторов патогенности с помощью современных молекулярно-генетических методов исследования, данных о фенотипических проявлениях их функционирования, а также степени патогенности для чувствительных лабораторных животных. Актуальной задачей является пересмотр используемых количественных показателей для дифференциации штаммов чумного микроба по вирулентности с учетом показателя LD50 штамма Y. pestis EV НИИЭГ. 

Целью настоящей работы являлось выявление возбудителей внебольничных пневмоний и ко-инфицирования с помощью исследования биоматериала от пациентов методом ПЦР .

Материалы и методы. Проведено исследование 268 проб от 258 пациентов методом ПЦР для выявления РНК /ДНК возбудителей респираторных инфекций вирусной и бактериальной природы.

Результаты и обсуждение. В 43,3 % проб выявлена РНК SARS-CoV-2, в 4,5 % – РНК /ДНК возбудителей ОРВИ , в одной пробе – ДНК Mycoplasma pneumoniae. Ко-инфекция  обнаружена только у пациентов противотуберкулезного диспансера (SARS-CoV-2 с микобактериями туберкулеза). У обследованных больных пневмонией РНК SARS-CoV-2 существенно чаще выявлялась в биоматериале из нижних дыхательных путей (52 %), чем в респираторных мазках (8,5 %). В первую неделю от начала заболевания обнаружено 19,2 % положительных проб, во вторую – 56,5 %. 

Цель работы – выявление различий в продукции белков у типичного штамма и генетически измененного варианта V. cholerae O1 биовара Эль Тор.

Материалы и методы. В качестве модельных использовали природные штаммы М1062 (Астрахань, 1970 г.) и М1509 (Москва, 2012 г.). Штаммы культивировали на агаре Луриа-Бертани при температуре 37 °C. Электрофорез проводили по методу W.K. Laemmli (1970 г.), масс-спектрометрическое профилирование – согласно методу, описанному A. Shevchenko et al.

Результаты и обсуждение. Масс-спектрометрическое сканирование лизатов клеток исследуемых штаммов показало значительное сходство их протеомов (615 общих белков). Выявленные различия касались повышенной экспрессии у штамма М1062 белков, которые участвуют в биосинтезе ДНК /РНК , входящих в группу «пурины, пиримидины, нуклеозиды», а также регуляторных белков. У штамма М1509 увеличен биосинтез белков, ответственных за патогенез, адаптацию при действии неблагоприятных факторов внешней среды, входящих в группу «кофакторы, витамины, пигменты», участвующих в липидном, углеводном, белковом обменах, клеточных процессах, и белков-транспортеров. Высказано предположение, что широкое распространение геновариантов Эль Тор, возможно, обусловлено повышением патогенных и адаптивных свойств, а также существенной перестройкой метаболизма клеток.

Цель исследования – изучить особенности нарушений функции желудочно-кишечного тракта у детей, больных коронавирусной инфекцией, вызванной вирусом SARS-CoV-2.

Материалы и методы. Проанализирована частота, сроки появления, продолжительность и характер желудочно-кишечных нарушений по данным историй болезней 36 детей, находившихся на лечении с диагнозом «внебольничная  пневмония коронавирусной этиологии (вирус SARS-CoV-2 идентифицирован)» в детском инфекционном отделении ГБУЗ  МО «МГКБ » г. Мытищи.

Результаты и обсуждение. Желудочно-кишечные нарушения у 23 детей (64 %) проявлялись на 4–5-й день, у 8 (22 %) – до начала терапии, продолжались от 3 до 5 дней. У большинства детей отмечали диарею (64 %) и боли в животе (57 %). Другие симптомы, свидетельствующие о дисфункции желудочно-кишечного тракта, зарегистрированы у 67 % детей. Желудочно-кишечные нарушения имеются у большинства детей,  госпитализированных с внебольничной пневмонией, вызванной вирусом SARS-CoV-2.  Симптоматика купируется при проведении курса основной терапии, показанной для лечения COVID-19, и дополнительной, рекомендуемой при острых кишечных инфекциях.