Организация совместных лабораторных исследований при проведении санитарно-эпидемиологических мероприятий на территории Республики Конго специалистами Роспотребнадзора

В работе представлены данные об организации лабораторных исследований проб клинического материала и из объектов окружающей среды при этиологической расшифровке вспышки острых кишечных инфекций специалистами объединенной СПЭБ Роспотребнадзора в г. Долизи (Республика Конго) в период с 7 по 24 августа 2023 г.

Материалы и методы. С целью выявления возбудителей холеры и других острых кишечных инфекций бактериальной и вирусной природы исследовано 177 проб клинического материала и из объектов окружающей среды, а также посевы на плотных питательных средах и бактериальные взвеси. Всего проведено 1023 исследования с помощью ПЦР и 305 – бактериологическим методом.

Результаты и обсуждение. Во всех исследованных пробах возбудитель холеры не обнаружен. Методом ПЦР маркеры возбудителей острых кишечных инфекций (Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Rotavirus A) выявлены в 23 пробах клинического материала и 1 пробе бактериальной взвеси. В объектах окружающей среды ДНК/РНК возбудителей не обнаружена. При проведении культуральных исследований из 8 клинических образцов выделены культуры Salmonella enterica serovar Typhi, определена их чувствительность к антибактериальным препаратам. Методом полногеномного секвенирования через нанопоры на платформе MinIon (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания) изучены нуклеотидные последовательности 4 изолятов S. Typhi и депонированы в международную базу данных NCBI GenBank (№ CP141260, CP141193, CP141194, CP141195). Также при исследовании образцов из стерильных локусов (кровь, перитонеальная жидкость, операционный материал) от пациентов Генерального и Референс госпиталей г. Долизи выделено 5 культур неферментирующих бактерий, определена их чувствительность к антибактериальным препаратам.

1. Kim J.H., Im J., Parajulee P., Holm M., Cruz Espinoza L.M., Poudyal N., Mogeni O.D., Marks F. A systematic review of typhoid fever occurrence in Africa. Clin. Infect. Dis. 2019; 69(Suppl. 6):S492S498. DOI: 10.1093/cid/ciz525.

2. GBD 2017 Typhoid and Paratyphoid Collaborators. The global burden of typhoid and paratyphoid fevers: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2017. Lancet. Infect. Dis. 2019; 19(4):369–81. DOI: 10.1016/S1473-3099(18)30685-6.

3. Mogasale V., Maskery B., Ochiai R.L., Lee J.S., Mogasale V.V., Ramani E., Kim Y.E., Park J.K., Wierzba T.F. Burden of typhoid fever in low-income and middle-income countries: a syste¬ matic, literature-based update with risk factor adjustment. Lancet. Glob. Health. 2014; 2(10):e570-80. Lancet. Glob. Health. 2014; 2(10):e570-80. DOI: 10.1016/S2214-109X(14)70301-8.

4. Antillón M., Warren J.L., Crawford F.W., Weinberger D.M., Kürüm E., Pak G.D., Marks F., Pitzer V.E. The burden of typhoid fever in lowand middle-income countries: a meta-regression approach. PLoS Negl. Trop. Dis. 2017; 11(2):e0005376. DOI: 10.1371/journal.pntd.0005376.

5. Kim J.H., Mogasale V., Im J., Ramani E., Marks F. Updated estimates of typhoid fever burden in sub-Saharan Africa. Lancet. Glob. Health. 2017; 5(10):e969. DOI: 10.1016/S2214-109X(17)30328-5.

6. Cholera Outbreaks in Central and West Africa: 2017 Regional Update – Week 14. [Электронный ресурс]. URL: http://reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/WCA%20Cholera_Update_W14.pdf (дата доступа 12.03.2024).

7. Shahapur P.R., Shahapur R., Nimbal A., Suvvari T.K., Silva R.G.D., Kandi V. Traditional Widal agglutination test versus rapid immunochromatographic test in the diagnosis of enteric fever: A prospective study from South India. Cureus. 2021; 13(10):e18474. DOI: 10.7759/cureus.18474.

8. Kim H.J., Jung Y., Kim M.J., Kim H.Y. Novel heptaplex PCRbased diagnostics for enteric fever caused by typhoidal salmonella serovars and its applicability in clinical blood culture. J. Microbiol. Biotechnol. 2023; 33(11):1457–66. DOI: 10.4014/jmb.2307.07031.

9. Rigby J., Elmerhebi E., Diness Y., Mkwanda C., Tonthola K., Galloway H., Miles R., Henrion M.Y.R., Edwards T., Gauld J., Msefula C., Johnston R., Nair S., Feasey N., Elviss N.C. Optimized methods for detecting Salmonella Typhi in the environment using validated field sampling, culture and confirmatory molecular approaches. J. Appl. Microbiol. 2022; 132(2):1503–17. DOI: 10.1111/jam.15237.

10. Antillon M., Saad N.J., Baker S., Pollard A.J., Pitzer V.E. The relationship between blood sample volume and diagnostic sensitivity of blood culture for typhoid and paratyphoid fever: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. Dis. 2018; 218(suppl_4):S255S267. DOI: 10.1093/infdis/jiy471.

11. Carey M.E., Dyson Z.A., Ingle D.J., Amir A., Aworh M.К., Chattaway M.A., Chew K.L., Crump J.A., Feasey N.A., Howden B.P., Keddy K.H., Maes M., Parry C.M., Van Puyvelde S., Webb H.E., Afolayan A.O., Alexander A.P., Anandan S., Andrews J.R., Ashton P.M., Basnyat B., Bavdekar A., Bogoch I.I., Clemens J.D., da Silva K.E., De A., de Ligt J., Diaz Guevara P.L., Dolecek C., Dutta S., Ehlers M.M., Francois Watkins L., Garrett D.O., Godbole G., Gordon M.A., Greenhill A.R., Griffin C., Gupta M., Hendriksen R.S., Heyderman R.S., Hooda Y., Hormazabal J.C., Ikhimiukor O.O., Iqbal J., Jacob J.J., Jenkins C., Jinka D.R., John J., Kang G., Kanteh A., Kapil A., Karkey A., Kariuki S., Kingsley R.A., Koshy R.M., Lauer A.C., Levine M.M., Lingegowda R.K., Luby S.P., Mackenzie G.A., Mashe T., Msefula C., Mutreja A., Nagaraj G., Nagaraj S., Nair S., Naseri T.K., Nimarota-Brown S., Njamkepo E., Okeke I.N., Perumal S.P.B., Pollard A.J., Pragasam A.K., Qadri F., Qamar F.N., Rahman S.I.A., Rambocus S.D., Rasko D.A., Ray P., Robins-Browne R., Rongsen-Chandola T., Rutanga J.P., Saha S.K., Saha S., Saigal K., Sajib M.S.I., Seidman J.C., Shakya J., Shamanna V., Shastri J., Shrestha R., Sia S., Sikorski M.J., Singh A., Smith A.M., Tagg K.A., Tamrakar D., Tanmoy A.M., Thomas M., Thomas M.S., Thomsen R., Thomson N.R., Tupua S., Vaidya K., Valcanis M., Veeraraghavan B., Weill F.-X., Wright J., Dougan G., Argimón S., Keane J.A., Aanensen D.M., Baker S., Holt K.E.; Global Typhoid Genomics Consortium Group Authorship. Global diversity and antimicrobial resistance of typhoid fever pathogens: Insights from a meta-analysis of 13,000 Salmonella Typhi genomes. eLife. 2023; 12:e85867. DOI: 10.7554/eLife.85867.

12. Пшеничная Н.Ю., Найденова Е.В., Гопаца Г.В., Кузнецова Д.А., Дмитриева Л.Н., Евтеев А.В., Тушинский А.А., Портенко С.А., Obissa N., Mpompolo M., Elenga-Bongo Sh.L., Inana M., Mobousse Misse J.-C., Кутырев В.В., Смоленский В.Ю. Результаты работы инфекционистов и эпидемиологов Роспотребнадзора во время вспышки острых кишечных инфекций в Республике Конго (Браззавиль) в 2023 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2024; 1:102–12. DOI: 10.21055/0370-1069-2024-1-102-112.

13. Посольство Российской Федерации в Республике Конго. Общая информация о Конго. [Электронный ресурс]. URL: https://congo.mid.ru/ru/o_kongo/obshchaya_informatsiya_o_kongo/.

14. Kolmogorov M., Yuan J., Lin Y., Pevzner P.A. Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs. Nat. Biotechnol. 2019; 37(5):540–6. DOI: 10.1038/s41587-019-0072-8.

15. Yan S., Zhang W., Li C., Liu X., Zhu L., Chen L., Yang B. Serotyping, MLST, and core genome MLST analysis of Salmonella enterica from different sources in China during 2004–2019. Front. Microbiol. 2021; 12:688614. DOI: 10.3389/fmicb.2021.688614.

16. EnteroBase. Salmonella. [Электронный ресурс]. URL: https://enterobase.warwick.ac.uk/species/index/senterica.

17. Alcock B.P., Huynh W., Chalil R., Smith K.W., Raphenya A.R., Wlodarski M.A., Edalatmand A., Petkau A., Syed S.A., Tsang K.K., Baker S.J.C., Dave M., McCarthy M.C., Mukiri K.M., Nasir J.A., Golbon B., Imtiaz H., Jiang X., Kaur K., Kwong M., Liang Z.C., Niu K.C., Shan P., Yang J.Y.J., Gray K.L., Hoad G.R., Jia B., Bhando T., Carfrae L.A., Farha M.A., French S., Gordzevich R., Rachwalski K., Tu M.M., Bordeleau E., Dooley D., Griffiths E., Zubyk H.L., Brown E.D., Maguire F., Beiko R.G., Hsiao W.W.L., Brinkman F.S.L., Van Domselaar G., McArthur A.G. CARD 2023: expanded curation, support for machine learning, and resistome prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database. Nucleic Acids Res. 2023; 51(D1):D690-D699. DOI: 10.1093/nar/gkac920.

18. DTU. Center for Genomic Epidemiology. [Электронный ресурс]. URL: http://genepi.food.dtu.dk/resfinder.

19. Basic Local Alignment Search Tool. [Электронный ресурс]. URL: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi.

20. Егорова С.А., Кулешов К.В., Кафтырева Л.А., Матвеева З.Н. Чувствительность к антибиотикам, механизмы резистентности и филогенетическая структура популяции S. Typhi, выделенных в 2005–2018 гг. в Российской Федерации. Инфекция и иммунитет. 2020; 10(1):99–110. DOI: 10.15789/2220-7619-ASM-1171.

21. Павлова А.С., Бочарова Ю.А., Кулешов К.В., Подколзин А.Т., Чеботарь И.В. Молекулярные детерминанты резистентности Salmonella enterica к антибиотикам. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021; 98(6):721–30. DOI: 10.36233/0372-9311-140.