Preview

Проблемы особо опасных инфекций

Расширенный поиск

Молекулярно-генетический мониторинг геновариантов SARS-CoV-2 на территории Приволжского федерального округа Российской Федерации. Сообщение 1

https://doi.org/10.21055/0370-1069-2021-1-122-127

Полный текст:

Аннотация

Появление различных геновариантов вируса SARS-CoV-2, характеризующихся более высокой, по сравнению с исходными вариантами, способностью к распространению и более тяжелыми клиническими проявлениями, требует проведения молекулярно-генетического мониторинга штаммов, циркулирующих на территории Российской Федерации.

Цель исследования – выявление геновариантов VOC SARS-CoV-2 на территории республик Башкортостан, Татарстан, Удмуртия и Самарской, Пензенской, Саратовской, Ульяновской, Оренбургской областей.

Материалы и методы. Выявление геновариантов и определение типа мутаций осуществляли методом секвенирования фрагментов по Сэнгеру.

Результаты и обсуждение. В работе исследовали 298 проб клинического материала, полученных из центров гигиены и эпидемиологии в республиках Башкортостан, Татарстан, Удмуртия, Самарской, Пензенской, Саратовской, Ульяновской, Оренбургской областях. В 17 % случаев наблюдали вариабельность вируса SARS-CoV-2 по одному или нескольким маркерам: в трех пробах выявлен новый коронавирус линии В.1.1.7 «Британский»; в ряде случаев у обнаруженного в пробах вируса детектировали наличие только одной мутации – делеции Y144 или замены D138Y, E484K, N501Y, крайне редко двух мутаций – делеции Y144 и замены E484K. Показано наличие в 10 % случаев у детектированных SARS-CoV-2 делеции L141-G142-V143, локализованной в рецидивирующем делеционном регионе S-гена RDR2. Получены данные, указывающие на гетерогенность в макроорганизме популяции нового коронавируса с делецией L141-G142-V143, которая приводит к изменению антигенной структуры вируса, что, вероятно, позволяет ему уклоняться от иммунного ответа.

Об авторах

Н. А. Осина
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



Я. М. Краснов
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



Н. П. Гусева
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



Е. Г. Булгакова
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



И. В. Доманина
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



А. Д. Катышев
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



Д. В. Уткин
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



О. В. Виноградова
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



Н. В. Кудряшов
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



Т. А. Полунина
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



Т. Ю. Красовская
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



С. А. Портенко
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



С. А. Щербакова
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



В. В. Кутырев
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

410005, Саратов, ул. Университетская, 46



Список литературы

1. Bhattacharyya Ch., Das Ch., Ghosh A., Singh A.K., Mukherjee S., Majumder P.P., Basu A., Biswas N.K. Global spread of SARS-CoV-2 subtype with spike protein mutation D614G is shaped by human genomic variations that regulate expression of TMPRSS2 and MX1 genes. bioRxiv. 2020. 05.04.075911. DOI: 10.1101/2020.05.04.075911.

2. Pachetti M., Marini B., Benedetti F., Giudici F., Mauro E., Storici P., Masciovecchio C., Angeletti S., Ciccozzi M., Gallo R.C., Zella D., Ippodrino R. Emerging SARS-CoV-2 mutation hot spots include a novel RNA-dependent-RNA polymerase variant. J. Transl. Med. 2020; 18(1):179. DOI: 10.1186/s12967-020-02344-6.

3. Краснов Я.М., Попова А.Ю., Сафронов В.А., Федоров А.В., Баданин Д.В., Щербакова С.А., Кутырев В.В. Анализ геномного разнообразия SARS-CoV-2 и эпидемиологических признаков адаптации возбудителя COVID-19 к человеческой популяции (Сообщение 1). Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 3:70–82. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-70-82.

4. Public Health England. Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (2020). [Электронный ресурс]. URL: http://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-of-concern-20201201 (дата обращения 29.03.2021).

5. McCarthy K.R., Rennick L.J., Nambulli S., Robinson-McCarthy L.R., Bain W.G., Haidar G., Paul Duprex W. Recurrent deletions in the SARS-CoV-2 spike glycoprotein drive antibody escape. Science. 2021; 371(6534):1139–42. DOI: 10.1126/science.abf6950.


Для цитирования:


Осина Н.А., Краснов Я.М., Гусева Н.П., Булгакова Е.Г., Доманина И.В., Катышев А.Д., Уткин Д.В., Виноградова О.В., Кудряшов Н.В., Полунина Т.А., Красовская Т.Ю., Портенко С.А., Щербакова С.А., Кутырев В.В. Молекулярно-генетический мониторинг геновариантов SARS-CoV-2 на территории Приволжского федерального округа Российской Федерации. Сообщение 1. Проблемы особо опасных инфекций. 2021;(1):122-127. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2021-1-122-127

For citation:


Osina N.A., Krasnov Ya.M., Guseva N.P., Boolgakova E.G., Domanina I.V., Katyshev A.D., Utkin D.V., Vinogradova O.V., Kudryashov N.V., Polunina T.A., Krasovskaya T.Yu., Portenko S.A., Shcherbakova S.A., Kutyrev V.V. Molecular-Genetic Monitoring of SARS-CoV-2 Genovariants in the Territory of the Volga Federal District of the Russian Federation. Communication 1. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2021;(1):122-127. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2021-1-122-127

Просмотров: 134


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0370-1069 (Print)
ISSN 2658-719X (Online)