Сравнительный анализ структуры возбудителей внебольничных и внутрибольничных пневмоний у пациентов в медицинских организациях Ростовской, Тюменской областей и Хабаровского края в современный период пандемии новой коронавирусной инфекции

Цель работы – сравнительный анализ спектра и антибиотикорезистентности возбудителей вторичных пневмоний, выделенных на территориях Ростовской, Тюменской областей и Хабаровского края на фоне пандемии новой коронавирусной инфекции.

Материалы и методы. Исследованы образцы мокроты от SARS‑CoV‑2-позитивных и SARS‑CoV‑2-негативных пациентов с внебольничными пневмониями из медицинских организаций с использованием бактериологического метода, ПЦР , масс-спектрометрии.

Результаты и обсуждение. Изучение этиологической структуры возбудителей вторичных пневмоний, выделенных от больных в медицинских организациях Южного, Уральского и Дальневосточного федеральных округов, показало, что доминирующими культурами у SARS‑CoV‑2-позитивных и SARS‑CoV‑2-негативных пациентов являются дрожжи и дрожжеподобные грибы. Обнаружено, что при разнообразии изолированных грибов превалировал вид Candida albicans. Бактериальная микрофлора представлена разнообразными грамположительными и грамотрицательными бактериями, из которых наиболее часто в мокроте присутствовали Staphylococcus aureus и Klebsiella pneumoniaе. Установлено также, что еще до госпитализации больных внебольничные пневмонии могут быть обусловлены микроорганизмами группы ESKAPE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniaе, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp.), которые обычно рассматриваются как полиантибиотикорезистентные возбудители нозокомиальных инфекций. Более того, у SARS‑CoV‑2-позитивных пациентов с вторичной внебольничной пневмонией эти возбудители выделялись в 2–3 раза чаще, чем у SARS‑CoV‑2-негативных больных. При анализе чувствительности/устойчивости изолированных штаммов к антибактериальным препаратам установлена общая тенденция: большинство штаммов, вне зависимости от вида, характеризовались узким спектром чувствительности, имея три и более маркеров антибиотикорезистентности. Это подтверждает необходимость и целесообразность микробиологического сопровождения больного в течение всего инфекционного процесса. Наиболее адекватными препаратами выбора, обеспечивающими активность против 60–70 % штаммов семейства Enterobacteriaceae, являются амикацин и цефоперазон/сульбактам.

1. Aslam B., Wang W., Arshad M.I., Khurshid M., Muzammil S., Rasool M.H., Nisar M.A., Alvi R.F., Aslam M.A., Qamar M.U., Salamat M.K.F., Baloch Z. Antibiotic resistance: a rundown of a global crisis. Infect. Drug Resist. 2018; 11:1645–58. DOI: 10.2147/IDR.S173867.

2. Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. 2020; 81(2):266–75. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.05.046.

3. Sharov K.S. SARS‑CoV‑2-related pneumonia cases in pneumonia picture in Russia in March-May 2020: Secondary bacterial pneumonia and viral co-infections. J. Glob. Health. 2020; 10(2):020504. DOI: 10.7189/jogh.10.020504.

4. Катаева Л.В., Вакарина А.А., Степанова Т.Ф., Степанова К.Б. Микробиота нижних дыхательных путей при внебольничных пневмониях, в том числе ассоциированных c SARS‑CoV‑2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021; 98(5):528–37. DOI: 10.36233/0372-9311-107.

5. Павлович Н.В., Цимбалистова М.В., Аронова Н.В., Анисимова А.С., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Гудуева Е.Н., Сагакянц М.М., Ковалев Е.В., Носков А.К. Внебольничные пневмонии бактериальной этиологии и спектр чувствительности возбудителей к антибиотикам у коронапозитивных и коронанегативных больных г. Ростова-на-Дону. Антибиотики и химиотерапия. 2021; 66(1-2):26–32. DOI: 10.37489/0235-2990-2021-66-1-2-26-32.

6. Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Котова В.О., Бутакова Л.В., Базыкина Е.А. Характеристика бактериальной микрофлоры, выделенной из проб мокроты больных пневмонией в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии COVID-19 (май–июнь 2020 г.). Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 3:43–9. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-43-49.

7. Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Носков А.К., Ковалев Е.В. Чемисова О.С., Твердохлебова Т.И., Павлович Н.В., Водопьянов С.О., Цимбалистова М.В., Гаевская Н.Е., Воловикова С.Ф., Стенина С.И., Гудуева Е.Н., Сагакянц М.М., Алешукина А.В., Слись С.С. Особенности этиологии внебольничных пневмоний, ассоциированных с COVID-19. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 4:99–105. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-4-99-105.

8. Patil R.H., Luptáková D., Havlíček V. Infection metallomics for critical care in the post-COVID era. Mass Spectrom. Rev. 2021; Dec 2. DOI: 10.1002/mas.21755.

9. Фесенко О.В., Швайко С.Н. Пневмонии, вызванные Klebsiella pneumonia (фридлендеровские пневмонии). Практическая пульмонология. 2019; 1:22–31.

10. Харитонов М.А., Салухов В.В., Крюков Е.В., Паценко М.Б., Рудаков Ю.В., Богомолов А.Б., Иванов В.В., Минаков А.А. Вирусные пневмонии: новый взгляд на старую проблему (обзор литературы). Медицинский совет. 2021; 16:60–77. DOI: 10.21518/2079-701X-2021-16-60-77.

11. Авдеева М.Г., Кулбужева М.И., Зотов С.В., Журавлева Е.В., Яцукова А.В. Микробный пейзаж у госпитальных больных с новой коронавирусной инфекцией COVID-19, сравнительная антибиотикорезистентность с «доковидным» периодом: проспективное исследование. Кубанский научный медицинский вестник. 2021; 28(5):14–28. DOI: 10.25207/1608-6228-2021-28-5-14-28.

12. Эсауленко Н.Б., Каменева О.А., Косякова К.Г., Зайцев А.А., Казаков С.П., Тутельян А.В., Акимкин В.Г. Нозокомиальные инфекции и микробиологический мониторинг в многопрофильных лечебных учреждениях. Медицинский алфавит. 2018; 2(35):14–9.

13. Steinbach W.J., Roilides E., Berman D., Hoffman J.A., Groll A.H., Bin-Hussain I., Palazzi D.L., Castagnola E., Halasa N., Velegraki A., Dvorak C.C., Charkabarti A., Sung L., Danziger-Isakov L., Lachenauer C., Arrieta A., Knapp K., Abzug M.J., Ziebold C., Lehrnbecher T., Klingspor L., Warris A., Leckerman K., Martling T., Walsh T.J., Benjamin D.K. Jr, Zaoutis T.E. Results from a prospective, international, epidemiologic study of invasive candidiasis in children and neonates. Pediatr. Infect. Dis. J. 2012; 31(12):1252–7. DOI: 10.1097/INF.0b013e3182737427.

14. Kathuria S., Singh P.K., Sharma C., Prakash A., Masih A., Kumar A., Meis J.F., Chowdhary A. Multidrug-resistant Candida auris misidentified as Candida haemulonii: characterization by matrixassisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry and DNA sequencing and its antifungal susceptibility profile variability by Vitek 2, CLSI broth microdilution, and Etest method. J. Clin. Microbiol. 2015; 53(6):1823–30. DOI: 10.1128/JCM.00367-15.

15. Багирова Н.С., Дмитриева Н.В. Резистентность Candida spp. к амфотерицину B у онкологических больных. Журнал инфектологии. 2016; 8(1):26–31.

16. Канашенко М.Е., Карцев Н.Н., Мицевич И.П., Храмов М.В., Светоч Э.А. Elizabethkingia meningoseptica как значимый клинический патоген. Бактериология. 2019; 4(1):58–63. DOI: 10.20953/2500-1027-2019-1-58-63.

17. Канашенко М.Е., Мицевич И.П., Карцев Н.Н., Асташкин Е.И., Детушева Е.В., Храмов М.В., Светоч Э.А., Фурсова Н.К. Elizabethkingia meningoseptica – характеристика клинически значимого патогена. Бактериология. 2021; 6(1):8–15. DOI: 10.20953/2500-1027-2021-1-8-15.

18. Гельфанд Б.Р., Проценко Д.Н., Белоцерковский Б.З., редакторы. Нозокомиальная пневмония у взрослых: Российские национальные рекомендации. 2-е изд., перераб. и доп. М.: Изд-во «Медицинское информационное агентство»; 2016. 176 с.

19. Анисимова А.С., Полеева М.В., Аронова Н.В., Цимбалистова М.В., Павлович Н.В. Особенности идентификации грибов рода Candida с помощью масс-спектрометрического анализа (MALDI-ToF MS). Клиническая лабораторная диагностика. 2022; 67(4):244–9. DOI: 10.51620/0869-2084-2022-67-4-244-249.