Характеристика эпидемиологической ситуации по холере в мире и в Российской Федерации в 2020 г. и прогноз на 2021 г.

Цель работы – на основе данных мониторинга и анализа заболеваемости в мире за период 2011–2020 гг. дать оценку эпидемиологической ситуации по холере в 2020 г. и прогноз на 2021 г. За период с 2011 по 2020 год в 97 странах мира зарегистрировано 4413988 случаев холеры с общей тенденцией к снижению заболеваемости (коэффициент достоверности аппроксимации R²  – 0,5705). Однако в связи с продолжением эпидемических проявлений холеры в эндемичных странах Азии, Африки и Америки эпидемиологическая ситуация по холере на этих континентах в 2020 г. характеризовалась как неблагополучная. Отмечено появление среди эпидемически опасных штаммов Vibrio cholerae О1 новой, «постгаитянской» линии. В 2020 г. на территории РФ эпидемически опасных штаммов V. cholerae О1, О139 от людей не выделено. Из объектов окружающей среды изолировано 25 нетоксигенных штаммов V. cholerae О1 El Tor, восемь из которых (ctxА-, tcpА+), по данным ПЦР-INDEL-типирования и SNP-анализа сиквенсов, принадлежали к клональному комплексу. Результаты анализа биологических свойств и филогенетических связей между выделенными нетоксигенными штаммами являются основой для оценки эпидемиологической ситуации по холере в России в 2020 г. как стабильной и аналогичного прогноза ее развития в 2021 г. При этом нельзя исключить вероятность завоза этой инфекции из эндемичных стран и необходимость проведения комплекса дифференцированных противоэпидемических (профилактических) мероприятий в рамках государственного санитарно-эпидемиологического надзора с целью локализации и ликвидации завозного очага и недопущения распространения инфекции. 

1. Outbreak update – Cholera in Somalia, 27 September 2020. WHO’s Eastern Mediterranean Region. [Электронный ресурс]. URL: http://www.emro.who.int/pandemic-epidemic-diseases/cholera/outbreak-update-cholera-in-somalia-27-september-2020.html (дата обращения 08.10.2020).

2. Lopez A.L., Dutta S., Qadri F., Sovann L., Pandey B.D., Bin Hamzah W.M., Memon I., Iamsirithaworn S., Dang D.A., Chowdhury F., Heng S., Kanungo S., Mogasale V., Sultan A., Ylade M. Cholera in selected countries in Asia. Vaccine. 2020; 38(Suppl. 1):A18–A24. DOI: 10.1016/j.vaccine.2019.07.035.

3. Deen J., Mengel M.A., Clemens J.D. Epidemiology of cholera. Vaccine. 2020; 38(Suppl. 1):A31–A40. DOI: 10.1016/j. vaccine.2019.07.078.

4. Москвитина Э.А., Янович Е.Г., Куриленко М.Л., Кругликов В.Д., Титова С.В., Левченко Д.А., Водопьянов А.С., Лопатин А.А., Иванова С.М., Мишанькин Б.М., Кривенко А.С., Анисимова Г.Б., Носков А.К. Холера: мониторинг эпидемиологической обстановки в мире и России (2010–2019 гг.). Прогноз на 2020 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2:38–47. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-38-47.

5. Савилов Е.Д., Мамонтова Л.М., Астафьев В.А., Жданова С.Н. Применение статистических методов в эпидемиологическом анализе. М.: МЕДпресс-информ; 2004. 112 с.

6. Cholera, 2012. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2013; 88(31):321– 26. [Электронный ресурс]. URL: https://www.who.int/wer/2013/wer8831.pdf?ua=1 (дата обращения 04.08.2013).

7. Cholera, 2013. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2014; 89(31):345– 356. [Электронный ресурс]. URL: https://www.who.int/wer/2014/wer8931.pdf?ua=1 (дата обращения 04.08.2014).

8. Cholera, 2014. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2015; 90(40):517– 529. [Электронный ресурс]. URL: https://www.who.int/wer/2015/wer9040.pdf?ua=1 (дата обращения 05.10.2015).

9. Cholera, 2015. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2016; 91(38):433– 440. [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/250142/WER9138.pdf?sequence=1 (дата обращения 26.09.2016).

10. Cholera, 2016. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2017; 92(36):521–536. [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who. int/iris/bitstream/handle/10665/258910/WER9236.pdf?sequence=1 (дата обращения 11.09.2017).

11. Cholera, 2017. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2018; 93(38):489–497. [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who. int/iris/bitstream/handle/10665/274654/WER9338.pdf?ua=1 (дата обращения 24.09.2018).

12. Cholera, 2018. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2019; 94(48):561–580. [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who. int/iris/bitstream/handle/10665/274654/WER9448.pdf?ua=1 (дата обращения 01.12.2019).

13. Cholera, 2019. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2020; 95(37):441–448. [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who. int/iris/bitstream/handle/10665/334241/WER9537-eng-fre.pdf?ua=1 (дата обращения 12.09.2020).

14. Daily Press Briefing by the Office of the Spokesperson for the Secretary-General, 13 January 2020 – Syria & Yemen. [Электронный ресурс]. URL: https://reliefweb.int/report/yemen/daily-press-briefing-office-spokesperson-secretary-general-13-january-2020-syria-yemen (дата обращения 14.01.2021).

15. Cholera, diarrhea & dysentery update (02): Africa, Asia. Archive Number: 20200503.7289037. [Электронный ресурс]. URL: http://www.promedmail.org (дата обращения 12.05.2020).

16. Cameroun: Rapport de situation, 8 oct. 2020. OCHA. [Электронный ресурс]. URL: https://reliefweb.int/report/cameroon/cameroun-repport-de-situation-8-oct-2020 (дата обращения 09.10.2020).

17. Mozambique Key Message Update. 2020-09-30. FEWS NET. [Электронный ресурс]. URL: https://reliefweb.int/report/mozambique/mozambique-key-message-update-drought-and-conflictdrive-atypically-early-start (дата обращения 01.10.2020).

18. UNICEF Democratic Republic of the Congo Humanitarian Situation Report. [Электронный ресурс]. URL: https://reliefweb. int/report/democratic-republic-congo/unicef-democratic-republic-congo-humanitarian-situation-report-no-0 (дата обращения 18.02.2020).

19. PRO/FR Cholera, fatal – Mozambique: (North). [Электронный ресурс]. URL: https://promedmail.org/(дата обращения 22.08.2020).

20. PRO/EAFR> Cholera – Nigeria: (Ebonyi) fatal. Archive Number: 20200428.7275177 [Электронный ресурс]. URL: https://promedmail.org/promed-post/?id=7275177 (дата обращения 28.04.2020).

21. PRO/SOAS> Cholera – Bangladesh: mass vaccination. Archive Number: 20200223.7011771. [Электронный ресурс]. URL: https://promedmail.org/promed-post/?id=7011771 (дата обращения 27.02.2020).

22. PRO/EDR> Cholera, diarrhea & dysentery update (02): Africa, WHO. Archive Number: 20210108.8081251. [Электронный ресурс]. URL: https://promedmail.org/promed-post/?id=8081251 (дата обращения 11.01.2021).

23. UNICEF Burundi Humanitarian Situation Report No. 2 – Reporting Period: 01 January to 30 June 2020. UNICEF. [Электронный ресурс]. URL: https://reliefweb.int/report/burundi/unicef-burundi-humanitarian-situation-report-no-2-reporting-period-01-january-30-june (дата обращения 21.07.2020).

24. Сагиев З.A., Мусагалиева P.C., Абдирасилова A.A., Аязбаев Т.З., Кульбаева М.М., Молдагасимова А.Б., Жунусова А.С., Утепова И.Б., Бегимбаева Э.Ж., Избанова У.А., Омашева Г.М., Турлиев З.С., Иманбекова Ж.Ж., Ниязбеков Н.Ш. О завозных случаях холеры в город Алматы в 2017 г., Казахстан. Проблемы особо опасных инфекций. 2018; 3:83–7. DOI: 10.21055/0370-1069-2018-3-83-87.

25. Mwaba J., Debes A.K., Shea P., Mukonka V., Chewe O., Chisenga C., Simuyandi M., Kwenda G., Sack D., Chilengi R., Ali M. Identification of cholera hotspots in Zambia: А spatiotemporal analysis of cholera data from 2008 to 2017. PLoS Negl. Trop. Dis. 2020; 14(4):e0008227. DOI: 10.1371/journal.pntd.0008227.

26. Daily Press Briefing by the Office of the Spokesperson for the Secretary-General, 13 January 2020 – Syria & Yemen. [Электронный ресурс]. URL: https://reliefweb.int/report/yemen/daily-press-briefing-office-spokesperson-secretary-general-13-january-2020-syria-yemen (дата обращения 14.01.2021).

27. Cholera – Togo. Emergencies preparedness, response. WHO. [Электронный ресурс]. URL: https://www.who.int/csr/don/04january-2021-cholera-togo/en/(дата обращения 10.01.2021).

28. Dixit S.M., Johura F.-T., Manandhar S., Sadique A., Rajbhandari R.M., Mannan S.B., Rashid M.-U., Islam S., Karmacharya D., Watanabe H., Sack R.B., Cravioto A., Alam M. Cholera outbreaks (2012) in three districts of Nepal reveal clonal transmission of multi-drug resistant Vibrio cholerae O1. BMC Infect. Dis. 2014; 14:392. DOI: 10.1186/1471-2334-14-392.

29. Naha A., Chowdhury G., Ghosh-Banerjee J., Senoh M., Takahashi T., Ley B., Thriemer K., Deen J., Seidlein L.V., Ali S.M., Khatib A., Ramamurthy T., Nandy R.K., Nair G.B., Takeda Y., Mukhopadhyay A.K. Molecular characterization of high-levelcholera-toxin-producing El Tor variant Vibrio cholerae strains in the Zanzibar Archipelago of Tanzania. J. Clin. Microbiol. 2013; 51(3):1040–5. DOI: 10.1128/JCM.03162-12.

30. Rebaudet S., Mengel M.A., Koivogui L., Moore S., Mutreja A., Kande Y., Yattara O., Sarr Keita V., Njanpop-Lafourcade B.-M., Fournier P.-E., Garnotel E., Keita S., Piarroux R. Deciphering the origin of the 2012 cholera epidemic in Guinea by integration epidemiological and molecular analyses. PLoS Negl. Trop. Dis. 2014; 8(6):e2898. DOI: 10.1371/journal.pntd.0002898.

31. Roobthaisong A., Okada K., Htun N., Aung W.W., Wongboot W., Kamjumphol W., Han A.A., Yi Y., Hamada S. Molecular epidemiology of cholera outbreaks during the rainy season in Mandalay, Myanmar. Am J. Trop. Med. Hyg. 2017; 97(5):1323–8. DOI: 10.4269/ajtmh.17-0296.

32. Irenge L.M., Ambroise J., Mitangala P.N., Bearzatto B., Kabangwa R.K.S., Durant J.-F., Gala J.-L. Genomic analysis of pathogenic isolates of Vibrio cholerae from Eastern Democratic Republic of the Congo (2014–2017). PLoS Negl. Trop. Dis. 2020; 14(4):e0007642. DOI: 10.1371/journal.pntd.0007642.

33. Baddam R., Sarker N., Ahmed D., Mazumder R., Abdullah A., Morshed R., Hussain A., Begum S., Shahrin L., Khan A.I., Islam M.S., Ahmed T., Alam M., Clemens J.D., Ahmed N. Genome dynamics of Vibrio cholerae isolates linked to seasonal outbreaks of cholera in Dhaka, Bangladesh. mBio. 2020; 11(1):e03339-19. DOI: 10.1128/mBio.03339-19.

34. Al-Sa’ady A.T., Baqer K.A., Al-Salim Z.K.S. Molecular detection and phylogenetic analysis of Vibrio cholerae genotypes in Hillah, Iraq. New Microbes. New Infect. 2020; 7(37):100739. DOI: 10.1016/j.nmni.2020.100739.

35. Li F., Pang B., Yan H., Lu X., Li J., Zhou H., Cui Z., Zhao L., Mahemut, Huo D., Kan B., Jia L. Investigation of an imported cholera case in China with whole genome sequencing. Infect. Genet. Evol. 2020; 84:104362. DOI: 10.1016/J.MEEGID.2020.104362.

36. Maniam G., Nguyen E.N., Milton J.S. Acquisition of cholera within the United States. J. Investig. Med. High Impact Case Rep. 2020; 8:2324709620904204. DOI: 10.1177/2324709620904204.

37. Weill F-X., Domman D., Njamkepo E., Almesbahi A.A., Naji M., Nasher S.S., Rakesh A., Abdullah M.A., Sharma N.C., Kariuki S., Pourshafie M.R., Rauzier J., Abubakar A., Carter J.Y., Wamala J.F., Seguin C., Bouchier C., Malliavin T., Bakhshi B., Abulmaali H.Н.N., Kumar D., Njoroge S.M., Malik M.R., Kiiru J., Luquero F.J., Azman A.S., Ramamurthy T., Thomson N.R., Quilici M.-L. Genomic insights into the 2016–2017 cholera epidemic in Yemen. Nature. 2019; 565(7738):230–3. DOI: 10.1038/S41586-018-0818-3.

38. Zhang P., Zhou H., Diao B., Li F., Du P., Li J., Kan B., Morris J.G., Wang D. A molecular surveillance reveals prevalence of Vibrio cholerae O139 isolates in China from 1993 to 2012. J. Clin. Microbiol. 2014; 52(4):1146–52. DOI: 10.1128/JCM.03354-13.

39. Osawa K., Shigemura K., Kitagawa К., Kuntaman K., Mertaniasih N.M., Setyarini W., Arizandy D., Rahadjo D., Osawa R., Shirakawa T., Fujisawa M. Difference of phenotype and genotype between human and environmental: isolated Vibrio cholerae in Surabaya, Indonesia. India. J. Microbiol. 2020; 60(2):230–8. DOI: 10.1007/s12088-020-00861-y.

40. Naha A., Mandal R.S., Samanta P., Saha R.N., Shaw S., Ghosh A., Chatterjee N.S., Dutta P., Okamoto K., Dutta S., Mukhopadhyay A.K. Deciphering the possible role of ctxB7 allele on higher production of cholera toxin by Haitian variant Vibrio cholerae O1. PLoS Negl. Trop. Dis. 2020; 14(4):e0008128. DOI: 10.1371/journal.pntd.0008128.

41. Monakhova E.V., Ghosh A., Mutreja A., Weill F.-X., Ramamurthy T. Endemic Cholera in India and Imported Cholera in Russia: What is Common? Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 3:17–26. (Англ. яз.). DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-1726.

42. Dolores J., Satchell K.J.F. Analysis of Vibrio cholerae genome sequences reveals unique rtxA variants in environmental strains and an rtxA null-mutation in recent altered El Tor isolates. mBio. 2013; 4(2):e00624-12. DOI: 10.1128/mBio.00624-12.

43. Kuleshov K.V., Vodop’ianov S.O., Dedkov V.G., Markelov M.L., Kermanov A.V., Kruglikov V.D., Vodop’ianov A.S., Pisanov R.V., Chemisova O.S., Mazrukho A.B., Titova S.V., Shipulin G.A. Draft genome sequencing of Vibrio cholerae O1 El Tor isolates collected in the Russian Federation from imported cholera cases. Genome Announc. 2014; 2(4):e00624-14. DOI: 10.1128/genomeA.00624-14.

44. Kuleshov K.V., Vodop’ianov S.O., Dedkov V.G., Markelov M.L., Deviatkin A.A., Kruglikov V.D., Vodop’ianov A.S., Pisanov R.V., Mazrukho A.B., Titova S.V., Maleev V.V., Shipulin G.A. Travel-associated Vibrio cholerae O1 El Tor, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2016; 22(11):2006–8. DOI: 10.3201/eid2211.151727.

45. Smirnova N.I., Krasnov Y.M., Agafonova E.Y., Shchelkanova E.Y., Alkhova Z.V., Kutyrev V.V. Whole-genome sequencing of Vibrio cholerae O1 El Tor strains isolated in Ukraine (2011) and Russia (2014). Genome Announc. 2017; 5(8):e01640-16. DOI: 10.1128/genomeA.01640-16.

46. Bwire G., Sack D.A., Almeida M., Li S., Voeglein J.B., Debes A.K., Kagirita A., Buyinza A.W., Orach C.G., Stine O.C. Molecular characterization of Vibrio cholerae responsible for cholera epidemics in Uganda by PCR, MLVA and WGS. PLoS Negl. Trop. Dis. 2018; 12(6):e0006492. DOI: 10.1371/journal.pntd.0006492.

47. Houmnanou Y.M.G., Leekitcharoenphon P., Kudirkiene E., Mdegela R.H., Hendriksen R.S., Olsen J.E., Dalsgaard A. Genomic insights into Vibrio cholerae O1 responsible for cholera epidemics in Tanzania between 1993 and 2017. PLoS Negl. Trop. Dis. 2019; 13(12):e0007934. DOI: 10.1371/journal.pntd.0007934.

48. Кругликов В.Д., Левченко Д.А., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б. ПЦР-генотипирование нетоксигенных штаммов холерных вибрионов как один из подходов их актуализации в плане эпидназора за холерой. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2018; 2:28–35. DOI: 10.18565/epidem.2018.2.28-35.

49. Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Водопьянов С.О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П., Кругликов В.Д., Титова С.В. Молекулярная эпидемиология Vibrio cholerae – разработка алгоритма анализа данных полногеномного секвенирования. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2016; 21(3):146–52. DOI: 10.18821/1560-9529-2016-21-3-146-152.

50. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28(10):2731–9. DOI: 10.1093/molbev/msr121.

51. Смирнова Н.И., Крицкий А.А., Альхова Ж.В., Агафонова Е.Ю., Щелканова Е.Ю., Баданин Д.В., Кутырев В.В. Вариабельность генома островов патогенности нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae O1 биовара Эль Тор. Генетика. 2020; 56(9):1018–33. DOI: 10.31857/S0016675820080147.

52. Агафонова Е.Ю., Смирнова Н.И., Альхова Ж.В., Краснов Я.М., Ливанова Л.Ф., Лозовский Ю.В., Кутырев В.В. Нетоксигенные штаммы Vibrio cholerae биовара Эль Тор, выделенные на территории России: молекулярно-генетические особенности и патогенные свойства. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2019; 2:13–24. DOI: 10.36233/0372-9311-2019-2-13-24.

53. Islam A., Labbate M., Djordjevic S.P., Alam M., Darling A., Melvold J., Holmes A.J., Johura F.T., Cravioto A., Charles I.G., Stokes H.W. Indigenous Vibrio cholerae strains from a non-endemic region are pathogenic. Open Biol. 2013; 3(2):120181. DOI: 10.1098/rsob.120181.

54. Pérez-Reytor D., Jaña V., Pavez L., Navarrete P., García K. Accessory toxins of Vibrio pathogens and their role in epithelial disruption during infection. Front. Microbiol. 2018; 9:2248. DOI: 10.3389/fmicb.2018.02248.