Preview

Проблемы особо опасных инфекций

Расширенный поиск

Дифференциация штаммов Yersinia pestis алтайско-гиссарской группы неосновных подвидов методом ПЦР

https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-1-71-74

Полный текст:

Аннотация

На основе сравнения полногеномных последовательностей штаммов алтайского и гиссарского неосновных подвидов возбудителя чумы, штаммов из Таласского высокогорного очага чумы выявлены две новые ДНК-мишени, использование которых обеспечивает простое и быстрое разделение в ПЦР этих близкородственных штаммов неосновных подвидов, представляющих отдельную филогенетическую линию эволюции возбудителя чумы. Одна из мишеней расположена в межгенном участке между генами YPO3333 и YPO3332 и содержит у штаммов алтайского подвида делецию размером 122 п.н., а вторая является участком гена YPO2412 и включает у таласских штаммов делецию в 72 п.н. На эти ДНК мишени рассчитаны праймеры, и определены условия проведения реакции. Эффективность способа разделения штаммов алтайско-гиссарской группы неосновных подвидов подтверждена при изучении 97 штаммов Y. pestis разных подвидов.

Об авторах

К. А. Никифоров
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия


Г. Н. Одиноков
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия


Л. А. Новичкова
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия


Г. А. Ерошенко
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия


Список литературы

1. Ерошенко Г.А., Видяева Н.А., Одиноков Г.Н.,. Куклева Л.М, Краснов Я.М., Гусева Н.П., Кутырев В.В. Структурно-функциональный анализ гена araC у штаммов Yersinia pestis различного происхождения. Мол. генет. 2009; 3:21-6.

2. Ерошенко Г.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М. Павлова А.И., Краснов Я.М., Шавина Н.Ю., Гусева Н.П., Виноградова Н.А., Кутырев В.В. Стандартный алгоритм молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis. Журн. микробиол, эпидемиол. и иммунобиол. 2012; 3:25-35.

3. Одиноков Г.Н., Ерошенко Г.А., Куклева Л.М., Шавина Н.Ю., Краснов Я.М., Кутырев В.В. Определение генетических основ ауксотрофности штаммов Yersinia pestis кавказского подвида. Генетика. 2012; 48 (4):457-65.

4. Организация работ лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности. МУ 1.3.2569-09. М.; 2009.

5. Cui Y., Yu C., Yan Y., Li D., Li Y., Jombart T., Weinert L.A., Wang Z., Guo Z., Xu L., Zhang Y., Zheng H., Qin N., Xiao X., Wu M., Wang X., Zhou D., Qi Z., Du Z., Wu H., Yang X., Cao H., Wang H., Wang J., Yao S., Rakin A., Li Y., Falush D., Balloux F., Achtman M., Song Y., Wang J., Yang R. Historical variations in mutational rate in an epidemic pathogen Yersinia pestis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2013; 110(2):577-82.

6. Eroshenko G.A., Kutyrev V.V. Biochemical and genetic peculiarities and the phylogenetic relationship of the non-main subspecies in the general scheme of the plague agent evolution. Adv. Exp. Med. Biol. 2012; 954(1):45-51.

7. Zhou D., Tong Z., Song Y., Han Y., Pei D., Pang X., Zhai J., Li M., Cui B., Qi Z., Jin L., Dai R., Du Z., Wang J., Guo Z., Wang J., Huang P., Yang R. Genetics of metabolic variations between Yersinia pestis biovars and proposal of a new biovar, microtus. J. Bacteriol. 2004; 186:5147-62.


Для цитирования:


Никифоров К.А., Одиноков Г.Н., Новичкова Л.А., Ерошенко Г.А. Дифференциация штаммов Yersinia pestis алтайско-гиссарской группы неосновных подвидов методом ПЦР. Проблемы особо опасных инфекций. 2015;(1):71-74. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-1-71-74

For citation:


Nikiforov K.A., Odinokov G.N., Novichkova L.A., Eroshenko G.A. Differentiation between Yersinia pestis Strains of Altaic-Hissar Group of Non-Main Subspecies by Means of PCR. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2015;(1):71-74. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-1-71-74

Просмотров: 142


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0370-1069 (Print)
ISSN 2658-719X (Online)